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基于生成對抗網(wǎng)絡(luò)的肝臟CT圖像分割

2021-08-18 10:03鄧鴻鄧雅心丁廷波嚴中紅王富平陳忠敏
北京生物醫(yī)學(xué)工程 2021年4期
關(guān)鍵詞:三維重建約束卷積

鄧鴻 鄧雅心 丁廷波 嚴中紅 王富平 陳忠敏

0 引言

醫(yī)學(xué)圖像分割的目的是從醫(yī)學(xué)圖像中分離出目標(biāo)區(qū)域,例如臟器、組織,再通過數(shù)字圖像處理的手段實現(xiàn)可視化、圖形引導(dǎo)手術(shù)、虛擬內(nèi)徑等[1]。在腹部成像,肝臟分割具有直接潛在臨床應(yīng)用:(1)自動肝臟體積測量,肝臟體積是肝外科手術(shù)一個重要的預(yù)后指標(biāo)[2],也是確定肝腫瘤放射栓塞的放射劑量的重要參數(shù)[3];(2) 肝臟3D重建,肝臟3D重建能幫助外科手術(shù)制定手術(shù)計劃[4]。同時肝臟分割也能應(yīng)用到許多新興的應(yīng)用,如多回波磁共振(magnetic resonance ,MR)檢查質(zhì)子密度脂肪級(quantification of proton density fat fraction,PDFF)的量化,以協(xié)助診斷非酒精性脂肪肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)和肝形態(tài)學(xué)評估的管理,以幫助檢測肝硬化[5]。

目前,肝臟圖像的分割方法可以分為人工分割、半自動分割和自動分割。人工分割需要具有經(jīng)驗的影像科醫(yī)生依據(jù)經(jīng)驗對肝臟CT圖像進行手工劃分,這種方法不僅耗時而且會因為醫(yī)師的主觀意愿而導(dǎo)致分割結(jié)果的差異性較大。半自動分割方法主要是根據(jù)CT圖像中的灰度和梯度信息對肝臟進行分割,包括水平集法[6]、閾值插入法[7]、區(qū)域生長法[8]等,這些方法都需要人手工地設(shè)置參數(shù),參數(shù)設(shè)置的不同會導(dǎo)致分割效果不同,同時這些方法如果是處理肝臟灰度值比較均勻的圖像可能會出現(xiàn)欠分割或過分割現(xiàn)象[6-8]。自動分割方法主要指依賴于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的一些方法,比如FCN[9]和Unet[10]網(wǎng)絡(luò);Shelhamer等提出的FCN網(wǎng)絡(luò)因為其使用卷積層來替代了傳統(tǒng)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中最后一層的全連接層,因此FCN網(wǎng)絡(luò)可以接收任意大小圖片的輸入從而實現(xiàn)圖像分割端到端的訓(xùn)練。同時它使用增大了數(shù)據(jù)尺寸的反卷積層,能夠輸出精細的結(jié)構(gòu);結(jié)合不同深度層結(jié)果的跳級結(jié)構(gòu)可以提高圖像分割的魯棒性和精確性。Unet網(wǎng)絡(luò)基于FCN網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)上提出,融合了所有池化層的特征,使得該網(wǎng)絡(luò)可以使用較少的訓(xùn)練圖像就可以得到比較精準(zhǔn)的分割結(jié)果。FCN網(wǎng)絡(luò)和UNET網(wǎng)絡(luò)已經(jīng)可以分割出肝臟的大體位置,但是對于肝臟邊緣的分割結(jié)果較差。

