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基于ITS序列的薄荷種質(zhì)資源遺傳關(guān)系鑒定研究

2020-02-12 11:16吳雯雯南通科技職業(yè)學(xué)院江蘇省南通市226007
上海農(nóng)業(yè)科技 2020年1期
關(guān)鍵詞:堿基胡椒條形碼

吳雯雯 (南通科技職業(yè)學(xué)院,江蘇省南通市 226007)

薄荷是唇形科薄荷屬多年生宿根性草本植物,全草可入藥,被廣泛用于中醫(yī)藥領(lǐng)域,也是世界著名的香料植物,具有較高的藥用、食用和工業(yè)價(jià)值。全世界薄荷屬植物有30種、140多個(gè)變種,分布于美國、印度、日本等[1]。薄荷在我國各地也有廣泛栽培,主要栽培于江蘇、安徽、河南和江西等省,目前,我國的薄荷屬植物有12種,其中野生種有6種[2]。

薄荷喜生長在溪邊、河灘等潮濕地帶,因長時(shí)間栽培,種間雜交情況普遍,故對(duì)其進(jìn)行屬內(nèi)種間的鑒定較為困難[1]。傳統(tǒng)的分類方法有形態(tài)學(xué)分類法和化學(xué)成分分析法,但這兩種方法均有一定的局限性,其中,形態(tài)學(xué)分類法只能初步鑒定薄荷屬不同植物種類,且在實(shí)際操作中易受人為觀測誤差的影響;化學(xué)成分分析法易受外界環(huán)境因子的影響[3]。近年來,隨著分子標(biāo)記技術(shù)的發(fā)展,DNA水平的標(biāo)記因具有不受基因表達(dá)和環(huán)境影響的優(yōu)點(diǎn),被廣泛應(yīng)用于遺傳多樣性分析[4]。例如,謝琳等[5]利用ISSR分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)引種到海南的14個(gè)薄荷種質(zhì)資源進(jìn)行了遺傳多樣性分析,并將其分為六大類;陳小華[6]利用AFLP分子標(biāo)記將收集到的28個(gè)薄荷品種分為七大類。同時(shí),隨著分子鑒定技術(shù)的發(fā)展,DNA條形碼技術(shù)隨之產(chǎn)生,DNA條形碼鑒定法是利用基因組中一段公認(rèn)的、相對(duì)較短的DNA序列來進(jìn)行物種鑒定的一種分子生物學(xué)技術(shù),具有鑒定速度快、可重復(fù)性強(qiáng)、不受內(nèi)外因子影響等優(yōu)點(diǎn),是傳統(tǒng)鑒別方法的有效補(bǔ)充[7]。例如,陳士林等[8]推薦將ITS2作為藥用植物通用條形碼,并建立了一套鑒別技術(shù)體系。目前,DNA條形碼鑒定法在石斛、兩面針、矮地茶等藥材的識(shí)別和遺傳關(guān)系分析上已取得了一定的進(jìn)展[9-11],但利用該技術(shù)對(duì)我國薄荷主栽品種進(jìn)行遺傳分析的報(bào)道較少,僅有龐曉慧等[12]利用ITS2序列對(duì)薄荷及其相關(guān)種進(jìn)行了鑒定分析。為此,本研究基于ITS序列,對(duì)收集到的11個(gè)薄荷種質(zhì)進(jìn)行了遺傳關(guān)系分析,以期為發(fā)展DNA條形碼技術(shù)、分析薄荷遺傳關(guān)系和開發(fā)利用薄荷優(yōu)良品種提供一定的理論基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

本研究采用來自9個(gè)物種的11個(gè)樣本,分別為圓葉薄荷[Mentha rotundifdia(Linn.) huds]、胡椒薄荷-01(Mentha piperita-01)、胡椒薄荷-02(Mentha piperita-02)、美國薄荷(Monarda didymaL.)、香水薄荷(Mentha arvensis)、蘋果薄荷(Mentha suaveolens)、留蘭香(Mentha spicataLinn.)、歐薄荷[Mentha longifolia(Linn.)huds]、亞洲薄荷-01(Mentha asiatica-01)、亞洲薄荷-02(Mentha asiatica Boriss-02)、檸檬薄荷(Mentha citrata),編號(hào)依次為M1-M11。上述11個(gè)薄荷種質(zhì)資源引種地點(diǎn)見表1,所有材料經(jīng)鑒定后栽種于南通科技職業(yè)學(xué)院園藝苗圃基地內(nèi)。

1.2 試驗(yàn)方法

1.2.1 儀器和試劑

主要儀器:PCR儀(ABI verity),離心機(jī)(Eppendorf 5415D),DYY-6C電泳(北京六一儀器廠),dycp-31dn電泳槽(北京六一儀器廠),Bioses SC 760凝膠電泳圖象采集儀(上海山富科學(xué)儀器有限公司),37 ℃恒溫培養(yǎng)箱(VWR公司),超凈工作臺(tái)(蘇州凈化設(shè)備廠)。

表1 11個(gè)薄荷種質(zhì)資源信息統(tǒng)計(jì)

主要試劑:基因組DNA提取試劑盒(南通麥杰生物技術(shù)有限公司),Taq DNA聚合酶/ pfu DNA聚合酶(南通麥杰生物技術(shù)有限公司),dNTPs(南通麥杰生物技術(shù)有限公司),DL2000 ladder(Takara公司)。

