張海艷
摘 要:環(huán)介導(dǎo)等溫擴增(LAMP)技術(shù)是一種恒溫核酸擴增方法,具有較強特異性,并且操作快速簡單,具有較高的靈敏度。目前,此技術(shù)被廣泛應(yīng)用到多方面,并且具有一定的改進,主要為多重環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)實現(xiàn)及環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)和其他技術(shù)的聯(lián)合使用。該文對環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)在食品檢測中的應(yīng)用進行分析,從而為環(huán)介導(dǎo)等溫技術(shù)的發(fā)展及應(yīng)用提供參考。
關(guān)鍵詞:環(huán)介導(dǎo)等溫擴增;食品檢測;微生物檢測
中圖分類號 TS207.3 文獻標(biāo)識碼 A 文章編號 1007-7731(2018)21-0041-03
環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)(LAMP)為Notomi等人所發(fā)現(xiàn)的恒溫核酸擴增技術(shù),與傳統(tǒng)PCR技術(shù)相比,其避免了不必要的環(huán)節(jié),節(jié)約時間,并且具有較高的靈敏度。LAMP技術(shù)利用2對特異性引物實現(xiàn)目的序列6個區(qū)域的退火雜交,通過Bst DNA聚合酶催化作用,基于恒溫條件中溫育30~60min,能夠?qū)崿F(xiàn)目標(biāo)序列批量的擴增。其反應(yīng)結(jié)果能夠直接通過肉眼觀察是否具有白色焦磷酸鎂沉淀,從而進行判斷,還能夠添加羥基酚藍、鈣黃綠素等熒光染料實現(xiàn)顯色觀察。常規(guī)PCR與實時定量PCR技術(shù)是現(xiàn)在使用較為廣泛的分子生物學(xué)檢測方法,但是因為PCR方法操作過程較為繁瑣,并且時間較長,對于儀器設(shè)備具有較高的要求,不能夠在臨床快速檢測中使用。但是LAMP技術(shù)具有較強的特異性,并且具有較高的靈敏度,不需要昂貴儀器,能夠在現(xiàn)場病原體及基層檢測中使用。目前,該方法被逐漸改進,也被廣泛應(yīng)用到食品微生物檢測過程中。
1 LAMP的技術(shù)原理
雙鏈DNA在65℃左右為動態(tài)平衡的狀態(tài),任何引物和雙鏈DNA互補的部位實現(xiàn)堿基互補配對延伸的過程中,另外1條鏈就會脫落成為單鏈,LAMP的方法就是通過DNA此種特點技術(shù)實現(xiàn)的。
LAMP方法4個引物指的是針對靶基因中的6個區(qū)域?qū)崿F(xiàn)設(shè)計的,此6個區(qū)域在3′端F3c區(qū)段、F2c區(qū)段、F1c區(qū)段及處于5′端的B1區(qū)段、B2區(qū)段及B3區(qū)段(圖1)。LAMP方法的2條內(nèi)引物FIP與BIP,F(xiàn)IP包括TTTT連接子、F1c序列及F2序列,BIP包括TTTT連接子、B1c序列、B2序列,2條外引物分別為F3和B3序列。LAMP引物設(shè)計不僅要避免引物二聚體的形成、引物自身的互補及3,端的發(fā)夾結(jié)構(gòu),對于引物距離也具有一定的要求。F3和F2之間、B2和B3之間距離為0~20bp,引物中環(huán)的距離為40~60bp,LAMP反應(yīng)擴增區(qū)域距離為120~180bp[1]。
LAMP等溫擴增技術(shù)反應(yīng)體系一般為25μL,包括引物、模板DNA、dNTPs、BstDNA聚合酶及緩沖液。其中的內(nèi)引物濃度為0.8~2.0μmol/L,外引物的濃度為0.2~0.8μmol/L,鎂離子的濃度為2~10mmol/L。不同物質(zhì)混合之后,放到60~65℃中保溫60~90min,80℃滅活10min,產(chǎn)物通過2.0%瓊脂糖凝膠電泳分析,并且肉眼觀察反應(yīng)體系濁度變化[2]。