Vorontsov等[11]提出了對肝臟和肝臟病變區(qū)域進行級聯(lián)分割的模型,該模型使用兩個級聯(lián)的全卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),一個網(wǎng)絡(luò)負責(zé)對肝臟區(qū)域進行分割,另一個網(wǎng)絡(luò)負責(zé)對病變區(qū)域進行分割。該網(wǎng)絡(luò)對于肝臟的分割效果欠佳,是因為沒有考慮到相鄰層的信息。Li 等[12]提出了一種混合緊密連接型Unet,該模型由兩部分組成,分別為2D和3D的Unet,2D部分負責(zé)提取切片內(nèi)的特征,3D部分負責(zé)對切片的Z軸的信息特征進行分層整合,該網(wǎng)絡(luò)可以用于肝臟和肝臟腫瘤的分割。但是因為該模型運用了3D卷積網(wǎng)絡(luò),使得其變得不容易訓(xùn)練而且對硬件的需求較高。可以看到在對肝臟腫瘤進行分割時,研究者們都會先對肝臟組織進行分割,然后將只含有肝臟組織的圖像送入到腫瘤分割網(wǎng)絡(luò)進行腫瘤的分割。因此對于肝臟區(qū)域分割的準(zhǔn)確與否也會影響到后續(xù)的腫瘤分割的精確度[11-12]。

生成式對抗網(wǎng)絡(luò)[13]是2014年由Good-fellow等提出。生成對抗網(wǎng)絡(luò)主要包括兩個模塊:生成器模塊(generative model)和判別器模塊(discriminative model),在訓(xùn)練過程中,生成網(wǎng)絡(luò)的目標(biāo)就是盡量生成真實的圖片去欺騙判別網(wǎng)絡(luò)。而判別網(wǎng)絡(luò)的目標(biāo)是把生成網(wǎng)絡(luò)生成的圖片和真實的圖片區(qū)分開。這樣,生成網(wǎng)絡(luò)和判別網(wǎng)絡(luò)構(gòu)成了一個動態(tài)的“博弈過程”。通過在Unet的訓(xùn)練中引入生成式對抗網(wǎng)絡(luò),可以使得Unet網(wǎng)絡(luò)預(yù)測的分割結(jié)果更加接近于真實標(biāo)注的圖像。

基于上述內(nèi)容,本文將生成對抗網(wǎng)絡(luò)和Unet結(jié)合為Gan-Unet網(wǎng)絡(luò)對肝臟CT序列圖像進行分割訓(xùn)練,從而使得肝臟自動分割預(yù)測的結(jié)果更加清晰、分割準(zhǔn)確度進一步提高。同時,在進行對抗訓(xùn)練時探索了不同的距離約束函數(shù)對于分割結(jié)果的影響。

1 方法

1.1 分割網(wǎng)絡(luò)

本文參考條件生成對抗網(wǎng)絡(luò)(conditional generative adversarial nets,CGAN)[14]搭建肝臟圖像分割網(wǎng)絡(luò),其框架示意圖如圖1所示,整個網(wǎng)絡(luò)由一對互相對抗的生成器網(wǎng)絡(luò)和判別器網(wǎng)絡(luò)組成。

生成器采用Unet網(wǎng)絡(luò)對肝臟CT圖像進行圖像分割預(yù)測,具體結(jié)構(gòu)如圖2所示。該網(wǎng)絡(luò)包含收縮路徑和擴張路徑兩部分,兩部分結(jié)構(gòu)是對稱的,收縮路徑主要通過卷積和池化操作對輸入的CT圖像進行不同尺度上的特征提取。收縮路徑部分每一層都使用2次3×3的卷積核對圖像進行卷積,再通過池化層將圖像大小縮小一半繼續(xù)進行相同的卷積操作,共進行4次下采樣操作。在擴張路徑部分,通過上采樣操作從最底層開始對圖像進行恢復(fù)。通過Concat操作對采樣恢復(fù)的圖像和收縮路徑對應(yīng)層的圖像進行融合,將融合后的圖像通過2個3×3卷積后繼續(xù)重復(fù)上述操作最終將圖像還原到輸出大小,最后通過一個1×1的卷積層得到最后輸出的分割結(jié)果預(yù)測圖。整個網(wǎng)絡(luò)在特征提取的時候卷積核大小設(shè)置為3×3是為了在可以最小化神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的復(fù)雜性的同時又能保證網(wǎng)絡(luò)的預(yù)測分割準(zhǔn)確率[15]。

