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NGS檢出腦脊液樣本中布尼亞病毒1例報道及文獻復習

2021-03-09 11:50:10石玉如戚應(yīng)杰
檢驗醫(yī)學 2021年2期
關(guān)鍵詞:拷貝病原體核酸

石玉如, 馮 剛, 岳 莉, 谷 妍, 劉 楊, 戚應(yīng)杰

(1.安徽省立醫(yī)院感染病院,安徽 合肥 230022;2.安徽省金寨縣人民醫(yī)院,安徽 金寨 237300)

發(fā)熱伴血小板減少綜合征(severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS)是由布尼亞病毒[又稱發(fā)熱伴血小板減少綜合癥病毒(Severe fever with thrombocytopenia virus,SFTSV)]導致的以發(fā)熱伴血小板減少為主要臨床特征的感染性疾病。在流行區(qū)域該病毒感染率為1%~3%,病死率為6%~30%,平均病死率約為10%[1]。該病毒可通過蜱蟲、飼養(yǎng)或野生動物、人與人血液或分泌物傳播[2],好發(fā)于疫區(qū)農(nóng)民,患者大多住在丘陵或森林地帶。該病主要流行于5~7月,5月為發(fā)病高峰期。繼中國后,韓國、日本、美國等國也有相關(guān)報道,SFTSV感染的防治已成為全球性公共衛(wèi)生問題,不可忽視[3]。本研究采用高通量下一代測序(next-generation sequencing,NGS)技術(shù)對1例疑似SFTSV感染重癥患者的腦脊液樣本進行測序,明確病毒病原體,并結(jié)合臨床特征及相關(guān)實驗室檢查結(jié)果,提高對SFTSV感染重癥的認識,同時探討NGS在腦脊液病原體感染診斷中的價值。

1 病例資料

患者,女,50歲,漢族,安徽安慶地區(qū)居民。2018年4月4日采茶時被蟲咬傷左髖部,未經(jīng)特殊處理,隨后出現(xiàn)腹瀉、頭昏、乏力、高熱和畏寒癥狀,最高體溫39 ℃。4月6日至當?shù)劓?zhèn)醫(yī)院檢查發(fā)現(xiàn)血小板偏低,轉(zhuǎn)至縣醫(yī)院消化科住院,檢查發(fā)現(xiàn)白細胞和血小板進一步降低,血壓降低,4月7日轉(zhuǎn)至市級醫(yī)院檢查發(fā)現(xiàn)血小板36×109/L,白細胞2.02×109/L,D-二聚體>20 μg/mL,丙氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶1 034 IU/L,肌鈣蛋白24 pg/mL,予以抗感染、保肝、補液擴容等對癥處理后,仍有胸悶、氣促等癥狀,4月10日以“發(fā)熱伴血小板減少”收入安徽省立醫(yī)院。入院時昏迷狀態(tài),體溫36.8 ℃,全身多處皮下瘀斑,呼吸急促,雙肺少量濕啰音;腹平軟,腸鳴音存在。4月11日予以腰椎穿刺進行腦脊液NGS、細菌培養(yǎng)及常規(guī)檢查,并立即行升壓、保護臟器及抗感染等對癥治療,嚴密監(jiān)測生命體征,患者仍出現(xiàn)抽搐、意識障礙現(xiàn)象;4月12日上午患者再次出現(xiàn)抽搐,伴有血氧飽和度下降,對癥治療后,抽搐好轉(zhuǎn);4月13日心電監(jiān)護提示血壓低,心率約110次/min,行氣管內(nèi)插管呼吸機輔助通氣過程中,血乳酸明顯升高,氧分壓低,腦脊液壓力極低,積極予以維持血壓、抗休克、氣管插管呼吸機輔助通氣、深靜脈置管、擴容、補液等對癥支持治療,白細胞和血小板上升,但仍需大劑量升壓藥物維持,仍存在意識障礙,偶見自主睜眼。不同時間點的實驗室檢查結(jié)果見表1。

表1 患者不同時間相關(guān)實驗室檢查結(jié)果

2 實驗室檢查

2.1 腦脊液NGS結(jié)果

檢出SFTSV HB29,檢出序列數(shù)最多為1 321。檢測到SFTSV HB29唯一比對序列數(shù)為112條,覆蓋度達97.82%,見圖1。

圖1 SFTSV HB29覆蓋度(97.82%)

2.2 SFTSV核酸檢測結(jié)果

SFTSV核酸檢測試劑盒購自上海之江生物公司,以自帶標準品(S0=0拷貝/mL、S1=1.0×104拷貝/mL、S2=1.0×105拷貝/mL、S3=1.0×106拷貝/mL、S4=1.0×107拷貝/mL)繪制標準曲線,患者樣本檢測結(jié)果為5.2×108拷貝/mL。見圖2。

圖2 SFTSV核酸擴增曲線

3 討論

本病例采用NGS在腦脊液中檢出SFTSV,提示此病毒感染可以致腦炎,并成為發(fā)生中樞神經(jīng)系統(tǒng)癥狀的病因。本病例臨床特點包括:(1)在山林地區(qū)采茶被蟲叮咬后起?。唬?)除了在感染初期出現(xiàn)發(fā)熱伴血小板減少、消化系統(tǒng)反應(yīng)等癥狀外,隨病情發(fā)展,患者陸續(xù)出現(xiàn)全身臟器衰竭、意識障礙和抽搐等中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染癥狀;(3)凝血功能、肝功能和心肌酶等指標異常增高;腦脊液送檢結(jié)果符合無菌性腦膜炎和病毒性腦膜炎的特點,血壓升高,白細胞輕、中度升高,以淋巴細胞為主,腦脊液蛋白升高,糖正常;腦脊液培養(yǎng)陰性;NGS明確SFTSV HB29感染,SFTSV核酸檢測結(jié)果為5.2×108拷貝/mL;血培養(yǎng)陰性,多項病毒抗體檢測陰性;(4)無特效藥,一般采取對癥治療;有文獻報道體外利巴韋林有抑制病毒的作用[4],但無體內(nèi)研究數(shù)據(jù)證實;(5)重癥患者的預后極差。本病例是通過NGS鑒定出SFTSV,同時通過SFTSV核酸檢測驗證了NGS結(jié)果,提示SFTSV感染可以侵襲中樞神經(jīng)系統(tǒng),其感染具有較高的致殘、致死率[5-6],應(yīng)引起臨床重視。

