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高通量測序技術(shù)檢測自然流產(chǎn)絨毛染色體異常的準確性分析

2020-06-24 09:29:24郭麗娜趙敏英劉盼
國際生殖健康/計劃生育雜志 2020年1期
關(guān)鍵詞:細胞培養(yǎng)核型高通量

郭麗娜,趙敏英,劉盼

早期自然流產(chǎn)是指妊娠12周之內(nèi)發(fā)生的流產(chǎn),是臨床重點關(guān)注課題,但其涉及諸多復(fù)雜因素,約有60%的早期流產(chǎn)與胚胎染色體異常有關(guān)。常規(guī)細胞遺傳學(xué)方法診斷存在較高的誤診率及漏診率,不利于臨床對自然流產(chǎn)風(fēng)險的預(yù)測。目前研究認為加深胚胎染色體異常的診斷效能有利于提高自然流產(chǎn)風(fēng)險的預(yù)測能力,高通量測序技術(shù)檢測自然流產(chǎn)對判斷胚胎染色體有無異常具有重要作用[1-2]。王德剛等[3]研究表明,臨床采用高通量測序技術(shù)獲取全基因組數(shù)據(jù),可作為胚胎染色體異常的診斷依據(jù)。但目前關(guān)于該方法的臨床研究仍然較少。因此,本研究選取2018年3月—2019年3月石家莊市第一醫(yī)院(我院)收治的39例自然流產(chǎn)患者,通過高通量測序技術(shù)檢測胚胎染色體,為臨床采用高通量測序技術(shù)提高胚胎染色體異常診斷水平提供依據(jù)。

1 對象與方法

1.1 研究對象 選取2018年3月—2019年3月我院收治的39例自然流產(chǎn)患者。本研究經(jīng)我院倫理委員會批準。納入標準:①流產(chǎn)前影像學(xué)檢查提示胚胎停育者;②自愿參與本研究,主動提出流產(chǎn)絨毛組織染色體檢測。排除標準:①孕期發(fā)生感染者;②既往有害物質(zhì)接觸史者。39例患者年齡23~38歲,平均(28.91±6.21)歲;流產(chǎn)孕周7~12周,平均(9.28±1.46)周;連續(xù)2次自然流產(chǎn)者13例,首次流產(chǎn)者4例,復(fù)發(fā)性流產(chǎn)者22例。

1.2 方法

1.2.1 高通量測序檢測①組織標本留?。航o患者準備私密空間,在保護患者隱私、知情同意的前提下行清宮術(shù),給予患者常規(guī)外陰以及陰道等區(qū)域消毒,根據(jù)標本留取原則留取胚胎絨毛組織10 g。②使用無菌鹽水多次漂洗絨毛樣組織標本,提取基因組DNA。通過紫外可見分光光度計測定所提取DNA的濃度及純度,隨后利用瓊脂凝膠電泳判斷DNA片段的完整性。③將提取的基因組DNA打斷成小片段核酸,采用打斷后的基因組DNA進行文庫構(gòu)建。補平打斷后DNA小片段的5′端突出末端或削平3′端突出末端。采用T4 DNA連接酶,把接頭連接到DNA片段兩端,用瓊脂凝膠切膠回收的方法選擇合適范圍的片段回收,采用聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)擴增進行富集。隨后再次進行片段的選擇與純化從而得到DNA小片段文庫。利用ABI PRISM 310型基因測序儀進行高通量測序分析。④將高通量測序針所得數(shù)據(jù)進行生物信息學(xué)分析,通過序列對比觀察染色體是否存在異常。

1.2.2 細胞培養(yǎng)染色體核型分析對采集的絨毛標本進行常規(guī)處理,培養(yǎng)4~5 d。常規(guī)使用消化法處理細胞、制片、染色,根據(jù)鏡下觀察結(jié)果,計數(shù)20個中期分裂相,分析3~5個核型。

1.3 統(tǒng)計學(xué)方法 采用SPSS 21.0軟件進行數(shù)據(jù)分析。定量資料采用均數(shù)±標準差(x±s)表示,組間比較采用t檢驗;定性資料用例數(shù)(百分比)表示,組間比較采用配對卡方檢驗。P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 細胞培養(yǎng)染色體核型分析結(jié)果 細胞培養(yǎng)染色體核型分析共檢測39例絨毛樣本,檢測失敗4例,檢測成功率89.74%。結(jié)果顯示,染色體異常21例,占樣本總例數(shù)的53.85%,染色體未見明顯異常14例(35.90%)。

在21例染色體異常樣本中,染色體數(shù)目異常19例,包括非整倍體11例(52.38%),其中三體7例(63.64%),主要涉及22號和16號染色體;單體5例(23.81%),均為Turner綜合征;四體3例(14.29%)。染色體結(jié)構(gòu)異常2例(9.52%)。見表1。

