国产日韩欧美一区二区三区三州_亚洲少妇熟女av_久久久久亚洲av国产精品_波多野结衣网站一区二区_亚洲欧美色片在线91_国产亚洲精品精品国产优播av_日本一区二区三区波多野结衣 _久久国产av不卡

?

中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)v2.0設(shè)計與構(gòu)建

2018-06-01 08:13:44朱彥賈李蓉高博劉麗紅包蕾劉靜
關(guān)鍵詞:水牛角術(shù)語語義

朱彥,賈李蓉,高博,劉麗紅,包蕾,劉靜

中國中醫(yī)科學(xué)院中醫(yī)藥信息研究所,北京 100700

當前醫(yī)療環(huán)境中大量分布式的異構(gòu)數(shù)據(jù)為醫(yī)療信息的存儲、交換和共享帶來了諸多障礙。其中,臨床醫(yī)學(xué)術(shù)語表達的多樣性是健康醫(yī)療信息實現(xiàn)語義互操作的最大困難之一。國外已經(jīng)構(gòu)建了多種面向不同應(yīng)用的醫(yī)學(xué)術(shù)語集,來解決醫(yī)學(xué)術(shù)語表達多樣性的問題,如醫(yī)學(xué)一體化語言系統(tǒng)(UMLS)、臨床藥品標準命名術(shù)語表(RxNorm)、觀測指標標識符邏輯命名與編碼系統(tǒng)(LOINC)、國際疾病分類法(ICD)、醫(yī)學(xué)系統(tǒng)命名法-臨床術(shù)語(SNOMED-CT)等。

隨著中醫(yī)臨床信息化的發(fā)展,符合中醫(yī)臨床思維模式的臨床術(shù)語集的需求也變得越來越迫切。業(yè)界也越來越認識到,完備的臨床標準術(shù)語集的應(yīng)用,能極大提高臨床信息的采集、存儲、傳輸直至利用的多個環(huán)節(jié)的效率,為真正實現(xiàn)全社會醫(yī)療資源共享、跨區(qū)域和跨系統(tǒng)醫(yī)療奠定基礎(chǔ)。

1 中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)v2.0的研究背景

SNOMED-CT是基于概念的結(jié)構(gòu)化綜合性臨床術(shù)語集,是目前世界上使用最廣泛的臨床醫(yī)學(xué)術(shù)語與信息編碼系統(tǒng)。該系統(tǒng)收集了31萬多個醫(yī)學(xué)概念和 700多萬條語義關(guān)系,并引入描述邏輯來定義臨床概念術(shù)語及其之間的邏輯關(guān)系,適用于電子病歷的書寫、電子處方、醫(yī)囑錄入、檢驗報告、臨床數(shù)據(jù)挖掘等臨床應(yīng)用場景。該術(shù)語集還建立了其他各種生物醫(yī)學(xué)相關(guān)標準和術(shù)語集的映射[1]。

中國中醫(yī)科學(xué)院中醫(yī)藥信息研究所于2005年開始,牽頭組織研發(fā)中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng) v1.0。該術(shù)語集參照 SNOMED-CT的構(gòu)建理念,依據(jù)中醫(yī)臨床特色,建立中醫(yī)臨床術(shù)語分類結(jié)構(gòu),確定中醫(yī)臨床術(shù)語概念、術(shù)語間的語義關(guān)系,共收錄概念詞11萬多個,術(shù)語 27萬多個[2-5]。概念及其定義來源工具書包括:中醫(yī)藥領(lǐng)域的國家標準及行業(yè)標準、全國中醫(yī)藥院校教科書、《中國中醫(yī)藥學(xué)主題詞表》、權(quán)威中醫(yī)藥字典詞典等。十多年來,該系統(tǒng)主要應(yīng)用于面向科研的臨床文獻數(shù)據(jù)處理。而隨著臨床數(shù)據(jù)可獲得性和實際應(yīng)用場景的豐富,團隊于2016年初開始對中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)進行深度重構(gòu),并于 2018年 1月發(fā)布了中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng) v2.0,新版的中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)以臨床實際應(yīng)用為驅(qū)動,更加貼近用戶需求,并對術(shù)語構(gòu)建流程進行了完善和規(guī)范化。

