王芬，裴會敏，文狄，李靜

（黔南民族師范學(xué)院 生物與農(nóng)學(xué)院，貴州都勻 558000）

人類基因組計劃完成之后，蛋白質(zhì)組學(xué)[1]的研究方興未艾，其是探索生物體內(nèi)所有蛋白質(zhì)表達(dá)模式的科學(xué)，對蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)（PPIN）[2]的探索是其中重要領(lǐng)域之一。蛋白質(zhì)相互作用（PPI）是指互相碰觸或者功能相關(guān)的蛋白分子，如在同一條信號通路中的蛋白質(zhì)可能具有互作關(guān)系。蛋白間的互作有多種表現(xiàn)形式，在亞細(xì)胞定位、基因座位、表達(dá)時相、序列特征、進(jìn)化過程、表達(dá)量等很多方面具有相似或相關(guān)的性狀。過去人們研究的重點主要集中在單個蛋白質(zhì)或少數(shù)幾個蛋白質(zhì)上，限制了從整體上對生物過程的了解。因而，對蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的研究可以讓人們從總體上對生物過程有系統(tǒng)的了解，意義重大。

1 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)研究方法概述

1.1 實驗方法

科研人員在研究PPI時會按照實驗?zāi)康暮蛯嶒炓蟛捎孟鄳?yīng)的實驗方案。對已發(fā)現(xiàn)的PPI，研究者往往注重的是其互作模式，一般采用驗證性的實驗方案。例如，科研人員欲獲得某個蛋白質(zhì)在細(xì)胞中的互作情況，可以采用酵母雙雜交[3]技術(shù)，或是得到與這個蛋白質(zhì)具有相互作用的蛋白復(fù)合物，然后分離復(fù)合物并對其成分進(jìn)行鑒定驗證。目前，用來構(gòu)建PPI的技術(shù)主要有串聯(lián)親和純化、質(zhì)譜分析的親和捕獲[4]、酵母雙雜交、免疫共沉淀、化學(xué)交聯(lián)[5]、噬菌體展示技術(shù)[6]、激酶交互化驗、雙分子熒光互補(bǔ)技術(shù)[7]和蛋白質(zhì)芯片[8]等，這些技術(shù)各有優(yōu)缺點。例如，串聯(lián)親和純化技術(shù)[9]的優(yōu)點是既可以減少復(fù)合體在細(xì)胞內(nèi)的修飾和結(jié)合狀態(tài)，也可以減少非特異性蛋白質(zhì)的結(jié)合；缺點是不能高效檢測到較弱或瞬時的互作，且價格昂貴。酵母雙雜交則相反，能捕捉到較弱或瞬時的互作而且性價比高，但準(zhǔn)確性不高。免疫共沉淀[10]雖然具有酵母雙雜交的優(yōu)點，然而特異性卻不高。雙分子熒光互補(bǔ)技術(shù)兼具酵母雙雜交和免疫共沉淀的優(yōu)點，但是不能實時反映蛋白的互作情況。蛋白質(zhì)芯片技術(shù)的通量高，但特異性低。為了對在實驗中得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行有效分析，利用生物信息學(xué)方法來研究PPI勢在必行。

1.2 生物信息學(xué)方法

目前，優(yōu)先結(jié)合模型和復(fù)制分歧模型[11]、蛋白序列系統(tǒng)發(fā)生過程[12]、貝葉斯網(wǎng)絡(luò)[13]、蛋白質(zhì)表達(dá)[14]、亞細(xì)胞定位[15]、基因組上下文關(guān)系[16]、文獻(xiàn)挖掘和歸納總結(jié)[17]、同源比對[18]等計算方法主要用來預(yù)測PPI。因此，科研人員要根據(jù)自己的實驗要求合理選擇相關(guān)的技術(shù)方法。若PPI在生物過程中發(fā)生異常，會引起相關(guān)疾病的發(fā)生。因此，開發(fā)阻止PPI的藥物也是蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)研究的熱點之一。

2 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用

2.1 功能預(yù)測

目前，已發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)在功能注釋方面還存在很大空白，濕實驗預(yù)測蛋白質(zhì)的功能耗時耗力。因此，利用生物信息學(xué)的方法來預(yù)測蛋白質(zhì)的功能任重而道遠(yuǎn)。蛋白質(zhì)是細(xì)胞功能的執(zhí)行者，幾乎參與細(xì)胞的所有生物過程，對蛋白質(zhì)功能的預(yù)測意義重大。（1）在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中形成功能模塊的蛋白具有類似功能；（2）與已知功能蛋白具有互作的蛋白具有相似的功能；（3）具有類似進(jìn)化圖譜的蛋白具有相似的功能。因此，可以通過以上3種方式來預(yù)測蛋白質(zhì)的功能。

2.2 關(guān)鍵蛋白預(yù)測

在PPIN中，關(guān)鍵蛋白質(zhì)是連接度最大的節(jié)點，如果去除關(guān)鍵蛋白，整個網(wǎng)絡(luò)就會癱瘓。因此，關(guān)鍵蛋白在生命活動中具有重要的作用，而關(guān)鍵蛋白一般表現(xiàn)為疾病蛋白。因此，研究關(guān)鍵蛋白對于開發(fā)預(yù)防和治療相關(guān)疾病的藥物具有重要的意義。

3 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)研究面臨的挑戰(zhàn)

蛋白質(zhì)組學(xué)是從整體水平上對生物系統(tǒng)進(jìn)行研究。系統(tǒng)的理解信號傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)使治療癌癥等疾病成為可能。然而，這在某種程度上依賴于對PPIN的探測。單獨的一個蛋白質(zhì)或幾個蛋白質(zhì)在生物體內(nèi)不能發(fā)揮作用，蛋白質(zhì)都是通過形成網(wǎng)絡(luò)或復(fù)合體來行使其功能的。因此，研究PPIN面臨的第1個挑戰(zhàn)是獲得純化的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)?，F(xiàn)存的PPIN數(shù)據(jù)庫主要有 STRING、DIP、BioGrid、BIND、HPRD、IntAact、MIPS和MINT等，包含了各個物種的PPIN，但是這些數(shù)據(jù)大部分都是通過計算方法得到的，準(zhǔn)確性不高，這是PPIN面臨的第2個挑戰(zhàn)。第3個挑戰(zhàn)是雖然現(xiàn)存的PPIN數(shù)據(jù)量非常龐大，但是PPI數(shù)據(jù)并不完整，有些物種的PPI甚至是空白。完成以上3個挑戰(zhàn)是PPIN未來研究和發(fā)展的主要方向。

4 結(jié)語

PPIN是從基因組到轉(zhuǎn)錄組再到蛋白組不可缺少的一環(huán)，在生物系統(tǒng)中主要起調(diào)控、修飾的作用，是生命活動的體現(xiàn)者。對預(yù)測蛋白質(zhì)的功能、挖掘關(guān)鍵蛋白、理解代謝通路具有重要的意義，更可為設(shè)計藥物靶標(biāo)、開發(fā)新藥物提供理論依據(jù)。