劉國乾,龍航宇,朱健潤,李 淦,黃泳欣,黃建豪,陳益填,2,劉思伽*
(1.廣東科貿(mào)職業(yè)學(xué)院,廣東廣州 510640;2.廣東家禽科學(xué)研究所,廣東廣州 510430;3.華南農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院,廣東廣州 510642)
中國養(yǎng)鴿業(yè)發(fā)展迅猛,據(jù)中國畜牧業(yè)協(xié)會統(tǒng)計(jì),2019 年存籠肉種鴿達(dá)4 500 萬對,年出籠乳鴿7.5 億只,但由于科研力量投入不足以及鴿子特有的生物學(xué)特性,肉鴿養(yǎng)殖技術(shù)落后于其他家禽,其中種鴿生產(chǎn)上的性別鑒別難題仍待解決。鴿性別難以辨別主要是由于鴿子是晚成鳥,出生雛不能像一般家禽(雞、鴨及鵝等)通過翻肛方式進(jìn)行性別鑒定,只能配對上籠時(shí)通過體型外貌及行為特征鑒別公母,但準(zhǔn)確率不高。鴿子是典型的“一夫一妻”制,出現(xiàn)非雌雄配時(shí),彼此打架,影響鴿舍安寧、產(chǎn)蛋及受精。目前,國內(nèi)外學(xué)者在幼雛鴿性別鑒定方面的應(yīng)用研究不多,主要是通過外貌行為特征、腹腔鏡檢、糞便類固醇檢測及核型等方法進(jìn)行鴿性別鑒定[2],但這些方法準(zhǔn)確率不高,鑒定過程繁瑣,難以在生產(chǎn)上大規(guī)模推廣。隨著分子生物學(xué)發(fā)展,利用分子手段對幼雛鴿進(jìn)行性別鑒定,具有準(zhǔn)確性高、操作簡便、成本低、對動物傷害較小等優(yōu)點(diǎn)[1-2]。已報(bào)道的鴿性別分子鑒定方法主要集中在性染色體特異性片段CHD1[3]與EE0.6[4],準(zhǔn)確率能達(dá)100%,但已報(bào)道方法大多需繁瑣的鴿基因組抽提步驟,還需瓊脂糖凝膠電泳膠分析結(jié)果,很難在生產(chǎn)上推廣應(yīng)用。張莉等[5]對基因組抽提進(jìn)行改進(jìn),采用羽毛和血液樣本,不提取雛鴿基因組DNA,直接利用引物擴(kuò)增CHD1基因的特異性片段,檢測成本和復(fù)雜性大幅度降低,試驗(yàn)準(zhǔn)確性也能達(dá)到100%,但仍需要核酸膠檢測結(jié)果,易產(chǎn)生樣品污染、假陽性及環(huán)境污染。
本研究在常規(guī)PCR 基礎(chǔ)上,通過探索的裂解液簡便獲取鴿羽髓基因組DNA,利用雙引物對同時(shí)擴(kuò)增鴿性染色體W 上2 個(gè)特異性序列[6],通過PCR 產(chǎn)物顏色判斷公母,符合快速、準(zhǔn)確及經(jīng)濟(jì)的檢測要求,適合在規(guī)模化鴿生產(chǎn)及繁育上推廣應(yīng)用。
1.1 材料 實(shí)驗(yàn)樣品采自于廣東科貿(mào)職業(yè)學(xué)院養(yǎng)鴿基地,其中已知性別配對成功的雌雄個(gè)體30 對,28 日齡雛鴿20 只,每羽拔取翅膀或尾部帶有毛囊的新生羽毛1~2 根,同時(shí)通過解剖觀察性腺確定性別;生產(chǎn)驗(yàn)證樣品采自于梅州市金綠鴿業(yè)有限公司,隨機(jī)選擇600 羽18~21 日齡雛鴿(性別未知的健康鴿),每羽拔取翅膀或尾部帶有毛囊的新生羽毛1~2 根,放入含有100 μL裂解液的離心管中,室溫保存,用于鑒別其性別。
1.2 幼雛鴿羽毛基因組DNA 獲取 使用I(堿裂解法)、II(蛋白酶裂解法)和III(基因組試劑盒)3 種方法裂解新生羽毛羽髓,獲得幼雛鴿基因組,I(堿裂解法)為取每羽鴿的1~2 根帶毛囊的新生羽毛,通過EP 管蓋擠出毛囊中羽髓;加入100 μL 裂解液A(組分為0.2 mol/L NaOH、0.5% Triton X-100、1% Tween-20 和0.15 mol/L NaCl),常溫隔夜放置或60℃烘箱30 min,加入400 μL 溶液B(組分為50 mmol/L Tris、0.1% Tween-20和0.05 mol/L HCl),吸取1~2 μL 加入到PCR 反應(yīng)液中,進(jìn)行后續(xù)PCR 擴(kuò)增;方法II(蛋白酶裂解法),是用蛋白酶K(RT403,天根生化科技(北京)有限公司)按說明書使用,37℃消化3 h,99℃加熱15 min 以消除蛋白酶活性,獲得鴿基因組DNA;方法III(基因組試劑盒)是用血液/ 細(xì)胞/ 組織基因組DNA 提取試劑盒(DP304,天根生化科技(北京)有限公司),按說明書步驟抽提基因組。
