陳曉慧,李 清,冶貴生*
(1.青海大學(xué) 農(nóng)牧學(xué)院,青海 西寧,810016;2.青海大學(xué) 省部共建三江源生態(tài)與高原農(nóng)牧業(yè)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,青海 西寧,810016)
歐拉型藏羊主要分布在青藏高原,由于受到地理環(huán)境等因素的影響,歐拉型藏羊擁有較高的抗寒性與抗病性[1]。為了提高藏羊?qū)膊〉牡挚沽Γl(fā)掘藏羊抗病免疫基因?qū)ζ浞N質(zhì)資源的開發(fā)具有重要意義。早在20世紀(jì)末,Parrish-Novak等[2]提出白細(xì)胞介素-21(IL21)。IL21主要是由濾泡輔助T 細(xì)胞(Tfh)、輔助性T細(xì)胞17(Th17)和自然殺傷細(xì)胞(NK)產(chǎn)生[3-4],可增強(qiáng)CD+8 T細(xì)胞的擴(kuò)增和CD+4 T細(xì)胞向效應(yīng)T細(xì)胞的分化[5-6]。IL21受體(IL21Rα)可有助于B淋巴細(xì)胞、T淋巴細(xì)胞和NK細(xì)胞等細(xì)胞的增殖與分化,IL21與其受體IL21Rα連接可促進(jìn)B細(xì)胞依賴性Ig G產(chǎn)生,從而增強(qiáng)細(xì)胞毒性和提高殺傷能力[7-8]。IL21作為一種多效性細(xì)胞因子,在先天性免疫和適應(yīng)性免疫應(yīng)答中發(fā)揮著重要作用,與多種自身免疫性疾病有關(guān)。IL21能抑制腫瘤的生長繁殖,通過促使合成IFN-γ在抗腫瘤中有著良好效果[9]。IL21最開始對Th1細(xì)胞進(jìn)行誘導(dǎo)分化,使得機(jī)體細(xì)胞對病毒有一定的免疫效果,合成大量IFN-γ,這對NK細(xì)胞的增殖和CTL效應(yīng)有著一定的推動(dòng)作用;IL21還可以通過聯(lián)合其他細(xì)胞因子活化STAT1和STAT3等信號通路[10],不但對細(xì)胞的毒活性有所提升,更是可以良好的促進(jìn)IFN-γ分泌,使得效應(yīng)T細(xì)胞和NK細(xì)胞可以更好地工作,實(shí)現(xiàn)抑制腫瘤生長的效果[11-12]。另外,在HIV感染的患者中,IL21提高了CD+8 T細(xì)胞和NK細(xì)胞分泌穿孔素以此來抑制HAVD的復(fù)制[13],控制HIV感染。由于IL21對HIV患者的T細(xì)胞、NK細(xì)胞和B細(xì)胞可以起到一個(gè)較好的改善效果,所以在對HIV患者的診斷與該病毒的研究途中,IL21可作為重要的生物標(biāo)志物[14]。劉秀煥等[8]發(fā)現(xiàn)加強(qiáng)IL21的功能有利于癌癥、HIV感染等疾病的治療,但在一些免疫系統(tǒng)疾病如SLE和RA中,降低IL21的作用可提高臨床療效。目前關(guān)于藏羊IL21的研究未見報(bào)道,本研究使用PCR方法擴(kuò)增了藏羊IL21基因,并進(jìn)行了生物信息學(xué)分析,為歐拉型藏羊IL21免疫調(diào)控機(jī)理的研究提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
根據(jù)NCBI登錄的綿羊IL21基因序列,使用oligo引物設(shè)計(jì)軟件設(shè)計(jì)歐拉型藏羊IL21基因擴(kuò)增引物,由TaKaRa公司(大連)合成。引物序列如下:IL21-F:5'-CACAAGTCAAGCTTCCAA-3',IL21-R: 5'-GGACAGATGCTGATGAATC-3',目的基因長度387 bp。
試驗(yàn)樣品歐拉型藏羊的脾臟組織采自青海省河南縣屠宰場,由青藏高原動(dòng)物疾病研究室采集、液氮速凍,-80 ℃冷凍保存。
RNA 提取試劑盒由 Aidlab Biotechnologies Co. Ltd提供;Prime Script 反轉(zhuǎn)錄試劑盒、預(yù)混液由 TaKaRa 公司(大連)提供。
取歐拉型藏羊的脾臟組織通過液氮研磨成末狀,根據(jù)試劑盒說明書提取總 RNA。
提取的歐拉型藏羊脾臟總 RNA通過反轉(zhuǎn)錄為 cDNA (操作依說明書)。
IL21基因的 PCR 合成體系:預(yù)混液 Premix Taq 25 μL、ddH2O 18 μL、模板 cDNA 5 μL、IL21 基因上、下游引物各1 μL。
反應(yīng)條件:94 ℃ 1 min、50 ℃ 50 s、72 ℃ 1 min,35個(gè)循環(huán);72 ℃ 10 min 延伸,4 ℃ 保存。
將擴(kuò)增產(chǎn)物送至測序公司進(jìn)行測序,然后進(jìn)行IL21基因核苷酸序列分析和同源性比對分析。
