楊 紅，郭徵力，葉 麗，王天松，沈 杰，郭 勇，楊遠(yuǎn)青，曾姍姍，袁 建，王智偉

（1.畢節(jié)市畜牧站，貴州 畢節(jié) 551700；2.貴州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院∕高原山地動(dòng)物遺傳育種與繁殖教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，貴陽(yáng) 550025；3.銅仁職業(yè)技術(shù)學(xué)院農(nóng)學(xué)院，貴州 銅仁 554300）

當(dāng)同物種的任何兩個(gè)基因組進(jìn)行比較時(shí)，99.9%是相同的。然而，動(dòng)物擁有上億個(gè)堿基對(duì)的基因組，每個(gè)個(gè)體二倍體基因組中都有上百萬(wàn)個(gè)差異。大多數(shù)差異是由于單堿基替代所形成的多態(tài)性，俗稱單核苷酸多態(tài)性（Single nucleotide polymorphism，SNP）。雖然大多數(shù)SNP沒(méi)有生物學(xué)意義，但一小部分處于功能基因上的替換則具有各種不同的功能意義，是遺傳多樣性的基礎(chǔ)[1]。在經(jīng)濟(jì)動(dòng)物的遺傳育種過(guò)程中，科研工作者們致力于使用一些可靠的遺傳標(biāo)記來(lái)提高選擇效率與效能，提高經(jīng)濟(jì)效益，而SNP所表現(xiàn)的多態(tài)性只涉及到單個(gè)堿基的變異，這種變異可由單個(gè)堿基的轉(zhuǎn)換或顛換所引起，也可由堿基的插入或缺失所致，但通常所說(shuō)的SNP并不包括后兩種情況[2]，因此SNP可作為遺傳標(biāo)記，用來(lái)追蹤染色體區(qū)域代代相傳的遺傳模式。且SNP在基因組中分布廣泛，平均每數(shù)百個(gè)堿基對(duì)就存在一個(gè)SNP[3]，對(duì)此，有必要開(kāi)發(fā)高通量檢測(cè)多個(gè)樣本的基因型方法，來(lái)進(jìn)一步進(jìn)行性狀關(guān)聯(lián)分析，從而針對(duì)某一性狀進(jìn)行改良。

鵝的品種有很多，但只有優(yōu)良的品種才有遺傳下去的必要性。而在眾多的優(yōu)良品種中，我國(guó)是擁有品種最多的三大國(guó)家之一。在鵝的品種分類中，將其分為兩類，第一類為伊犁鵝，其余的統(tǒng)稱為中國(guó)鵝。在中國(guó)的傳統(tǒng)文化中，將鵝稱作鴻雁，這是最古老的品種。在國(guó)內(nèi)的鵝，通常具有同樣的特征，但是也有例外的情況，例如伊犁鵝。由于中國(guó)地理面積廣闊，每個(gè)地方的生態(tài)環(huán)境有著很大的差距，同樣都是中國(guó)鵝，經(jīng)過(guò)長(zhǎng)時(shí)間的生存和演變，進(jìn)行了生態(tài)演變和人工選擇，形成了不同的地方品種，形成了多樣化的特征。在不同地方生長(zhǎng)起來(lái)的中國(guó)鵝，差距十分懸殊，表現(xiàn)在體型外貌、生產(chǎn)性能等多個(gè)方面[4]。地方品種的鵝匯聚在一起，大約有30幾個(gè)種類，列入《中國(guó)畜禽遺傳資源志——家禽志》中，是一座鵝的天然“基因庫(kù)”[5]。中國(guó)鵝的種類之多，生存和演變的歷史悠久是任何國(guó)家都不能與之相比的，為鵝的優(yōu)秀品種遺傳提供了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。鵝的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值較高，鵝肉自身具有超高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和保健作用。鵝是一種食草的家禽，發(fā)展養(yǎng)鵝業(yè)符合我國(guó)畜牧業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整要求。面對(duì)如此大的市場(chǎng)，只要對(duì)鵝某一個(gè)重要性狀進(jìn)行改良就可能帶來(lái)巨大的經(jīng)濟(jì)效益。

1 SNP的特性

近年來(lái)，人們對(duì)SNP的研究力度、范圍都在逐漸擴(kuò)大，SNP自身所具備的一些優(yōu)良特性使得其在遺傳分析中成為一類能夠廣泛應(yīng)用的遺傳標(biāo)記，能夠更加清晰地剖分研究復(fù)雜的數(shù)量性狀。

