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陜西不同地區(qū)馬鈴薯腐爛莖線蟲的分離鑒定及同源性分析

2020-06-04 03:21楊藝煒王家哲
關(guān)鍵詞:B型線蟲甘薯

劉 晨,楊藝煒,王家哲,常 青,洪 波,張 鋒

(陜西省生物農(nóng)業(yè)研究所,西安 710043)

馬鈴薯俗稱土豆,作為全球第四大糧食作物在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中具有舉足輕重的地位[1]。但中國馬鈴薯產(chǎn)業(yè)一直飽受病害困擾,馬鈴薯病害嚴(yán)重制約國內(nèi)馬鈴薯單位面積產(chǎn)量的提升以及馬鈴薯產(chǎn)業(yè)的進(jìn)一步發(fā)展,目前陜西省馬鈴薯產(chǎn)業(yè)面臨著同樣問題。甘薯已經(jīng)成為中國許多省(區(qū))調(diào)整農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu),促進(jìn)農(nóng)村產(chǎn)業(yè)發(fā)展的重要作物,甘薯在陜西省也逐步成為重要經(jīng)濟(jì)作物,對于帶動(dòng)區(qū)域農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)發(fā)展具有重要意義。馬鈴薯腐爛莖線蟲(Ditylenchusdestructor)也被稱為Potato nematode,最初發(fā)現(xiàn)于馬鈴薯上,是其貯藏期一種重要病害[2],也是嚴(yán)重為害馬鈴薯的重要病原之一[3]。在中國,馬鈴薯腐爛莖線蟲首次在甘薯上被分離出來,發(fā)生嚴(yán)重時(shí)可造成80%以上的減產(chǎn),甚至絕收[4-5]。此外,腐爛莖線蟲還可為害蠶豆、小麥、當(dāng)歸、三七等幾十種農(nóng)作物及中藥材[6]。

馬鈴薯腐爛莖線蟲目前主要分為2類基因型,有文獻(xiàn)[7]報(bào)道這2個(gè)基因型在尾長、C值、V值等形態(tài)特征值上存在顯著差異。2007年,有學(xué)者[8]對多個(gè)馬鈴薯腐爛莖線蟲種群的核糖體ITS區(qū)序列進(jìn)行比對,發(fā)現(xiàn)在中國不同地理種群明顯分為2個(gè)生物型,即A型和B型這兩種。此外,還有多篇文獻(xiàn)也證實(shí)馬鈴薯腐爛莖線蟲種群中存在2類基因型這一結(jié)論[9-11]。有國外學(xué)者將不同寄主作物上的馬鈴薯腐爛莖線蟲群體分為A型、B型、C型、D型、E型、F型和G型這7個(gè)不同生物型[12-13]。A型僅在中國發(fā)現(xiàn),且只為害甘薯,B型和E型主要為害甘薯和馬鈴薯,C型寄主為馬鈴薯、甘薯及大蒜,D型可侵染大蒜,F(xiàn)型在甘薯和黃芪上有分離出來,G型為害馬鈴薯。

1925年,馬鈴薯腐爛莖線蟲首次在美國甘薯上被發(fā)現(xiàn)[14],傳入中國后,在北京、山東、河北等甘薯生產(chǎn)區(qū)均造成嚴(yán)重為害[15]。馬鈴薯腐爛莖線蟲在國外主要為害馬鈴薯,在國內(nèi)主要為害甘薯,但近幾年,在甘肅等地也發(fā)現(xiàn)此線蟲為害馬鈴薯[16-18]。因此,明確該病原線蟲的生物型及系統(tǒng)發(fā)育地位,可為其致病性研究奠定基礎(chǔ),同時(shí)為馬鈴薯及甘薯生產(chǎn)區(qū)腐爛莖線蟲的防治提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 材 料

2018年3月至12月期間,馬鈴薯腐爛莖線蟲采自陜西省榆林市定邊縣、靖邊縣、神木縣及榆陽區(qū)的馬鈴薯發(fā)病田,及陜西省渭南市合陽縣及興平市的甘薯發(fā)病田。

1.2 試驗(yàn)方法

1.2.1 線蟲的分離 將不同地區(qū)采集病薯的典型病塊區(qū)切下,切成1 cm×1 cm小塊,清水沖洗干凈,取雙層面巾紙將其包住,采用漏斗分離線蟲。收集到的線蟲用0.5%次氯酸鈉浸泡、消毒5 min,無菌水沖洗3遍,保存,備用。