本文詳細介紹了中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng) v2.0的設(shè)計理念、系統(tǒng)功能、實現(xiàn)途徑和合作方式等,以期為中醫(yī)臨床術(shù)語標準化盡綿薄之力,也希望能為相關(guān)中醫(yī)藥領(lǐng)域術(shù)語集的構(gòu)建提供參考和借鑒。

2 中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)v2.0的設(shè)計理念

2.1 支持不同語義表達層次和臨床應(yīng)用需求

知識組織系統(tǒng)是對人類知識結(jié)構(gòu)進行表達和有組織地闡述的各種語義工具(semantic tools)的統(tǒng)稱,包括分類法、敘詞表、語義網(wǎng)絡(luò)、概念本體及其他情報檢索語言與標引語言[6]。根據(jù)文獻[6]整理的知識組織系統(tǒng),將當前主要的幾種生物醫(yī)學(xué)術(shù)語集按表達層次進行分析歸類(見圖1)。圖中橫坐標從左往右對語言的受控性增強,縱坐標從下往上結(jié)構(gòu)性增強,而從坐標原點往右上方則綜合的語義表達能力增強?!禛B/T 31774-2015中藥編碼規(guī)則及編碼》等術(shù)語集是屬于術(shù)語列表類型,主要解決的是同義詞問題;國際疾病分類第十次修訂本(International Classification of Diseases 10th Revision, ICD-10)等支持簡單分類的術(shù)語體系屬于分類法與范疇表;而主題詞表(包括醫(yī)學(xué)主題詞表MeSH和中醫(yī)藥學(xué)主題詞表TCMeSH)、支持多軸分類體系的 ICD-11、SNOMED-CT、UMLS和中醫(yī)藥學(xué)語言系統(tǒng)(TCMLS)其表達能力進一步增強,屬于基于關(guān)系的知識組織系統(tǒng)(Knowledge Organization Systems, KOS)類型;目前的開放生物醫(yī)學(xué)本體(Open Biomedical Ontology, OBO)則基于統(tǒng)一的本體構(gòu)建原則和頂層本體來開發(fā)系列本體集,試圖建立一套醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的正交參考本體集[7]。

圖1 知識組織體系中的不同表達層次的醫(yī)學(xué)術(shù)語集

結(jié)合中醫(yī)臨床數(shù)據(jù)和知識表達的特點,中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)在設(shè)計上應(yīng)滿足5種表達層次的需求。

2.1.1 支持語義表達 由于中醫(yī)藥的歷史悠久、學(xué)術(shù)流派眾多、中西醫(yī)交匯等原因,造成了領(lǐng)域內(nèi)的同名異物和異名同物的現(xiàn)象非常廣泛[8],中醫(yī)臨床醫(yī)學(xué)術(shù)語的表達更是多樣化。中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)需要從語義學(xué)觀點出發(fā),將符號、意義和客觀事物三者區(qū)分并建立語義三角關(guān)系,分別將概念通過ID進行賦值和區(qū)分,并建立與術(shù)語的關(guān)系,這樣才能更清晰有效地處理同義詞問題。