1.1 數(shù)量多、分布廣

無(wú)論是基因的編碼區(qū)還是非編碼區(qū)，都可能存在大量的SNP，即DNA 序列中任意一個(gè)核苷酸都有可能發(fā)生變異。據(jù)統(tǒng)計(jì)，人類基因組中每1 000個(gè)核苷酸就有一個(gè)SNP，其遺傳距離為2～3 cM，密度比微衛(wèi)星更高，這么高密度的分布，使得可以在待測(cè)基因的附近或內(nèi)部提供一系列的標(biāo)記[6]。

1.2 代表性強(qiáng)

位于基因組內(nèi)部的某些SNP位點(diǎn)可能會(huì)對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平產(chǎn)生直接的影響，從而引起機(jī)體的一系列變化。例如R.Kambadur 等[7]的研究發(fā)現(xiàn)，皮爾蒙特牛在MSTN 基因的第三外顯子上發(fā)生了G→A 的單堿基突變，導(dǎo)致了保守的半胱氨酸替換為酪氨酸，從而導(dǎo)致了雙肌隱性表型的顯示。毛海光[8]也發(fā)現(xiàn)鴿DGAT2、ADSL、FABP1和FABP3基因上一些單堿基的突變顯著影響了鴿屠體和肉質(zhì)性狀。

1.3 易實(shí)現(xiàn)快速、規(guī)?；瘷z測(cè)

SNP標(biāo)記的檢測(cè)方式在傳統(tǒng)的簡(jiǎn)單標(biāo)記方式基礎(chǔ)上進(jìn)行了技術(shù)的提升。在傳統(tǒng)的標(biāo)記方法下，SNP基因標(biāo)記需要消耗大量的時(shí)間，具有紛繁復(fù)雜的電泳步驟，消耗大量的金錢(qián)。而在新的標(biāo)記技術(shù)下，實(shí)現(xiàn)了自動(dòng)化檢測(cè)，只需要簡(jiǎn)單的人工輔助，就可以大大地提升檢出率。SNP的基因組成比較簡(jiǎn)單，通常是由兩部分組成，是等位基因的兩個(gè)組成部分[9-10]。由于結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單，而在分析的過(guò)程中，僅需要判斷是這部分還是那部分就可以，非此即彼。在整體片段的分析過(guò)程中，無(wú)需對(duì)長(zhǎng)度進(jìn)行分析，減少了人工檢測(cè)的步驟，有利于自動(dòng)化基因檢測(cè)和SNP基因篩選。

1.4 具有遺傳穩(wěn)定性

堿基C和T之間具有多個(gè)SNP鍵，而且具有固定的比例，通常為1∶2。SNP 具有甲基化過(guò)程，該過(guò)程發(fā)生在生物基因組中，CpG二核苷酸的胞嘧啶極易自發(fā)地脫去氨基從而形成胸腺嘧啶，在生物基因組中發(fā)生率較高[11]。SNP 與其他分子標(biāo)記不同，其他分子基因標(biāo)記為多核突變，而SNP基因標(biāo)記是一種單核酸突變，由于突變發(fā)生很難，而突變率也十分低。該基因突變沒(méi)有任何的癥狀，與遺傳學(xué)的關(guān)系微乎其微，沒(méi)有不良性狀相關(guān)聯(lián)。因此，SNP標(biāo)記屬于遺傳穩(wěn)定性高的遺傳變異。

1.5 易于基因分型

在動(dòng)植物群體中,SNP標(biāo)記可能由2個(gè)、3個(gè)或4 個(gè)等位基因構(gòu)成，但實(shí)際上后2 種情況出現(xiàn)的概率異常少見(jiàn)，常被忽略，故SNP標(biāo)記一般只有兩種等位型的堿基組成，又由于具有等位基因性，所以在任何種群中其等位基因的頻率都便于估計(jì)[12]。

