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紫娟茶樹bHLH轉(zhuǎn)錄因子MYC1基因克隆及表達(dá)分析

2020-10-16 10:33:12孫云南尚衛(wèi)瓊田易萍陳林波
山西農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年10期
關(guān)鍵詞:光質(zhì)花青素茶樹

曲 浩,劉 悅,孫云南,尚衛(wèi)瓊,田易萍,陳林波

(云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所,云南省茶學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,云南勐海666201)

紫娟茶樹(Camellia sinensiscv.Zijuan)具有紫色新梢、紫色嫩葉等特征,其中含有大量花青素,具有很好的保健作用[1]。但是紫娟茶樹在不同區(qū)域種植會(huì)發(fā)生新梢、嫩葉變綠現(xiàn)象,從而影響茶葉的品質(zhì)[2]。紫娟芽葉色澤呈現(xiàn)紫色和高含量花青素是評(píng)價(jià)其茶葉品質(zhì)的重要指標(biāo)。研究發(fā)現(xiàn)[2],紫娟葉片發(fā)育成熟后顏色由紫變綠,原因可能是由于花青素等內(nèi)含物質(zhì)發(fā)生了變化;有研究表明,結(jié)構(gòu)基因決定花青素苷的種類,而調(diào)控基因編碼的轉(zhuǎn)錄因子決定結(jié)構(gòu)基因表達(dá)與否及強(qiáng)弱,影響花青素合成的量[3-4]。

目前,已從紫葡萄、紫紅薯、越橘等植物中分離克隆了大量與花青素合成代謝相關(guān)的結(jié)構(gòu)基因與調(diào)控基因[5-7]。bHLH轉(zhuǎn)錄因子功能涉及黃酮類生物合成、花器官形成及表皮細(xì)胞的形成[8-10]。有研究發(fā)現(xiàn),蘋果中bHLH蛋白MdbHLH3和MdbHLH33是R2R3-MYB類轉(zhuǎn)錄因子,MdMYB10有效誘導(dǎo)花青素合成蛋白依賴于MdbHLH3和MdbHLH33的共同表達(dá)[11];在玉米中,bHLH蛋白與MYB轉(zhuǎn)錄因子C1、PL1協(xié)作參與調(diào)控花青素合成信號(hào)通路[12]。MYC1基因是bHLH家族中的重要成員,目前的研究表明,MYC1基因在葡萄中參與類黃酮類化合物的調(diào)控[8]。此外,MYC1基因參與了花青素的調(diào)節(jié)與原花青素的生物合成,能夠與不同的MYB轉(zhuǎn)錄因子協(xié)同調(diào)控花青素合成信號(hào)通路[13]。

本研究基于前期對紫娟茶樹的轉(zhuǎn)錄組測序,發(fā)現(xiàn)了MYC1基因在葉片中的表達(dá)差異,對MYC1基因進(jìn)行克隆得到其完整序列,采用生物信息學(xué)軟件對19個(gè)MYC1同源基因進(jìn)行進(jìn)化樹的構(gòu)建,并對紫娟MYC1與葡萄vvMYC1氨基酸序列進(jìn)行比對分析;此外,采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR對不同光質(zhì)照射下及不同空間生長的紫娟葉片中MYC1基因進(jìn)行檢測,以明確MYC1基因的生物學(xué)功能和表達(dá)特性,為進(jìn)一步研究MYC1基因?qū)ㄇ嗨睾铣傻恼{(diào)控機(jī)制提供參考。

1 材料和方法

1.1 試驗(yàn)材料

供試材料選用云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所培育的紫娟茶樹葉片?;蚩寺≡囼?yàn)材料選取第二葉進(jìn)行;不同光質(zhì)照射實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析選取第二葉為材料;基因空間表達(dá)實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析選取芽、第二葉、開面葉、成熟葉為材料。采集的樣品于-80℃冰箱保存。

1.2 方法

1.2.1 紫娟茶樹MYC1基因的克隆 根據(jù)獲得的MYC1基因片段序列信息,采用DNAstar軟件設(shè)計(jì)引物;采用RACE方法對MYC1基因片段3′端和5′端進(jìn)行克隆,拼接驗(yàn)證后獲得全長cDNA。