1.3 DNA 的濃度測定和質(zhì)量檢測 幼雛鴿基因組獲取后,使用NanoDrop One 微量核酸蛋白濃度測定儀測定其濃度,同時(shí)采用0.8%瓊脂糖凝膠電泳檢測提取的基因組DNA。
1.4 引物設(shè)計(jì)與合成 選擇鴿W 染色體上特有的EE0.6與已報(bào)道未命名片段(命名為noval)2 個(gè)序列片段雙引物進(jìn)行擴(kuò)增,引物序列見表1,引物由生工生物工程(上海)有限公司合成。
表1 引物序列
1.5 PCR 擴(kuò)增 PCR 反應(yīng)體系20 μL:2×mix 10 μL(諾唯贊),上、下游引物0.25 μL(雙引物中每條引物也是0.25 μL,引物濃度為20 μmol/L),模板1 μL,補(bǔ)水到20 μL。PCR 反應(yīng)程序:37℃,2 min;94℃ 2 min;94℃ 30 s,60℃ 30 s,72℃ 30 s,35 個(gè)循環(huán);72℃ 5 min;4℃ 保存;直接加染料顯色或者取10 μL PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物在1%瓊脂糖凝膠電泳檢測。
1.6 PCR 產(chǎn)物快速檢測方法 探索Goldview、綠如藍(lán)、EB 等核酸染料檢測DNA 的靈敏度,做法為鴿基因組DNA 2 倍的倍比稀釋3 份,稀釋到第6 管,每管10 μL,然后分別加入上述核酸染料。
驗(yàn)證獲取的基因組DNA 對顯色結(jié)果影響,做法為吸取2 μL 所制備的1 根副翼羽新生羽髓、2 根副翼羽新生羽髓、3 根副翼羽新生羽髓及1 根主翼羽新生羽髓基因組DNA,加入到18 μL 反應(yīng)液,而后加入2 μL 核酸染料EB(2000 稀釋)紫外顯色。
驗(yàn)證基因組模板對檢測結(jié)果影響,做法為分別以公母 鴿90、45、9、1.8、0.36、0.072、0.014 ng 基因組量為模板,20 μL 反應(yīng)體系進(jìn)行PCR,核酸擴(kuò)增結(jié)束后直接將2 μL 核酸染料EB(10 μg/mL)加入到PCR 產(chǎn)物中,然后在紫外下觀察結(jié)果。
1.7 解剖觀察性腺 未知性別的20 羽28 日齡幼鴿經(jīng)過上述PCR 鑒定后,安樂處死解剖,觀察其有無性腺睪丸確認(rèn)公母,然后將性腺睪丸觀察結(jié)果與PCR 性別鑒定結(jié)果作符合率比較,判定其準(zhǔn)確性。
1.8 鴿場幼雛鴿驗(yàn)證統(tǒng)計(jì) 在種鴿留種試驗(yàn)時(shí),鴿場隨機(jī)選取600 羽準(zhǔn)備留作種用幼鴿羽毛毛囊,用建立的方法進(jìn)行雛鴿性別的快速鑒定,將雄鴿戴偶數(shù)腳環(huán),雌鴿戴奇數(shù)腳環(huán),配對生產(chǎn)后統(tǒng)計(jì)準(zhǔn)確性。
2.1 鴿性別鑒定引物特異性驗(yàn)證 選擇鴿W 染色體2 條特異性片段EE0.6 與片段noval,模板量約為50 ng,進(jìn)行常規(guī)PCR,瓊脂糖核酸凝膠結(jié)果(圖1)顯示,單引物noval 母鴿(NF 樣品)擴(kuò)增片段大小為450 bp 左右,公鴿(NM)無條帶;單引物EE0.6 母鴿(EF)大小約360 bp,同樣公鴿(EM)無條帶;混合雙引物noval與EE0.6 母鴿(NEF)有2 條大小與各自單引物大小一致的條帶,公鴿(NEM)無條帶。結(jié)果表明,無論是單引物還是混合引物都能特異性擴(kuò)增出母鴿2 條特異性片段,在實(shí)踐生產(chǎn)檢測中為了避免假陰性,本研究選擇混合雙引物進(jìn)行雛鴿性別鑒定。
