戴杰雨,姜永華,張玉潔,王豪杰,劉瀟然,劉翠華,任小林*
HD-Zip家族是植物特有的一類轉(zhuǎn)錄因子,因其含有同源異型盒(homeobox domain,HD)與亮氨酸拉鏈結(jié)構(gòu)(leucine zipper,Zip)而得名。其結(jié)構(gòu)與動(dòng)物中的HDZip蛋白有所不同,表明很可能在高等植物的生長發(fā)育過程中具有不同尋常的意義[1]。HD-ZipI亞家族的成員可能是整個(gè)家族中被研究最多的,從植物種子的發(fā)育[2]、花的開放與衰老[3-4]到果實(shí)的發(fā)育至衰老[3,5]等一系列生長發(fā)育事件都有研究報(bào)道[6-7]。眾多研究表明,HD-ZipI通過植物激素的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo),參與植物逆境脅迫的響應(yīng);并且被發(fā)現(xiàn)既有正調(diào)控也有負(fù)調(diào)控,是植物蛋白高級(jí)結(jié)構(gòu)的一部分[7-9]。因此,HD-ZipI亞家族在植物的生命周期中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。
模式植物番茄中,LeHB-1作為LeACO1的轉(zhuǎn)錄因子,通過與其互作調(diào)控乙烯的合成,進(jìn)而影響番茄果實(shí)成熟衰老的進(jìn)程[3]。于巧平等[10]通過BLAST蘋果EST庫獲得了目標(biāo)EST序列,從澳洲青萍花器總cDNA中克隆到了MdHB1全長序列;蘋果MdHB1屬于HD-ZipI亞家族,被認(rèn)為是MdACO1的轉(zhuǎn)錄因子。李興亮[11]發(fā)現(xiàn),MdHB1與MdSnRK2.4功能域STKC(Ser/Thr protein kinasec)發(fā)生物理互作,使自身功能域HD被蛋白磷酸化修飾,引起MdACO1啟動(dòng)子活性的改變而影響乙烯的合成;這與以前的研究者推測其參與蘋果果實(shí)的成熟與衰老進(jìn)程相吻合,病毒誘導(dǎo)沉默實(shí)驗(yàn)結(jié)果也支持這一結(jié)論[12]。本實(shí)驗(yàn)室前期探索了該基因在蘋果的不同器官、不同發(fā)育時(shí)期的表達(dá)模式,結(jié)果表明在嘎啦的花瓣和花后40 d表達(dá)水平較高[13];通過構(gòu)建酵母雙雜交cDNA文庫,篩選了與MdHB1互作的多個(gè)蛋白,涉及植物的脅迫響應(yīng)、能量代謝、光合作用等,表明MdHB1在蘋果生長發(fā)育過程中功能廣泛[14];通過β-葡萄糖醛酸酶(β-glucuronidase,GUS)基因瞬時(shí)表達(dá)實(shí)驗(yàn)等分析了MdHB1基因啟動(dòng)子中乙烯響應(yīng)元件,表明乙烯可以誘導(dǎo)MdHB1的表達(dá)[15]。綜上,MdHB1很可能與其他家族成員類似,廣泛參與蘋果生長發(fā)育的調(diào)控與環(huán)境脅迫的響應(yīng)。目前關(guān)于功能的研究主要是通過轉(zhuǎn)錄水平的變化來揭示,而轉(zhuǎn)錄因子最終是以蛋白的形式執(zhí)行功能的,因此蛋白方面的研究對(duì)于揭示MdHB1的功能十分必要。本研究利用大腸桿菌得到原核表達(dá)的MdHB1融合蛋白,Ni-NTA親和柱純化后作為抗原制備多克隆抗體;通過Western Blot實(shí)驗(yàn)和間接酶聯(lián)免疫(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)實(shí)驗(yàn),結(jié)果表明所得多克隆抗體效價(jià)較高,特異性良好,不僅能從菌體總蛋白中特異性識(shí)別MdHB1,也能從蘋果幼葉總蛋白中成功檢測MdHB1蛋白,為進(jìn)一步研究MdHB1提供了有力工具。
蘋果葉片采集于西北農(nóng)林科技大學(xué)園藝場,品種為“澳洲青萍”。選取幼嫩新生葉,采集后隨即帶回實(shí)驗(yàn)室,液氮速凍,-80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