判別器采用由5個卷積層組成的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),如圖3所示。輸入層通過Concat操作把真實的圖像標(biāo)簽和預(yù)測的圖像標(biāo)簽結(jié)合在一起輸入卷積網(wǎng)絡(luò),再通過4個步長為2的4×4卷積層卷積,將得到的結(jié)果最后經(jīng)步長為1的4×4的卷積層進行卷積得到輸出結(jié)果。

1.2 分割網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練過程

整個分割網(wǎng)絡(luò)的訓(xùn)練過程如下,首先通過生成器預(yù)測生成一張肝臟區(qū)域圖片,然后將生成器預(yù)測的肝臟分割圖和真實肝臟標(biāo)簽圖片一起送入判別器中進行判別。如果生成的肝臟分割圖和實際的分割圖一樣,那么判別器就會輸出一個接近于1的數(shù),否則輸出一個接近于0的數(shù)。生成器再根據(jù)判別器的輸出繼續(xù)去生成預(yù)測分割圖像,最終判別器不能區(qū)分出送進這個網(wǎng)絡(luò)的到底是來自于生成器的圖片還是真實的肝臟分割圖片,這個網(wǎng)絡(luò)就達到了一種納什均衡的狀態(tài),也就完成了分割網(wǎng)絡(luò)的訓(xùn)練。

1.3 分割網(wǎng)絡(luò)損失函數(shù)

生成對抗網(wǎng)絡(luò)的目的是讓生成器產(chǎn)生的圖像可以去欺騙判別器,讓判別器不能夠區(qū)分送進網(wǎng)絡(luò)圖片的真實性。故整個網(wǎng)絡(luò)的優(yōu)化目標(biāo):

Σln[1-D(label|G(x))]

(1)

式中:G和D分別代表生成器和判別器模型;D(label|x)代表肝臟分割標(biāo)簽圖送入判別器網(wǎng)絡(luò)計算后的輸出;G(x)代表的是通過生成器生成的預(yù)測分割圖;D(label|G(x))代表生成器網(wǎng)絡(luò)生成的預(yù)測分割圖送入到判別器網(wǎng)絡(luò)計算后的輸出。

整個網(wǎng)絡(luò)的對抗訓(xùn)練目標(biāo)是通過最小化生成器的損失函數(shù)Gloss[見式(2)],從而最大化判別器的輸出。最終當(dāng)網(wǎng)絡(luò)達到納什均衡以后整個網(wǎng)絡(luò)就會表現(xiàn)出比較好的結(jié)果。

Gloss=μ1∑lnD(label|G(x))+

μ2∑Distance(G(x)-label)

(2)

式中:Distance()表示距離約束函數(shù);μ1,μ2分別表示生成器損失函數(shù)和距離約束函數(shù)所占的權(quán)重。

2 實驗設(shè)置

2.1 數(shù)據(jù)集的獲取與處理

本次實驗訓(xùn)練集采用的肝臟CT圖像序列來自于LiTS(Liver Tumor Segmentation Challenge)[16]競賽中公開的肝臟腫瘤數(shù)據(jù)集,該數(shù)據(jù)集總共采集了131例病患的腹部CT掃描圖像,并且由具有經(jīng)驗的放射科醫(yī)師對肝臟和腫瘤區(qū)域進行標(biāo)注。原始的CT數(shù)據(jù)和標(biāo)注數(shù)據(jù)都以nii格式保存。通過ITK-SNAP軟件可以打開此文件進行查看(圖4)??梢钥吹皆嫉腃T序列文件可以在橫斷面、矢狀面以及冠狀面進行重建成像,在重建后,在橫斷面圖像的大小為固定的512×512,在矢狀面和冠狀面的圖像大小都會根據(jù)掃描的情況不同而變化,同時切片的數(shù)量根據(jù)每位患者的情況是不定的,一般從幾百到上千張不等。故本次實驗選取橫斷面的CT圖像作為訓(xùn)練數(shù)據(jù)。