圖1 鴿引物特異性PCR 結(jié)果
2.2 靈敏度試驗(yàn)結(jié)果 將抽提的公母鴿基因組DNA 倍比稀釋,進(jìn)行雙引物PCR 擴(kuò)增,結(jié)果顯示(圖2),20 μL 反應(yīng)體系中能夠檢測到0.36 ng 模板量,母鴿有條帶,公鴿無條帶,特異性好。
圖2 檢測靈敏度結(jié)果
2.3 幼雛鴿羽髓基因組快速獲取 使用I、II 和III 3種方法直接裂解鴿新生羽毛羽髓,獲得幼雛鴿基因組DNA,取5 μL 上樣跑瓊脂糖核酸電泳膠(圖3-A),同時(shí)加1 μL 作為模板,20 μL 體系PCR 擴(kuò)增(圖3-B),結(jié)果顯示I、II 和III 3 種方法均能直接獲得幼雛鴿基因組,其中方法I 為堿裂解法,常溫隔夜或者60℃烘箱放置30 min,獲取的基因組DNA 在核酸膠最上方,基本沒有斷裂,基因組較完整;方法II 為蛋白酶裂解法,需加熱水浴且耗時(shí)長,后期需要高溫失活蛋白酶;方法III 為試劑盒抽提,價(jià)格較貴且耗時(shí)耗力。從簡便、價(jià)格、穩(wěn)定及生產(chǎn)實(shí)際情況等因素考慮,本研究選擇I 方法獲取幼雛鴿基因組DNA。
圖3 幼雛鴿羽髓基因組快速獲取
隨后,檢測I 方法裂解不同羽髓獲得的基因組DNA 量,結(jié)果顯示(表2),羽毛羽髓數(shù)量增加和羽髓大小決定獲得的基因組DNA 量,羽髓數(shù)量越多、羽髓越大,獲取基因組DNA 量越多,結(jié)合本研究PCR 靈敏度及后續(xù)結(jié)果染色,選擇采集1~2 根副翼羽新生羽髓獲取鴿基因組DNA。
表2 不同羽髓數(shù)裂解羽髓量(n=4) ng/μL
2.4 PCR 產(chǎn)物快速檢測 先探索Goldview、綠如藍(lán)、EB 等核酸染料檢測DNA 的靈敏度,結(jié)果顯示(圖4),3 種核酸染料檢測靈敏度Goldview 為68 ng/μL,綠如藍(lán)為68 ng/μL,EB 為34 ng/μL,核酸染料EB 靈敏度高于其他2 個(gè),從靈敏度、價(jià)格及配套儀器等綜合因素考慮,本研究選擇核酸染料EB 顯色PCR 產(chǎn)物。
圖4 不同核酸染料靈敏度檢測結(jié)果
再驗(yàn)證獲取的基因組DNA 對顯色結(jié)果影響,結(jié)果表明(圖5),1~2 根羽髓獲得的基因組不影響顯色結(jié)果,高于2 根或者使用大的主翼羽或者尾羽對顯示可能有干擾。
圖5 羽髓基因組DNA 對顯色影響
然后直接檢測PCR 產(chǎn)物,驗(yàn)證基因組模板對檢測結(jié)果影響,在紫外下觀察結(jié)果(圖6),公母鴿直接熒光顯色結(jié)果與核酸電泳結(jié)果一致,表明核酸染料EB 能夠直接用于PCR 產(chǎn)物快速檢測。
圖6 PCR 產(chǎn)物快速檢測結(jié)果
2.5 性別未知的乳鴿PCR 擴(kuò)增結(jié)果分析 使用混合雙引物,對編號為1~18 的18 只未知公母的28 日齡幼鴿進(jìn)行性別鑒定,顯示母鴿 12 只,公鴿6 只(圖7、8),然后分別進(jìn)行解剖,通過觀察性腺加以確認(rèn),以雄性個(gè)體的性腺1 對白色睪丸(圖9)為判定標(biāo)準(zhǔn),與核酸染料顯色結(jié)果一致(圖9),與核酸電泳膠鑒定結(jié)果一致(表3),顯示此PCR 方法準(zhǔn)確率100%,同時(shí)簡潔、高效。
圖7 未知公母的28 日齡乳鴿性別鑒定核酸電泳膠結(jié)果
圖8 未知公母的28 日齡乳鴿性別鑒定染色紫外照射結(jié)果
圖9 28 日齡乳鴿解剖睪丸圖示
表3 鑒定結(jié)果統(tǒng)計(jì)