蛋白原核表達(dá)載體pGEX-6p-1和pET-28a(+)本實(shí)驗(yàn)室保存;表達(dá)菌株BL2(DE3) 北京天根生化科技有限公司;限制性內(nèi)切酶(BamHI,EcoRI,SalI)、T4連接酶試劑盒(DNA Ligation Kit)、質(zhì)粒小提試劑盒、膠回收試劑盒、核酸Marker(DL2000)大連TaKaRa有限公司;植物膜蛋白提取試劑盒 上海貝博生物有限公司;蛋白分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn) 北京全式金生物技術(shù)有限公司;兔抗Anti-GST抗體 北京博奧森生物技術(shù)有限公司;辣根氧化酶標(biāo)記的二抗(羊抗兔IgGHRP) 西安沃爾森生物技術(shù)公司;辣根過氧化酶化學(xué)發(fā)光試劑盒 賽默飛世兒科技(中國)有限公司。
DYCZ-24DN迷你雙垂直電泳儀、DYCZ-40G型轉(zhuǎn)印電泳儀 北京六一儀器廠;JY88-IIN超聲破碎儀寧波新芝生物科技有限公司。
1.3.1 MdHB1蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測
在NCBI數(shù)據(jù)庫中搜索MdHB1基因獲得其cDNA序列(GenBank:JQ678788.1),在線軟件Conserved Domains Search Tool(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)用來預(yù)測基因的保守區(qū)域。利用DNASTAR對(duì)蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)及其柔韌性進(jìn)行預(yù)測。蛋白三維結(jié)構(gòu)同源建模在線軟件SWISS-MODEL(https://swissmodel.expasy.org/)用來構(gòu)建MdHB1蛋白的三維結(jié)構(gòu)。TRMHMM server v.2.0(http://www. cbs.dtu.d k/services/TMHMM-2.0/)預(yù)測蛋白的跨膜區(qū)域。
1.3.2 引物的設(shè)計(jì)與基因片段克隆
根據(jù)得到的MdHB1序列,利用Primer 5.0設(shè)計(jì)所需要的引物。設(shè)計(jì)引物MdHB1-A1(5’-CGGGATCC ATGATGGAGCCGGGCCG-3’,下劃線處為BamHI酶切位點(diǎn))和MdHB1-S1(5’-CGGAATTCTTATGACC ATCCCCACCAGTTCA-3’,下劃線處為EcoRI酶切位點(diǎn)),用于連接pGEX-6p1-1載體。設(shè)計(jì)引物MdHB1-A2(5’-CCGGAATTCATGGAGCCGGGCCGTT-3’,下劃線處為EcoRI酶切位點(diǎn)),與MdHB1-S2(5’-ACGC GTCGACTTATGACCATCCCCACCAGTT-3’,下劃線處為SalI酶切位點(diǎn)),用于連接pET-28a(+)載體。此外,用于檢測MdHB1全長的引物為MdHB1-F(5’-AGTTGTTTAGCTGGAAAAGAGATG-3’)和MdHB1-R(5’-CAATTTAGGGGATTTAGCCATTT AT-3’)。引物由北京奧科鼎盛生物科技有限公司負(fù)責(zé)合成。
前期,于巧平等[10]以澳洲青萍的花器為材料,從其cDNA中克隆到了蘋果MdACO1的轉(zhuǎn)錄因子MdHB1基因。在此利用澳洲青萍的cDNA為模板,分別以MdHB1-(A1,S1)和MdHB1-(A2,S2)為引物進(jìn)行基因擴(kuò)增。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)體系(25 μL)為上下游引物(10 μmol/L)各1 μL,2×Es TaqMasterMix 25 μL,cDNA模板1 μL,ddH2O 20 μL。PCR程序?yàn)?4 ℃預(yù)變性2 min,94 ℃變性30 s,56 ℃退火45 s,72 ℃延伸30 s,72 ℃終止延伸5 min;程序進(jìn)行擴(kuò)增30個(gè)循環(huán)。PCR產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳分離后,利用DNA回收試劑盒回收相應(yīng)大小產(chǎn)物。