2 環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)的優(yōu)勢
2.1 特異性較高 由于LAMP技術(shù)設(shè)計的4對引物是將病原微生物特異性基因靶核酸序列作為基礎(chǔ),能夠有效識別靶基因中的6個特異序列,將其進行結(jié)合能夠?qū)е聰U增效應(yīng)的發(fā)生,反應(yīng)混合物中非靶基因DNA并不會被其影響。LAMP一般能夠檢測RCR中1/100拷貝數(shù),具有較高的檢測靈敏度,因此LAMP的靈敏度及特異性較高。
2.2 反應(yīng)時間較短 LAMP是在恒溫條件下擴增反應(yīng),在1h之內(nèi)能夠?qū)⑷糠磻?yīng)實現(xiàn),與PCR反應(yīng)過程中的溫度循環(huán)并不相同,假如將2條環(huán)引物添加到反應(yīng)體系中,能夠縮短反應(yīng)時間。對比PCR方法,LAMP方法反應(yīng)時間比較短,使用非常簡單,能夠滿足快速檢測的需求[3]。
2.3 檢測方便 通過LAMP實現(xiàn)多種莖狀DNA的合成,并且產(chǎn)生大量焦磷酸根離子,將鎂離子添加到反應(yīng)溶液中,能夠產(chǎn)生白色焦磷酸鎂沉淀,利用肉眼就能對其進行觀察,或者使用濁度儀在400nm光中對濁度進行檢測,就能夠?qū)κ欠駭U增進行檢測。PCR雖然能夠產(chǎn)生焦磷酸鹽或者磷酸鹽離子,但是產(chǎn)生的量比較少,無法用于檢測。LAMP方法也能夠通過生成的焦磷酸鎂沉淀量結(jié)合DNA生成量的線形關(guān)系,對DNA進行定性及定量分析。
2.4 操作較為簡單 LAMP反應(yīng)擴增實現(xiàn)是在等溫條件中進行,對比PCR較為簡單,只需要實驗室具有水浴鍋,直接檢測反應(yīng)后的產(chǎn)物就能夠判斷,不需要復(fù)雜設(shè)備和試劑,在快速檢測及現(xiàn)場檢測過程中非常有利[4]。
3 環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)在食物檢測中的使用
3.1 在食源致病菌中的檢測 LAMP技術(shù)在食源致病菌檢測過程中應(yīng)用較多,并且方法較為成熟。LAMP在大腸桿菌研究中使用較為廣泛并且成熟,對于不同類型的大腸桿菌使用不同的靶序列設(shè)計引物實現(xiàn)專門檢測。研究人員通過大腸桿菌不耐熱腸毒素LT基因保守區(qū)實現(xiàn)引物的設(shè)計,創(chuàng)建LAMP技術(shù)快速檢測的方法。針對肉類中的大腸桿菌O157:H7,利用其特異性抗原rfbE基因和鞭毛H7特異性抗原flic基因成為靶序列,實現(xiàn)環(huán)引物改良LAMP引物序列的設(shè)計,從而創(chuàng)建快速檢測方法,肉眼就能夠觀察結(jié)果,從而實現(xiàn)單管的同時檢測。
多類別沙門氏菌能夠?qū)е氯诵缶植康母腥拘曰摚瑥亩霈F(xiàn)敗血癥或者死亡。研究人員通過沙門氏菌高度保守fimY基因靶序列實現(xiàn)引物設(shè)計,創(chuàng)建LAMP反應(yīng)體系。陽性菌株檢測率為100%,此技術(shù)對檢測牛奶沙門氏菌污染具有一定的靈敏度[5]。
葡萄球菌屬于革蘭式陽性球菌,部分致病并且為較常見的化膿性球菌。最為常見的就是金黃色葡萄球菌,此菌種LAMP檢測方法比較多,可以通過創(chuàng)建LAMP方法檢測豬血中金黃色葡萄球菌。凝固酶陽性葡萄球菌會導(dǎo)致人局部化膿性感染,還會出現(xiàn)敗血癥、肺炎等疾病。針對此菌種特有coa基因?qū)崿F(xiàn)引物的設(shè)計,能夠創(chuàng)建具有良好特異性及較高檢出率的LAMP檢測方法。
阪崎腸桿菌會導(dǎo)致新生兒小腸結(jié)腸炎、腦膜炎等,并且具有較高的感染率及死亡率。通過阪崎腸桿菌16S-23SrDNA間區(qū)序列實現(xiàn)特異性引物的設(shè)計,并且創(chuàng)建LAMP檢測方法,此種方法在實現(xiàn)奶粉樣品阪崎腸桿菌檢測過程中的低限為1.2CFU/100g。
