江蘇衛(wèi)生健康職業(yè)學(xué)院 江蘇 南京 211800
酞菁鋅衍生物(Znic phthalocyanine derivatives,ZnPc)具有高熒光量子產(chǎn)率、高單線態(tài)氧生成率、高效細胞吞噬以及體外高效抗癌活性[1-3]。因此,ZnPc被作為光敏劑廣泛應(yīng)用于光動力學(xué)治療(光療,PDT),并在光療方面具有很大潛力。光療時,ZnPc通過靜脈注射進入體內(nèi),通過血漿蛋白運輸后被體內(nèi)的正常細胞和腫瘤細胞吸收。因此,ZnPc進入體內(nèi)后與血漿中生物大分子的相互作用對其在體內(nèi)的吸收、分布和代謝有著極其重要的影響。人血漿中約有100種不同的蛋白質(zhì),但與其他蛋白質(zhì)組分相比,僅13種蛋白質(zhì)含量>1g/L,其中,僅人血白蛋白(HSA,35-40 mg/mL),α-1酸性糖蛋白(α-1 acid glycoprotein),低密度脂蛋白(VLDL,0.2-0.4 mg/mL),和高密度脂蛋白(HDL,0.35-0.85 mg/mL)五種蛋白質(zhì)具有藥物結(jié)合能力[4],藥物在體內(nèi)能夠與其中一種多種蛋白質(zhì)結(jié)合而被運輸?shù)缴眢w各部位,但是ZnPc與血漿蛋白質(zhì)的相互作用研究甚少。因此,ZnPc與血漿蛋白質(zhì)的相互作用研究對藥物在體內(nèi)的結(jié)合、運輸、分布、藥物穩(wěn)定性及藥物安全劑量等方面具有重要的指導(dǎo)意義。
本章以血漿中含量最豐富的人血白蛋白(HSA)為模型,研究酞菁鋅衍生物(ZnPc)與HSA的相互作用。HSA是人體循環(huán)系統(tǒng)中含量最為豐富的一種蛋白質(zhì)(約占血漿濃度的52~60%),主要承擔(dān)許多氨基酸分子、藥物分子、脂肪酸和代謝物等的結(jié)合運輸。從結(jié)構(gòu)上看,HSA是由585個氨基酸殘基組成的單多肽鏈,且僅在其IIA結(jié)構(gòu)域中存在一個特征色氨酸殘基(Trp214)。HSA分子中包含了3個結(jié)構(gòu)相似的結(jié)構(gòu)域:α-螺旋結(jié)構(gòu)域I,II和III(I:1~195;II:196~383;III:384~585)α-螺旋,每個結(jié)構(gòu)域又分別包含了2個由4~6個螺旋結(jié)構(gòu)組成的亞結(jié)構(gòu)域(IA,IB;IIA,IIB;IIIA,IIIB)[4-6]。HSA能夠結(jié)合多種光敏劑(PS),如華法令、地高辛、布洛芬、紫紅素18、吩噻嗪和二氫卟吩 p6等,并且PS在HSA分子中的兩個高效結(jié)合位點分別是I和II結(jié)構(gòu)域[7-8],但是大多數(shù)研究僅側(cè)重于PS與HSA的結(jié)合位置,沒有深入研究其相互作用機理。
人血白蛋白(HSA)晶體結(jié)構(gòu)從PDB蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫獲得(PDB ID:1N5U)。HSA晶體結(jié)構(gòu)(圖1)由一條具有585個氨基酸殘基的肽鏈組成,主要為α螺旋結(jié)構(gòu),其空間結(jié)構(gòu)由三個結(jié)構(gòu)域組成:domain I、domain II、domain III,每個結(jié)構(gòu)域又含有A、B兩個亞結(jié)構(gòu)域,以槽口相對的方式形成圓筒狀結(jié)構(gòu),幾乎所有疏水性氨酸殘基都包埋在圓筒內(nèi)部,構(gòu)成疏水腔。大多數(shù)藥物在HSA上的結(jié)合部位為亞結(jié)構(gòu)域IIA 和 IIIA,即site I和 site II。使用Discovery Studio 2.5軟件除去晶體結(jié)構(gòu)中的配體分子、結(jié)晶水分子和其他無關(guān)的共因子(cofactor),并對受體蛋白進行加氫、加GASTEIGER電荷處理。