1.3.3 原核表達(dá)載體構(gòu)建
MdHB1-(A1,S1)克隆回收的DNA產(chǎn)物經(jīng)過BamHI和EcoRI雙酶切后與經(jīng)過同樣酶切處理的pGEX-6p-1載體相連接,得到重組質(zhì)粒pGEX-6p-1-MdHB1(命名為6pHB);同理,將MdHB1-(A2,S2)的基因克隆產(chǎn)物經(jīng)過EcoRI和SalI雙酶切后連入pET-28a(+)載體,獲得重組質(zhì)粒pET-28a-MdHB1(命名為28aHB)。而后分別轉(zhuǎn)入大腸桿菌感受態(tài)DH5α,經(jīng)過菌液PCR和質(zhì)粒PCR檢測后,再通過測序驗(yàn)證重組載體中基因序列的正確性。
1.3.4 表達(dá)載體6pHB在大腸桿菌中的表達(dá)
提取質(zhì)粒6pHB和空載pGEX-6p-1,分別轉(zhuǎn)入大腸桿菌感受態(tài)BL21(DE3),挑取生長健壯陽性菌株于LB液體培養(yǎng)基培養(yǎng)。37 ℃搖床200 r/min培養(yǎng)菌液OD600nm至0.7~0.8后,按照終質(zhì)量濃度50 mg/L的量加入異丙基-β-D-硫代半乳糖苷(isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside,IPTG)誘導(dǎo)蛋白的表達(dá)8 h。離心收集菌體,移除上清液,按10 mL PBS/g菌體的量重懸菌體;利用超聲破碎儀進(jìn)行菌體細(xì)胞破碎,程序?yàn)椋?0%的能量,工作0.5 s,間歇2.5 s,破碎10 min;液氮速凍,存于-80 ℃?zhèn)溆谩?/p>
1.3.5 MdHB1融合蛋白的可溶性分析與表達(dá)條件的優(yōu)化
取6pHB陽性菌株于37 ℃、200 r/min振蕩培養(yǎng)OD600nm至0.7~0.8,加入終質(zhì)量濃度50 mg/L IPTG,混合均勻后分別取10 mL于18、28、37 ℃,200 r/min振蕩培養(yǎng)8 h,收集,裂解菌體。再次離心,上清液存入新的離心管,沉淀中加入與上清液等體積的PBS重懸液并振蕩均勻。
在28 ℃條件下,終質(zhì)量濃度50 mg/L IPTG振蕩培養(yǎng)大腸桿菌0、2、4、6、8、10 h;終質(zhì)量濃度10 mg/L和100 mg/L的IPTG誘導(dǎo)表達(dá)融合蛋白8 h;收集,裂解菌體。
以上樣品分別上樣,十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)分離檢測。
1.3.6 表達(dá)載體28aHB的誘導(dǎo)表達(dá)與蛋白純化
重組質(zhì)粒28aHB在大腸桿菌中的誘導(dǎo)表達(dá)過程如1.3.4節(jié)中的描述基本一致。誘導(dǎo)6 h的28aHB菌體,12 000×g、5 min離心收集,充分裂解后,按照Novagen公司的Ni-NTA His-bind resin親合柱的使用說明洗脫收集蛋白。并將純化前后的蛋白,Ni-NTA柱不吸附的穿柱蛋白液等用10% SDS-PAGE分離,SDS-PAGE檢測其純化效果。
1.3.7 多克隆抗體的制備
將純化后的蛋白樣品(MdHB1-His6)作為抗原,送往上海近岸蛋白科技有限公司進(jìn)行多克隆抗體制備。
1.3.8 間接ELISA法檢測抗體效價(jià)
抗原以50 mmol/L酸鹽包被緩沖液稀釋,每孔加入量為100 ng,4 ℃過夜;5%脫脂奶粉封閉液37 ℃封閉1 h;分別加入按照1 000、4 000、8 000 倍比例稀釋的抗體;37 ℃孵育1 h;洗滌,加入稀釋2 000 倍的IgGHRP二抗,37 ℃孵育1 h;最后加入以四甲基聯(lián)苯胺(tetramethyl benzidine,TMB)為底物的顯色液,室溫下暗室處理5 min,50 μL終止液(2 mol/L H2SO4溶液)終止顯色,酶標(biāo)儀測定酶標(biāo)板各孔的OD450nm。其中以包被液作為空白對(duì)照,以免疫前的陰性血作為陰性對(duì)照。
1.3.9 Western Blot實(shí)驗(yàn)檢測抗體的特異性