2 SNP的檢測(cè)方法

SNP的開(kāi)發(fā)和利用是學(xué)者們研究的重點(diǎn)，而在開(kāi)發(fā)之前，需要發(fā)現(xiàn)它并進(jìn)行檢測(cè)。隨著科技的發(fā)展，SNP的檢測(cè)方法也在逐步完善。最初，主要是采用生物信息學(xué)的方法，只有了解已知位點(diǎn)，才能夠進(jìn)一步檢測(cè)。而通常人們都是通過(guò)對(duì)DNA數(shù)據(jù)庫(kù)搜索和文獻(xiàn)查找的方式進(jìn)行的，如文獻(xiàn)和NCBI 查找等，這種方式雖然簡(jiǎn)單直接，但是不夠精準(zhǔn)。有很多未知的SNP位點(diǎn)只有經(jīng)過(guò)試驗(yàn)檢測(cè)才能夠找到。通過(guò)試驗(yàn)研究可以得知，目前的SNP的基因分型方法有多種，被人們采用的至少有20種，而不同的方法具有各自的特點(diǎn)和優(yōu)缺點(diǎn)[13]，大致可以分成以凝膠電泳為基礎(chǔ)的傳統(tǒng)方法和以高通量自動(dòng)化為鮮明特點(diǎn)的新方法兩類。

2.1 RFLP法與PCR-RFLP法

限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性（Restriction fragment length polymorphism，RFLP）是一種查找方式，通過(guò)內(nèi)切酶的體內(nèi)反應(yīng)，進(jìn)行限制性的切定。限制性內(nèi)切酶是一種具有特殊序列的酶，當(dāng)遇到反應(yīng)物時(shí)，可以對(duì)DNA 上特殊位點(diǎn)的序列進(jìn)行切割。當(dāng)DNA 上有堿基突變時(shí)，會(huì)對(duì)限制性內(nèi)切酶產(chǎn)生一定的反作用，甚至停止活動(dòng)，因此突變和未突變個(gè)體間就會(huì)產(chǎn)生長(zhǎng)度的多態(tài)性。對(duì)DNA 進(jìn)行酶切后，立即進(jìn)行電泳，DNA 就可以進(jìn)行轉(zhuǎn)移，轉(zhuǎn)移的過(guò)程中形成一定的支持物。這種支持物較多，常見(jiàn)的為尼龍膜。在轉(zhuǎn)移的過(guò)程中，進(jìn)行特意標(biāo)記性檢測(cè)，是一種雜交檢測(cè)，即可檢測(cè)到該限制酶位點(diǎn)上不同的等位基因[2]。

而基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（Polymorase chain reac?tion,PCR）技術(shù)的出現(xiàn)，將PCR 與RFLP 聯(lián)用，又稱切割擴(kuò)增多肽序列（Cleaved amplified polymor?phic sequence,CAPS），此法可僅對(duì)酶切產(chǎn)物進(jìn)行電泳便可以對(duì)不同的等位基因進(jìn)行區(qū)分。但是這個(gè)方法只能檢測(cè)到位于酶切位點(diǎn)處的SNP 位點(diǎn)，無(wú)法實(shí)現(xiàn)高通量檢測(cè)，具有一定的局限性。

2.2 SSCP法與PCR-SSCP法

單鏈構(gòu)象多態(tài)性（Single strand conformation polymorphism,SSCP），該方法是一種熱度變性法，當(dāng)溫度升高至95 ℃雙鏈DNA 進(jìn)行變性解散，形成單鏈結(jié)構(gòu)。在這種結(jié)構(gòu)下，單鏈會(huì)形成二級(jí)結(jié)構(gòu)，堿基序列會(huì)發(fā)生轉(zhuǎn)變，導(dǎo)致結(jié)構(gòu)不同。正是由于這種結(jié)構(gòu)的不同，可以通過(guò)對(duì)其在非變形聚丙酰胺凝膠中的遷移速度不同被檢測(cè)出來(lái)。最初的探針標(biāo)記方法被稱作SSCP 法，這種方法需要酶切或探針標(biāo)記。這種方式相對(duì)比較繁瑣。通過(guò)科技的改變，后來(lái)進(jìn)行了技術(shù)升級(jí)。1989 年M.Orita等[14]將PCR 應(yīng)用到SSCP 中，獲得了一種新的檢測(cè)方式。這種檢測(cè)方式需要不同的信號(hào)，通常為單鏈信號(hào)，在單鏈信號(hào)下可以進(jìn)行凝膠電泳分析。除了此方法之外，還可以自己對(duì)引物進(jìn)行設(shè)計(jì)，設(shè)計(jì)完引物后，能夠在模具中進(jìn)行PCR 擴(kuò)增，對(duì)擴(kuò)增后的片段進(jìn)行簡(jiǎn)易分析。據(jù)估計(jì)，此技術(shù)對(duì)于小于200 個(gè)堿基對(duì)的DNA 片段上堿基變異的檢出率為100%。當(dāng)要檢測(cè)的DNA片段較長(zhǎng)是，檢出率會(huì)降低。SSCP 與PCR-SSCP 的優(yōu)越性在于不需要測(cè)序就可以快速檢出堿基突變，但缺陷是無(wú)法確定基因型[15]。

