岳思君,馮翠娥,楊彥研,陳麗萍,郭 洋,鄭 蕊,蘇建宇
(寧夏大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,西部特色生物資源保護(hù)與利用教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室, 寧夏 銀川 750021)
連作障礙作為長期困擾農(nóng)業(yè)生產(chǎn)可持續(xù)發(fā)展的原因之一,其形成機(jī)制一直是農(nóng)業(yè)發(fā)展研究的熱點(diǎn)。影響農(nóng)作物連作障礙發(fā)生的因素有很多,有研究表明,其主要原因是由于土壤生態(tài)環(huán)境失衡[1]。土壤微生物在土壤生態(tài)環(huán)境中生物與環(huán)境物質(zhì)循環(huán)和能量轉(zhuǎn)換間扮演重要角色,是土壤環(huán)境正常運(yùn)行的重要組成部分[2]。同時(shí),土壤微生物對(duì)土壤基質(zhì)變化比較敏感,對(duì)土壤養(yǎng)分的吸收與轉(zhuǎn)化、作物生長發(fā)育有顯著影響[3]。連作土壤中土壤微生物群落結(jié)構(gòu)與功能的改變是導(dǎo)致土壤肥力下降、作物減產(chǎn)的主要原因[4]。連作會(huì)破壞土壤微生物群落結(jié)構(gòu)與物種多樣性,促進(jìn)病原微生物的生長與積累,抑制有益微生物繁殖,作物產(chǎn)量顯著降低[5-6]。同時(shí),土壤微生物多樣性和群落結(jié)構(gòu)也會(huì)受到作物連作時(shí)間的影響,連作時(shí)間越長,微生物群落結(jié)構(gòu)差異越明顯[7-8]。細(xì)菌是土壤環(huán)境中重要的微生物類群,研究表明,連作會(huì)影響土壤細(xì)菌的群落結(jié)構(gòu),阻礙馬鈴薯、棉花、番茄等作物的生長[9-11]。
硒砂瓜主產(chǎn)于寧夏中衛(wèi)市環(huán)香山地區(qū),其采用壓砂栽培技術(shù),并富含硒元素,故得名“硒砂瓜”,是當(dāng)?shù)刂饕慕?jīng)濟(jì)作物。硒砂瓜栽培生產(chǎn)中由于西瓜枯萎病而導(dǎo)致連作障礙嚴(yán)重,硒砂瓜產(chǎn)量和品質(zhì)受到明顯影響。目前,對(duì)于硒砂瓜土壤中細(xì)菌多樣性以及連作時(shí)間對(duì)土壤細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的影響少有報(bào)道,研究闡明連作條件下硒砂瓜土壤細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)及變化規(guī)律,對(duì)減少硒砂瓜土傳病害發(fā)生,提高硒砂瓜產(chǎn)量和品質(zhì)具有重要意義。本研究應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù),分析寧夏中衛(wèi)市環(huán)香山地區(qū)不同連作年限硒砂瓜土壤細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)特征,為采用合理有效方法防治連作條件下硒砂瓜土傳病害的發(fā)生提供理論依據(jù)。
試驗(yàn)地點(diǎn)位于寧夏中衛(wèi)市沙坡頭區(qū)(105°25′ E、36°97′ N),海拔1 642.0 m,年平均氣溫8.8℃,年降水量179.6 mm,年蒸發(fā)量為1 829.6 mm,供試土為砂土。
試驗(yàn)設(shè)置5個(gè)處理:分別為連作5 a(T5)、10 a(T10)、15 a(T15)、20 a(T20)及對(duì)照土壤(T0,未種植硒砂瓜),各處理分別設(shè)置3個(gè)重復(fù),根據(jù)連作時(shí)間進(jìn)行試驗(yàn)設(shè)計(jì)。