經(jīng)10% SDS-PAGE分離6pHB菌株的總蛋白后,電壓100 V、1 h濕轉(zhuǎn)至0.45 μm的聚偏氟乙?。╬olyvinylidene fluoride,PVDF)膜上,在含有5%脫脂奶粉的鹽酸緩沖液(Tris-HCl-tween20,TBST)中4 ℃輕搖1 h封閉。用TBST稍加漂洗,分別以自制的Anti-MdHB1多克隆抗體和Anti-GST單克隆抗體為一抗,1∶2 000用TBST稀釋后,置于4 ℃靜止過夜。次日TBST洗滌3 次,每次10 min,再加入連有辣根氧化酶的羊抗兔IgG-HRP進(jìn)行二抗孵育45 min。再次以大量的TBST漂洗3 次后,加入化學(xué)發(fā)光底物進(jìn)行顯色拍照。澳洲青萍幼葉蛋白的提取利用植物膜蛋白提取試劑盒,Western Blot實(shí)驗(yàn)操作基本與上述相同。
利用已經(jīng)公布的MdHB1蛋白推導(dǎo)序列,預(yù)測蛋白的結(jié)構(gòu)。保守區(qū)域預(yù)測在線軟件Conserved Domains Search的結(jié)果說明MdHB1屬于HD-ZipI亞家族。利用DNASTAR通過Garnier-Robson和Deleage-Roux兩種方法預(yù)測MdHB1的二級(jí)結(jié)構(gòu),其結(jié)果顯示各種結(jié)構(gòu)所占比例大約為:α-螺旋47%,β-折疊24%,無規(guī)則卷曲20%,β-轉(zhuǎn)角不超過10%;Karplus-Schulz方法預(yù)測的蛋白柔韌性區(qū)域約占整體的62.5%。利用在線三維結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件SWISSMODEL形成的3D模型,其模板是人同源異形盒蛋白PRH(2m0c.1.A),兩者的相似性為47.37%(圖1)。此外,TRMHMM server v.2.0預(yù)測MdHB1無跨膜區(qū)域。
圖1 MdHB1蛋白的生物信息學(xué)分析Fig. 1 Predicted structure of MdHB1 protein
在制備抗體時(shí),較小的標(biāo)簽蛋白對(duì)于制備多克隆抗體的影響更小。選用了pET-28a(+)表達(dá)載體,其中含有His基因,誘導(dǎo)表達(dá)后目的蛋白中帶有6×His標(biāo)簽蛋白(His6-tag)。純化融合蛋白,進(jìn)而作為抗原制備抗體。如圖2所示,重組質(zhì)粒28aHB的特異性條帶明顯高于空載;而在EcoRI和SalI雙酶切后,在4 000~7 000 bp之間兩者的特異性條帶位置一致,并且重組質(zhì)粒在1 000 bp左右有一條特異性條帶,這與MdHB1的理論值一致。通過膠回收1 000 bp左右的條帶,測序檢驗(yàn),確定為MdHB1序列。至此,28aHB重組質(zhì)粒構(gòu)建成功。
圖2 重組表達(dá)載體28aHB的雙酶切鑒定Fig. 2 Identification of the recombinant expression vector 28aHB by double enzyme digestion
將28aHB載體轉(zhuǎn)化至大腸桿菌感受態(tài)BL21(DE3),37 ℃、200 r/min誘導(dǎo)培養(yǎng)轉(zhuǎn)菌株8 h后,離心收集,破碎菌體,SDS-PAGE上樣檢測。誘導(dǎo)后的28aHB在55 kDa處有明顯的特異性條帶,這比預(yù)測的融合蛋白MdHB1-His6分子質(zhì)量(44.4 kDa)略高,可能的原因是由于蛋白表達(dá)過程中自身的修飾,也有可能如唐威華等[16]的研究所述,由于His6-tag的存在,降低了融合蛋白的遷移速率。破碎后的菌體離心,分離上清液與沉淀;電泳顯示37 ℃誘導(dǎo)下,該融合蛋白絕大部分以包涵體的形式存在于沉淀中。通過Ni-NTA柱分離,洗脫,洗脫液中的融合蛋白條帶明顯,且只有一條明顯的特異性條帶,說明蛋白純化成功(圖3)。
圖3 重組質(zhì)粒28aHB的表達(dá)與蛋白純化Fig. 3 Expression of recombinant plasmid 28aHB and protein purification