2.1.2 多來源術(shù)語集融合 中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)的定位是建立行業(yè)內(nèi)最全的臨床術(shù)語體系,就需要支持多來源術(shù)語集的融合和映射。其中一個常見問題就是語義的適配。例如,同樣一個術(shù)語“水牛角”在2015版《中華人民共和國藥典》(以下簡稱《中國藥典》)[9]和《GB/T 31774-2015中藥編碼規(guī)則及編碼》(以下簡稱《中藥編碼》)[10]國家標準中表達的語義層次是不一樣的:《中藥編碼》中所述的飲片“水牛角”實際上是飲片“水牛角片”,而《中國藥典》所述的飲片“水牛角”則包括了“水牛角片”和“水牛角粉”。這是因為這 2個標準的出發(fā)點不同,《中藥編碼》面向的是藥材領(lǐng)域的信息化編碼問題,需要區(qū)分不同規(guī)格的飲片,因為其制作、保存方法甚至在價格上都有差異;而《中國藥典》面向臨床大夫,需要規(guī)范其臨床用藥,突出的是藥物的性味歸經(jīng)和功能主治,并不需要突出炮制方法的差異(除非是對藥物功效有重大影響的炮制方法,如“荊芥炭”等)。為實現(xiàn)這 2個相同級別的標準在語義上的適配,中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)需要建立虛擬的飲片概念“水牛角”,在該概念上表達性味歸經(jīng)和功能主治,然后建立 2個子概念“水牛角片”和“水牛角粉”,其飲片規(guī)格分別為“片”和“粉”,這樣就實現(xiàn)了多來源的概念映射和適配(見圖2)。

圖2 不同來源的概念映射和適配舉例

2.1.3 多維度查詢統(tǒng)計 和 ICD-11支持多軸的分類體系類似,中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)也需要面向臨床數(shù)據(jù)的多維度查詢統(tǒng)計的需求,支持多個父概念的表達。例如,水牛角按照基源和功效分類,分別屬于動物藥和清熱解毒藥,而防己則分別屬于植物藥和祛風(fēng)利水藥(見圖3)。這種多軸的分類體系,將對后續(xù)臨床數(shù)據(jù)分析和挖掘非常有幫助。

圖3 多軸分類體系

2.1.4 語義查詢與推理 面向語義查詢和推理的需求,中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)需要基于本體的描述邏輯表達,實現(xiàn)類似 SNOMED-CT中概念的定義性關(guān)系的功能。如將證候的“病位”和“病性”信息進行邏輯表達,分別構(gòu)建關(guān)系,這樣能方便計算機執(zhí)行語義查詢。圖4所示為查詢“跟脾相關(guān)的證候”,橙色圈內(nèi)為查詢結(jié)果。

2.1.5 輕知識庫 考慮到對臨床診療決策的支持,中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)也充當著輕知識庫的作用,即錄入一部分臨床診療知識來供后續(xù)的應(yīng)用系統(tǒng)調(diào)用。如疾病的證型知識,根據(jù)臨床指南,術(shù)語系統(tǒng)中表達了疾病“經(jīng)行頭痛”有“氣血虛弱證”“陰虛陽亢證”等證型的關(guān)系。

2.2 設(shè)計原則

基于已有術(shù)語系統(tǒng)構(gòu)建經(jīng)驗及實際需求,確定設(shè)計原則:⑴借鑒但不拘泥于已有術(shù)語系統(tǒng)的成功經(jīng)驗。中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)v2.0采用了SNOMED-CT的一些先進理念,但也當看到它的不足之處,如概念的定義很少,而且無來源出處信息;授權(quán)方式采用國家地區(qū)統(tǒng)一購買授權(quán),不夠靈活等。中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng) v2.0將針對這些問題進行改進。⑵面向中醫(yī)臨床實際應(yīng)用,體現(xiàn)中醫(yī)臨床診療特色。和現(xiàn)代醫(yī)學(xué)不同,中醫(yī)診療是病、證、癥結(jié)合,理、法、方、藥俱備的一個系統(tǒng)過程,故臨床術(shù)語系統(tǒng)也需要囊括大部分臨床中所需要用到的術(shù)語和知識。⑶針對實際應(yīng)用場景,重視與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)術(shù)語集的整合與映射。目前現(xiàn)代醫(yī)學(xué)術(shù)語集如 SNOMED-CT等已經(jīng)涵蓋了除中醫(yī)獨有術(shù)語以外的絕大部分知識,如疾病、癥狀、實驗室檢查等。中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)將在保證中醫(yī)知識體現(xiàn)結(jié)構(gòu)完整的前提下,盡量少做重復(fù)工作,確實需要納入的也要做好與其他術(shù)語集之間的映射。