于2017年10月1日在試驗(yàn)區(qū)采樣。硒砂瓜采收后期去除表層(0~15 cm)砂石,在深度為15~25 cm處取土,每個(gè)處理各采集3份土壤,每份土樣分別采用五點(diǎn)取樣法取樣,除去土壤中的植物根系、碎石及其他雜物,混勻成1份土樣裝進(jìn)塑封袋,置入冰盒帶回實(shí)驗(yàn)室,一部分鮮土置于超低溫冰箱,用于微生物多樣性研究;另一部分土樣自然風(fēng)干后過1 mm篩子,用于測(cè)定土壤中全氮、全鉀、全磷、堿解氮、速效磷、速效鉀、pH值、有機(jī)質(zhì)等。
按照土壤農(nóng)化分析方法[12],土壤pH值采用電位法測(cè)定(水∶土=2.5∶1);土壤有機(jī)質(zhì)含量測(cè)定采用重鉻酸鉀外加熱法,全氮采用凱氏定氮法,堿解氮采用擴(kuò)散法,全磷采用礬鉬黃比色法,速效磷采用鉬銻抗比色法,全鉀采用ICP法,速效鉀采用原子吸收分光光度計(jì)法。
土壤樣本送上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司的Illumina Miseq PE300 平臺(tái)(San Diego, CA, USA)進(jìn)行16s rDNA高通量測(cè)序。
原始測(cè)序序列使用Trimmomatic[13]軟件質(zhì)控,使用FLASH軟件進(jìn)行拼接:去除質(zhì)控后長度低于50 bp的序列;去除模糊堿基;根據(jù)重疊堿基overlap將兩端序列進(jìn)行拼接。使用的UPARSE v7.1軟件[14],對(duì)有效數(shù)據(jù)在97%的相似度水平進(jìn)行操作分類單元OTU聚類;使用UCHIME軟件[15]剔除嵌合體。利用RDP classifier (http://rdp.cme.msu.edu/)[16]對(duì)每條序列進(jìn)行物種分類注釋,比對(duì)Unite(Release 6.0 http://unite.ut.ee/index.php)數(shù)據(jù)庫,設(shè)置比對(duì)閾值為70%,并在各個(gè)水平上統(tǒng)計(jì)樣本的群落組成。
試驗(yàn)數(shù)據(jù)采用Microsoft Excel 2016進(jìn)行計(jì)算,通過SPSS 19.0進(jìn)行單因素方差分析(P<0.05),表中數(shù)據(jù)均采用平均值±標(biāo)準(zhǔn)差表示。
不同連作年限土壤pH值均大于8,為堿性土。土壤pH值隨連作年限的增加而增大,至連作20 a略有降低;與T0土壤相比,T5~T20土壤有機(jī)質(zhì)、全氮、速效鉀、全磷含量均增加,其中T5土壤中全氮、速效磷、全磷、速效鉀、堿解氮含量最高,T15土壤中有機(jī)質(zhì)含量最高。從結(jié)果可知,土壤綜合理化性質(zhì)與硒砂瓜連作年限不存在相關(guān)性。因此,硒砂瓜連作障礙不是由于土壤理化性質(zhì)的改變所導(dǎo)致的(表1)。
對(duì)5份不同連作年限的硒砂瓜土壤樣本v3-v4區(qū)進(jìn)行Illumina 高通量測(cè)序并進(jìn)行優(yōu)化后,5份土壤樣本共獲得835 534條序列,平均序列長度為438.99,總堿基數(shù)為366 797 133 bp?;赟obs指數(shù)的稀釋曲線分析(圖1)表明,各樣本的稀釋曲線基本趨向平坦,說明本次測(cè)序數(shù)據(jù)量合理,能夠比較真實(shí)地反映土壤樣本的細(xì)菌群落。
對(duì)不同連作年限硒砂瓜土壤中細(xì)菌進(jìn)行Alpha多樣性分析,結(jié)果見表2。結(jié)果表明,T0土壤細(xì)菌多樣性最低,隨著連作年限的增加,硒砂瓜土壤中細(xì)菌多樣性逐漸增加,T20土壤細(xì)菌多樣性最高。硒沙瓜土壤中細(xì)菌多樣性隨著連作年限的增加而增加。
表1 不同連作年限的土壤理化性質(zhì)
注:T0、T5、T10、T15、T20分別指未種植硒砂瓜處理及連作5、10、15、20 a處理,下同。
Note: T0, T5, T10, T15, and T20 refer to the treatment of non-planted selenium-sand melon and continuous cropping for 5, 10, 15 a and 20 a, respectively. The same below.
