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基于nrDNA ITS序列分析蒙山鵝耳櫪與鵝耳櫪親緣關(guān)系

2018-07-06 05:40:06閔現(xiàn)東錢長照趙衛(wèi)光
山東林業(yè)科技 2018年3期
關(guān)鍵詞:蒙山離心管山東

閔現(xiàn)東 ,高 遠(yuǎn) ,錢長照 ,趙衛(wèi)光 ,劉 建

(1.費(fèi)縣國有塔山林場,山東 費(fèi)縣 273400;2.山東省水土保持與環(huán)境保育重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/臨沂大學(xué)資源環(huán)境學(xué)院,山東 臨沂 276005;3.臨沂市科學(xué)探索實(shí)驗(yàn)室,山東 臨沂 276037)

鵝耳櫪屬植物為第三紀(jì)始新世古老殘遺種,在植物系統(tǒng)發(fā)育、古植物區(qū)系、瀕危機(jī)制和生物多樣性等方面有著較高研究價(jià)值[1-2]。陳貝貝等基于ITS序列曾分析了天臺山4種鵝耳櫪屬植物的進(jìn)化關(guān)系[3],蒙山鵝耳櫪(Carpinus Mengshanensis)是 1991 年梁書賓和趙法珠[4]發(fā)表的新種,已被《山東植物精要》和中國數(shù)字植物標(biāo)本館收錄,但并未被中國植物志收錄,

植物中nrDNA為高度重復(fù)串聯(lián)序列,由于其轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ITS進(jìn)化速度快且片段長度不大,以及協(xié)調(diào)進(jìn)化的緣故,導(dǎo)致大多數(shù)物種中這些重復(fù)單元已發(fā)生純合或接近純合,在植物個體內(nèi)和群體間均具有高度均質(zhì)性,因此nrDNA ITS已被廣泛用于被子植物科內(nèi)以及屬內(nèi)、種內(nèi)系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的研究[5-8],將具有細(xì)胞核遺傳特點(diǎn)的ITS序列用于鑒定植物物種是進(jìn)化遺傳學(xué)研究的熱點(diǎn)之一[9-12]。本研究分析蒙山鵝耳櫪和鵝耳櫪(Carpinus turczaninowii)ITS序列,以期為蒙山鵝耳櫪的鑒定以及與鵝耳櫪的親緣關(guān)系提供借鑒。

1 材料與方法

1.1 樣品

試驗(yàn)所用蒙山鵝耳櫪和鵝耳櫪的植物材料均取自蒙山,每種均選取5株獨(dú)立植株,植株長勢良好且無病蟲害,植株間距約500 m,海拔高度約800 m,2015年10月選取新鮮枝葉封裝后冷凍保存。

1.2 DNA提取

采用改良的CTAB法[13]從蒙山鵝耳櫪和鵝耳櫪的葉片中提取植物總DNA。

(1)首先選擇有效的植物材料3 g,用液氮研磨成粉,將粉末轉(zhuǎn)移至裝有18 mL 65℃預(yù)熱的2×CTAB緩沖液的50 mL離心管中,混勻。置于65℃水浴90分鐘,期間不時(shí)搖動。

(2)取出離心管,冷卻至室溫后加入等體積的苯酚:氯仿:異戊醇(25:24:1),輕輕震蕩混勻至少 20分鐘。室溫離心6000 rpm,15分鐘。

(3)將上層水相轉(zhuǎn)移至另一個干凈的50 mL離心管中,加入等體積的氯仿:異戊醇(24:1)輕輕震蕩混勻至少20分鐘。室溫離心6000 rpm,15分鐘。

(4)同樣將上層水相轉(zhuǎn)移至另一個干凈的50 mL離心管中,加入等體積的異丙醇,混勻。-20℃放置30分鐘或更長時(shí)間,沉淀DNA。

(5)4℃離心6000 rpm,15分鐘,小心倒掉上清液,不要把DNA沉淀倒出來。

(6)將DNA轉(zhuǎn)移至1.5 mL的離心管中,用75%的乙醇洗滌重懸沉淀,4℃離心12000 rpm,2分鐘,倒掉上清。重復(fù)2次。

(7)吸凈乙醇后,室溫晾干DNA沉淀。加入大約500 μL TE緩沖液,溶解 DNA。同時(shí)加入 5 μL RNase A,37℃消化RNA 15分鐘。

(8)-20℃保存溶解后的DNA,備用。

1.3 PCR

1.3.1 引物設(shè)計(jì)ITS P1:5’-AACAAGGTTTCCGTAGGTGA-3’ITS P2:5’-TATGCTTAAATTCAGCGGGT-3’

