2015年至2018年，檢察機關、公安機關、生態(tài)環(huán)境部門共同對長江安徽池州污染環(huán)境案等9起重大案件進行聯合掛牌督辦。生態(tài)環(huán)境部與最高人民檢察院實現了國家層面的無縫對接。

最高人民檢察院召開檢察機關加強協作配合服務打好污染防治攻堅戰(zhàn)座談會，最高人民檢察院檢察長張軍，生態(tài)環(huán)境部部長李干杰出席座談會并講話。雙方進一步明確了協作重點，并簽署互派干部掛職交流合作協議。

最高檢對生態(tài)環(huán)境保護工作高度重視、十分關心、大力支持。近年來，生態(tài)環(huán)境部與最高檢合作日益深入密切，在國家層面實現了無縫對接，有力保障和促進了生態(tài)環(huán)境保護特別是污染防治工作的深入開展。

兩部門共同構建行政執(zhí)法與刑事司法“兩法”銜接機制。2017年1月，原環(huán)保部聯合最高檢、公安部出臺《環(huán)境保護行政執(zhí)法與刑事司法銜接工作辦法》，明確案件移送標準,完善銜接配合機制。同時共同辦理大案要案。

生態(tài)環(huán)境部與最高檢、公安部聯合現場直接督辦西安市長安區(qū)、閻良區(qū)環(huán)境監(jiān)測子站空氣質量監(jiān)測數據造假案，起到強烈震懾和有效警示作用。

兩部門還共同推進生態(tài)環(huán)境公益訴訟。生態(tài)環(huán)境部積極支持檢察機關開展生態(tài)環(huán)境公益訴訟，相繼發(fā)布多個環(huán)境損害鑒定評估技術規(guī)范。