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偏凸山羊草fast ω-醇溶蛋白基因克隆及與WDEIA相關(guān)的IgE結(jié)合抗原表位分析

2019-04-23 08:23霍冬敖杜旭燁
河南農(nóng)業(yè)科學 2019年4期
關(guān)鍵詞:表位抗原克隆

霍冬敖,杜旭燁,朱 斌,楊 凡,郭 娟

(1.貴州師范大學,貴州 貴陽 550001; 2.河南省農(nóng)業(yè)科學院 園藝研究所,河南 鄭州 450002)

小麥儲藏蛋白主要由谷蛋白和醇溶蛋白組成,谷蛋白是一種多聚體蛋白,由谷蛋白亞基通過二硫鍵相互交聯(lián)形成。 谷蛋白亞基根據(jù)分子質(zhì)量分為高分子質(zhì)量谷蛋白亞基和低分子質(zhì)量谷蛋白亞基[1]。醇溶蛋白是一種單體蛋白,主要包括α-、γ-、ω-醇溶蛋白3類,它們可以很好地溶解在70%乙醇中[2]。在六倍體小麥中,α-醇溶蛋白由第6同源群染色體短臂上的Gli-2位點編碼,γ-和ω-醇溶蛋白由第1同源群染色體短臂上與Glu-3位點連鎖的Gli-1位點編碼[1]。在這3類醇溶蛋白中,ω-醇溶蛋白含量最低,因此,在研究中常常被忽略。前人根據(jù)ω-醇溶蛋白N端序列差異,將其分為ARE、ARQ、KEL、SRL型4類[3]。其中,ARE、ARQ和KEL型ω-醇溶蛋白基因位于1A和1D染色體上,又稱為ω-1和ω-2醇溶蛋白,SRL型ω-醇溶蛋白又稱為ω-5醇溶蛋白,其編碼基因位于1B染色體上[4]。DU等[5]研究發(fā)現(xiàn)了一系列新的ω-醇溶蛋白類型,包括GRL、NRL、SRP、SRQ、SRM型ω-醇溶蛋白。另外,根據(jù)ω-醇溶蛋白在凝膠電泳中的遷移率,可將其分為fast ω-醇溶蛋白和slow ω-醇溶蛋白,前者即ω-5醇溶蛋白,后者主要為ω-1和ω-2醇溶蛋白[4]。

小麥儲藏蛋白是保證人類蛋白質(zhì)的重要來源之一,但也是造成小麥過敏癥的重要過敏原。小麥依賴-運動誘導過敏反應(yīng)(Wheat-dependent,exercise-induced anaphylaxis,WDEIA)是由遺傳因素和環(huán)境因素相互作用而導致的一種多因子罕見疾病,患者在進食小麥制品后,一旦運動就會出現(xiàn)蕁麻疹、紅腫、全身瘙癢、低血壓甚至過敏性休克等癥狀[6]。研究發(fā)現(xiàn),fast ω-醇溶蛋白是誘發(fā)該疾病的主要過敏原,但是其發(fā)病機制尚不明確[7]。fast ω-醇溶蛋白中主要的IgE結(jié)合抗原表位包括QQFHQQQ、QQPPQQ、QQIPQQQ、QQLPQQQ、QQFPQQQ、QQSPEQQ、QQSPQQQ、QQYPQQQ、PYPP,其中,QQIPQQQ是主要的IgE結(jié)合抗原表位[8-10]。DU等[5,11]通過分析小麥及其近緣植物中的fast ω-醇溶蛋白序列發(fā)現(xiàn),多肽QQFPQQQ在fast ω-醇溶蛋白中所占比例最大,而QQIPQQQ所占比例較低。偏凸山羊草(Aegilopsventricosa,DvDvMvMv,2n=4X=28)是小麥重要的近緣植物,含有大量的優(yōu)異基因,可用于小麥的遺傳改良。目前,僅有部分fast ω-醇溶蛋白基因從小麥及其近緣植物中被克隆出來,包括小麥(Triticumaestivum)、一粒小麥(Triticummonococcum)、節(jié)節(jié)麥(Aegilopstauschii)、西爾斯山羊草(Aegilopssearsii)、擬斯貝爾脫山羊草(Aegilopsspeltoides)[5,11]。但是,對偏凸山羊草fast ω-醇溶蛋白基因的研究尚未見報道。為此,克隆偏凸山羊草中的fast ω-醇溶蛋白基因,并對其序列和IgE結(jié)合抗原表位進行分析,以期了解IgE結(jié)合抗原表位在Dv和Mv基因組中的分布,并為制備單克隆抗體進行IgE結(jié)合抗原表位的定量分析奠定基礎(chǔ)。