由圖4可知,包被液(空白對(duì)照)和兩個(gè)陰性對(duì)照(未免疫血)與抗原均無明顯的陽性反應(yīng);而分別稀釋1 000、4 000、8 000 倍的抗血清都產(chǎn)生了明顯的反應(yīng),OD450nm都大于0.5,說明制備的多克隆抗體效果良好。
圖4 間接ELISA法測定多克隆抗體的效價(jià)結(jié)果Fig. 4 Titer of polyclonal antibody determined by indirect ELISA
在進(jìn)行多克隆抗體的特異性檢測時(shí),為了對(duì)其進(jìn)行交叉檢測,將MdHB1連接入另一個(gè)表達(dá)載體pGEX-6p-1(其中帶有GST基因),構(gòu)建6pHB載體,在大腸桿菌中誘導(dǎo)表達(dá)得到了MdHB1-GST融合蛋白,并優(yōu)化了其的表達(dá)條件。提取重組質(zhì)粒6pHB,用本實(shí)驗(yàn)所設(shè)計(jì)的引物MdHB1-(F,R)進(jìn)行PCR驗(yàn)證,如圖5所示,在構(gòu)建好的6pHB重組質(zhì)粒中克隆出了1 000 bp左右的特異性條帶。BamHI和EcoRI雙酶切重組質(zhì)粒得到兩條特異性條帶,其中一條1 000 bp左右,這與驗(yàn)證引物克隆出的特異性條帶的大小基本一致,并符合對(duì)MdHB1大小的預(yù)期;另外一條特異性條帶的大小位于4 000~7 000 bp之間,這個(gè)大小與BamHI和EcoRI雙酶切pGEX-6p-1空載得到的特異性條帶大小基本一致。未進(jìn)行雙酶切的6pHB和pGEX-6p-1載體作為對(duì)照,與其雙酶切結(jié)果相比,條帶顯示的位置都要分別低于酶切后的特異性條帶,驗(yàn)證了環(huán)狀DNA的電泳速度要快于開環(huán)DNA的結(jié)論;并且重組質(zhì)粒6pHB的分子質(zhì)量明顯大于空載。綜合以上結(jié)果,原核表達(dá)質(zhì)粒6pHB構(gòu)建成功。
圖5 重組表達(dá)載體6pHB酶切鑒定Fig. 5 Identification of the recombinant expression vector 6pHB by double enzyme digestion
重組質(zhì)粒6pHB轉(zhuǎn)化至大腸桿菌感受態(tài)BL21(DE3),終質(zhì)量濃度50 mg/L的IPTG誘導(dǎo)培養(yǎng)8 h,離心收集菌體,裂解后上樣進(jìn)行SDS-PAGE。其中轉(zhuǎn)入空載pGEX-6p-1的大腸桿菌作為對(duì)照,進(jìn)行同樣的操作。結(jié)果顯示,重組質(zhì)粒在66.2 kDa處有一處明顯的蛋白聚集,這與預(yù)測的重組蛋白的分子大?。?4.4 kDa)基本符合;空載的蛋白在25~35 kDa之間有一條明顯的特異性條帶,這與標(biāo)簽蛋白GST的蛋白分子大?。?6 kDa)基本一致(圖6)。這些表明,通過誘導(dǎo)大腸桿菌,得到了6pHB表達(dá)后帶有GST-tag的融合蛋白(MdHB1-GST)。
圖6 6pHB誘導(dǎo)表達(dá)的SDS-PAGE分析Fig. 6 SDS-PAGE analysis showing the induced expression of 6pHB in E. coli
相同質(zhì)量濃度誘導(dǎo)劑(50 mg/L)的條件下,不同溫度誘導(dǎo)培養(yǎng)轉(zhuǎn)化6pHB的大腸桿菌,經(jīng)過菌體破碎,離心,分離上清液,重懸沉淀,分別得到了18、28 ℃和37 ℃誘導(dǎo)8 h菌體總蛋白的沉淀和上清液。如圖7所示,18 ℃和28 ℃的上清液中,70 kDa附近明顯的特異條帶明顯亮于37 ℃的上清液;而三者的沉淀中所含的融合蛋白MdHB1-GST都比上清液中的量要多,37 ℃誘導(dǎo)下差異最為明顯。這些說明該融合蛋白更多以包涵體的形式存在于沉淀中,并且較低的誘導(dǎo)溫度(18 ℃和28 ℃)更有利于MdHB1-GST可溶性形式的表達(dá)。
圖7 不同溫度誘導(dǎo)下融合蛋白MdHB1-GST可溶性分析Fig. 7 Analysis of soluble MdHB1-GST fusion protein at different temperatures