2.6 早期性別鑒定方法生產(chǎn)上經(jīng)濟(jì)快速準(zhǔn)確 在金綠鴿業(yè)生產(chǎn)場,利用本試驗(yàn)建立的快速性別鑒定法鑒定了600 羽,母鴿有292 羽,公鴿有308 羽,配對生產(chǎn)后證明其準(zhǔn)確率為99.7% 。
生產(chǎn)上,將性別鑒定方法進(jìn)一步簡化,將100 μL 裂解液A 加入到1.5 mL EP 管,采集1~2 根乳鴿新生羽髓放入管中,室溫放置過夜,然后加入中和液B,吸取1~2 μL加入到PCR 反應(yīng)液,PCR 擴(kuò)增后直接加入2 μL 核酸染料EB 紫外顯色,分辨公母,步驟流程如下(圖10)。
圖10 性別檢測步驟
檢測成本約0.8 元一個(gè)樣品,其中基因組DNA 裂解液約0.02 元,PCR 反應(yīng)液及引物約0.6 元,其他試劑耗材約0.18 元,與已有檢測方法相比[8-9],成本大大降低。
3.1 幼雛鴿羽髓基因組DNA 獲取 呂夕超等[7]提取鴿基因組DNA,通過PCR 擴(kuò)增鴿CHD1基因的特異性序列,能夠100%準(zhǔn)確鑒定信鴿性別。孫嘉等[8]使用傳統(tǒng)方法提取雞血液、羽毛等基因組DNA,也可準(zhǔn)確快速鑒定雞和雞胚的性別;其他研究者[9-12]使用基因組抽提方法獲取DNA 模板,也能準(zhǔn)確鑒定鳥類性別,但這些研究采用基因組抽提獲得DNA 模板,工作繁瑣且成本高,使其很難在生產(chǎn)上推廣。本研究采用裂解液A 常溫裂解幼雛鴿毛囊,然后加入中和液B,直接吸取1 μL進(jìn)行PCR,常溫裂解保存效果好,利于鴿場采樣到實(shí)驗(yàn)室運(yùn)輸,簡潔快速經(jīng)濟(jì)。
3.2 假陽性假陰性防止 通過鳥類性染色體ZW 上特異性基因片段差異鑒定鳥類性別,準(zhǔn)確高效,已有研究常采用CHD1基因[3,13]與EE0.6 特異性片段[14]鑒定鳥類性別。Hu 等[15]證明采用CHD1基因,跨過其內(nèi)含子設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR 擴(kuò)增,雌性可以擴(kuò)增出2 條帶,雄性只能擴(kuò)增出1 條帶,可以準(zhǔn)確鑒定非平胸鳥類的性別;孫洪霞等[16]證明采用EE0.6 與CHD1 片段特異性引物能夠?qū)κ澾M(jìn)行性別鑒定;孫志明等[4]證明采用CHD1 和EE0.6 特異性引物可準(zhǔn)確對白枕鶴、丹頂鶴進(jìn)行性別鑒定。上述方法均采用常規(guī)PCR 擴(kuò)增,且為單基因單引物PCR 擴(kuò)增,理論上準(zhǔn)確率100%,但會出現(xiàn)假陰性以及氣溶膠污染[17]。本研究采用雙基因混合引物擴(kuò)增,雌鴿2 條帶,雄鴿無條帶,可以降低假陰性,且采用UDG/dUTP 防污染體系,能夠防止氣溶膠等污染,避免假陽性。
3.3 準(zhǔn)確性及結(jié)果顯色 本研究方法在實(shí)驗(yàn)室多次驗(yàn)證準(zhǔn)確性均為100%,而在生產(chǎn)群上檢測600 只乳鴿,準(zhǔn)確性為99.7%,分析原因可能是加樣錯加漏加等導(dǎo)致。常規(guī)PCR 擴(kuò)增結(jié)果,目前是通過瓊脂糖核酸電泳膠法分析,還沒有指示劑直接顯色PCR 結(jié)果的報(bào)道。本研究應(yīng)用常用的雙鏈DNA 染色劑EB 顯色常規(guī)PCR 產(chǎn)物,結(jié)果表明采用本研究探索的鴿基因組DNA 獲取方法,EB 染料能夠應(yīng)用于常規(guī)PCR 產(chǎn)物檢測,解決了常規(guī)PCR 結(jié)果快速簡便讀取難題。
本研究建立了一種快速、經(jīng)濟(jì)的鑒定幼雛鴿性別的分子方法,在幼雛鴿基因組DNA 獲取、假陽性假陰性控制及結(jié)果分析等方面具有創(chuàng)新性。所建立的鑒定雛鴿雌雄方法,快速、準(zhǔn)確、簡便,大大縮短了鑒別時(shí)間,降低了鑒定成本,不僅為養(yǎng)鴿場提供科學(xué)的性別鑒定方法,也為基因快速經(jīng)濟(jì)檢測提供一種新途徑。