1 材料和方法

1.1 供試材料

偏凸山羊草Y311來自國家種質(zhì)資源庫,目前保存于貴州師范大學生命科學學院。

1.2 RNA提取和反轉(zhuǎn)錄

取開花后20 d的偏凸山羊草Y311籽粒,液氮速凍后,用研缽迅速研磨粉碎,利用植物RNA提取試劑盒(康為世紀生物科技有限公司)提取總RNA,利用HiFi Script cDNA第一鏈合成試劑盒(康為世紀生物科技有限公司)進行反轉(zhuǎn)錄,獲得cDNA,操作按照試劑盒說明書進行。

1.3 基因克隆及測序

合成引物P1和P2,用于擴增fast ω-醇溶蛋白基因,P1:5′-GAGCAATAGTAAACACAAATCAAAC-3′,P2:5′-GTTAGTCAATGGAGCATAATGTAACG-3′。為保證試驗的可靠性,本研究使用高保真LATaq酶和2 × GC Buffer Ⅰ(TaKaRa)。PCR擴增體系為50 μL,包括cDNA 0.5 μL,上、下游引物(10 μmol/L)各1.5 μL,2 × GC Buffer Ⅰ 25 μL,dNTPs(0.5 mmol/L) 2 μL,LATaq1 μL,其余均為滅菌蒸餾水。擴增程序為: 95 ℃ 5 min;95 ℃ 40 s、60 ℃ 30 s、72 ℃ 90 s,35個循環(huán);72 ℃ 8 min。PCR產(chǎn)物經(jīng)2%瓊脂糖凝膠電泳分離,回收純化后連接到pMD18-T載體上,并轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α。經(jīng)菌落PCR鑒定,篩選陽性菌落,送至華大基因公司進行基因測序。

1.4 序列分析

利用DNAMAN 6.0.2軟件對本研究克隆的fast ω-醇溶蛋白基因與NCBI中已發(fā)表的典型ω-醇溶蛋白基因編碼的氨基酸序列進行多重比對,并利用MEGA 4.0構(gòu)建進化樹[12-13]。IgE結(jié)合抗原表位的分析和統(tǒng)計參照BATTAIS等[8]和MATSUO等[9]的方法進行。

2 結(jié)果與分析

2.1 偏凸山羊草fast ω-醇溶蛋白基因克隆及序列分析

由圖1可知,利用P1和P2引物進行PCR擴增共獲得2條明顯的條帶,分別為700 bp和1 200 bp。對篩選到的陽性克隆進行測序,通過序列比對、分析,最終獲得了8個fast ω-醇溶蛋白基因,并將所得的基因序列提交到GenBank中,所獲得的基因編號為KY368672—KY368679。這8個基因全長分別為468 bp、414 bp、285 bp、1 020 bp、399 bp、1 023 bp、396 bp、489 bp?;蚪M擴增結(jié)果只顯示2條主帶,而測序結(jié)果中發(fā)現(xiàn)了低分子質(zhì)量的基因,這可能是由于fast ω-醇溶蛋白基因中重復序列相對規(guī)則且較長,容易產(chǎn)生超螺旋結(jié)構(gòu)相互纏繞,造成其在瓊脂糖凝膠電泳中無法分離。氨基酸序列多重比對表明,這8個fast ω-醇溶蛋白具有典型的ω-醇溶蛋白結(jié)構(gòu),包括1個信號肽、1個N末端、1個重復區(qū)和1個C末端(圖2)。根據(jù)ω-醇溶蛋白N端前3個氨基酸序列差異對ω-醇溶蛋白進行分類[4],