表1 21例染色體核型異常結(jié)果

2.2 高通量測序分析結(jié)果 高通量測序檢測成功率為100%。未見明顯異常的樣本共14例(35.90%),染色體異常共25例,占樣本總例數(shù)的64.10%。其中細胞培養(yǎng)檢測染色體異常的21例中,高通量測序檢測發(fā)現(xiàn)21例染色體異常,二者檢測結(jié)果一致;未見明顯異常的14例樣本中,發(fā)現(xiàn)1例三體嵌合體(46,XX/47,XX+21)、2例拷貝數(shù)變化(CNVs)[46,XX,del(4)(p16),見圖1;46,XX,del(11)(q23)];4例檢測失敗中的樣本中,發(fā)現(xiàn)1例CNVs[46,XY,del(1)(q21)],見圖2。

圖1 高通量測序檢測CNVs結(jié)果;46.XX,del(4)(p16)

圖2 高通量測序檢測CNVs結(jié)果;46,XY,del(1)(q21)

2.3 2種分析結(jié)果比較 高通量測序總檢出率雖高于細胞培養(yǎng)染色體核型分析總檢出率[64.10%(25/39)vs.53.85%(21/39)],但差異無統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=2.250,P=0.134)。

3 討論

自然流產(chǎn)的遺傳學(xué)機制主要體現(xiàn)在染色體數(shù)目的異常變化上。當遺傳缺陷在染色體數(shù)目異常影響下增大,進而導(dǎo)致大量基因增加或缺失,破壞基因平衡,從而影響細胞增殖,將無法繼續(xù)妊娠,最終誘發(fā)自然流產(chǎn)[4-5]。

目前細胞培養(yǎng)染色體核型分析在科研領(lǐng)域受到重點關(guān)注,其在自然流產(chǎn)遺傳學(xué)病因的診斷中發(fā)揮重要作用,但是其存在標本要求高、檢測時間長等局限性[7-8]。研究表明,在細胞培養(yǎng)染色體核型分析操作過程中需要經(jīng)過諸多步驟,繁瑣的環(huán)節(jié)影響了其推廣,而且環(huán)節(jié)越多微生物感染風(fēng)險越高,培養(yǎng)失敗率越高,加之染色體亞端粒區(qū)域的診斷難度較高,使用細胞培養(yǎng)染色體核型分析無法獲取該區(qū)域的具體信息,即使利用高精密設(shè)備進行小片段CNVs仍無法獲取診斷依據(jù),所以諸多局限性使得細胞培養(yǎng)染色體核型分析不能完全作為判斷染色體有無異常的依據(jù)[9]。

高通量測序技術(shù)可一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短。本研究的創(chuàng)新點即利用高通量測序技術(shù)與細胞培養(yǎng)染色體核型分析進行對比,反映高通量測序技術(shù)的具體優(yōu)勢。研究表明,高通量測序技術(shù)可通過調(diào)整測序的深度及覆蓋度加強染色體亞端粒區(qū)域的觀察,獲取準確的判斷依據(jù),進而為臨床了解自然流產(chǎn)的遺傳學(xué)病因提供依據(jù),提示高通量測序技術(shù)可有效提高自然流產(chǎn)胚胎染色體異常的檢出率[10-12]。本研究結(jié)果顯示,高通量測序技術(shù)對于染色體異常的檢出率高于細胞培養(yǎng)染色體核型分析,且在細胞培養(yǎng)染色體核型分析中未發(fā)現(xiàn)異常的標本,利用高通量測序技術(shù)也可檢出染色體異常,但二者差異無統(tǒng)計學(xué)意義,可能與樣本量較小有關(guān)。但是在比較兩種方法檢測自然流產(chǎn)絨毛染色體過程中,仍然體現(xiàn)出高通量測序的優(yōu)勢:在39例標本中,細胞培養(yǎng)染色體核型分析有4例因絨毛組織培養(yǎng)失敗而不能進行分析,無法得到結(jié)果。說明細胞培養(yǎng)染色體核型分析對標本要求較高,需要標本新鮮無菌,同時需要專業(yè)人員的技術(shù)水平也較高,在一定程度上限制了其應(yīng)用。高通量測序技術(shù)檢測可行性較佳,其無較高的標本要求,在-20℃冷凍保存14個月也能檢測成功,更有利于臨床推廣[13-15]。在本研究中,高通量測序發(fā)現(xiàn)細胞培養(yǎng)染色體核型分析未見明顯異常的14例樣本中,發(fā)現(xiàn)染色體異常3例。傳統(tǒng)細胞培養(yǎng)染色體核型分析的方法只能檢測10 Mb以上片段的重復(fù)和缺失,無法檢測到微小片段的重復(fù)和缺失。而高通量測序可以發(fā)現(xiàn)200 Kb以上片段的重復(fù)和缺失,可以獲得更高的染色體結(jié)構(gòu)異常檢出率。從標本檢測時長上看,細胞培養(yǎng)染色體核型分析單個樣本檢測時間約為30 d,而高通量測序檢測時間僅10 d左右,大大縮短了患者的等待時間。

綜上所述,高通量測序檢測技術(shù)是一項有助于明確自然流產(chǎn)遺傳學(xué)因素的高效遺傳學(xué)檢測手段,可作為細胞培養(yǎng)染色體核型分析檢查的有力補充,值得臨床推廣和廣泛應(yīng)用。

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