28 ℃條件下,終質(zhì)量濃度50 mg/L的IPTG誘導(dǎo)轉(zhuǎn)化6pHB的大腸桿菌表達(dá)用以探索表達(dá)時(shí)間對(duì)蛋白表達(dá)量的影響,不同質(zhì)量濃度的IPTG誘導(dǎo)培養(yǎng)8 h探索誘導(dǎo)物質(zhì)量濃度對(duì)融合蛋白表達(dá)量的影響。經(jīng)過SDS-PAGE分析,融合蛋白的表達(dá)量隨著時(shí)間的延長有所增加,培養(yǎng)至8 h表達(dá)量基本達(dá)到了最大;而終質(zhì)量濃度10、50、100 mg/L的誘導(dǎo)劑對(duì)于融合蛋白最終表達(dá)量影響不大(圖8)。
圖8 不同誘導(dǎo)培養(yǎng)時(shí)間和IPTG質(zhì)量濃度對(duì)融合蛋白MdHB1-GST表達(dá)的影響Fig. 8 Effects of culture time and IPTG concentration on expression of recombinant MdHB1-GST
2.9.1 菌體總蛋白的Western Blot實(shí)驗(yàn)
圖9 菌體總蛋白的Western Blot實(shí)驗(yàn)結(jié)果Fig. 9 Western Blot analysis of total bacterial protein
轉(zhuǎn)化6pHB的大腸桿菌誘導(dǎo)表達(dá)后破碎獲得其菌體總蛋白,經(jīng)SDS-PAGE,電濕轉(zhuǎn)至PVDF膜上進(jìn)行Western Blot雜交實(shí)驗(yàn)。1、2兩條帶顯示,以自制的Anti-MdHB1為一抗時(shí),在50~70 kDa之間有一條明顯的特異條帶,其分子質(zhì)量大小符合對(duì)融合蛋白MdHB1-GST預(yù)期;3、4泳道是以兔抗Anti-GST單克隆抗體為一抗進(jìn)行的雜交實(shí)驗(yàn),其條帶位置與多克隆抗體雜交條帶是一致的(圖9)。這說明多克隆抗體能夠特異性的檢測到融合蛋白MdHB1-GST,并且也證明了6pHB表達(dá)的融合蛋白的正確性。
2.9.2 蘋果幼葉蛋白Western Blot實(shí)驗(yàn)
利用植物蛋白提取試劑盒提取澳洲青萍幼葉蛋白,取30 μL蛋白樣品SDS-PAGE分離,轉(zhuǎn)膜進(jìn)行Western Blot實(shí)驗(yàn)。如圖10所示,在70~100 kDa之間檢測出一條明顯的特異性條帶,這與MdHB1蛋白二聚體的分子質(zhì)量基本相符(38.4 kDa×2)。由此證明,自制Anti-MdHB1多克隆抗體能夠從植物組織中特異性的檢測到目的蛋白,且效果良好。
圖10 蘋果幼葉蛋白的Western Blot實(shí)驗(yàn)結(jié)果Fig. 10 Western Blot analysis of proteins in young apple levels
本實(shí)驗(yàn)利用實(shí)驗(yàn)室前期克隆的MdHB1序列,首先利用一系列生物信息學(xué)軟件對(duì)其結(jié)構(gòu)進(jìn)行了預(yù)測,結(jié)果表明,蘋果轉(zhuǎn)錄因子MdHB1含有其特有的HD結(jié)構(gòu)和Zip結(jié)構(gòu),是HD-ZipI亞家族的成員;兩種二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法得到的各結(jié)構(gòu)所占比例基本一致,并且發(fā)現(xiàn)目的蛋白的柔韌性區(qū)域所占比例很高。蛋白的柔韌區(qū)域?qū)τ谄涔δ苡兄苤匾淖饔?,例如催化、結(jié)合、變構(gòu)效應(yīng)等[17]。當(dāng)前研究表明,該家族成員多通過參與植物激素的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo),響應(yīng)外界各種環(huán)境因素的刺激,影響植物生長發(fā)育的進(jìn)程,例如水稻中,HD-ZipI亞家族成員Oshox22影響了ABA的合成,并通過ABA介導(dǎo)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)參與水分和鹽脅迫[7-9,18-22];其較多的柔韌區(qū)域可能與這些響應(yīng)有關(guān),是各種生理響應(yīng)的分子基礎(chǔ),正如一些研究者所認(rèn)為,HD-ZipI是植物高級(jí)蛋白結(jié)構(gòu)的一部分[7]。