曾小玲,黃建都,謝鑫鑫,祝金虹
(1.福州市蔬菜科學(xué)研究所,福建 福州 350111;2.武夷山市土肥技術(shù)站,福建 武夷山 354300)
蘿卜(Raphanus sativusL.)又稱萊菔,十字花科蘿卜屬,是我國最主要的根菜類蔬菜。采用雜種優(yōu)勢選育出綜合性狀優(yōu)良的雜種一代是一種有效的育種手段。雜交育種通常是參照親本性狀的表現(xiàn)區(qū)別從而做出許多的組合配制,并且參照配合力而進行判斷,組合比較試驗可淘汰大部分的組合,選出少數(shù)優(yōu)勢強的組合,但常規(guī)育種方法受環(huán)境的影響大,人力物力耗費大,時間長,且效果很差。通過運用DNA分子標(biāo)記親本間遺傳距離預(yù)測雜種優(yōu)勢的類似研究已經(jīng)在玉米等多種作物[1-10]上進行,這將成為一種有效的育種手段之一。相關(guān)序列擴增多態(tài)性(SRAP)標(biāo)記具有操作簡單、多態(tài)性高、重復(fù)性好等[11]特點,在不同作物[12-14]遺傳多樣性分析中被應(yīng)用,包括應(yīng)用于蘿卜的遺傳多樣性分析[15]、抽薹性狀的分析[16]和種質(zhì)資源指紋圖譜分析[17]。本研究應(yīng)用SRAP標(biāo)記技術(shù)和蘿卜產(chǎn)量性狀[18]表型數(shù)據(jù),通過解析蘿卜親本間遺傳距離與雜交組合雜種優(yōu)勢的相關(guān)性,以尋找運用SRAP標(biāo)記遺傳距離預(yù)測蘿卜雜種優(yōu)勢的可行性,為加快蘿卜雜交種選育提供參考。
表1 供試材料及來源
供試材料為福州市蔬菜科學(xué)研究所蘿卜課題組育成的高代耐寒自交不親和系11份,其中母本5份,分別是4-2H-4-1、13-2H-1、6-2H-2、24-1-8、20-9-3-5,父本6份,分別是39-3H-1、40-2H-2、18-2-2H-2、57-10-3-1H、9-3-1H、31-1H-1-3,具體見表1。按照NCⅡ不完全雙列雜交設(shè)計,組配成1套包括11個親本和30個F1的2個世代的材料。
2015年10月中旬直播于長樂市石壁村試驗地,包括11個親本、30個組合、白龍春(CK)共42個材料,隨機區(qū)組設(shè)計,3次重復(fù),小區(qū)面積1.2 m×3.5 m,常規(guī)栽培管理。收獲期,每小區(qū)隨機取樣10株進行考種,考查根長、株高、葉片數(shù)、外露長、葉片長、葉片質(zhì)量6個農(nóng)藝性狀。
1.3.1 基因組DNA的提取
采用CTAB提取法提取蘿卜總DNA。取4片真葉時的蘿卜嫩葉0.2 g,放入研缽中,加液氮迅速研磨成細末后,快速移入已經(jīng)預(yù)熱的含2×CTAB 600 μL、β-巰基乙醇5 μL提取緩沖液的1.5 mL離心管中,充分混勻,65 ℃溫浴15 min;常溫下12 000 r/min離心10 min;取上清600 μL,加入等體積的酚︰氯仿︰異戊醇混勻,4 ℃、12 000 r/min離心5 min;取上清,加入2倍體積無水乙醇,-20 ℃靜置30 min;4 ℃、12 000 r/min離心10 min析出DNA沉淀,去上清;用70%乙醇,將DNA懸浮洗滌;4 ℃、8 000 r/min離心5 min,棄上清,吹干后將DNA溶解于ddH2O中,置于-20 ℃保存。
1.3.2 SRAP的PCR擴增與檢測
SRAP引物參照Zhang等[19]的報道,由生工生物(上海)股份有限公司合成。其中的1 3條正向引物以及1 6條反向引物依次為:me1~me13/em1~em16,2種不同的引物共組合成208個引物對。SRAP-PCR擴增體系為20 μL:30 ng模板DNA,2 μL的10×Buffer,0.4 μL的10 mmol/L dNTP,5 μmol/L的正反向引物各1 μL,0.2 μL的Taq,補水至20 μL。擴增程序參照繆體云等[20]的方法并稍作修改:94 ℃預(yù)變性3.5 min;94 ℃變性30 s,35 ℃退火30 s,72 ℃延伸1.5 min,5個循環(huán);94 ℃變性30 s,50 ℃退火45 s,72 ℃延伸1.5 min,35個循環(huán);72 ℃延伸10 min。PCR的擴增產(chǎn)物在1.8%瓊脂糖凝膠中電泳,電泳緩沖液為1×TAE。