由于本文使用的是2D神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),故輸入網(wǎng)絡(luò)的圖像也應(yīng)該為2D圖像。本文通過Python中的nibabel庫將原始的nii圖像切分為2D圖像,同時將CT圖像的窗寬窗位設(shè)置為[400,60],得到橫斷面的切片圖像并保存。得到的訓(xùn)練集CT圖像如圖5所示。訓(xùn)練集中的標(biāo)注圖像對肝臟及肝臟腫瘤進行了標(biāo)注,在圖像上用不同的灰度值分別表示肝臟和腫瘤[圖6(a)],本次實驗因為只對肝臟進行分割,通過閾值化將肝臟腫瘤部分的灰度值設(shè)置為與肝臟灰度值相同[圖6(b)]。經(jīng)處理后,共有58 638張CT切片圖像;其中超過一半以上的圖片都是未含有肝臟的CT圖像,如果把這些不含肝臟的圖片全部送入網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練,因為其標(biāo)注圖像的像素值全為0,在訓(xùn)練時如果選取的這個batch圖像均為不含肝臟的圖像,就會導(dǎo)致loss為零或者過大從而導(dǎo)致訓(xùn)練的不穩(wěn)定,同時若含有太多的負樣本可能對神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的訓(xùn)練導(dǎo)致過擬合或欠擬合現(xiàn)象。故本次實驗從LiTS數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換的切片中按照正負樣本比例9∶1選取了18 962張含有肝臟的CT圖像和2 033張不含肝臟的圖像作為訓(xùn)練數(shù)據(jù)集。

圖5 調(diào)節(jié)窗寬窗位至[400,60]的CT訓(xùn)練數(shù)據(jù)Figure 5 CT training data after adjusting window width and window level to [400,60]

圖6 處理后的標(biāo)注圖像Figure 6 Annotated image after processing

本次實驗采用的測試集來自于CHAOS[17]公開的肝臟CT數(shù)據(jù)集。CHAOS數(shù)據(jù)集中CT圖像包含帶有標(biāo)注的20例訓(xùn)練集和不帶標(biāo)注的20例測試集數(shù)據(jù),本次實驗使用其中的20例帶有標(biāo)注的訓(xùn)練集數(shù)據(jù)作為分割網(wǎng)絡(luò)的測試集。CHAOS數(shù)據(jù)其原始格式是dicom文件。通過Python的Pydiocm庫對原始文件讀取后調(diào)整窗寬窗位為[400,60],最后得到2 874張帶有標(biāo)注的CT圖像。

2.2 肝臟圖像分割評價指標(biāo)

本文采用Dice、IoU、PA、RVD以及RSSD對肝臟分割網(wǎng)絡(luò)進行評價。

2.2.1 Dice系數(shù)

(3)

式中:Ground是專家手動標(biāo)注的金標(biāo)準(zhǔn)圖像;Predict為分割網(wǎng)絡(luò)預(yù)測出來的圖像;Dice的取值范圍為[0,1],Dice越接近1,分割網(wǎng)絡(luò)預(yù)測的結(jié)果與金標(biāo)準(zhǔn)就愈加重合。

2.2.2 交并比

(4)

式中:Ground 是專家手動標(biāo)注的金標(biāo)準(zhǔn)圖像;Predict為預(yù)測圖像。IoU分數(shù)和Dice一樣評價預(yù)測圖像和真實圖像之間的重合度。

2.2.3 像素精確度

(5)

根據(jù)標(biāo)注圖像和預(yù)測圖像之間的關(guān)系,式中TP(true positive)代表預(yù)測值為1,真實值為1的部分;TN(true negative)代表預(yù)測值為0,真實值為0的部分;FP(false positive)代表預(yù)測值為1,真實值為0的部分;FN(false negative)表預(yù)測值為0,真實值為1的部分。PA計算的是預(yù)測分割途中預(yù)測正確的像素占圖像總像素的比例,該比值越接近1,說明網(wǎng)絡(luò)預(yù)測的準(zhǔn)確性越高。

2.2.4 相對體積誤差

(6)

