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亞麻木酚素含量的SSR關(guān)聯(lián)分析

2021-03-26 08:08伊六喜薩如拉王樹彥李志偉斯欽巴特爾
華北農(nóng)學(xué)報 2021年1期
關(guān)鍵詞:亞麻表型麻木

伊六喜,薩如拉,王樹彥,李志偉,斯欽巴特爾,李 強

(1.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 農(nóng)學(xué)院,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010019;2.內(nèi)蒙古科技大學(xué) 包頭醫(yī)學(xué)院 藥學(xué)院,內(nèi)蒙古 包頭 014060;3.內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學(xué)院,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010031)

亞麻(LinumusitatissimumL.)屬于亞麻科亞麻屬,一年生或多年生草本植物,一般分為油用亞麻和纖維亞麻2種。亞麻籽中含有35%~45%的油脂,主要含油酸、亞油酸、亞麻酸的不飽和脂肪酸和硬脂酸、棕櫚酸的飽和脂肪酸,其中不飽和脂肪酸含量占85%以上[1]。亞麻除了較高的不飽和脂肪酸以外含有木酚素、亞麻膠、膳食纖維等多種有效營養(yǎng)成分,具有止痛、消腫、抗癌癥、解熱毒等藥用價值[2]。木酚素(Lignan)是植物代謝合成的一種雌激素,具有抗腫瘤、預(yù)防心血管疾病、糖尿病等功效,王榮等[3]研究表明,亞麻籽木酚素抑制大鼠高血脂癥狀。黨學(xué)良等[4]用亞麻籽木酚素喂糖尿病小鼠,結(jié)果表明能提高小鼠的學(xué)習(xí)記憶。Pan等[5]發(fā)現(xiàn)亞麻木酚素對前列腺患者康復(fù)有作用。目前,亞麻、谷類、水果、蔬菜中均發(fā)現(xiàn)了木酚素,其中亞麻籽木酚素含量最高,約為其他植物含量的75~800倍[6]。因此,亞麻木酚素含量的遺傳改良研究對亞麻籽功能性食品開發(fā)和藥用研究具有重要意義。

亞麻木酚素含量與亞麻品種、種植方式、氣候等因素有關(guān),同類型亞麻不同環(huán)境下木酚素含量有顯著差異。因此,亞麻木酚素含量與許多重要農(nóng)藝性狀一樣屬于多基因控制的數(shù)量性狀,傳統(tǒng)育種很難短期選育出高木酚素含量的亞麻新品種。基于分子標(biāo)記的基因QTL(Quantitative trait loci)定位的標(biāo)記輔助選擇(MAS),實現(xiàn)了直接對目標(biāo)性狀基因型的選擇,大幅度提高了育種的選擇效率,縮短了育種年限[7]。因此,表型和分子標(biāo)記關(guān)聯(lián)分析研究對亞麻木酚素含量的遺傳改良具有重要意義。本研究以220份亞麻種質(zhì)材料為研究對象,采用高效液相色譜法檢測亞麻籽木酚素含量,與SSR標(biāo)記基因型數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析,獲得亞麻木酚素含量顯著關(guān)聯(lián)位點,為亞麻木酚素含量遺傳改良和開發(fā)利用提供科學(xué)依據(jù)。

1 材料和方法

1.1 供試材料

來自11個國家的220份亞麻核心資源材料,包括國外資源材料105份(加拿大13份、美國17份、法國9份、阿根廷8份、荷蘭15份、俄羅斯5份、匈牙利17份、伊朗6份、巴基斯坦10份、波蘭5份),國內(nèi)資源材料116份(寧夏12個、新疆8個、內(nèi)蒙古33個、河北15個、甘肅34個、山西14個)。

1.2 田間試驗及采樣

2018年種植于呼和浩特市和烏蘭察布市集寧區(qū)。物候條件、播種和收獲時間見表1。田間播種采用隨機區(qū)組設(shè)計,重復(fù)3次,3行種植,每行種400粒種子,行長2.0 m,行距20.0 cm。常規(guī)的田間管理方法進行管理。同時,在生育期內(nèi)對2個地區(qū)的氣溫、降水量和日照時數(shù)等氣象因子做記錄。出苗后,取0.10 g新鮮嫩葉子-80 ℃冰箱保存?zhèn)溆?。種子成熟后用樣品研磨機磨碎,稱取1.00 g,密封備用。