此外,預(yù)測并沒有發(fā)現(xiàn)目的蛋白有跨膜區(qū)域;作為植物轉(zhuǎn)錄因子,大部分研究認(rèn)為其HD-Zip家族的亞細(xì)胞定位在細(xì)胞核[6,23-24],然而筆者最近研究發(fā)現(xiàn),MdHB1的亞細(xì)胞定位不僅在細(xì)胞核,也存在于細(xì)胞膜,這可能和其自身的蛋白功能有關(guān)。
要制備高質(zhì)量的抗體,理想的免疫原是前提。通過大腸桿菌原核表達(dá)目的蛋白,不僅操作簡單,并且有成本低、周期短的優(yōu)點(diǎn)。本研究構(gòu)建了兩種原核表達(dá)載體:6pHB和28aHB;前者帶有分子質(zhì)量較大的GST-tag,后者為較小的His6-tag。通過一系列的SDS-PAGE分析,探索了溫度、誘導(dǎo)時(shí)間、誘導(dǎo)物質(zhì)量濃度對(duì)融合蛋白MdHB1-GST誘導(dǎo)表達(dá)的影響。在進(jìn)行兔的免疫制備抗體時(shí),選用pET-28a(+)載體,His6-tag分子質(zhì)量小,免疫影響弱,不影響蛋白的自身活性,并且后期的純化和鑒定也較為方便[25]。通過SDS-PAGE分析原核表達(dá)菌體總蛋白的上清液和沉淀,發(fā)現(xiàn)在37 ℃下,兩種形式的融合蛋白大部分以包涵體的形式存在;即使在較低溫度下誘導(dǎo)表達(dá),MdHB1-GST可溶性融合蛋白的量有所上升,但仍然不及沉淀中包涵體的量大。一些蛋白在較低的溫度下原核表達(dá)的可溶性大大增加,遠(yuǎn)超以包涵體形式存在的融合蛋白[26],而MdHB1卻達(dá)不到這樣的效果,可能與其蛋白本身的結(jié)構(gòu)有關(guān)。
Western Blot實(shí)驗(yàn)是驗(yàn)證特異抗體與相應(yīng)蛋白互作的一種常用方法,具有反應(yīng)靈敏、所需試材少等優(yōu)點(diǎn)。通過該實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),自制的Anti-MdHB1多克隆抗體與菌體總蛋白雜交后,背景較低,條帶清晰;也能夠成功地從植物組織中成功檢測到目的蛋白,且背景較低。間接ELISA表明,在抗體稀釋8 000 倍的情況下,抗體OD460nm仍然較高,即所制多克隆抗體的效價(jià)較高。綜上,自制得到的Anti-MdHB1多克隆抗體特異性良好,能夠用于后續(xù)蛋白相關(guān)的研究。
在蘋果葉片蛋白的Western Blot實(shí)驗(yàn)中,所得條帶在70~100 kDa之間,這與預(yù)測的MdHB1的分子質(zhì)量大?。?8.4 kDa)相差較大,基本接近其二倍的分子質(zhì)量大小。在以前的研究中,從植物體得到的成熟蛋白與預(yù)測蛋白分子質(zhì)量存在差異的情況并不少[26-28],并且從理論上講也是極有可能的。一種可能是植物中蛋白質(zhì)的修飾作用,植物體存在的蛋白不同與原核表達(dá)系統(tǒng)較為簡單的環(huán)境,成熟的蛋白經(jīng)過一系列修飾才能起作用,例如糖基化[27];另一種是蛋白以二聚體或者多聚體的形式存在于植物組織中,多個(gè)研究表明,HD-Zip通過Zip結(jié)構(gòu)域形成二聚體,然后HD結(jié)構(gòu)域與特定DNA序列結(jié)合發(fā)揮轉(zhuǎn)錄因子的作用[29-31],而在原核表達(dá)系統(tǒng)無法表現(xiàn)出來;故MdHB1在植物中所存在的功能形式還需要進(jìn)一步的研究確定。
參考文獻(xiàn):
[1] ARIEL F D, MANAVELLAP A, DEZAR C A, et al. The true story of the HD-Zip family[J]. Trends in Plant Science, 2007, 12(9): 419-426.DOI:10.1016/j.tplants.2007.08.003.