這8個ω-醇溶蛋白包括1個SRQ型ω-醇溶蛋白(KY368672)、2個TRQ型ω-醇溶蛋白(KY368673、KY368674)和5個SRL型ω-醇溶蛋白(KY368675—KY368679)(表1)。值得注意的是,本研究所得到的全部SRL型ω-醇溶蛋白中都含有1個多聚谷氨酰胺區(qū),而以前報道的SRL型ω-醇溶蛋白中無此類結(jié)構(gòu)。

M:DNA Marker Ⅰ;1:PCR擴增產(chǎn)物

方框標注的序列為多聚谷氨酰胺區(qū)

基因編號GenBank No.基因組Genome類型Type基因長度/bpLength of the gene 氨基酸數(shù)/個Amino acids number分子質(zhì)量/kuMolecular weightKY368672DvSRQ46815516.55KY368673DvTRQ41413714.06KY368674DvTRQ285948.90KY368675MvSRL1 02033938.97KY368676MvSRL39913213.39KY368677MvSRL1 02334039.03KY368678MvSRL39613113.21KY368679MvSRL48916217.03

2.2 偏凸山羊草fast ω-醇溶蛋白IgE結(jié)合抗原表位分析

通過分析已知的IgE結(jié)合抗原表位(表2)發(fā)現(xiàn),8個偏凸山羊草fast ω-醇溶蛋白中均有多肽QQFPQQQ,在KY36875和KY36877中出現(xiàn)次數(shù)最多,分別為18次和17次。同時,這2個fast ω-醇溶蛋白中都含有21個IgE結(jié)合抗原表位,意味著它們可能有較強的致敏能力。前人研究發(fā)現(xiàn),小麥中4個主要的IgE結(jié)合抗原表位為QQIPQQQ、QQFPQQQ、QQSPQQQ和QQSPEQQ[8-9]。本研究發(fā)現(xiàn),QQFPQQQ出現(xiàn)的頻率最高。因此,未來可以該多肽為參考序列,制備單克隆抗體,為IgE結(jié)合抗原表位的定量奠定基礎(chǔ)。

表2 偏凸山羊草fast ω-醇溶蛋白IgE結(jié)合抗原表位分析Tab.2 Analysis of IgE-binding epitopes of fast ω-gliadins in Aegilops ventricosa 個

2.3 偏凸山羊草fast ω-醇溶蛋白進化分析

對偏凸山羊草fast ω-醇溶蛋白進行進化分析(圖3)表明,系統(tǒng)發(fā)生樹被分為2個分支。由Mv和Dv基因組編碼的fast ω-醇溶蛋白分處2個分支上,進一步分析發(fā)現(xiàn),Mv基因組編碼的fast ω-醇溶蛋白與S基因組編碼的fast ω-醇溶蛋白(KR077907和KR077908)聚在一起,說明這2個基因組具有更近的親緣關(guān)系。Mv基因組編碼的fast ω-醇溶蛋白中有多聚谷氨酰胺序列,而之前該結(jié)構(gòu)僅在α-醇溶蛋白中出現(xiàn),說明fast ω-醇溶蛋白在進化中可能和α-醇溶蛋白具有相似的進化歷程。

圖3 偏凸山羊草fast ω-醇溶蛋白的系統(tǒng)進化分析Fig.3 Phylogenetic analysis of fast ω-gliadins cloned from Aegilops ventricosa