表1 2個種植區(qū)的地理位置、氣候條件Tab.1 Geographical location and climatic conditions of the two growing areas

1.3 亞麻木酚素含量測定

取出1.00 g的亞麻粉,用無水乙醚浸泡16 h,室溫放置6 h,烘干1 h,冷卻至室溫,倒入50 mL的離心管,加入30 mL的60%的乙醇,在50 ℃條件振蕩裂解40 min,以8 000 r/min離心5 min,取上清液加入5 mL 3.6 mol/L氫氧化鈉溶液,在40 ℃條件振蕩裂解20 min,用6 mol/L鹽酸溶液調(diào)pH值為5,移入茄形瓶中,49 ℃真空濃縮至干,用40%的甲醇溶液溶解定容至100 mL,取出20 mL,過濾上機分析。色譜柱:C18柱,250.0 mm×4.6 mm,柱填料粒徑5 μm。檢測波長為290 nm,柱箱溫度為35 ℃,進樣量為20 μL。亞麻木酚素標(biāo)準(zhǔn)品購自上海源葉生物科技有限公司。用SPSS 19.0軟件統(tǒng)計分析木酚素含量表型數(shù)據(jù)[8]。

1.4 亞麻基因組DNA提取及SSR基因型檢測

取出-80 ℃保存的樣品,用已備冷凍玻璃棒破碎,參照Stewart等[9]提出的CTAB法提取基因組DNA,用瓊脂糖凝膠和核酸測定儀檢測DNA的純度和濃度。NCBI下載亞麻全基因組序列信息(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_000224295.2)和亞麻EST-SSR信息,利用MISA軟件和SSR IT軟件[10]檢測亞麻SSR引物信息。共得到81 369對SSR引物,利用Primer Primier 5.0軟件默認(rèn)參數(shù)(長度120~300 bp,Tm值57~65 ℃,引物長度20~25 bp)進行引物設(shè)計,在設(shè)計結(jié)果中選擇150對SSR引物(金斯瑞生物科技有限公司合成),其中篩選出30對條帶清晰,重復(fù)性好的引物(表2),對供試材料進行基因型檢測。PCR反應(yīng)體系為25.0 μL(TaqMaster Mix:12.5 μL、10 μmol/L引物共1.0 μL、40 ng DNA模板3.0 μL、超純水8.5 μL),擴增程序為:94 ℃ 5 min;94 ℃ 1 min,56 ℃ 1 min,72 ℃ 1 min,35個循環(huán);72 ℃ 10 min,4 ℃保存[11]。產(chǎn)物用6%非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分離,恒功率70 W電泳1.5 h,采用銀染法顯色[12]。通過DNA Marker1500,統(tǒng)計DNA差異條帶,標(biāo)記為“0”或“1”。

1.5 關(guān)聯(lián)分析

用TASSEL軟件[13]的廣義線性模型(GLM)混合線性模型(MLM)對表型數(shù)據(jù)和基因型數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析。將30對引物所獲得的203個多態(tài)性位點與220份亞麻種質(zhì)的木酚素含量數(shù)據(jù)合并,得到各位點的顯著性水平及其對表型變異的解釋率。本研究選擇顯著性水平為P<0.01。

表2 SSR引物名稱與序列信息Tab.2 SSR primer name and sequence information

2 結(jié)果與分析

2.1 亞麻木酚素含量的統(tǒng)計分析

用高效液相色譜法對亞麻種質(zhì)木酚素含量進行2 a 2點的重復(fù)檢測,獲得了精準(zhǔn)亞麻木酚素含量的表型數(shù)據(jù)(表3)。統(tǒng)計結(jié)果表明,220份亞麻種質(zhì)木酚素含量均值7.37 mg/g,變幅為3.24~11.76 mg/g,變異系數(shù)為20.34%,廣義遺傳率61.03%。2017年,呼和浩特地區(qū)木酚素含量較高的品種分別為PAKISTAN161(12.15 mg/g)和RuSSIA5(13.25 mg/g),2018年,集寧地區(qū)木酚素含量較高的品種分別為CFRESBR94(11.81 mg/g)和RuSSIA5(13.33 mg/g),其中RuSSIA5品種在集寧地區(qū)2 a的木酚素含量均最高,表明此品種木酚素含量較高且穩(wěn)定。以上3個品種均是國外引進品種。國內(nèi)品種(系)中木酚素含量較高的品種是壩亞11號(11.79 mg/g)、壩亞6號(11.11 mg/g)、同亞9號(11.41 mg/g)、烏41號(9.63 mg/g)等4個品種。對2 a 2個環(huán)境條件下檢測的亞麻籽木酚素含量進行正態(tài)分布檢驗,結(jié)果表明,均有正態(tài)分布趨勢(圖1),表明亞麻木酚素含量是受環(huán)境影響的數(shù)量性狀。