根據(jù)高通量測(cè)序結(jié)果分析,從5份供試土壤樣本中共檢測(cè)出細(xì)菌39門、98綱、189目、349科、620屬、1195種。在門水平上(圖2),不同連作年限的硒砂瓜土壤物種組成較為相似,其中放線菌門(Actinobacteria)、變形菌門(Proteobacteria)、綠彎菌門(Chloroflexi)、酸桿菌門(Acidobacteria)相對(duì)豐度超過10%,豐度分別為20.71%~24.14%、17.08%~24.14%、15.82%~18.45%、11.76%~18.83%,是硒砂瓜土壤中的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌群落;此外厚壁菌門(Firmicutes)、芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)、硝化螺旋菌門(Nitrospirae)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、浮霉菌門(Planctomycetes)、unclassified-norank在土壤中相對(duì)豐度大于1%,是土壤中細(xì)菌主要的門。與T0相比,隨連作時(shí)間增加,變形菌門、綠彎菌門豐度呈逐漸下降趨勢(shì),酸桿菌門豐度呈逐漸增加的趨勢(shì),且在T15中豐度最高,為18.83%,且T0中變形菌門、T5中放線菌門、T15中酸桿菌門細(xì)菌豐度最高,分別為24.14%、25.97%、18.83%;T0、T10中變形菌門、硝化螺旋菌門細(xì)菌豐度顯著高于其它組份物種豐度(P<0.05)。
在綱水平上(圖3),土壤樣本中優(yōu)勢(shì)綱分別為放線菌綱(Actinobacteria)、酸桿菌綱(Acidobacteria)、α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)、芽單胞菌綱(Gmmatimonadetes)、桿菌綱(Bacilli)、熱原體綱(Thermomi-crobia)、γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)、β-變形菌綱(Betaproteobacteria)。在T5中放線菌綱豐度最高為25.97%,酸桿菌綱隨連作年限增加呈先增加后下降趨勢(shì),并在T15中豐度達(dá)到18.83%,γ-變形菌綱在T5中豐度最低(5.23%),在T20中桿菌豐度最高(8.18%)。
注:不同字母表示處理間差異顯著(P<0.05)。Note: Different letters indicate significant difference at P<0.05.圖1 硒砂瓜連作土壤樣本在OTU水平稀釋曲線Fig.1 Rarefaction curves of OTU level in soil samples of selenium-sand melon continuous cropping
表2 不同連作年限硒砂瓜土壤細(xì)菌多樣性指數(shù)和豐富度指數(shù)
在目水平(圖4),豐度前5的類群分別為norank_c_Acidobacteria、芽孢桿菌目(Bacillales)、芽單胞菌目(Gemmatimonadales)、根瘤菌目(Rhizobiales)、酸微菌目(Acidimicrobiales)。隨連作年限增加,norank_c_Actinobacteria豐度先增加后減少,在T15中豐度為13.97%;芽孢桿菌目在T15中豐度最低(5.08%),在T20中豐度最高(8.15%);芽單胞菌目在T10中豐度最高(7.77%);根瘤菌目在T5中豐度最高(6.64%);隨連作年限增加,酸微菌目豐度呈下降趨勢(shì)。
圖2 硒砂瓜不同連作年限土壤細(xì)菌群落在門水平相對(duì)豐度Fig.2 Relative abundance of soil bacterial communities at phylum level in different continuous cropping years of selenium-sand melon
圖4 硒砂瓜不同連作年限土壤細(xì)菌群落在目水平相對(duì)豐度Fig.4 Relative abundance of soil bacterial communities at order level in different continuous cropping years of selenium-sand melon