2.3 直接測(cè)序法

通過(guò)DNA 直接測(cè)序法，不同于其他檢測(cè)方式，這種方法相對(duì)比較直接，通過(guò)序列的檢測(cè)能夠直接檢測(cè)到突變的類型。通過(guò)直接測(cè)序能夠?qū)ζ湮稽c(diǎn)進(jìn)行分型檢測(cè)，檢測(cè)后能夠立即得到SNP位點(diǎn)。當(dāng)檢測(cè)出來(lái)不同的基因片段后，能對(duì)不同的片段對(duì)比，當(dāng)發(fā)現(xiàn)相同基因后，會(huì)對(duì)其基因進(jìn)行產(chǎn)物擴(kuò)增，通常為PCR 擴(kuò)增方式。在新的基因序列中，通過(guò)堿基檢測(cè)，能夠找到所有序列中的突變基因，然后進(jìn)行檢測(cè)。在目前，所有方法中，這種方式是一種相對(duì)比較可靠的方式，檢出率可達(dá)100%。這種方式是一種擴(kuò)增后進(jìn)行純化的方式，先將其純化回收，然后對(duì)其進(jìn)行連接，連接的方式相對(duì)比較穩(wěn)定，連接的載體更可純化回收。除此之外，也可以采用直接的方式對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行直接檢測(cè)或者測(cè)序。對(duì)不同的純合子，檢測(cè)的時(shí)候能對(duì)其進(jìn)行測(cè)序檢測(cè)，但其對(duì)雜合體不易分型[16]。

2.4 基因芯片技術(shù)

基因芯片（Genechip）又稱DNA 芯片，是一種基因微生物分析系統(tǒng)。該系統(tǒng)需要堿基互補(bǔ)配對(duì)，是一種互補(bǔ)，也是一種微型生物分析。這是對(duì)DNA片段的集成分析，將片段集成到硅芯片或玻璃芯片表面。該技術(shù)是一種探針技術(shù)，將不同的DNA 片段進(jìn)行連接，連接上熒光標(biāo)記，在特殊技術(shù)的檢測(cè)中，能夠查看到芯片雜交和技術(shù)。如果當(dāng)DNA 片段中具有堿基突變，則不能與探針結(jié)合，但是能夠通過(guò)弱熒光來(lái)檢測(cè)到雜交的信號(hào)。與傳統(tǒng)方法相比，基因芯片的準(zhǔn)確率高，而且質(zhì)量相對(duì)上乘，一次查找可以對(duì)成千上萬(wàn)個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行篩查，可以通過(guò)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)進(jìn)行自動(dòng)化分析，但是相對(duì)的開(kāi)發(fā)成本很高[17]。

2.5 高分辨率熔解曲線

高分辨率熔解曲線（High resolution melting，HRM）是一種檢測(cè)SNP位點(diǎn)新手段。目前，HRM是一種應(yīng)用廣泛的技術(shù)，是檢測(cè)SNP技術(shù)中的一種先進(jìn)方式。主要是一種物理的檢測(cè)熔解方式，當(dāng)熒光染色與雙聯(lián)DNA 結(jié)合，能夠產(chǎn)生減色效應(yīng)，尤其是當(dāng)溫度升高的時(shí)候減色效率提高。在檢測(cè)熔解過(guò)程中，通過(guò)檢測(cè)的系統(tǒng)軟件能夠釋放和查看出特征熔解曲線。在對(duì)其熔解曲線進(jìn)行分析的時(shí)候，進(jìn)而實(shí)現(xiàn)SNP 的檢測(cè)[18]。SNP 位點(diǎn)上的堿基類型和數(shù)目不同，則曲線的類型不同，呈現(xiàn)出來(lái)的峰值也不同。HRM 技術(shù)具有快速、靈敏、高效、高通量、低成本等特點(diǎn)，較適用于基因型相對(duì)不多但樣品量極大的研究。