式中:Vground代表通過真實標(biāo)注三維重建后的肝臟體積;Vpredict代表網(wǎng)絡(luò)預(yù)測的分割圖通過三維重建后的體積??梢钥闯鲈撌降闹翟浇咏?,表示分割網(wǎng)絡(luò)預(yù)測的結(jié)果更加接近于真實的肝臟。肝臟體積對于肝臟精準(zhǔn)外科手術(shù)和精準(zhǔn)放療是一個很重要的參數(shù)[18]。這個參數(shù)影響著治療計劃的制定以及患者術(shù)后的預(yù)后。所以使用相對體積誤差對分割網(wǎng)絡(luò)進行評價具有重大意義。

2.2.5 相對表面積誤差

(7)

式中:Sground代表通過真實標(biāo)注三維重建后的肝臟表面積;Spredict代表網(wǎng)絡(luò)預(yù)測的分割圖通過三維重建后的表面積。通過表面積的差異,可以清楚地了解到三維重建后肝臟表面的粗糙程度。同樣,該式越接近于0,代表預(yù)測結(jié)果和真實的標(biāo)注結(jié)果愈加接近。

3 實驗結(jié)果與分析

3.1 實驗環(huán)境及超參數(shù)設(shè)計

本實驗采用的硬件配置:(1) CPU Intel(R) Core(TM) i5-7600K CPU @ 3.80 GHz;(2) NVIDIA RTX 2080Ti;(3) 內(nèi)存16 GB ;(4) 操作系統(tǒng):Windows10。

本實驗主要探究不同網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)對肝臟分割效果的影響,故將訓(xùn)練時的一些超參數(shù)如優(yōu)化方法、訓(xùn)練周期數(shù)、Dropout率等根據(jù)經(jīng)驗以及實際的硬件配置設(shè)置為相同,如表1。

表1 超參數(shù)設(shè)置Table 1 Hyperparameter settings

3.2 GanUnet與Unet的訓(xùn)練與結(jié)果分析

為了對比GanUnet與傳統(tǒng)Unet的分割效果,在分割網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練時,GanUnet網(wǎng)絡(luò)的Gloss中選取生成器自身部分的loss,即在式(2)中將μ2設(shè)置為0,μ1為1;Unet網(wǎng)絡(luò)的loss函數(shù)采用交叉熵(Cross Entropy)作為損失函數(shù)。在訓(xùn)練時,每訓(xùn)練一個周期將訓(xùn)練模型的結(jié)果保存。在訓(xùn)練結(jié)束后,將測試集的CT圖像序列輸入到每個周期訓(xùn)練的模型中得到預(yù)測圖像,統(tǒng)計測試集在每個訓(xùn)練周期上的Dice系數(shù)、IoU分數(shù)和PA分數(shù)的平均值。并在20組中選取結(jié)果最好的一組肝臟預(yù)測圖片。將所得的預(yù)測圖片在原始CT圖像上提取出對應(yīng)的部分后得到每一位患者肝臟分割圖。通過3D Slicer軟件對得到的肝臟分割圖進行三維重建后計算RVD和RSSD分數(shù)。得到的結(jié)果如下(統(tǒng)計結(jié)果去掉最大值和最小值以防止誤差過大)。

從圖7可以看出,提出的網(wǎng)絡(luò)在Dice和IoU上某些周期是高于Unet的,且提出的網(wǎng)絡(luò)在PA指標(biāo)上明顯高于Unet。這證明本文搭建的網(wǎng)絡(luò)在表現(xiàn)性能上是優(yōu)于Unet的。GanUnet 3個指標(biāo)出現(xiàn)的波動情況是由于生成對抗網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練的特性導(dǎo)致的,同時受限于計算機性能,不能夠保存每一步訓(xùn)練的結(jié)果,所以每個周期最后一步保存的模型可能是性能比較差的,以至于結(jié)果出現(xiàn)了波動。綜合3個指標(biāo)來看,本文提出網(wǎng)絡(luò)的性能是優(yōu)于傳統(tǒng)的Unet網(wǎng)絡(luò)。

圖7 GanUnet與Unet在測試集上Dice、IoU和PA的表現(xiàn)Figure 7 Performance of the test set Dice,IoU and PA in GanUnet and Unet