圖5 硒砂瓜不同連作年限土壤細(xì)菌群落在科水平相對(duì)豐度Fig.5 Relative abundance of soil bacterial communities at family level in different continuous cropping years of selenium-sand melon
在科水平(圖5),豐度前6的類群分別為norank_c_Acidonbacteria、芽單胞菌科(Gemmatimonadaceae)、芽孢桿菌科(Bacillaceae)、norank_c_Actinobacteria、norank_o_JG-KF-CM45、厭氧繩菌科(Anaerolineaceae)。隨連作年限增加,norank_c_Actinobacteria豐度先增加后減少,在T15中豐度為13.97%;芽單胞菌科在T5中豐度最低(4.21%),在T10中豐度最高(7.77%);芽孢桿菌科在T10中豐度最高為5.84%,其次是T20(5.80%),厭氧繩菌科在T0中豐度最高(3.99%),在T5中豐度最低(1.50%)。
基于細(xì)菌OUT水平主成分分析結(jié)果表明, T10、T15、T20土壤樣本點(diǎn)距離比較近,T5與T15、T20樣本部分距離較近,群落結(jié)構(gòu)相似,而T0土壤樣本單獨(dú)聚在一起,群落結(jié)構(gòu)與其他連作土壤樣本中的群落結(jié)構(gòu)不同,表明長期種植硒砂瓜后,土壤細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)會(huì)趨于一致性(圖6)。
圖6 硒砂瓜不同連作年限土壤細(xì)菌基于OTU水平的PCA分析Fig.6 PCA analysis of soil bacterial based on OTU level in different continuous cropping years of selenium-sand melon
對(duì)土壤細(xì)菌群落與土壤理化因子進(jìn)行冗余分析(RDA),結(jié)果如圖7所示。有機(jī)質(zhì)、速效磷是硒砂瓜連作土壤細(xì)菌群落組成的主要影響因子。
對(duì)不同連作年限硒砂瓜土壤細(xì)菌群落組成(綱水平)與土壤理化因子間相互關(guān)系分析發(fā)現(xiàn),放線菌綱與土壤理化性質(zhì)無顯著相關(guān)性(P>0.05),酸桿菌綱與有機(jī)質(zhì)含量呈極顯著正相關(guān)(P<0.01),α-變形菌綱與速效磷含量呈極顯著正相關(guān)(P<0.01),芽單胞菌綱與全磷含量呈顯著負(fù)相關(guān)(P<0.01),桿菌與有機(jī)質(zhì)含量呈極顯著負(fù)相關(guān)(P<0.01),熱原體綱與全磷、堿解氮含量呈顯著正相關(guān)(P<0.05),與全鉀含量呈顯著負(fù)相關(guān)(P<0.05)(表3)。
圖7 土壤細(xì)菌群落與土壤理化因子的RDA分析Fig.7 RDA analysis of soil bacterial communities and soil physicochemical properties
表3 土壤細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)與土壤理化性質(zhì)的相關(guān)性
注:**P<0.01; *P< 0.05.
硒砂瓜是寧夏地區(qū)特有的經(jīng)濟(jì)作物,但連作障礙對(duì)硒沙瓜產(chǎn)量和品質(zhì)造成嚴(yán)重影響,是目前亟待解決的問題[17]。連作障礙發(fā)生的原因主要有土壤營養(yǎng)失衡、土壤理化性質(zhì)惡化、土壤微生物群落結(jié)構(gòu)失衡等。Xu等[18]研究黃連連作發(fā)現(xiàn),隨著連作時(shí)間的增加,堿解氮、速效磷和速效鉀含量都出現(xiàn)增加的趨勢(shì),與本研究中T5~T20土壤有機(jī)質(zhì)、全氮、速效鉀、全磷含量均增加的結(jié)果相似,硒砂瓜連作障礙并不是由于土壤理化性質(zhì)的改變所導(dǎo)致。