1.3.2 PCR反應(yīng)體系(50 μL)

ddH2O,32 μL;10×KOD buffer,5 μL;MgSO4(25 mM),3 μL;dNTPs(2 mM),5 μL;正向引物(10 μM),1 μL;反 向引物(10 μM),1 μL;KOD plus(5 U/μL),1 μL;模板 DNA,2 μL

1.3.3 PCR反應(yīng)程序

94℃,2 min;98℃,10 s;55℃,30 s;68℃,1 min;擴(kuò)增循環(huán)數(shù):32;68℃,10 min;4℃,保存。

1.3.4 DNA回收

(1)在紫外燈下,將含有目的DNA片段的瓊脂糖凝膠切下,放進(jìn)1.5 mL離心管,估算切下的凝膠塊重量。

(2)加入3倍膠體積的DE-A溶液,混合后在75℃加熱,每隔幾分鐘顛倒混勻,直到凝膠完全融化(約 10 min)。

(3)加0.5個DE-A溶液體積的DE-B溶液,混合均勻。

(4)吸取上一步中的混合溶液轉(zhuǎn)移到DNA制備管中,12000 g離心1 min,棄濾液。

(5)將制備管放回2.0 mL離心管中,加500 μL W1溶液,12000 g離心1 min,棄濾液。

(6)將制備管放回2.0 mL離心管中,加700 μL W2溶液,12000 g離心1 min,棄濾液。重復(fù)1次。

(7)將制備管放回2.0 mL離心管中,12000 g離心1 min。

(8)將制備管放到新的1.5 mL離心管中,在制備膜上加30 μL ddH2O,室溫靜止1 min,12000 g離心1 min洗脫DNA。

1.4 測序

DNA片段回收以后直接送到Invitrogen公司測序,測序引物為:

1.5 主要儀器設(shè)備

NanoDrop 2000分光光度計(jì)(Thermo Fisher,USA)、C1000 Thermal Cycler 基因擴(kuò)增儀 (BIO-RAD)、Sub-Cell GT cell核酸電泳槽 (BIO-RAD)、DYY-7C型穩(wěn)壓穩(wěn)流電泳儀、Molecular Imager凝膠成像系統(tǒng)(BIO-RAD)、CENTRIFU GE 5810R高速冷凍離心機(jī)(Eppendorf)、CENTRIFU GE 5417R高速冷凍離心機(jī)(Eppendorf),Thermo Scientific Legend Micro 17 微量臺式離心機(jī)。

2 結(jié)果與分析

2.1 ITS序列

2.1.1 鵝耳櫪ITS序列

2.1.2 蒙山鵝耳櫪ITS序列

我們將采集的野外鵝耳櫪與蒙山鵝耳櫪樣品通過DNA提取、PCR、DNA回收和DNA測序,實(shí)測鵝耳櫪與蒙山鵝耳櫪ITS序列均為601個堿基序列,兩者間有1個堿基差別。

2.1.3 蒙山鵝耳櫪ITS與NCBI數(shù)據(jù)庫比對結(jié)果

我們將實(shí)測蒙山鵝耳櫪ITS序列導(dǎo)入NCBI數(shù)據(jù)庫,進(jìn)行比對,結(jié)果顯示蒙山鵝耳櫪ITS序列與Carpinus sp.Wen 9187(編號 EJ011711729.1)序列相似度為100%,與同屬近緣種鵝耳櫪序列相似度為99%。

3 結(jié)論與討論

本研究以采自蒙山的兩種鵝耳櫪屬植物鵝耳櫪和蒙山鵝耳櫪為材料,克隆到了各自的ITS序列,盡管兩種植物都來自5個不同樣點(diǎn),但每種植物來自各樣點(diǎn)的ITS序列完全相同,這表明了同一物種在地理分布與親緣關(guān)系的一致性。

鵝耳櫪與蒙山鵝耳櫪ITS測序結(jié)果顯示,兩物種ITS序列高度相似,601個堿基序列中只有1個堿基差別。將蒙山鵝耳櫪ITS序列導(dǎo)入NCBI數(shù)據(jù)庫,比對后發(fā)現(xiàn),蒙山鵝耳櫪ITS序列與Carpinus sp.Wen 9187(編號 EJ011711729.1)序列相似度為100%,與同屬近緣種鵝耳櫪序列相似度為99%。蒙山鵝耳櫪是獨(dú)立物種,建議《中國植物志》以及電子數(shù)據(jù)庫承認(rèn)其新種地位并進(jìn)行收錄。蒙山鵝耳櫪的分布區(qū)[4,14]不僅限于蒙山,韓國也可見其分布,表明其不再屬山東特有物種[15]。

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