1.4.1 親本間分子遺傳距離
根據(jù)PCR擴增產(chǎn)物的電泳結(jié)果,在電泳圖譜上將同一引物對、同一位點有DNA擴增帶記為1,同一位置上無帶記為0,形成0,1矩陣。
通過NTSYS 2.1統(tǒng)計分析軟件計算任意2個材料間的遺傳相似系數(shù)(GS)與遺傳距離(GD),計算公式為GS=2Nab/(Na+Nb),GD=1-GS;公式中,Nab代表材料a與b共有的擴增條帶總數(shù),Na、Nb依次代表材料a和b中顯示的擴增條帶數(shù)量。
1.4.2 雜種優(yōu)勢
用常規(guī)考種方法,測定田間親本與雜種一代的根長、株高、葉片數(shù)、展開度、葉片長、根粗等農(nóng)藝性狀,從而計算出雜種優(yōu)勢。雜種優(yōu)勢計算方法為:中親優(yōu)勢=(F值-雙親平均值)/雙親平均值×100%;高親優(yōu)勢=(F值-高親值)/高親值×100%;公式中,F(xiàn)值代表主要產(chǎn)量相關(guān)農(nóng)藝性狀平均值,即將每個組合的優(yōu)勢累加和除總組合數(shù);雙親平均值代表雙親同一性狀平均值;高親值代表高值親本同一性狀平均值。將雙親SRAP標(biāo)記分子遺傳距離與F值、中親優(yōu)勢和高親優(yōu)勢值進行相關(guān)分析,用分子標(biāo)記遺傳距離預(yù)測F1的產(chǎn)量性狀表現(xiàn)以及雜種優(yōu)勢的強弱。以上試驗結(jié)果的計算與分析在DPS 7.05與Excel軟件上進行。
通過對11個親本中的6個產(chǎn)量相關(guān)性狀進行遺傳變異分析(表2),其中供試親本6個農(nóng)藝性狀的F值(平均值)均達到了極顯著水平,這說明供試的11個親本在6個農(nóng)藝性狀上彼此間都存在極顯著的遺傳差異。通過變異系數(shù)大小又不難發(fā)現(xiàn),供試親本間葉片長度與葉片質(zhì)量的變異最明顯,變異系數(shù)分別為0.31與0.34;而株高的變異最小,變異系數(shù)為0.16。表明多數(shù)形態(tài)性狀上存在顯著或極顯著差異。
選擇208對SRAP引物組合分別對11個親本進行PCR擴增,結(jié)果從中分別篩選出親本間含多態(tài)性的SRAP引物共53對。53對SRAP多態(tài)性引物一共擴增出896條清晰條帶,然而每對引物組合產(chǎn)生5~29條擴增帶,平均有14.2條,呈現(xiàn)出多態(tài)性的譜帶數(shù)目共有327條,該數(shù)量占總條帶數(shù)的36.5%;其中,每1對引物組合都產(chǎn)生1~15條多態(tài)性帶,平均為5.2條,相當(dāng)于平均檢測到5.2個等位基因。
通過觀察SRAP標(biāo)記結(jié)果,分別估算11個親本間的遺傳距離GD(表3)。其中,SRAP標(biāo)記顯示的供試親本間遺傳距離變異范圍為0.162~0.486,其中57-10-3-1H與13-2H-1之間的遺傳距離最遠,為0.486,表明這2個材料親緣關(guān)系較遠;而4-2H-4-1、40-2H-2和18-2-2H-2這三者兩兩之間的遺傳距離最近,均為0.162,表明這3個材料間親緣關(guān)系較近;參試親本間的平均遺傳距離為0.291,表明供試親本之間遺傳基礎(chǔ)狹窄,遺傳差異不明顯,親緣關(guān)系較近,組配出強優(yōu)勢組合的概率較低。