副溶血性孤菌是在各種水產(chǎn)品寄生的有害菌,也是導(dǎo)致人類食物中毒的主要病原體。結(jié)合LAMP技術(shù)和疊氮溴化乙錠染色,通過副溶血性孤菌tlh基因成為靶序列實現(xiàn)特異性引物的設(shè)計,創(chuàng)建快速食品副溶血性孤菌檢測的方法,通過此種方法還能夠檢測克氏蟞蝦寄生副溶血性孤菌,其結(jié)果和國家標(biāo)準的檢測方法相同[6]。
3.2 在食源致病病毒中的檢測 食源病毒主要在家畜、家禽、蔬菜、水產(chǎn)等活體中寄存,會導(dǎo)致活體大量死亡,從而造成經(jīng)濟損失。禽流感病毒(AIV)會導(dǎo)致出現(xiàn)禽類流感,給養(yǎng)禽業(yè)造成較大的損失。此病毒為RNA病毒,主要包括16個HA亞型,此亞型能夠?qū)θ嗽斐筛腥?,或者還會導(dǎo)致死亡。LAMP技術(shù)對禽流感病毒檢測過程中具有較高的靈敏度,能夠在大規(guī)模農(nóng)場家禽感染檢測過程中使用。對于H1N1亞型禽流感病毒HA基因及M基因?qū)崿F(xiàn)2組特異性引物的設(shè)計,并且實現(xiàn)LAMP單管快速檢測方法的創(chuàng)建,反應(yīng)結(jié)果利用濁度實現(xiàn)判斷,最低能夠?qū)?0拷貝/管病毒顆粒進行檢測[7]。
除了禽流感之外,LAMP還能夠在其他禽類病毒檢測過程中使用。鵝副黏病毒會導(dǎo)致鵝消化道傳染病,通過此病毒F基因?qū)崿F(xiàn)引物設(shè)計,創(chuàng)建LAMP檢測方法。禽呼腸孤病毒會導(dǎo)致禽類肝炎、心包炎等疾病,對于此病毒p10基因?qū)崿F(xiàn)引物設(shè)計,創(chuàng)建使用鈣黃綠色熒光顯示結(jié)果的LAMP檢測。
3.3 在轉(zhuǎn)基因食品中的檢測 目前對于是否推廣使用轉(zhuǎn)基因食品具有一定的爭議,實現(xiàn)靈敏轉(zhuǎn)基因食品檢測方法的創(chuàng)建尤為重要。LAMP技術(shù)在此方面能夠充分發(fā)揮作用,其檢測轉(zhuǎn)基因食物靶基因為被轉(zhuǎn)化基因的自身,也就是轉(zhuǎn)基因最常使用的啟動子。大部分轉(zhuǎn)基因食物中都具有CaMV-35S啟動子,所以對其啟動子檢測就能夠判斷此食物是否屬于轉(zhuǎn)基因。對于人工改造光源cry1Ac基因?qū)崿F(xiàn)LAMP特意引物的設(shè)計,并且通過熒光杏色使用轉(zhuǎn)基因水稻的檢測[8]。
3.4 在食品過敏原成分的檢測 食物過敏是導(dǎo)致腸道、皮膚和呼吸道等多種急性疾病的主要原因,目前對過敏癥的治療主要方法就是避免食用具有過敏原的食物,要求生產(chǎn)商在食物標(biāo)簽中將導(dǎo)致過敏成分進行標(biāo)識,避免消費者在不知情的情況下誤食導(dǎo)致過敏。目前,國內(nèi)外常用檢測食品過敏原成分方法主要包括核酸檢測及免疫學(xué)檢測[9]。核酸檢測具有快速、靈敏及精準的優(yōu)勢,通過深加工的食品,核酸成分還是具有一定穩(wěn)定性,所以其成為主要檢測基礎(chǔ)。將8種食物過敏原中的典型產(chǎn)品作為研究對象,對實現(xiàn)具有較高特異性的過敏原基因片段進行篩選,將其作為檢測對象,實現(xiàn)LAMP引物的設(shè)計,并且實現(xiàn)反應(yīng)體系的優(yōu)化,創(chuàng)建快速檢測食品過敏原成分的方法。以過敏原小麥成分檢測為例,選擇GAG56D基因高特異性片段,設(shè)計4條LAMP引物及2條環(huán)引物,在65℃中實現(xiàn)恒溫擴增1h,使用SYBR GreenI作為熒光染料,在反應(yīng)結(jié)束之后,陰性結(jié)果為橙色,陽性結(jié)果為綠色。此方法的靈敏度為0.01%,實現(xiàn)50份樣品的檢測,分別為29份小麥原料樣品、23份小麥加工制品、7份沒有小麥成分的樣品,結(jié)果和實時熒光定量PCR相同,符合率為100%,能夠縮短檢測的時間,操作較為簡單[10]。