3 SNP在鵝類育種上的應(yīng)用

SNP是指在基因組上由單個(gè)核苷酸變異引起的DNA 序列多態(tài)性，DNA 序列直接影響氨基酸密碼子的轉(zhuǎn)錄，從而影響分子水平上蛋白質(zhì)的翻譯。目前，可以通過(guò)數(shù)量性狀基因座（Quantitative trait locus,QTL）作圖對(duì)基因進(jìn)行性狀連鎖分析，還可以對(duì)候選基因利用各種方法與單核苷酸變異的位點(diǎn)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。如果找到了與目的性狀有關(guān)的SNP位點(diǎn)，便可通過(guò)芯片篩選個(gè)體，并進(jìn)行優(yōu)缺點(diǎn)分析，最后通過(guò)雜交、回交等改良品種[9]。

近10 年來(lái)，相當(dāng)多的學(xué)者利用該方法在鵝的育種工作上進(jìn)行努力。2010 年，張高娜等[20]運(yùn)用PCR-SSCP 法在揚(yáng)州鵝的PRL 基因1 號(hào)外顯子+11處發(fā)現(xiàn)了一處G→T 突變，研究發(fā)現(xiàn)該突變產(chǎn)生的基因型對(duì)產(chǎn)蛋量及開(kāi)產(chǎn)日齡影響極顯著。2011年，徐晶等[21]運(yùn)用同種方法發(fā)現(xiàn)吉林白鵝的半凈膛重、肝臟重、腿肉重與其IGFⅡ基因外顯子3 上的一處A→T 突變所產(chǎn)生的基因型差異顯著。同年，趙興濤等[22]對(duì)五龍鵝FSHβ、PRL 基因和GnRH 基因進(jìn)行研究，在FSHβ 基因外顯子3 上發(fā)現(xiàn)一個(gè)C→T突變，但與生長(zhǎng)性狀并無(wú)相關(guān)；GnRH基因的5'調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)了T→A 突變，同樣與生長(zhǎng)性能無(wú)關(guān)；在PRL基因內(nèi)含子2第38∕39位上發(fā)現(xiàn)了GA缺失，并發(fā)現(xiàn)其產(chǎn)生的基因型與產(chǎn)蛋總量顯著相關(guān)[22-24]。袁樹(shù)楷等[25]運(yùn)用PCR-SSCP 在PRL 基因的研究中發(fā)現(xiàn)，四川白鵝與朗德鵝在1號(hào)外顯子均有一處突變，但四川白鵝為65位的C→T突變，而朗德鵝為141 位的T 缺失，分析其原因?yàn)槠贩N差異。趙文明等[26]在2012年對(duì)三種鵝種的GH基因進(jìn)行研究，均在第二與第四外顯子發(fā)現(xiàn)兩處突變，且第二外顯子突變的基因型效應(yīng)與周齡體重有極顯著相關(guān)。2014年，張蕊等[27]利用直接測(cè)序法對(duì)朗德鵝的CYP2C45 基因進(jìn)行研究，在第五與第七外顯子分別發(fā)現(xiàn)2個(gè)突變，發(fā)現(xiàn)第五外顯子上的突變所產(chǎn)生的基因型與屠體重差異顯著相關(guān)。2016 年，劉杰等[28]利用朗德鵝、獅頭鵝、皖西白鵝、浙東白鵝四個(gè)鵝種的DNA 構(gòu)建DNA 池，并用直接測(cè)序法尋找四個(gè)鵝種MLPH基因的潛在SNP，最終在外顯子11 上發(fā)現(xiàn)兩個(gè)突變，但并未與性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。同年，胡彥競(jìng)科等[29]同樣構(gòu)建四川白鵝、籽鵝的DNA 池，用以研究GnIH 基因的SNP 與產(chǎn)蛋量的關(guān)系，在內(nèi)含子1及外顯子3上發(fā)現(xiàn)兩處堿基突變，并且外顯子3的突變所產(chǎn)生的基因型與產(chǎn)蛋量具有顯著相關(guān)。2017 年，與張蕊同團(tuán)隊(duì)的王倩繼續(xù)了CYP2C45 基因的研究，不同的是她運(yùn)用的是PCRSSCP 法，且只研究了啟動(dòng)子區(qū)域，結(jié)果發(fā)現(xiàn)在5'上游-93 bp處發(fā)現(xiàn)一處C→T突變，該突變產(chǎn)生的基因型同樣與屠體重差異顯著相關(guān)[30]。2019年，王猛等[31]用直接測(cè)序法探究了IGFBP5 基因與鵝肥肝的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)了啟動(dòng)子上游的三個(gè)SNPs，其中兩個(gè)與鵝肝重，差異顯著相關(guān)。