土壤微生物對(duì)作物的健康生長起著重要作用,有益微生物能增加土壤肥力、改善根際土壤環(huán)境、促進(jìn)根系的生長和防治植物病害等[19]。越來越多的研究表明,連作障礙與作物根際土壤微生物密切相關(guān)[20]。龔治翔等[21]研究表明,造成連作障礙的主要原因是由于土壤微生物群落結(jié)構(gòu)的改變;朱菲瑩等[22]研究結(jié)果顯示,根際土壤細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)是影響西瓜枯萎病發(fā)生的主要環(huán)境因子。
本研究結(jié)果表明,不同連作年限硒砂瓜土壤細(xì)菌優(yōu)勢(shì)群落主要為放線菌門、變形菌門、綠彎菌門、酸桿菌門、厚壁菌門,這與香榧、棉花、苧麻等的相關(guān)研究結(jié)果[23-25]相似。其中放線菌門隨著連作時(shí)間的增加,會(huì)出現(xiàn)先增加后下降的趨勢(shì),在T5中豐度最高(圖2),放線菌門大多數(shù)微生物主要降解纖維素甚至許多難降解的芳香族化合物,對(duì)于土壤的礦化作用起十分重要的作用[26]。70%抗生素來源于放線菌,其產(chǎn)生的抗生素及其代謝產(chǎn)物對(duì)動(dòng)物植物等都具有重要作用[27]??赏茰y(cè)放線菌門在作物的連作過程中會(huì)抑制病原菌的侵害,其對(duì)長期連作土壤土傳病害有一定的防治能力。變形菌門和放線菌門都是土壤中有益的菌門,參與各種有機(jī)物碳氮循環(huán),如固氮菌,對(duì)作物在土壤中氮的吸收有一定的作用。綠彎菌門是一種能通過光合作用并以CO2為碳源產(chǎn)生能量的微生物,在有機(jī)質(zhì)等營養(yǎng)含量低的土壤中也有較強(qiáng)的競(jìng)爭(zhēng)力,而硒砂瓜種植于干旱的沙漠地區(qū),壓砂種植,日照充足,土壤貧瘠,因此,綠彎菌門可能對(duì)硒砂瓜的生長具有重要作用。酸桿菌門是土壤微生物的重要成員,能降解植物殘?bào)w、進(jìn)行光合作用、參與碳化合物代謝等,在土壤物質(zhì)循環(huán)和生態(tài)環(huán)境構(gòu)建過程中起到非常重要的作用[28]。聶園軍等[29]研究表明,隨著連作時(shí)間的增加,西瓜土壤中有益微生物的降低而病原菌所在的鐮刀菌屬(Fusarium)相對(duì)豐度增加,造成西瓜枯萎病的發(fā)生。本研究中,隨著連作時(shí)間的增加,放線菌門、變形菌門、綠彎菌門豐度逐漸下降,可推測(cè)其有益菌豐度的降低,使得土壤抵抗性差,土壤中病原菌數(shù)量增加,從而造成連作障礙。
在目水平上,芽孢桿菌目、芽單胞菌目、根瘤菌目是硒砂瓜土壤中的優(yōu)勢(shì)類群。研究表明,絕大多數(shù)芽孢桿菌都是有益菌,對(duì)植物病原菌的防治具有重要價(jià)值[30],李丹等[31]研究表明,解淀粉芽胞桿菌對(duì)西瓜枯萎病有較強(qiáng)的防治作用,岳菊[32]篩選的枯草芽孢桿菌對(duì)西瓜枯萎病的防效達(dá) 80.4%。本試驗(yàn)結(jié)果表明,隨著連作時(shí)間的增加,芽孢桿菌目豐度呈現(xiàn)先增后降再升的趨勢(shì),在T15土壤中豐度最低,在T20土壤中豐度最高,可能是由于隨著連作時(shí)間的增加,病原菌數(shù)量增加,導(dǎo)致芽孢桿菌目中有益菌數(shù)量減少;芽孢桿菌目在T20土壤中豐度增加,可能是由于長時(shí)間的連作使得土壤中細(xì)菌菌群變化較大,因?yàn)殚L期連作擾亂了細(xì)菌群落結(jié)構(gòu),導(dǎo)致細(xì)菌群落增多[21,33],同時(shí),這也與本研究中不同連作年限土壤細(xì)菌多樣性增加的結(jié)果一致。
不同連作年限硒砂瓜土壤理化性質(zhì)變化不顯著,硒沙瓜連作障礙的產(chǎn)生不是由于土壤理化性質(zhì)的變化引起的,而是由于土壤微生物群落結(jié)構(gòu)的變化所導(dǎo)致的。隨著連作時(shí)間的增加,細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,細(xì)菌群落增多,連作土壤中細(xì)菌群落多樣性增加。在群落結(jié)構(gòu)上,放線菌門、變形菌門、綠彎菌門、酸桿菌門、厚壁菌門等有益微生物豐度的下降,造成連作障礙的產(chǎn)生。研究結(jié)果對(duì)于采用合理有效的方法改善土壤連作障礙具有重要意義。