表3 亞麻木酚素含量的統(tǒng)計分析Tab.3 Statistical analysis of linseed lignans content

2.2 SSR引物多態(tài)性分析

由表4可知,對150對SSR引物進行PCR擴增,篩選出了30對多態(tài)性好、穩(wěn)定的引物,共擴增出371個位點,其中203個多態(tài)性位點,平均擴增率為56.28%,Lu_291和Lu_83b引物擴增的多態(tài)性位點最多(10個),Lu_511引物的多態(tài)性位點百分率最高(80.00%)。有效等位基因數(shù)1.19~1.82,平均為1.41。引物多態(tài)性含量為0.27~0.63,平均值0.43,Lu_a37引物PIC值最大(0.63)。Lu_661引物的29份亞麻種質(zhì)上擴增結(jié)果見圖2。

表4 30對SSR引物組合對220份亞麻品種的擴增結(jié)果Tab.4 Amplification of 220 flax cultivars using 30 pairs of SSR primer

2.3 群體結(jié)構(gòu)分析

采用Admixture軟件[14]構(gòu)建群體遺傳結(jié)構(gòu)和群體世系信息。將220份品種的群體結(jié)構(gòu)的分群數(shù)K值設(shè)置為2~10,進行Structure分析。根據(jù)種質(zhì)之間的交叉驗證錯誤率CV最小時K=4,表明最佳分群K值為4,即220份品種(系)分為4個群(圖3)。第1個群共有49個種質(zhì),其中32個種質(zhì)材料的遺傳背景較純,其他17份材料含有多種遺傳成分,屬于混合型;第2個群共有61個品種(系),其中28份材料遺傳背景較純,其他33份品種均為混合型。第4個群體有53個品種,其中遺傳背景較純的品種40份,其余的均為混合型;第4個群共57個品種(系),其中34個種質(zhì)材料的遺傳背景較純,其他23份材料含有多種遺傳成分。220份亞麻資源材料中134份種質(zhì)的遺傳背景比較純,占關(guān)聯(lián)群體材料的60.90%,86份種質(zhì)材料含有不同程度的其他遺傳成分,占關(guān)聯(lián)群體材料的39.10%。按地理來源看,第1個和第2個群中主要分布國外種質(zhì)(共64份),占第1和第2群種質(zhì)的58.18%;第3個和第4個群中主要分布國內(nèi)品種(82份),占第3和第4群種質(zhì)的74.54%(圖4)。表明國內(nèi)外品種基本能分開,遺傳差異較大。

2.4 基于SSR標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析

30對SSR引物對220份亞麻材料擴增出343個多態(tài)性位點,與2 a 2個環(huán)境條件下檢測的亞麻木酚素含量進行廣義線性模型(GLM)和混合線性模型(MLM)的關(guān)聯(lián)分析,GLM模型分析共檢測到18個SSR位點,其中2017年檢測到9個位點(呼和浩特4個位點、集寧5個位點),2018年檢測到9個位點(呼和浩特6個位點、集寧3個位點),表型解釋率為2.07%~13.18%。MLM模型分析共檢測到16個位點,表型解釋率為3.06%~15.03%,LU_83b位點在GLM(13.18%)和MLM(15.03%)下表型解釋率均較高。LU_203標(biāo)記在2017年2個環(huán)境下共同檢測到,表型解釋率呼和浩特地區(qū)3.61%(GLM)和3.06(MLM),集寧地區(qū)12.51%(GLM)和11.29%(MLM)。LU_661標(biāo)記在呼和浩特(2017年)和集寧(2018年)地區(qū)共同檢測到,表型解釋率呼和浩特地區(qū)4.84%(GLM)和4.58%(MLM),集寧地區(qū)6.95%(GLM)和5.11%(MLM)。LU_330標(biāo)記在集寧地區(qū)2 a均檢測到,2017,2018年表型解釋率分別為4.92%(GLM),3.18%(MLM)和10.84%(GLM),11.87%(MLM)。表明LU_203、LU_661和LU_330標(biāo)記在不同的環(huán)境條件下均檢測到,穩(wěn)定性好(表5),進一步驗證可以開發(fā)實用性分子標(biāo)記。