圖4 基于定義性關(guān)系的語義查詢結(jié)果顯示

3 中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)v2.0實現(xiàn)

3.1 系統(tǒng)框架

中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)框架如圖5所示,包括兩大部分:⑴中醫(yī)臨床術(shù)語集。包括所錄入的概念、術(shù)語、定義和關(guān)系等信息;也包括新增的子集功能,能按需定制抽取所選概念,并允許重新編排層級關(guān)系和編輯,能實現(xiàn)與其他術(shù)語系統(tǒng)的映射。⑵軟件系統(tǒng)。包括 2個子系統(tǒng):術(shù)語維護子系統(tǒng)和基礎(chǔ)應(yīng)用子系統(tǒng)。其中術(shù)語維護子系統(tǒng)支持批量數(shù)據(jù)導(dǎo)入、術(shù)語編輯、子集維護和基本統(tǒng)計功能等;基礎(chǔ)應(yīng)用子系統(tǒng)則是基于中醫(yī)臨床術(shù)語的一些基礎(chǔ)應(yīng)用模塊,包括數(shù)據(jù)清洗、術(shù)語自動規(guī)范化和數(shù)據(jù)導(dǎo)出等功能。

3.2 中醫(yī)臨床術(shù)語集的基本組成要素

基于語義學(xué)觀點,中醫(yī)臨床術(shù)語集的組成要素包括概念、術(shù)語和關(guān)系(見圖6)。⑴概念:每一個概念都有唯一的不變的ID,針對SNOMED-CT中缺少定義和來源出處的問題,新增加了定義和來源出處屬性,并保證 60%以上的覆蓋率。⑵術(shù)語:每一個概念對應(yīng)唯一的正式名和多個異名或同義詞。⑶關(guān)系:包括 Is-a關(guān)系(即父子概念關(guān)系)和屬性關(guān)系。

圖5 中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)框架

圖6 中醫(yī)臨床術(shù)語集的基本組成要素

3.3 頂層軸設(shè)計

團隊前期完成了中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)頂層軸設(shè)計,其成果《中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)分類結(jié)構(gòu)》于 2017年 2月 28日發(fā)布,并正式成為國際標準化組織(International Organization for Standardization, ISO)標準[11]。目前包含18個軸(見表1),基本涵蓋了臨床過程中所需的理、法、方、藥等知識。

3.4 術(shù)語構(gòu)建的一般技術(shù)路線及示例

術(shù)語集是按照主題分別進行構(gòu)建的,為此專門制定了術(shù)語構(gòu)建一般技術(shù)路線(見圖7),下面以中藥術(shù)語構(gòu)建為例,介紹具體的構(gòu)建過程。

3.4.1 粗術(shù)語收集 收集來自《中藥編碼》標準、《中國藥典》2015版、中藥學(xué)教材[12]、《中國中醫(yī)藥學(xué)主題詞表》[13]、臨床病案數(shù)據(jù)庫、醫(yī)院藥房系統(tǒng)、中藥數(shù)據(jù)字典等來源的中藥粗術(shù)語,并記錄定義、來源出處信息。

表1 中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)18個頂層概念

圖7 術(shù)語構(gòu)建一般技術(shù)路線

3.4.2 基于本體的概念建模 對粗術(shù)語進行分析,并基于本體理論進行概念建模。根據(jù)上述中藥粗術(shù)語,抽象總結(jié)出“中藥”“中藥材”“飲片”和“中成藥”等概念[14],并構(gòu)建其相關(guān)關(guān)系和各自具有的屬性。

3.4.3 術(shù)語概念匹配和關(guān)系定義 將所搜集的粗術(shù)語一一匹配到所屬的概念上,并定義其相互關(guān)系,錄入到術(shù)語系統(tǒng)中。