3 結(jié)論與討論

WDEIA是小麥面粉誘發(fā)的嚴重速發(fā)性食物過敏,雖然發(fā)病率較低,但會造成嚴重的后果,甚至休克。前人研究發(fā)現(xiàn),小麥fast ω-醇溶蛋白是誘發(fā)WDEIA的主要過敏原,其主要的IgE結(jié)合抗原決定簇也被揭示,但是WDEIA的發(fā)病原因尚不清楚[6,8-9]。本研究以小麥近緣植物偏凸山羊草為材料,克隆了其fast ω-醇溶蛋白基因,并分析了其IgE結(jié)合抗原決定簇數(shù)量,為下一步抗體制備及IgE結(jié)合抗原決定簇定量分析奠定了基礎(chǔ)。

由于小麥儲藏蛋白在信號肽、N端和C端的序列保守,以DNA為模板,利用同源克隆技術(shù)是獲得小麥儲藏蛋白基因的有效途徑[14-15]。在前期工作中,嘗試利用基因組DNA作模板克隆fast ω-醇溶蛋白基因,始終未獲成功,而利用灌漿期籽粒的cDNA作模板,則能夠成功克隆。另外,雖然PCR產(chǎn)物表明,主要的目的片段在750 bp和1 200 bp附近,由于瓊脂糖凝膠分辨率有限,分子質(zhì)量相近的基因在凝膠中顯示為同一條帶,通過測序,共獲得8個fast ω-醇溶蛋白基因。測序結(jié)果出現(xiàn)較多的小分子質(zhì)量的基因,這可能由于fast ω-醇溶蛋白重復區(qū)較長,PCR產(chǎn)物中存在超螺旋結(jié)構(gòu),導致小分子質(zhì)量基因與大分子質(zhì)量基因相互纏繞,以致在瓊脂糖凝膠電泳中無法分開[5]。與α-和γ-醇溶蛋白相比,ω-醇溶蛋白的結(jié)構(gòu)較為簡單,只包括信號肽、N端、重復區(qū)和C端,而fast ω-醇溶蛋白和slow ω-醇溶蛋白在重復區(qū)的結(jié)構(gòu)差異較大,主要表現(xiàn)為重復元件的差異[5]。本研究獲得的由Mv基因組編碼的fast ω-醇溶蛋白存在一個類似于α-醇溶蛋白的多聚谷氨酰胺序列,這表明該類fast ω-醇溶蛋白和α-醇溶蛋白在進化上可能有相同的祖先或者相似的進化路徑。

減少小麥中IgE結(jié)合抗原決定簇是降低WDEIA發(fā)病程度的重要途徑。ALTENBACH等[16]利用RNAi技術(shù)降低了小麥中ω-5醇溶蛋白IgE結(jié)合抗原決定簇的數(shù)量,創(chuàng)制了低致敏性的小麥材料。WAGA等[17]發(fā)現(xiàn)了1株ω-醇溶蛋白基因沉默的天然變異小麥植株,臨床研究表明,其致敏程度能夠降低70%。隨著基因編輯技術(shù)的發(fā)展,基因編輯已經(jīng)在小麥基因沉默上得到了廣泛應(yīng)用,SNCHEZ-LEN等[18]利用基因編輯沉默了小麥及硬粒小麥的α-醇溶蛋白基因,其面粉已經(jīng)在食品加工中得到了應(yīng)用。在育種方面,對IgE結(jié)合抗原決定簇進行定量是評價小麥致敏能力的重要途徑,目前,α-醇溶蛋白的特異性抗體已經(jīng)被合成并得到了廣泛的利用,而fast ω-醇溶蛋白的特異性單克隆抗體尚未見報道。本研究中,QQFPQQQ出現(xiàn)頻率最高,該多肽可作為抗原用于單克隆抗體的制備,從而用于小麥致敏能力的評價。

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