從表2可以看出,本文搭建的GanUnet網(wǎng)絡(luò),在4個評價指標(biāo)上均優(yōu)于傳統(tǒng)的Unet分割方法,Dice系數(shù)相較于Unet提升了1.1%;IoU系數(shù)提升了1.8%;PA提升了3.5%;RVD降低了48.3%,RSSD降低了23.6%。使用的方法在Dice、IoU和PA上的提升不是很大,但是在RVD和RSSD上看來,都有較高的提升。故從評價指標(biāo)上來看,本文使用的方法均優(yōu)于傳統(tǒng)的Unet方法。從圖8可以看出,Unet網(wǎng)絡(luò)能識別出肝臟所在區(qū)域的大體位置并進行分割,但是Unet網(wǎng)絡(luò)對于肝臟邊界的識別能力不足,導(dǎo)致預(yù)測分割圖的邊緣表現(xiàn)十分粗糙。本文使用的網(wǎng)絡(luò),很好地解決了Unet對于肝臟邊緣識別不準(zhǔn)確而導(dǎo)致的邊緣分割粗糙的問題,使得預(yù)測圖像更加接近標(biāo)注圖像。

表2 GanUnet與Unet指標(biāo)定量分析Table 2 GanUnet and Unet quantitative analysis

圖8 使用不同方法的分割效果Figure 8 Segmentation results with different methods

3.3 加入距離約束函數(shù)對GanUnet的影響

為了進一步的提高GanUnet的肝臟分割效果,在GanUnet網(wǎng)絡(luò)的Gloss中加入距離約束函數(shù)L1、L2、SmoothL1對肝臟分割效果圖進行約束。即在式(2)中μ1=μ2=1,將Distance函數(shù)分別替換為L1、L2范數(shù)和SmoothL1距離約束函數(shù)得到如下的損失函數(shù):

Gloss_l1=ΣlnD(label|G(x))+Σ|G(x)-label|(8-1)

Gloss_smoothL1=ΣlnD(label|G(x))+ΣSmoothL1(x)

(8-3-1)

(8-3-2)

同樣的對L1、L2以及SmoothL1都訓(xùn)練20個周期,統(tǒng)計測試集在每個訓(xùn)練周期上的Dice系數(shù)、IoU分數(shù)和PA分數(shù)。并在20組中選取結(jié)果最好的一組肝臟預(yù)測圖片。將所得的預(yù)測圖片在原始CT圖像上提取出對應(yīng)的部分后得到每位患者的肝臟分割圖,將其進行三維重建后計算出RVD和RSSD。

從圖9可以看出,L1、L2以及SmoothL1約束后的GanLoss的表現(xiàn)性能都要優(yōu)于單獨的Gloss,同時在引入了約束函數(shù)后,網(wǎng)絡(luò)的訓(xùn)練會變得更加的穩(wěn)定,波動沒有那么大。其中加入L2約束函數(shù)后的性能是在這幾種方法中表現(xiàn)最好的。從表3可以看出,在訓(xùn)練時將Gloss通過L1、L2以及SmoothL1距離函數(shù)約束后,5個評價指標(biāo)都有一定程度的提高,說明網(wǎng)絡(luò)的分割性能有進一步的提升。其中Gloss+L2的分割效果要優(yōu)于其他3種方法,可能的原因是L2距離函數(shù)計算的是兩幅圖像距離平方的差距,對于分割網(wǎng)絡(luò)來說,標(biāo)注的圖像很大一部分區(qū)域都是為0的,只有含有肝臟區(qū)域的部分為1,用L2范數(shù)計算標(biāo)注圖像和預(yù)測圖像之間差異的方法會體現(xiàn)出更大的差異;而L1和 SmoothL1函數(shù)在這個任務(wù)中大部分計算的是標(biāo)注圖像和預(yù)測圖像之間的L1范數(shù),差異較小。在Dice系數(shù)、IoU、PA、RVD和RSSD上,Gloss+L2相較于單一的Gloss分別提高了1.7%,3.4%,0.2%,38.1%,58.7%??梢钥吹郊尤隠2約束后,一些二維評價指標(biāo)的上升幅度不是很大,但是三維的評價指標(biāo)RVD和RSSD都有明顯的提高,說明加入L2距離函數(shù)對于分割性能有一定的提升。