1.2.2 形態(tài)學(xué)鑒定、線蟲標(biāo)本制作及特征值測量 將分離得到的腐爛莖線蟲懸浮液,置于65 ℃水浴處理0.5 min熱力殺死[19-21],并制成玻片以供觀察。應(yīng)用EZcam軟件,在顯微鏡下對腐爛莖線蟲的主要形態(tài)特征進(jìn)行觀察、測量及拍照。主要測量數(shù)據(jù)包括線蟲的體長(L)、體寬(W)、口針長度(S)、頭長(H)、尾長(T)等[22],對比不同生物型的馬鈴薯腐爛莖線蟲在形態(tài)上的差異。每組測量20條線蟲,計(jì)算平均值。

掃描電鏡觀察:將線蟲置于裝有5%戊二醛的離心管中于4 ℃下固定3 h,在3 000 r/min下離心2 min,棄上清,留下層的線蟲,用0.2 mol/L磷酸鹽緩沖液進(jìn)行沖洗之后,在3 000 r/min下離心2 min,棄上清,留下層的線蟲,用超聲波清洗儀將線蟲于30 ℃條件下清洗30 min,經(jīng)體積分?jǐn)?shù)依次為10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%乙醇梯度脫水,每級脫 8 min,離心2 min。再依次用乙酸異戊酯與無水乙醇體積比分別為1∶2、1∶1、2∶1、1∶0的乙酸異戊酯與無水乙醇混合液置換,每步置換6 min,離心2 min,EMITECH-K850型臨界點(diǎn)干燥儀干燥,MSP-1S型離子濺射儀噴金鍍膜,在HITACHI-3400N型掃描電子顯微鏡下觀察并照相。

1.2.3 分子生物學(xué)鑒定提取線蟲DNA 向1.5 mL離心管內(nèi)加入16 μL×PCR Buffer(去Mg2+)、4 μL蛋白酶K、40 μL ddH2O,再將線蟲放入混合液中;將離心管置于液氮中研磨,反復(fù)研磨3次;離心管水浴65 ℃保溫90 min;再放置 85 ℃金屬浴10 min,取出放至室溫即可用于PCR擴(kuò)增。

PCR擴(kuò)增條件:反應(yīng)選取腐爛莖線蟲線粒體COI通用引物、核糖體ITS通用引物及A型生物型及B型生物型的特異性引物(表1)。

表1 用于鑒定馬鈴薯腐爛莖線蟲的引物Table 1 Primers of Ditylenchus destructor

PCR反應(yīng)體系為2×TaqMix 25 μL(上海生工),20 μmol/L上游引物2 μL,20 μmol/L下游引物2 μL,DNA模板2 μL,H2O補(bǔ)充總體積至50 μL。PCR 擴(kuò)增反應(yīng)為95 ℃預(yù)變性4 min, 94 ℃變性30 s,50 ℃退火30 s,72 ℃ 延伸 2 min,35個(gè)循環(huán);72 ℃最后延伸7 min,PCR產(chǎn)物4 ℃保存。PCR反應(yīng)結(jié)束后,1%瓊脂糖凝膠電泳檢測。

1.2.4 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建 將PCR產(chǎn)物送至上海生工生物工程有限公司,進(jìn)行測序(Sanger 測序)。利用MEGA 6.0軟件,采用鄰接法(Neighbour-Joining, NJ)分別對線粒體COⅠ及核糖體ITS序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建。

2 結(jié)果與分析

2.1 腐爛莖線蟲形態(tài)學(xué)鑒定

在40倍顯微鏡下觀察可見,雌性腐爛莖線蟲溫?zé)崴劳龊笙x體略向腹部彎曲,蟲體表角質(zhì)膜上有細(xì)環(huán)紋,環(huán)距1 μm ,唇區(qū)低且平滑,稍突出于體外,頭區(qū)與體軀之間有一輕微的溢縮。蟲體側(cè)寬約占整體寬的1/5 ,側(cè)線6 條(圖1)。食道屬墊刃型,口針細(xì)小,長10~13 μm ,口針基球小而明顯,呈圓形(圖2)。中食道球卵圓形,肌肉質(zhì),具瓣門。狹部窄,其上環(huán)繞神經(jīng)環(huán)。后食道腺體從背面或側(cè)面交蓋腸的前端,約交蓋半個(gè)體寬至1 個(gè)體寬。后陰子宮囊明顯,其長度一般為陰門到肛門距離的2/3。卵母細(xì)胞在近子宮處單行排列。后陰子宮囊長約達(dá)陰門至肛門距離的3/4 位置處。尾圓錐形,略向腹部彎,尾端細(xì)圓(圖2)。