1.2.2 DNA提取、PCR擴(kuò)增和測序

稱取薄荷葉片8 mg左右,置于研缽中,采用液氮速凍后,研碎葉片,然后采用植物DNA提取試劑盒提取薄荷基因組DNA。本研究根據(jù)植物保守區(qū)域設(shè)計(jì)擴(kuò)增ITS序列所用的通用引物,正向引物為ITS-F:CCGTAGGTGAACCTGCGG,反向引物為ITS-R:GACGCTTCTCCAGACTA。PCR反應(yīng)總體積為50μL。

反應(yīng)體系:10M正反向引物各1μL,taq酶(5U/)1μL,10mM dNTP 1μL,基因組DNA 2μL,10×buffer 5μL,加雙蒸水至50μL。

擴(kuò)增程序:預(yù)變性95 ℃,5 min;95 ℃,30 s;52 ℃,30 s;72 ℃,2 min;擴(kuò)增40循環(huán),周末延伸72 ℃,7 min;4 ℃保溫;將PCR產(chǎn)物純化后進(jìn)行測序。

引物合成和測序由生工生物工程(上海)有限公司完成。

1.2.3 數(shù)據(jù)分析

采用SeqMan軟件對(duì)測序結(jié)果進(jìn)行校對(duì)拼接,去除低質(zhì)量序列及引物區(qū),獲得ITS全序列。利用軟件MEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis)5.0計(jì)算物種種內(nèi)種間Kimura 2-parameter(K2P)遺傳距離。應(yīng)用最近距離法(Nearest Distance)、構(gòu)建NJ(鄰接)系統(tǒng)聚類樹方法對(duì)薄荷進(jìn)行遺傳關(guān)系鑒定分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 ITS序列

應(yīng)用MEGA 5.0軟件分析11條ITS序列,序列長度在576~709 bp,堿基A占?jí)A基總數(shù)的18.75%,堿基T占?jí)A基總數(shù)的30.84%,堿基C占?jí)A基總數(shù)的16.49%,堿基G占?jí)A基總數(shù)的33.90%,(G+C)的含量變幅為60.86%~67.47%,平均(G+C)含量為64.75%。所有序列經(jīng)過校對(duì)后提交Genbank,獲得的登錄號(hào)見表1。

2.2 遺傳距離分析

由表2可知,應(yīng)用最近距離法分析薄荷各品種間遺傳距離,其遺傳距離為0.001~1.365,平均值為0.456 6。其中,美國薄荷和檸檬薄荷間遺傳距離最大,為1.365,說明這兩個(gè)品種間的差異較大,親緣關(guān)系最遠(yuǎn);圓葉薄荷、歐薄荷、胡椒薄荷-01、胡椒薄荷-02間遺傳距離均小于0.007,表明這4個(gè)品種的親緣關(guān)系較近,尤其是圓葉薄荷和歐薄荷間遺傳距離很近,幾乎為0,說明兩者間的親緣關(guān)系最近;蘋果薄荷與檸檬薄荷間遺傳距離為0.163,而這兩個(gè)品種與其他品種間遺傳距離均在1.0以上,說明這兩個(gè)品種的遺傳背景極其相似,親緣性極為接近。

表2 11個(gè)薄荷種質(zhì)資源K2P遺傳距離

2.3 基于ITS的系統(tǒng)發(fā)育樹

基于ITS序列,構(gòu)建NJ(鄰接)系統(tǒng)聚類樹,見圖1。NJ樹顯示,11個(gè)薄荷種質(zhì)資源可分為三大類。第一大類包括美國薄荷、香水薄荷、亞洲薄荷(亞洲薄荷-01和亞洲薄荷-02)和留蘭香;第二大類包括胡椒薄荷(胡椒薄荷-01和胡椒薄荷-02)、圓葉薄荷和歐薄荷;第三大類包括蘋果薄荷和檸檬薄荷。從聚類分析結(jié)果來看,亞洲薄荷群體聚成一類,胡椒薄荷群體聚成一類,說明這些群體的遺傳關(guān)系較近,且種內(nèi)薄荷種質(zhì)資源基本能聚合在一起。

3 結(jié)果與討論

本研究利用ITS序列分析方法,對(duì)收集的11個(gè)薄荷種質(zhì)構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹。結(jié)果顯示,11個(gè)薄荷種質(zhì)資源可分為三大類;從聚類分析結(jié)果來看,兩個(gè)胡椒薄荷品種聚為一類,說明這兩個(gè)胡椒薄荷品種的遺傳關(guān)系較近;本研究所采集的圓葉薄荷與留蘭香不歸在一類,這與預(yù)期有所差異,但這也顯示了我國留蘭香群體有較大的遺傳多樣性,這為今后留蘭香新品種的培育提供了較大的可選擇空間;香水薄荷和美國薄荷歸為一類,這和謝琳等[5]的研究結(jié)果一致。綜上,本研究選用ITS序列對(duì)11份薄荷種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳關(guān)系分析,基于ITS序列構(gòu)建的NJ(鄰接)系統(tǒng)聚類樹分支明顯,可有效分析薄荷屬植物的遺傳關(guān)系。

薄荷屬植物在自然環(huán)境下生長容易發(fā)生變異,這有利于薄荷品種改良,但也造成了其遺傳背景的關(guān)系[13]?;谛蛄蟹治龅腄NA條形碼技術(shù)是目前影響較大、應(yīng)用較廣泛的DNA鑒定技術(shù),能克服傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)分類方法和常用DNA分子標(biāo)記技術(shù)的缺陷,具有可重復(fù)性良好、方法通用性強(qiáng)、可構(gòu)建統(tǒng)一數(shù)據(jù)庫和易于推廣等優(yōu)勢。

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