表3 不同方法的評價指標(biāo)定量分析Table 3 Quantitative analysis of evaluation indexes of different methods

圖9 引入距離約束函數(shù)后測試集的表現(xiàn)Figure 9 The performance of the test set after introducing the distance constraint function

4 討論與結(jié)論

肝臟CT圖像分割現(xiàn)在依然是一個值得研究的問題,一般的肝臟分割方法包括手動分割、半自動分割和自動分割。自從Unet網(wǎng)絡(luò)被提出來后,研究人員基于Unet提出了一系列的改進方法。這些改動大多都是基于網(wǎng)絡(luò)本身的改動,例如將簡單的卷積層換為深度殘差網(wǎng)絡(luò)[19]或者空洞卷積[20],融合不同的損失函數(shù)[21]。這些方法雖然對分割效果有一定的提高,但是仍不理想。也有研究人員為了取得更好的分割效果基于Unet改造出了3D的Unet,但是3D-Unet網(wǎng)絡(luò)對于計算機硬件的要求高,并且不容易訓(xùn)練。故本文從訓(xùn)練方式上改進Unet,使用基于生成對抗網(wǎng)絡(luò)的Unet。GanUnet使得肝臟邊緣的分割變得更加平滑和清晰。該網(wǎng)絡(luò)在Dice系數(shù)、IoU系數(shù)、PA、RVD和RSSD這些評價指標(biāo)上都優(yōu)于傳統(tǒng)的Unet網(wǎng)絡(luò),特別是在三維評價指標(biāo)RVD和RSSD上GanUnet都明顯優(yōu)于Unet網(wǎng)絡(luò),RVD和RSSD分別提高了48.3%和23.6%。同時,為了進一步提高GanUnet的分割效果,引入了L1、L2和SmoothL1 距離約束函數(shù)對Gloss進行改造。結(jié)果表明L2距離約束函數(shù)可以進一步提高分割網(wǎng)絡(luò)的效果,Dice、IoU和PA分別達到了94.9%、91.3%、99.4%,相比于Unet的Dice、IoU和PA為92.3%、86.7%、95.8%有一定的提升;在三維指標(biāo)中,相對體積誤差、相對表面積誤差為0.026、0.079,相比于Unet的0.042、0.191有明顯的下降。該網(wǎng)絡(luò)預(yù)測結(jié)果的三維重建效果明顯優(yōu)于傳統(tǒng)的Unet網(wǎng)絡(luò),肝臟體積這個參數(shù)對于肝臟的精準(zhǔn)外科手術(shù)是非常重要的。

本文使用的網(wǎng)絡(luò)分割結(jié)果在三維重建后更接近于標(biāo)準(zhǔn)肝臟體積,因此可以運用到肝臟的三維打印[22]和肝臟精準(zhǔn)手術(shù)的術(shù)前規(guī)劃[4]等。本文從訓(xùn)練方式改進Unet取得了一定效果,可以看到對抗訓(xùn)練方式不僅可以提高分割的精度,同時也能夠提高圖像分割的細節(jié),這個對于醫(yī)學(xué)輔助診斷治療是非常重要的。在對抗訓(xùn)練中引入L1、L2和SmoothL1約束函數(shù)對Gloss進行約束后還可以進一步提高分割精度,可以看出不同的約束函數(shù)可能會適應(yīng)于不同的任務(wù)。本文存在的不足:實驗突出了GanUnet相較于傳統(tǒng)Unet的優(yōu)越性,但沒有進一步訓(xùn)練調(diào)參找出最優(yōu)的超參數(shù)。后續(xù)研究方向:可以針對GanUnet通過數(shù)據(jù)集增強、超參數(shù)調(diào)優(yōu)以及引入其他約束函數(shù)對Gloss進行改造來進一步提高肝臟分割效果。

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