1.2.2 生物信息學(xué)分析 在NCBI網(wǎng)站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)上完成核苷酸和蛋白序列比對分析;用Protparam工具進(jìn)行基因編碼蛋白理化性質(zhì)分析;采用SignalP預(yù)測氨基酸序列信號(hào)肽;采用ProtScale進(jìn)行親水性分析;采用ProtCompv.9.0進(jìn)行亞細(xì)胞定位分析;采用MEGA7軟件進(jìn)行MYC1相關(guān)基因進(jìn)化樹的構(gòu)建;利用SWISS-MoDEL預(yù)測蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)。

1.2.3 實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測 用自然光、綠光、藍(lán)光、黃光、紫光分別處理紫娟茶樹,并采集芽、第二葉、開面葉、成熟葉,采用植物總RNA抽提純化試劑盒提取RNA,以反轉(zhuǎn)錄后所得的cDNA為模板,GAPDH作為內(nèi)參基因,采用SYBR法進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測。GAPDH所用引物序列為GAPDH-F:5′-GATAGTGTTCACGGTCAATGGA-3′和 GAPDH-R:5′-TATCCTTATCAGTGAAGACACC AGT-3′;MYC1所用引物為 MYC1-F1:5′-TCTTTC CCTCCTGGTGTTGG-3′和 MYC1-R1:5′-GCACTCT TGGCGAGAATAGCT-3′。

2 結(jié)果與分析

2.1 MYC1基因的克隆

以紫娟茶樹葉片的基因組DNA為模板,克隆獲得紫娟茶樹MYC1基因的全長為2 576 bp,其中,A堿基657個(gè),占25.5%;G堿基677個(gè),占26.28%;C堿基653個(gè),占25.35%;T堿基589個(gè),占22.86%。研究還發(fā)現(xiàn),常見的酶切位點(diǎn)222個(gè),另外,MYC1基因包含一個(gè)2 307 bp的完整開放閱讀框(ORF),編碼768個(gè)氨基酸,蛋白質(zhì)理論分子量為85.26 ku,理論等電點(diǎn)為4.63;預(yù)測分子式為C3752H5938N1062O1180S23,原子總數(shù)為11 955,脂溶系數(shù)78,不穩(wěn)定系數(shù)66.44,屬于不穩(wěn)定蛋白質(zhì)(圖1)。

2.2 MYC1基因生物信息學(xué)分析

2.2.1 進(jìn)化樹分析 選取15個(gè)不同物種MYC1和3個(gè)茶樹bHLH家族基因的核苷酸序列與紫娟MYC1的核苷酸序列進(jìn)行同源比對分析,并利用MEGA7軟件構(gòu)建進(jìn)化樹,結(jié)果表明,它們都屬于IIIf亞類,紫娟茶樹MYC1與葡萄vvMYC1、茶樹bHLH1、茶樹MYC2以及番茄SIMYC1具有較高的同源性(圖 2)。

2.2.2 蛋白疏水性分析及信號(hào)肽預(yù)測 將推測的氨基酸序列導(dǎo)入ProtScale工具進(jìn)行蛋白一級(jí)結(jié)構(gòu)的親/疏水性預(yù)測,結(jié)果表明,最高正值2.911出現(xiàn)在第713位氨基酸,疏水性最強(qiáng);最小負(fù)值-3.5出現(xiàn)在第305—313位氨基酸,親水性最強(qiáng)(圖3-A);其平均疏水性系數(shù)為-0.519,MYC1屬于不穩(wěn)定親水蛋白質(zhì)(負(fù)值為親水、正值為疏水)。信號(hào)肽預(yù)測結(jié)果顯示(圖3-B),信號(hào)肽預(yù)測值為0.010 3,其他預(yù)測值為0.989 7,因此,MYC1蛋白不含有信號(hào)肽,沒有信號(hào)識(shí)別功能,為非分泌蛋白。

2.2.3 蛋白亞細(xì)胞定位預(yù)測 蛋白亞細(xì)胞預(yù)測分析結(jié)果顯示,蛋白定位的整體預(yù)測中細(xì)胞核得分為9.97,說明該蛋白大概率定位在細(xì)胞核(表1)。

表1 MYC1蛋白亞細(xì)胞定位預(yù)測

2.2.4 氨基酸序列比對 將推導(dǎo)出的茶樹MYC1的氨基酸序列與葡萄vvMYC1、茶樹bHLH1的氨基酸序列進(jìn)行比對,結(jié)果顯示,它們的序列具有一定的相似性,MYC1、vvMYC1和bHLH1的氨基酸序列在N端都含有一個(gè)保守的MYB互作區(qū)域。此外,在MYC1和vvMYC1氨基酸序列MYB互作區(qū)域的N端發(fā)現(xiàn)了一個(gè)富含酸性氨基酸的序列,該序列包含29個(gè)酸性氨基酸(圖4)。這個(gè)MYB互作區(qū)域通常被認(rèn)為是反激活域,它形成了一個(gè)蛋白結(jié)合表面,與RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄[14]。