使用 DNAStar、PredictProtein、I-Tasser 在線服務(wù)器對 IL21 蛋白結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測分析。
經(jīng)過凝膠電泳檢測,應(yīng)用IL21基因特異引物擴(kuò)增出的產(chǎn)物大小約為 387 bp,與預(yù)期片段大小相符(如圖1),條帶特異性強(qiáng)。
圖1 IL21基因 PCR 擴(kuò)增瓊脂糖凝膠電泳M. DNA Marker;1.陰性對照;2. PCR產(chǎn)物Fig. 1 Agarose gel electrophoresis of IL21 gene PCRM. DNA Marker;1. Negative control;2. PCR product
序列分析結(jié)果表明(表1),IL21基因片段長度為 387 bp,在堿基組成中腺嘌呤含量占 35.92%,且AT含量高于GC含量。
本研究將歐拉型藏羊IL21基因與不同種類羊和不同種類牛的IL21基因核苷酸序列、氨基酸序列同源比對。用來做對比分析羊的種類包括山羊、綿羊和藏羚羊等;用來作對比分析牛的種類包括水牛、牦牛、瘤牛和美洲草原野牛等。結(jié)果表明歐拉型藏羊IL21基因與參考綿羊(登錄號:NM_001256817.1)核苷酸序列同源性最高,為100%;與參考藏羚羊(登錄號: XM_005971185.1)核苷酸序列同源性為99.5%;與參考山羊(登錄號: XM_005691285.2)核苷酸序列同源性為99.0%,僅次于藏羚羊;與參考美洲草原野牛(登錄號:XM_010860276.1)核苷酸序列同源性為98.4%;與參考牦牛(登錄號: XM_005899735.1)核苷酸序列同源性為98.4%;與參考水牛(登錄: XM_006078950.2)核苷酸序列同源性為98.2%;與參考瘤牛(登錄號: XM_019977155.1)核苷酸序列同源性為98.2%。另外,氨基酸序列同源性依次為100%、100%、100%、98.4%、98.4%、98.4% 和97.7%,如圖 2 和圖 3 所示。
表1 IL21基因核苷酸序列分析Table 1 Nucleotide sequence analysis of IL21 gene
經(jīng)分析發(fā)現(xiàn),IL21 蛋白中 α 螺旋占 53.5%,其次是 β 轉(zhuǎn)角占 27.1%,β 折疊最少,為 2.33%(圖4);親水性分析結(jié)果顯示,IL21 蛋白質(zhì)的主要親水區(qū)是1~13、26~35、37~50、57~71、77~99、101~115、121~129(如圖5);表面可及性分析表明,該蛋白在 1~8、24~28、39~43、61~70、77~94、102~116 位氨基酸呈現(xiàn)表面可及性較大(圖6);IL21 蛋白三級結(jié)構(gòu)模型見圖7。
圖2 IL21基因核苷酸序列同源比對Fig. 2 The nucleotide sequence homology of IL21 gene
圖3 IL21蛋白氨基酸序列同源比對Fig.3 The amino acid homology of IL21 protein
圖4 IL21 蛋白二級結(jié)構(gòu)Fig. 4 Secondary structure of IL21 protein
圖5 IL21 蛋白親水性Fig. 5 Hydrophilicty of IL21 protein
圖6 IL21 蛋白表面可及性Fig. 6 Surface accessibility of IL21 protein
圖7 IL21 蛋白三級結(jié)構(gòu)模型Fig. 7 Tertiary structure model of IL21 protein
通過對歐拉型藏羊IL21蛋白功能位點(diǎn)分析發(fā)現(xiàn),該蛋白含有 1 個(gè)酰胺化位點(diǎn),為88~91 位的AGRR;1個(gè)亮氨酸拉鏈模式,為11~33位LFIRLRQLIDIVDQLKNYVNDL。
藏羊作為青藏高原的優(yōu)良品種,具有抗病性強(qiáng)的種質(zhì)特征,因此發(fā)掘歐拉型藏羊抗病免疫基因,對其種質(zhì)資源的開發(fā)具有重要研究意義。IL21作為免疫機(jī)制輔助因子,在調(diào)控機(jī)體免疫應(yīng)答機(jī)制中發(fā)揮重要作用,研究發(fā)現(xiàn)IL21可視為B細(xì)胞的免疫抑制因子,用于阻止免疫球蛋白合成[15]。IL21R是由人類幼稚B細(xì)胞、記憶B細(xì)胞和生發(fā)中心B(GCB)細(xì)胞以及漿細(xì)胞分泌[16-17],分泌的IL21R又能反向調(diào)節(jié)B細(xì)胞的增殖分化及其功能,可提高B細(xì)胞等免疫細(xì)胞的免疫功能和活性[18]。