綜上所述，目前在鵝的SNP研究中，PCR-SS?CP 法與測(cè)序法是目前主流的檢測(cè)方法。目前的研究著重于生長(zhǎng)指標(biāo)與繁殖性能的研究，很多學(xué)者都為其提供極有價(jià)值的輔助遺傳標(biāo)記。鵝絨也是特別重要的一項(xiàng)經(jīng)濟(jì)性狀，但目前對(duì)于鵝絨的研究還較少。SNP作為一種分子標(biāo)記、在鵝的育種方面有著極大的輔助作用，可依據(jù)該法檢測(cè)出的突變位點(diǎn)作為鵝選育的輔助遺傳標(biāo)記、表型篩選，加快選育過(guò)程，指導(dǎo)育種實(shí)踐，從而獲得理想的經(jīng)濟(jì)性狀。

4 小結(jié)與展望

近年，隨著我國(guó)的科技不斷發(fā)展，DNA 分子標(biāo)記技術(shù)也不斷發(fā)展，在實(shí)際生產(chǎn)中，分子標(biāo)記輔助育種是一種新的育種方式，在社會(huì)發(fā)展過(guò)程中起著越來(lái)越重要的作用。該方法主要是利用分子標(biāo)記密切相關(guān)，除此之外，與目標(biāo)形狀也有著直接的聯(lián)系。在傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)中，在檢測(cè)中標(biāo)記的數(shù)目少，受到環(huán)境的影響較大，而該方式克服了這些問(wèn)題，及時(shí)在形態(tài)學(xué)標(biāo)記數(shù)目少的時(shí)候也能夠進(jìn)行精準(zhǔn)地檢測(cè)。且可以在育種早期實(shí)施性狀鑒定，大大縮短育種周期，降低育種成本。

SNP 作為新一代分子標(biāo)記技術(shù)，因其數(shù)量豐富、遺傳穩(wěn)定性高、易于自動(dòng)化分型等諸多優(yōu)點(diǎn)，引發(fā)了廣大研究者的濃厚興趣，新的高通量檢測(cè)方法也不斷被開(kāi)發(fā)出來(lái)，SNP分型檢測(cè)的方法也在不斷進(jìn)步。未來(lái)，SNP的分型檢測(cè)方法可能會(huì)向以下趨勢(shì)發(fā)展：1）操作簡(jiǎn)便，可實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化；2）通量大且靈活，可根據(jù)需要加以選擇；3）分析速度快，數(shù)據(jù)便于處理；4）適應(yīng)性強(qiáng)，對(duì)不純樣品也可進(jìn)行可靠分析；5）結(jié)果可靠，費(fèi)用適中；6）高可信度和大數(shù)據(jù)量的數(shù)據(jù)庫(kù)的建立。然而，目前的檢測(cè)方法都有其優(yōu)點(diǎn)，也都存在著缺點(diǎn)，還不能完全滿足以上要求。

目前，SNP發(fā)展已經(jīng)相對(duì)比較穩(wěn)定，但是并沒(méi)有大規(guī)模地應(yīng)用，目前發(fā)展過(guò)程中還存在著一定的挑戰(zhàn)：在遺傳育種檢測(cè)中，同一個(gè)性狀往往不是由一個(gè)基因所決定的，而是由多個(gè)基因共同決定，所以要通過(guò)進(jìn)一步確定相關(guān)位點(diǎn)之間的關(guān)系，最終決定其相關(guān)性與顯著性，從而獲得理想的經(jīng)濟(jì)性狀；在動(dòng)物品種鑒定及產(chǎn)品溯源方面，由于各研究樣本群體遺傳背景不同，不同群體間位點(diǎn)的適用性還有待進(jìn)一步考察，要想獲得理想的普遍適合的標(biāo)記組合，還需通過(guò)不斷完善標(biāo)記的篩選策略及擴(kuò)大代表性群體的數(shù)量來(lái)實(shí)現(xiàn)。不過(guò)，隨著研究的不斷深入、相關(guān)領(lǐng)域數(shù)據(jù)庫(kù)的逐步建立，SNP 分型檢測(cè)方法不斷取得新的突破，SNP 的研究應(yīng)用領(lǐng)域也將持續(xù)向深度和廣度推進(jìn)，SNP 的研究應(yīng)用終將逐步走向成熟。