表5 亞麻木酚素含量與SSR標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析Tab.5 Correlation analysis between linseed lignans content and SSR Markers

表5(續(xù))

3 討論

亞麻木酚素是對人類健康效益諸多的有效成分,具有較高的保健功能。近幾年隨著色譜檢測技術(shù)的發(fā)展,植物有效成分含量的鑒定評價研究越來越多。國內(nèi)外學(xué)者對亞麻木酚素的理化性質(zhì)進行了大量研究,建立了提取方法和檢測體系。前人采用高效液相色譜法檢測亞麻籽木酚素含量,優(yōu)化構(gòu)建了亞麻木酚素檢測體系[15]。本研究在前人構(gòu)建的檢測體系的基礎(chǔ)上,對提取步驟略有改變。220份亞麻種質(zhì)木酚素含量變幅為3.24~11.76 mg/g,與馮小慧等[8]對7份亞麻品種的檢測數(shù)據(jù)(木酚素含量變幅為4.80~8.50 mg/g)基本吻合。因此,使用高效液相色譜法檢測亞麻木酚素含量可以獲得精準(zhǔn)的表型數(shù)據(jù),能滿足分子標(biāo)記與表型性狀的關(guān)聯(lián)分析。

植物種質(zhì)資源表型分析對于提供多樣化育種親本、擴大品種遺傳基礎(chǔ)、挖掘有效等位基因等方面都是非常重要的。表型性狀能直接反映作物的生長發(fā)育情況,它是基因和環(huán)境的互作的表現(xiàn)形式。植物基因比較穩(wěn)定,因此,作物在不同自然環(huán)境中產(chǎn)生表型差異是主要環(huán)境差異導(dǎo)致的[16]。本研究中篩選出了7個高木酚素含量的亞麻品種,其中PAKISTAN161(12.15 mg/g)、CFRESBR94(11.81 mg/g)和RuSSIA5(13.25 mg/g)是國外引進品種,壩亞11號(11.79 mg/g)、壩亞6號(11.11 mg/g)、同亞9號(11.41 mg/g)和烏41號(9.63 mg/g)等4個品種是國內(nèi)品種。以上品種對高木酚素含量亞麻新品種選育提供遺傳資源。

亞麻籽是植物木酚素的主要來源,在人體內(nèi)可以轉(zhuǎn)變成植物雌激素化合物,可以抑制激素敏感型癌癥的發(fā)生和擴散,科學(xué)家們推薦每天食用2~4勺亞麻籽,能防止癌癥和腫瘤的發(fā)生。因此,市場上迫切需要高木酚素含量的亞麻品種,但常規(guī)育種選育新品種周期長,效率低。關(guān)聯(lián)分析是應(yīng)用基因組中分子遺傳標(biāo)記,進行基因水平上的對照分析或相關(guān)性分析,通過比對發(fā)現(xiàn)影響目標(biāo)性狀基因變異的一種新策略。近年,隨著亞麻參考基因組數(shù)據(jù)公布[17],亞麻品質(zhì)和產(chǎn)量相關(guān)性狀關(guān)聯(lián)分析在國內(nèi)外已有報道[18]。但亞麻木酚素含量的SSR關(guān)聯(lián)分析未見報道。王蕾[19]對86份芝麻種質(zhì)的木酚素含量進行全基因組關(guān)聯(lián)分析獲得了172個SNP位點。亞麻課題組對269份亞麻種質(zhì)進行全基因組關(guān)聯(lián)分析獲得了13個顯著SNP位點和21個候選基因[20]。本研究通過亞麻木酚素含量與SSR標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析,獲得了木酚素含量顯著關(guān)聯(lián)的18個SSR位點,其中LU_203、LU_661和LU_330標(biāo)記不同環(huán)境條件下均檢測到,可以通過驗證開發(fā)實用性標(biāo)記,為高木酚素含量亞麻新品種選育提供基礎(chǔ)。以上研究對植物木酚素含量相關(guān)基因的挖掘以及高木酚素含量新品種選育提供依據(jù)。

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