2.2.5 蛋白的三維結(jié)構(gòu)預(yù)測 利用SWISS-MODEL構(gòu)建紫娟茶樹MYC1蛋白的三維結(jié)構(gòu)模型(圖5-A),MYC1蛋白三維結(jié)構(gòu)與模板結(jié)構(gòu)相似度為32.78%;圖5-B中,深色為完全允許區(qū)域,散點(diǎn)大多集中在深色區(qū)域,表明MYC1蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果較為可靠。

2.3 MYC1基因表達(dá)分析

2.3.1MYC1基因在紫娟茶樹葉片中的時(shí)空表達(dá)分析 采集紫娟茶樹芽、第二葉、開面葉、成熟葉分別進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測MYC1基因的表達(dá)情況,結(jié)果表明,第二葉中MYC1基因表達(dá)量最高,是芽中MYC1基因表達(dá)量的2.2倍;開面葉中MYC1基因的表達(dá)量低于第二葉,是芽中的1.8倍;成熟葉中MYC1基因表達(dá)量最低,為芽中的0.56倍(圖 6)。

2.3.2MYC1基因在不同光質(zhì)下的表達(dá) 將紫娟茶樹分別放置在室溫下,在自然光、紫光、綠光、藍(lán)光、黃光照射下培養(yǎng),使用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)檢測MYC1基因的表達(dá)情況,結(jié)果表明,在不同光質(zhì)照射下,自然光下MYC1基因表達(dá)量最高,黃光下MYC1基因表達(dá)量最低,其他光質(zhì)下MYC1基因表達(dá)量大小順序?yàn)樽瞎猓揪G光>藍(lán)光(圖7)。

3 結(jié)論與討論

本研究獲取了紫娟茶樹MYC1的全長,選取了15個(gè)物種MYC1和3個(gè)茶樹bHLH家族基因構(gòu)建進(jìn)化樹[14],結(jié)果發(fā)現(xiàn),它們都屬于IIIf亞類,并且與葡萄vvMYC1、番茄SIMYC1具有較高的同源性。前人研究表明,MYC1參與了類黃酮生物合成的調(diào)控。在葡萄中,類黃酮通路基因的調(diào)控依賴于MYB轉(zhuǎn)錄因子與其相互作用[15]。本研究發(fā)現(xiàn),紫娟MYC1與葡萄vvMYC1氨基酸序列在N端都含有一個(gè)保守的MYB互作區(qū)域,表明紫娟MYC1基因可能同樣參與類黃酮生物合成的調(diào)控,并且發(fā)揮著與葡萄vvMYC1基因相同的作用。

花青素是一類廣泛存在于植物中的類黃酮化合物,對調(diào)節(jié)葉片顏色起著重要的作用[16]。已有研究表明,紫娟茶樹葉片花青素含量由高到低分別為第二葉、開面葉、芽、成熟葉[2]。本研究發(fā)現(xiàn),MYC1基因在紫娟葉片中的表達(dá)量由高到低同樣為第二葉、開面葉、芽、成熟葉。說明在紫娟茶樹中,MYC1基因可能參與調(diào)節(jié)花青素的生物合成。此外,前人研究還表明[17-18],不同光質(zhì)的照射能夠?qū)Σ铇浠ㄇ嗨睾吭斐捎绊憽T谔O果中,光誘導(dǎo)MYB基因表達(dá)調(diào)控紅蘋果花青素的生物合成[19]。本試驗(yàn)表明,在黃、綠、藍(lán)、紫這4種光質(zhì)照射下,紫光中MYC1表達(dá)量最高,說明不同光質(zhì)對MYC1基因表達(dá)造成了一定影響。推測光質(zhì)通過對MYC1基因的應(yīng)答來調(diào)控花青素的含量,從而調(diào)節(jié)葉片顏色,但其作用機(jī)制還有待進(jìn)一步研究。基于上述分析,初步推測MYC1基因參與了紫娟茶樹花青素的生物合成,并且紫娟MYC1基因的表達(dá)與光質(zhì)有關(guān)。

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