SFTSV為一類有包膜的負鏈RNA病毒[7],電鏡下病毒顆粒呈球形或橢圓形,直徑為80~100 nm,其基因組由大、中、小3個單股RNA片段組成[8]。劉秀蘭等[9]報道2010—2016年我國基因型的分離株主要為C基因型,C2基因亞型為流行優(yōu)勢株,占分離株的50%以上,該基因型與C3、C4基因亞型和J基因型在我國多個地區(qū)交替流行。SFTSV易感性高、起病急,患者主要表現(xiàn)為發(fā)熱、白細胞下降、血小板減少和消化道癥狀,重癥患者可出現(xiàn)多器官功能衰竭等[10]。

自2009年我國首次發(fā)現(xiàn)SFTSV以來,韓國、美國、日本等國也陸續(xù)有文獻報道。KANEKO等[11]報道1名53歲的日本男子由于高熱、腹瀉8 d被送入醫(yī)院,實驗室檢查結(jié)果顯示白細胞和血小板減少、肝功能和心肌酶譜持續(xù)性上升,被診斷為嚴重發(fā)熱伴血小板減少,隨后采用逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)在血液中檢測到SFTSV拷貝數(shù)為1.46×106拷貝/mL,并且隨病情的發(fā)展不斷上升至1.41×109拷貝/mL,骨髓檢查發(fā)現(xiàn)吞噬性淋巴細胞增多,同時患者出現(xiàn)意識障礙及類似腦炎癥狀,患病第13天死亡,尸檢結(jié)果顯示全身(包括中樞神經(jīng)系統(tǒng))吞噬性淋巴細胞增多。韓國2013年的全國發(fā)熱伴血小板減少監(jiān)測結(jié)果顯示,有25個地區(qū)的35例住院病例為SFTSV感染,其中16例(46%)患者隨后死亡,年齡和神經(jīng)系統(tǒng)癥狀(包括意識水平下降和言語不清)與患者死亡有關(guān)[12]。宋世會等[13]對20例重癥SFTSV感染患者進行研究發(fā)現(xiàn),重癥患者出現(xiàn)神經(jīng)系統(tǒng)癥狀和體征、血小板及白細胞進行性下降、心肌酶譜及血淀粉酶和脂肪酶明顯升高、電解質(zhì)顯著異常、白蛋白低下,預后差。因此對SFTSV感染的患者應(yīng)早發(fā)現(xiàn)、早診斷,以及時采取綜合治療措施。

對于SFTSV感染,目前采用的實驗室診斷方法主要有病毒分離、病毒核酸檢測和血清抗體檢測等。病毒分離雖然是金標準,但操作繁瑣、技術(shù)要求高、耗時長、病毒分離率低,不適用于臨床快速診斷;病毒核酸檢測主要是針對病毒S、M、L 基因片段的普通逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)和實時熒光逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng);血清學抗體檢測是應(yīng)用免疫學原理檢測患者血清中相應(yīng)病毒的抗體,進行初步診斷,可直接觀察結(jié)果,但特異性不強[15]。

NGS用于中樞系統(tǒng)的SFTSV檢測具有優(yōu)越性。(1)快速檢測。傳統(tǒng)的病原學檢測依賴于培養(yǎng)法,但病原體培養(yǎng)時間普遍較長,且許多病原體不易培養(yǎng)。SFTSV的培養(yǎng)耗時、耗成本,技術(shù)含量高,而早診斷、早治療是提高患者存活率的關(guān)鍵,采用病毒培養(yǎng)的方法無法滿足臨床需要,快速檢測的方法是大勢所趨。(2)高通量檢測。目前臨床病原體檢測的常用方法主要為聚合酶鏈反應(yīng)和酶聯(lián)免疫吸附試驗,僅可針對某種特定病原體進行檢測。在臨床表現(xiàn)未能提示特定病原體的情況下,聚合酶鏈反應(yīng)和酶聯(lián)免疫吸附試驗均不適用,而NGS可廣泛篩查無靶向的病原體。本病例血、腦脊液培養(yǎng)以及各種抗體檢測均為陰性,查找不到病原體,采用NGS解決了確定病原體這一難題,使治療更有針對性。(3)獲得更多的病原信息。NGS可以同時獲得病原體的具體類型和生物學信息。本病例通過測序確定SFTSV為HB29型,可以了解到更多的病原信息,而這一點是其他方法無法實現(xiàn)的。

總之,對于SFTSV感染的治療,關(guān)鍵在于早發(fā)現(xiàn)、早診斷,以及時確診并予以對癥治療。若診斷不及時,錯過了最佳治療期,患者極易發(fā)展為重癥,預后不佳,甚至死亡。因此,及時確定病原體對治愈疾病有著重要的意義。NGS作為新的檢測技術(shù),取代常規(guī)的腦脊液檢測方法,在病原微生物感染的快速診斷中意義重大。

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