4 結(jié)語
環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)是一種較為便捷、快速的核酸檢測方法,和實時熒光定量PCR方法及常規(guī)PCR方法相同,都是食品安全檢測的主要工具。目前,我國已經(jīng)具有基于環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)的食品檢測標(biāo)準,比如出口食品中轉(zhuǎn)基因成分環(huán)介導(dǎo)等溫擴增檢測方法及進出口食品中致病菌環(huán)介導(dǎo)等溫擴增檢測方法。與傳統(tǒng)PCR方法對比,LAMP的主要優(yōu)勢為反應(yīng)時間較短,不需要昂貴的PCR儀器,能夠?qū)崿F(xiàn)單一樣品多種靶基因的同時檢測等。LAMP技術(shù)還可以進一步完善及優(yōu)化,比如多種LAMP設(shè)計、與芯片技術(shù)結(jié)合,從而實現(xiàn)靈敏、特異、快速及高通量的目的,成為檢測核酸、微病菌及微生物的主要工具,被廣泛應(yīng)用到衛(wèi)生防疫、食品安全檢測等領(lǐng)域,具有廣闊的前景。
參考文獻
[1]李會麗.環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)在食品檢測中的應(yīng)用[J].職業(yè)與健康,2014,30(14):2022-2023.
[2]馮唐鍇,江雪,韓文華.環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)在食品檢測中的應(yīng)用[J].食品研究與開發(fā),2015,36(17):179-182.
[3]何曉華,頓玉慧,盧力,等.環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)在腸桿菌科致病菌檢測中的研究進展[J].食品科學(xué),2014,35(19):312-317.
[4]張明哲,陳曦,徐俊鋒,等.環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)在轉(zhuǎn)基因水稻Bt63檢測中的應(yīng)用[J].生物技術(shù)通報,2014(2):69-74.
[5]楊麗霞,邱華麗,蔣成,等.可視化環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)檢測雞鴨源性成分[J].食品安全質(zhì)量檢測學(xué)報,2017,8(2):624-628.
[6]龐心怡,滿朝新,趙玥明,等.環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)快速檢測肉中沙門氏菌[J].中國食物與營養(yǎng),2015,21(8):12-15.
[7]趙玥明,滿朝新,曲艷艷,等.環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)快速檢測肉中金黃色葡萄球菌[J].中國食物與營養(yǎng),2016,22(1):57-61.
[8]楊粵,付博宇,張?zhí)N哲,等.環(huán)介導(dǎo)等溫擴增檢測技術(shù)的應(yīng)用與方法改進[J].食品安全質(zhì)量檢測學(xué)報,2016,7(4):1526-1530.
[9]冀國楨,李剛,趙建寧,等.環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)在轉(zhuǎn)基因成分檢測中的應(yīng)用[J].食品科學(xué),2016,37(11):255-261.
[10]邢宇俊,吳季榮,徐劍宏,等.環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)檢測轉(zhuǎn)基因組分的研究進展[J].食品安全質(zhì)量檢測學(xué)報,2014(3):853-860.
(責(zé)編:徐世紅)