通過計算F1主要農(nóng)藝性狀的中親優(yōu)勢和高親優(yōu)勢的變幅和平均值可獲知(表4),葉片數(shù)的中親優(yōu)勢最大,30個組合的中親優(yōu)勢的平均值為12.11%,變幅為-10.57%~39.27%,中親優(yōu)勢表現(xiàn)為正向優(yōu)勢的組合數(shù)占50.00%;高親優(yōu)勢平均值為1.91%,變幅為-21.57%~26.27%,高親優(yōu)勢表現(xiàn)為正向優(yōu)勢的組合數(shù)占33.33%。其次,中親優(yōu)勢較大的性狀是株高、外露長和根長,其30個組合的中親優(yōu)勢平均值分別是10.76%、8.17%和8.03%,變幅分別是-11.26%~49.24%、-7.48%~28.16%和-20.68%~40.56%,中親優(yōu)勢表現(xiàn)為正向優(yōu)勢的組合數(shù)分別占60.00%、60.00%和53.33%;高親優(yōu)勢平均值分別為3.50%、-2.55%和0.76%,變幅分別是-21.45%~30.21%、-15.89%~13.25%和-33.25%~31.24%,高親優(yōu)勢表現(xiàn)正向優(yōu)勢的組合數(shù)分別占43.33%、40.00%和43.33%,株高的高親優(yōu)勢最大。葉片長與葉片質(zhì)量的雜種優(yōu)勢都較小,其30個組合的中親優(yōu)勢平均值分別為3.68%與1.61%,變幅分別為-4.61%~17.38%和-2.03%~18.58%,中親優(yōu)勢表現(xiàn)為正向優(yōu)勢的組合數(shù)分別占63.33%和43.33%;高親優(yōu)勢平均值分別為-2.65%和-1.95%,變幅分別為-11.74%~5.34%和-9.88%~10.87%,高親優(yōu)勢表現(xiàn)為正向優(yōu)勢的組合數(shù)分別占36.67%和30.00%。綜合中親優(yōu)勢和高親優(yōu)勢結(jié)果來看,株高的雜種優(yōu)勢最大,其次是葉片數(shù)和根長,說明在蘿卜親本的篩選中應(yīng)優(yōu)先考慮的指標(biāo)是株高,其次是葉片數(shù)和根長指標(biāo)。
表2 親本主要農(nóng)藝性狀遺傳變異
表3 11個親本間的SRAP標(biāo)記遺傳距離(GD)
表4 F1主要產(chǎn)量相關(guān)性狀雜種優(yōu)勢
表5 SRAP標(biāo)記估算的遺傳距離和F1雜種優(yōu)勢的相關(guān)系數(shù)
將雙親分子遺傳距離、Fl雜種表現(xiàn)和農(nóng)藝性狀雜種優(yōu)勢間的相關(guān)性進行分析(表5),分子遺傳距離與F1雜種表現(xiàn)的相關(guān)分析表明:分子遺傳距離與株高之間達顯著正相關(guān),相關(guān)系數(shù)r=0.41,與其他5個農(nóng)藝性狀的相關(guān)系數(shù)都不顯著。分子遺傳距離與各農(nóng)藝性狀的中親優(yōu)勢相關(guān)分析表明:分子遺傳距離與株高、根長和葉片數(shù)間達顯著正相關(guān),相關(guān)系數(shù)r分別為0.44、0.44、0.41,與外露長、葉片長和葉片質(zhì)量間相關(guān)系數(shù)均不顯著。與各農(nóng)藝性狀的高親優(yōu)勢相關(guān)分析表明:分子遺傳距離與株高間達極顯著正相關(guān),相關(guān)系數(shù)r=0.48,與根長和葉片數(shù)間均達顯著正相關(guān),相關(guān)系數(shù)r分別為0.43和0.38,分子遺傳距離與外露長、葉片長和葉片質(zhì)量間相關(guān)系數(shù)均不顯著。
利用SRAP分子標(biāo)記進行蘿卜遺傳多樣性的分析已有報道,周娜[16]通過UPGMA聚類分析,將32份蘿卜分為4大類,和傳統(tǒng)的系譜分類一致。劉哲等[17]運用群體分離分析法從而篩選出SRAP引物組合,擴增出了和晚抽薹蘿卜基因緊密連鎖的多態(tài)性片段LB,從而成功做到了分子標(biāo)記輔助育種,并且通過這種方式降低了蘿卜選育過程中對表型性狀的依賴,大大提升了蘿卜育種的效率。本試驗結(jié)果和前人的研究結(jié)果都證明,運用SRAP分子標(biāo)記技術(shù)可有效地分析蘿卜材料的遺傳多樣性,實現(xiàn)快速劃分與利用雜種優(yōu)勢群。F1不同產(chǎn)量相關(guān)性狀的中親優(yōu)勢變幅為1.61%~12.11%,高親優(yōu)勢變幅為-2.65%~3.50%,說明了因為農(nóng)藝性狀與雜交組合的不同,蘿卜的農(nóng)藝性狀雜種優(yōu)勢大小有很大的差別,其中,既存在表現(xiàn)雜種優(yōu)勢大的性狀與組合,也存在表現(xiàn)小的性狀與組合。