圖1 人血白蛋白(HSA)晶體結(jié)構(gòu)和酞菁鋅衍生物(ZnPC)結(jié)構(gòu)
酞菁鋅分子的結(jié)構(gòu)模型采用量子化學(xué)半經(jīng)驗方法PM6優(yōu)化酞菁鋅分子ZnPc的結(jié)構(gòu)(圖1)。然后基于優(yōu)化結(jié)構(gòu),在m062x/6-31g*水平下計算這些酞菁鋅分子的ESP電荷,用于分子對接和靜電勢分析。所有計算使用Gaussian 09軟件完成。
本章使用Autodock Vina軟件對酞菁鋅小分子和受體HSA作用過程進行研究。由于酞菁鋅分子與HSA的結(jié)合位點可能位于HSA的IIA 和 IIIA區(qū)域,即site I 和 site II,故本文將酞菁鋅分子與HSA的IIA 和 IIIA區(qū)域進行對接。受體對接區(qū)域分別包含IIA和IIIA兩個空腔,中心坐標分別為23.589,5.710,7.870和3.419,5.808,17.517,大小均為40×40×40,保留對接的優(yōu)勢構(gòu)像10個,其他參數(shù)采用默認值。對接得到的酞菁鋅小分子和受體HSA所形成的復(fù)合物體系,采用雜化的量子力學(xué)/分子力學(xué)(QM/MM)方法進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化(Gaussian 09計算關(guān)鍵字為ONIOM)。復(fù)合物體系中,酞菁鋅小分子被設(shè)置為高層并以半經(jīng)驗的PM6方法進行處理,剩余部分則分別由低水平AMBER力場處理。此外,在優(yōu)化含HSA蛋白體系前,均加入適當(dāng)數(shù)量的Na+離子,使HSA蛋白維持電中性。酞菁鋅分子與HSA的結(jié)合能ΔE 的計算如式(4.3)所示:
式中,EHSA 為HSA能量,EZnPc為酞菁鋅分子能量,Ecomplex 為復(fù)合物能量。
圖2是ZnPc與HSA的IIA域?qū)咏Y(jié)果。由圖可看出ZnPc衍生物進入了HSA的IIA域疏水口袋,并形成了穩(wěn)定的復(fù)合物。酞菁分子都呈風(fēng)車型,有一個中心平面酞菁環(huán)和四條柔性側(cè)鏈,其中三個分子的中心酞菁環(huán)部分相同,而側(cè)鏈基團不同。分析三個酞菁鋅分子與HSA的結(jié)合模型,三個小分子的中心平面酞菁環(huán)均插入HSA的同一位置,而四條柔性的側(cè)鏈則在相應(yīng)結(jié)合區(qū)域與氨基酸殘基產(chǎn)生相互作用而發(fā)生一定的彎曲扭轉(zhuǎn)。三個酞菁鋅分子結(jié)合到HSA的IIA位點后:小分子的酞菁環(huán)結(jié)合到HSA的IIA與IIIA兩個區(qū)域之間;小分子上的四條側(cè)鏈中的兩個側(cè)鏈插入HSA的空腔,其中一個側(cè)鏈插入site I位點,另一個結(jié)合插入到HSA的IIA與IIIA兩個區(qū)域之間;小分子的另外兩個側(cè)鏈則向HSA外伸展并結(jié)合在HSA的其他疏水表面。三個酞菁鋅分子插入HSA內(nèi)部的兩個側(cè)鏈基團所處的位置一致,由于插入空腔較小,而側(cè)鏈基團較大,兩者的空間位阻作用使柔性的側(cè)鏈無法向其他位置伸展,發(fā)生一定彎曲扭轉(zhuǎn)結(jié)合在HSA內(nèi)部。
圖2(A)ZnPc與HSA分子對接結(jié)果示意圖,(A’) ZnPc在HSA活性口袋的界面圖(HSA用界面圖表示,紅色表示負電荷,藍色表示正電荷),表面電荷范圍為–0.1~ 0.1 e.