3.4.4 審核 對所錄入的概念、術(shù)語和關(guān)系進行逐條審核,確認合格后方能標記為審核通過,進入后續(xù)的發(fā)布程序。

3.4.5 結(jié)果統(tǒng)計 截止目前,收集錄入的概念及術(shù)語結(jié)果統(tǒng)計如下(見表2)。

表2 中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)v2.0中藥相關(guān)結(jié)果統(tǒng)計

4 合作模式和應(yīng)用場景

4.1 合作和開發(fā)模式

能否滿足用戶需求是一個產(chǎn)品是否合格的標準,中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)要想成為合格的產(chǎn)品得到推廣應(yīng)用,乃至成為真正的行業(yè)標準,需要契合實際應(yīng)用場景,發(fā)揮其獨特優(yōu)勢,真正為用戶解決問題,創(chuàng)造價值。為促進推廣和應(yīng)用,暫擬定中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)以聯(lián)盟形式合作開發(fā)。⑴邀請研究團隊、電子病歷廠商、醫(yī)院等單位以會員形式加入,共同開發(fā)維護,共同利用。⑵靈活授權(quán)。按照盈利與非盈利,按項目、拷貝數(shù)進行授權(quán)和收費。⑶部分開放、廣泛與各種開放組織,如臨床數(shù)據(jù)交換標準協(xié)會(the Clinical Data Interchange Standards Consortium, CDISC)、ISO、世界衛(wèi)生組織(World Health Organization, WHO)、健康觀測數(shù)據(jù)科學(xué)和信息聯(lián)盟(the Observational Health Data Sciences and Informatics, OHDSI)等開展合作和應(yīng)用。

4.2 應(yīng)用領(lǐng)域與場景

⑴支持臨床電子病歷規(guī)范化錄入,方便實現(xiàn)臨床信息結(jié)構(gòu)化存儲、共享和利用,支持臨床數(shù)據(jù)的語義分析與挖掘;并能支持已有臨床數(shù)據(jù)的清洗與規(guī)范化。⑵支持臨床文獻進行語義標引,為臨床診療知識庫提供術(shù)語參照基礎(chǔ)。⑶藥物編碼分類。如術(shù)語系統(tǒng)中包含了中成藥術(shù)語及多種分類結(jié)構(gòu),可以作為藥物編碼分類系統(tǒng)之一,支持多來源藥物編碼的映射整合。⑷與其他術(shù)語映射,實現(xiàn)跨領(lǐng)域的語義查詢檢索。

5 展望

中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)v2.0已于 2018年1月份發(fā)布了第一個版本(網(wǎng)址:http://tcmcts.org),這也標志著中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng)的重構(gòu)工作基本完成。團隊中遠期的目標是爭取成為行業(yè)應(yīng)用廣泛、術(shù)語覆蓋全面的中醫(yī)臨床術(shù)語系統(tǒng),為中醫(yī)藥信息標準化奠定基礎(chǔ),要實現(xiàn)這個目標,還需要做大量的后續(xù)工作:以實際應(yīng)用為驅(qū)動,加強與電子病歷廠商和醫(yī)院等交流,探索合理的合作開發(fā)模式;以子領(lǐng)域主題模式完善術(shù)語的收集,并逐步細化工作流程,保質(zhì)保量,逐步推進;完善合作開發(fā)模式,廣泛與現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的術(shù)語集的研發(fā)開展互動交流,包括中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院已啟動的由“醫(yī)學(xué)與健康科技創(chuàng)新工程”項目支持的“中文臨床醫(yī)學(xué)術(shù)語系統(tǒng)構(gòu)建研究”,世界衛(wèi)生組織藥物詞典(WHO Drug Dictionary, WHODD)等術(shù)語集的研發(fā)團隊,都是目前合作開發(fā)的意向伙伴。

[1] LEE D, CORNET R, LAU F, et al. A survey of SNOMED CT implementations[J]. Journal of Biomedical Informatics, 2013,46(1):87-96.