雄蟲蟲體前端形態(tài)與雌性蟲形態(tài)相似,尾略窄,尾端細(xì)圓;交合刺略向腹部彎曲。交合傘始于交合刺前端相對應(yīng)的位置,向后伸約尾長的75%,基部膨大, 其寬處有2個(gè)指狀突起;引帶簡單且短(圖2)。

2.2 不同生物型腐爛莖線蟲特征值測量

對不同生物型的馬鈴薯腐爛莖線蟲雌、雄成蟲各測量20頭,測量結(jié)果見表2。

A.6面輻射狀唇片;B.交合傘始于交合刺前端;C.體中側(cè)區(qū)6條側(cè)線

A.Six radial labrum; B.Copulatory bursa begins at the front of speculum; C.Six lateral lines of middle body side

圖1 馬鈴薯莖線蟲掃描電鏡照片
Fig.1 Stereoscan photograph ofDitylenchusdestructor

A.雄蟲交合刺側(cè)面及交合傘;B.交合刺腹面及指狀;C.雌蟲陰門及尾部;D.頭部溢縮及口針;標(biāo)尺:A/B/C=25 μm,D=10 μm

A.Spiculum lateral surface and copulatory bursa of male; B.Segmental venter and finger of speculum; C.Cunnus and tail of female; D.Excessive shrinkage and lancet of head; scaleplate:A/B/C=25μm,D=10μm

圖2 馬鈴薯腐爛莖線蟲顯微鏡下特征形態(tài)Fig.2 Characteristic morphology under microscope of Ditylenchus destructor

注:a=體長/體寬;b=體長/體前部至腸前端距離;c=體長/尾長;V=體前端至陰門距離×100/體長。

Note:a=Length/width;b=Length/distance from anterior body to anterior intestine;c=Length/Tail;V=Distance from anterior end of body to vulva×100/length.

從表2可以看出,無論B型還是A型腐爛莖線蟲的雌成蟲均比雄成蟲體長長,體寬也略寬,合陽與興平的A型馬鈴薯腐爛莖線蟲雌成蟲與雄成蟲在體長、a值、b值、c值及V值之間差異不顯著,B型腐爛莖線蟲雌成蟲與雄成蟲的體長均比A型的顯著減小,雌成蟲的V值B型比A型小,但a值B型高于A型,b值、c值差異不顯著。測量結(jié)果與郭全新等[19]、劉維志等[20]的測量結(jié)果基本一致。

2.3 腐爛莖線蟲分子鑒定

2.3.1 不同地區(qū)莖線蟲線粒體COI及核糖體ITS通用引物檢測結(jié)果 通過馬鈴薯腐爛莖線蟲的線粒體通用引物擴(kuò)增陜北及關(guān)中合陽、興平的線蟲群體,從凝膠成像結(jié)果來看,所有樣品都擴(kuò)增出480 bp條帶(圖3)。用馬鈴薯腐爛莖線蟲ITS通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,結(jié)果顯示,為害陜北馬鈴薯的莖線蟲均有約950 bp的條帶,關(guān)中合陽、興平甘薯上莖線蟲均擴(kuò)增出約760 bp的條帶(圖4)。因此可以確定所有這些線蟲樣品均為馬鈴薯腐爛莖線蟲。

2.3.2 不同地區(qū)腐爛莖線蟲生物型鑒定結(jié)果 為確定不同地區(qū)馬鈴薯腐爛莖線蟲的生物型是否相同,選取A型與B型的特異性引物擴(kuò)增陜北、合陽及興平的馬鈴薯種群。從圖5可以看出,榆林地區(qū)靖邊縣、定邊縣、神木縣及榆陽區(qū)為B型馬鈴薯腐爛莖線蟲,合陽縣及興平市采集的為A型馬鈴薯腐爛莖線蟲。