為進一步研究酞菁鋅分子與HSA的結(jié)合機制,我們對酞菁鋅分子與HSA結(jié)合后與其周圍氨基酸殘基的相互作用進行分析(圖3):酞菁鋅分子結(jié)合到HSA的site I位點后,酞菁環(huán)的中心位于氨基酸殘基GLU292,VAL293,GLU294前方;插入site I位點的側(cè)鏈,結(jié)合到含Trp 214的螺旋附近,插入到IIA與IIIA之間的側(cè)鏈結(jié)合到Tyr 150所在的螺旋附近。表1列出了與酞菁鋅分子作用距離為3 ?的內(nèi)部氨基酸殘基和空腔外部氨基酸殘基,可以看出隨著側(cè)鏈基團體積的增加,與酞菁鋅分子作用的氨基酸殘基數(shù)目也增加。此外,隨著酞菁分子與HSA的相互作用的基團增多,兩者間的空間位阻也會不斷增大,反而可能會削弱了酞菁鋅分子與HSA的結(jié)合,導(dǎo)致結(jié)合能降低。而向外伸展的兩個側(cè)鏈基團則空間位阻相對較小,側(cè)鏈基團可以柔性伸展,結(jié)合位置有所不同。
圖3(A)HSA分子IIA域內(nèi)Trp214殘基周圍氫鍵;(B)ZnPc摻雜后HSA分子IIA域內(nèi)Trp214殘基周圍氫鍵變化情況
表1 ZnPc3?范圍內(nèi)的氨基酸殘基
Trp 214位于HSA中IIA空腔中的一個α螺旋中部,是HSA中唯一的色氨酸殘基,實驗中可通過測定Trp 214光譜變化來測定小分子與HSA的site I位點的相互作用。因此通過分子模擬研究ZnPc衍生物與Trp 214的相互作用可以很好地解釋光譜實驗結(jié)果。
從圖3上可以看出,在ZnPc-HSA復(fù)合物中,酞菁鋅中插入site I的側(cè)鏈與HSA上的疏水氨基酸Trp 214相鄰,表明酞菁鋅小分子的疏水側(cè)鏈與HSA的Trp 214殘基之間可能存在疏水作用。另外,由于Trp 214殘基側(cè)鏈N原子帶負電荷,而與之相鄰的酞菁鋅側(cè)鏈上的季銨陽離子帶正電荷,表明酞菁鋅小分子與HSA的Trp 214殘基之間可能存在靜電作用。此外,在ZnPc-HSA復(fù)合物體系結(jié)構(gòu)中,小分子和HSA之間沒有形成氫鍵。綜上所述,根據(jù)ZnPc-HSA復(fù)合物結(jié)構(gòu)可知,小分子與HSA的Trp 214之間可能主要存在疏水作用和靜電作用。
酞菁鋅的四條側(cè)鏈均帶有正電荷的季銨陽離子(圖4)。故ZnPc與Trp 214殘基之間的產(chǎn)生了靜電作用,可能對Trp 214殘基的熒光光譜產(chǎn)生影響。Trp 214殘基與酞菁鋅分子相鄰部分的分子表面帶較大負電荷。與HSA結(jié)合后,Trp 214靜電勢的分布并沒有明顯變化,但其最小負電勢在不斷增加,HSA、HSA-體系中Trp 214殘基的最小負電勢分別為-47.104和-46.587。表明HSA與酞菁鋅分子結(jié)合后,酞菁鋅與Trp 214殘基相互之間存在靜電作用。
圖4 ZnPc分子的靜電勢圖
綜上所述,酞菁鋅衍生物分子摻雜人血白蛋白時主要通過一條側(cè)鏈插入人血白蛋白HSA的IIA位點,使得Trp 214殘基附近的結(jié)構(gòu)和環(huán)境發(fā)生改變。兩者間有較強的相互作用,主要包括疏水作用和靜電作用。此外,結(jié)合能計算結(jié)果表明酞菁鋅分子可結(jié)在HAS的IIA和IIIA區(qū)域,且摻雜后形成了穩(wěn)定的復(fù)合物。