[2] 郭玉峰,劉保延,崔蒙,等.借鑒 SNOMED CT發(fā)展中醫(yī)臨床標準術(shù)語集[C]//中國中醫(yī)研究院.中醫(yī)藥發(fā)展與人類健康——慶祝中國中醫(yī)研究院成立50周年論文集(上冊).北京,2005:425-433.

[3] 楊陽,李園白,崔蒙.建立中醫(yī)臨床術(shù)語集探索性研究[J].中國中醫(yī)藥信息雜志,2006,13(12):105,110.

[4] 郭玉峰,劉保延,姚乃禮,等.基于 SNOMED CT核心構(gòu)架研究的中醫(yī)臨床術(shù)語集標準化特征要素初探[J].中國中醫(yī)藥信息雜志,2008,15(9):96-97.

[5] 董燕,朱玲,于彤,等.中醫(yī)臨床術(shù)語研究現(xiàn)狀與系統(tǒng)構(gòu)建方法探討[J].國際中醫(yī)中藥雜志,2014,36(11):965-968.

[6] 曾新紅.中文敘詞表本體——敘詞表與本體的融合[J].現(xiàn)代圖書情報技術(shù),2009(1):34-43.

[7] SMITH B, ASHBURNER M, ROSSE C, et al. The OBO Foundry:coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration[J]. Nature Biotechnology, 2007,25(11):1251-1255.

[8] 朱彥,高博,崔蒙.中藥名稱同名異物及同物異名情況統(tǒng)計分析[J].中華中醫(yī)藥雜志,2015,30(12):4422-4425.

[9] 國家藥典委員會.中華人民共和國藥典:2015版[M].北京:中國醫(yī)藥科技出版社,2015.

[10] 中華人民共和國國家質(zhì)量監(jiān)督檢驗檢疫總局,中國國家標準化管理委員會.中藥編碼規(guī)則及編碼:GB/T 31774-2015[S].北京:中國標準出版社,2015.

[11] ISO. ISO 19465:2017 Traditional Chinese medicine -Categories of traditional Chinese medicine (TCM) clinical terminological systems[S/OL].Geneva: International Organization for Standardization, 2017.

[12] 鐘贛生.中藥學(xué)[M].北京:中國中醫(yī)藥出版社,2012.

[13] 劉麗紅,劉靜,李海燕,等.《中國中醫(yī)藥學(xué)主題詞表》“中藥功能分類”主題詞選詞研究[J].中國中醫(yī)藥信息雜志,2015,22(10):38-40.

[14] 劉麗紅,賈李蓉,劉靜,等.中藥本體相關(guān)概念描述探討[J].中國數(shù)字醫(yī)學(xué),2016,11(2):90-92.

猜你喜歡
水牛角術(shù)語語義
水牛角對血熱出血模型大鼠的止血作用及機制*
動物藥水牛角基礎(chǔ)與應(yīng)用研究進展
語言與語義
野花扎在水牛角
“上”與“下”語義的不對稱性及其認知闡釋
認知范疇模糊與語義模糊
有感于幾個術(shù)語的定名與應(yīng)用
從術(shù)語學(xué)基本模型的演變看術(shù)語學(xué)的發(fā)展趨勢
語義分析與漢俄副名組合
水牛角不同相對分子質(zhì)量酶解液的藥理作用研究
台南县| 辽源市| 蓬安县| 罗田县| 鸡东县| 尚义县| 金阳县| 昆山市| 那坡县| 达拉特旗| 苍梧县| 玛沁县| 阿拉善右旗| 西城区| 大余县| 滁州市| 平江县| 丁青县| 武川县| 定襄县| 台湾省| 巴彦淖尔市| 曲阜市| 东方市| 婺源县| 平谷区| 陆河县| 辽阳县| 乃东县| 额尔古纳市| 宾川县| 巢湖市| 武隆县| 七台河市| 宁南县| 昭通市| 锡林浩特市| 桓台县| 淮阳县| 蓬安县| 卫辉市|