IL21與IL21R的結(jié)合通過酪氨酸激酶-信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄激活因子(JAK-STAT)信號通路進(jìn)行信號傳導(dǎo)[19]。此通路經(jīng)過激活JAK1與JAK3激酶的催化活化導(dǎo)致IL21R上的酪氨酸殘基被磷酸化,從而為STAT蛋白和其他信號分子提供結(jié)合位點(diǎn)[20]。被磷酸化的STAT與同源二聚體或異二聚體發(fā)生二聚化后,轉(zhuǎn)移到細(xì)胞核中并通過參與調(diào)節(jié)靶基因來調(diào)控B細(xì)胞[21-22]。目前,關(guān)于藏羊IL21基因方面研究報(bào)道很少,本研究使用PCR方法成功擴(kuò)增出歐拉型藏羊IL21基因,對其進(jìn)行了生物信息學(xué)分析,此研究結(jié)果可為藏羊IL21基因抗病功能研究提供參考依據(jù)。
本研究通過分析歐拉型藏羊IL21基因序列和同源性比對結(jié)果,發(fā)現(xiàn)歐拉型藏羊IL21基因與羊亞科類動(dòng)物如綿羊、藏羚羊和山羊IL21基因的核苷酸序列同源性較高,均達(dá)到99.0% 以上,而與牛亞科動(dòng)物如美洲草原野牛、牦牛、水牛和瘤牛IL21基因的核苷酸序列同源性低于羊亞科類動(dòng)物,結(jié)果均在98.2%~98.4%之間,說明IL21基因具有一定的種屬特異性,種族越相近,其同源性越高,并且兩者相差僅有1%左右,說明IL21基因具有一定的保守性。胡春榮等[23]發(fā)現(xiàn)在小鼠和人類中表達(dá)螺旋A和D區(qū)時(shí),IL21保守性很高。
蛋白質(zhì)的卷曲螺旋具有多元化的作用,包括細(xì)胞骨架、寡聚化結(jié)構(gòu)域及跨膜信號的調(diào)節(jié)等。由于肽鏈中的全部肽鍵都可形成氫鍵,因此蛋白質(zhì)的α螺旋十分穩(wěn)定,可牢固的維持蛋白的高級結(jié)構(gòu)。β轉(zhuǎn)角是較為松散的結(jié)構(gòu),穩(wěn)定性低。本研究結(jié)果表明,在歐拉型藏羊IL21蛋白主要由α螺旋組成,占53.5%,表明 IL21蛋白穩(wěn)定很好;且歐拉型藏羊IL21蛋白的77~115 區(qū)域親水性指數(shù)高和蛋白表面可及性較大,這為研究藏羊IL21蛋白的免疫功能提供了理論依據(jù)。
蛋白質(zhì)的翻譯后修飾在生命活動(dòng)中起著重要作用,可以讓蛋白質(zhì)的構(gòu)成更豐富,使其功能具有多樣性和完整性。經(jīng)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測顯示IL21蛋白含有酰胺化修飾位點(diǎn)和亮氨酸拉鏈區(qū)域。其中酰胺化修飾在蛋白質(zhì)翻譯中比較常見,是蛋白質(zhì)翻譯后修飾種類中的第4大類型,由于其發(fā)生于肽的C末端,所以也被叫做C-末端酰胺化。酰胺化修飾在動(dòng)物神經(jīng)系統(tǒng)和內(nèi)分泌系統(tǒng)中普遍存在,超過一半的活性肽都存在此過程,在很多神經(jīng)肽的生物活性中起著重要作用[24]。酰胺化不但可以作為生物活性肽與受體識別和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程中的重要因子,可能在提高多肽與受體親和力方面具有顯著作用,而且還與多種疾病如癌癥和高血壓等有關(guān)[25-26]。亮氨酸拉鏈 (BZIP) 蛋白是真核生物的轉(zhuǎn)錄因子和阻遏蛋白中最大且最保守的家族之一,在哺乳動(dòng)物等真核生物中都發(fā)揮重要作用[27-28],如在哺乳動(dòng)物中具有抑制或者促進(jìn)基因的翻譯的作用。亮氨酸拉鏈越短其靈活可變性就越小,穩(wěn)定性越高[29];然而較長的拉鏈?zhǔn)菫榱四芘c特定配體結(jié)合,有著更好的二聚體特異性,但是穩(wěn)定性較差。有些亮氨酸拉鏈的N端包含一些額外的DNA結(jié)合分子,這樣可以增加DNA的穩(wěn)定性[30]。蛋白質(zhì)翻譯后修飾對其蛋白的結(jié)構(gòu)與功能具有重要意義,所有蛋白質(zhì)都需要經(jīng)過翻譯后修飾,其結(jié)構(gòu)更加復(fù)雜功能更加完整,才可表現(xiàn)出正常的生物學(xué)活性。
歐拉型藏羊IL21基因長度為387 bp(無終止密碼子),與參考綿羊、藏羚羊、山羊、美洲草原野牛、牦牛、水牛和瘤牛的IL21基因核苷酸序列同源性依次為100%、99.5%、99.0%、98.4%、98.4%、98.2%和98.2%;氨基酸序列同源性依次為100%、100%、100%、98.4%、98.4%、98.4% 和97.7%,藏羊與綿羊的親緣性最高。IL21蛋白主要由α螺旋組成,是一種親水性蛋白,含有酰胺化位點(diǎn)和亮氨酸拉鏈模式兩種蛋白功能修飾位點(diǎn)。