圖3 ITS區(qū)通用引物擴(kuò)增結(jié)果Fig.3 Universal primer amplification of rDNA-ITS

2.4 rDNA-ITS序列分析及系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建

對馬鈴薯腐爛莖線蟲核糖體ITS通用引物擴(kuò)增產(chǎn)物測序結(jié)果在NCBI上BLAST比對后發(fā)現(xiàn),陜北B型種群與登錄號為JZ133363、JZ133338的B型馬鈴薯腐爛莖線蟲群體同源性高達(dá)99.5%,關(guān)中A型種群與A型的MH992393的同源性高達(dá)99.1%。

使用腐爛莖線蟲核糖體ITS通用引物對陜北不同地區(qū)、合陽及興平的種群進(jìn)行擴(kuò)增及測序,利用MEGA6.0軟件,將這7個(gè)序列及NCBI上已知的5個(gè)序列號為JZ133363、JZ133338的B型及MH992393的A型馬鈴薯腐爛莖線蟲種群分別構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(圖6)。從結(jié)果來看,種群DingB、JingB、ShenM及YuY的rDNA-ITS序列與已知序列MK979365、JZ133411聚為一支。XingP、HeY和 HeY2聚在一支。合陽的兩個(gè)不同樣品遺傳距離最近,與興平種群親緣性高,這3個(gè)種群均為A型馬鈴薯腐爛莖線蟲,陜北的定邊縣及靖邊縣的種群遺傳距離最近,與神木縣及榆陽區(qū)的莖線蟲種群親緣性較高,這4個(gè)種群均為B型馬鈴薯腐爛莖線蟲。同時(shí),此系統(tǒng)發(fā)育樹成功將A型、B型兩個(gè)種群的馬鈴薯腐爛莖線蟲成功區(qū)分開。此結(jié)果與分子鑒定結(jié)果較為一致。

圖4 線粒體通用引物擴(kuò)增結(jié)果Fig.4 Universal primer amplification of mtDNA

圖5 A型、B型特異性引物擴(kuò)增結(jié)果Fig.5 Specific primer amplification of type A and B

圖6 馬鈴薯腐爛莖線蟲rDNA-ITS系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.6 Phylogenetic tree of Ditylenchus destructorrDNA-ITS

3 結(jié)論與討論

通過對中國馬鈴薯腐爛莖線蟲rDNA-ITS序列對比可以看出,其種群主要分為A型和B型2個(gè)基因生物型[8,23],但關(guān)于這2個(gè)生物型群體在形態(tài)特征、寄主范圍、病理學(xué)上等方面差異的研究較少[18]。本研究首次在陜西省發(fā)現(xiàn)該線蟲為害馬鈴薯及甘薯,并首次對陜西不同地區(qū)、不同寄主上該線蟲的生物型進(jìn)行了形態(tài)學(xué)與分子生物學(xué)鑒定。結(jié)果顯示,侵染陜西省榆林馬鈴薯的為B型馬鈴薯腐爛莖線蟲,侵染陜西省合陽及興平甘薯的為A型。形態(tài)特征值的測量結(jié)果顯示,A型馬鈴薯腐爛莖線蟲比B型的體長長,體寬略寬,雌成蟲的V值較大,但a值B型馬鈴薯腐爛莖線蟲高于A型,b值、c值差異不顯著。不同地區(qū)相同生物型的莖線蟲,在形態(tài)特征值上差異并不顯著。構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,成功將A型、B型2個(gè)種群的馬鈴薯腐爛莖線蟲區(qū)分開。

有研究[18,23-24]表明:中國山東、河北及江蘇等地甘薯上馬鈴薯腐爛莖線蟲可分為A型、B型2個(gè)生物型;有學(xué)者[12]在此基礎(chǔ)上將馬鈴薯腐爛莖線蟲種群分為A-G型7個(gè)單元型,A-F單元型均在中國有發(fā)生,而G型并未發(fā)現(xiàn)。關(guān)于陜西省是否還存在馬鈴薯腐爛莖線蟲的其他生物型,及不同生物型發(fā)生區(qū)域、侵染作物種類、生物特性及其他分子生物學(xué)方面是否存在差異,還需進(jìn)一步調(diào)查研究,這將對有效預(yù)防及控制馬鈴薯腐爛莖線蟲的擴(kuò)散提供理論依據(jù)。

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