遺傳距離是衡量品種間多個性狀綜合遺傳差異大小的指標(biāo),植物育種實踐已經(jīng)檢驗并且承認了其客觀性,雙親的基因型差異越大,雜種優(yōu)勢越強[21]。由于DNA分子標(biāo)記技術(shù)的不斷發(fā)展,越來越多的研究者嘗試使用許多不同的分子標(biāo)記技術(shù)對不同作物的遺傳距離和雜種優(yōu)勢之間的相關(guān)性進行研究,并且獲得了不同的結(jié)論。Lee等[22]和Smith等[23]研究表明,分子標(biāo)記遺傳距離和雜種優(yōu)勢之間呈現(xiàn)出極顯著正相關(guān);而廖伏明等[24]和張濤等[25]的研究卻表明分子標(biāo)記遺傳距離與F1雜種優(yōu)勢之間并沒有明顯的相關(guān)性,不能將其用于雜種優(yōu)勢的預(yù)測。
本研究結(jié)果表明,6個主要農(nóng)藝相關(guān)性狀雜種優(yōu)勢中株高的中親優(yōu)勢較大,高親優(yōu)勢最大,其次是葉片數(shù)、根長;在相同的SRAP標(biāo)記的遺傳距離和雜種優(yōu)勢的相關(guān)系數(shù)中,遺傳距離和株高的F1雜種的表現(xiàn)、中親優(yōu)勢和高親優(yōu)勢的相關(guān)系數(shù)都呈顯著相關(guān)或極顯著相關(guān)水平,遺傳距離與葉片數(shù)、根長的中親優(yōu)勢和高親優(yōu)勢的相關(guān)系數(shù)都呈顯著相關(guān)水平;說明在蘿卜親本的篩選中應(yīng)先考慮株高,其次是葉片數(shù)、根長,這樣才有可能在高密度直播種植模式下組配出雜種優(yōu)勢強的產(chǎn)量相關(guān)性狀的組合而實現(xiàn)高產(chǎn)。另一方面,SRAP標(biāo)記的遺傳距離與F1雜種表現(xiàn)既有顯著相關(guān),也有不顯著相關(guān);與各主要農(nóng)藝性狀雜種優(yōu)勢相關(guān)達到極顯著、顯著相關(guān)或不顯著相關(guān)水平,顯著或極顯著相關(guān)系數(shù)介于0.38~0.48,表明SRAP分子標(biāo)記遺傳距離在一定程度上能反映出農(nóng)藝性狀雜種優(yōu)勢的強弱,但是其相關(guān)程度還不能夠準(zhǔn)確地預(yù)測雜種優(yōu)勢。
通過試驗發(fā)現(xiàn),SRAP遺傳距離和農(nóng)藝性狀雜種優(yōu)勢與F1雜種表現(xiàn)的關(guān)系比較復(fù)雜。SRAP分子標(biāo)記遺傳距離雖然能反映材料間的遺傳差異,但是SRAP分子標(biāo)記是覆蓋在整個基因組上的,其雙親間的遺傳距離是親本全部位點上的差異,這涉及了大量和研究目標(biāo)性狀無關(guān)的位點,使用它來分析分子遺傳距離和雜種優(yōu)勢的相關(guān)性時將存在誤差;然而,通過運用與雜種優(yōu)勢相關(guān)的QTL連鎖的標(biāo)記位點來分析親本間的遺傳差異與雜種優(yōu)勢的相關(guān)性則更加具有準(zhǔn)確性。張濤等[6]通過運用和產(chǎn)量性狀相關(guān)的功能基因標(biāo)記分析了雜交水稻組合親本間的遺傳差異,從而研究了標(biāo)記遺傳距離和產(chǎn)量雜種優(yōu)勢的相關(guān)性,結(jié)果表明兩者呈現(xiàn)顯著正相關(guān),這可以證明功能基因標(biāo)記可以運用于雜交水稻雜種優(yōu)勢預(yù)測,但最終結(jié)果將依賴于雜種優(yōu)勢遺傳機理的闡明。