[2] CAPELLA M, RIBONE P A, ARCE A L, et al. Arabidopsis thaliana HomeoBox 1 (AtHB1), a Homedomain-Leucine Zipper I (HDZipI) transcription factor, is regulated by PHYTOCHROMEINTERACTING FACTOR 1 to promote hypocotyl elongation[J]. New Phytologist, 2015, 207(3): 669-682. DOI:10.1111/nph.13401.
[3] LIN Z, HONG Y, YIN M, et al. A tomato HD-Zip homeobox protein, LeHB-1, plays an important role in floral organogenesis and ripening[J]. Plant Journal, 2008, 55(2): 301-310. DOI:10.1111/j.1365-313X.2008.03505.x.
[4] Lü P, ZHANG C, LIU J, et al. RhHB1 mediates the antagonism of gibberellins to ABA and ethylene during rose (Rosa hybrida) petal senescence[J]. Plant Journal, 2014, 78(4): 578-590. DOI:10.1111/tpj.12494.
[5] CHEN C H, YIN S, LIU X W, et al. The wd-repeat protein csttg1 regulates fruit wart formation through interaction with the homeodomain-leucine zipper I protein mict[J]. Plant Physiology, 2016,171(2): 1156-1168. DOI:10.1104/pp.16.00112.
[6] GAO S, FANG J, XU F, et al. Rice HOX12 Regulates panicle exsertion by directly modulating the expression of ELONGATED UPPERMOST INTERNODE1[J]. Plant Cell, 2016, 28(3): 680-695.DOI:10.1105/tpc.15.01021.
[7] RONNY B, MARC C, XIE Y K, et al. Homeodomainleucine-zipper proteins and their role in synchronizing growth anddevelopment with the environment[J]. Journal of Integrative Plant Biology, 2014, 56(6):518-526.
[8] JHARRIS J C, HRMOVA M, LOPATO S, et al. Modulation of plant growth by HD-Zip class I and II transcription factors in response toenvironmental stimuli[J]. New Phytologist, 2011, 190(4): 823-837.DOI:10.1111/j.1469-8137.2011.03733.x.
[9] Ré A, CAPELLA M, BONAVENTURE G, et al. Arabidopsis AtHB7 and AtHB12 evolved divergently to fine tune processes associated with growth and responses to water stress[J]. BMC Plant Biology, 2014,14(1): 1-14.
[10] 于巧平, 尹明安, 任小林, 等. 蘋果ACO1轉(zhuǎn)錄因子MdHB-1基因的克隆及其真核表達(dá)載體的構(gòu)建[J]. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào): 自然科學(xué)版, 2012(10): 154-160. DOI:10.13207/j.cnki.jnwafu.2012.10.026.
[11] 李興亮. 蘋果果實(shí)發(fā)育及成熟進(jìn)程中乙烯發(fā)生的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制[D].北京: 中國農(nóng)業(yè)大學(xué), 2014: 48-58.
[12] 溫小紅, 姜永華, 周軻, 等. VIGS誘導(dǎo)MdHB-1沉默對(duì)蘋果果實(shí)成熟的影響[J]. 西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào), 2015, 24(11): 113-119. DOI:10.7606/j.issn.1004-1389.2015.11.018.
[13] 朱敏, 尹明安, 葉紅紅, 等. 蘋果ACO1基因及轉(zhuǎn)錄因子MdHB-1基因的表達(dá)模式[J]. 食品科學(xué), 2014, 35(23): 166-170. DOI:10.7506/spkxl002-663m201423033.
[14] 劉艷利, 姜永華, 王豪杰, 等. 蘋果轉(zhuǎn)錄因子MdHB1自激活作用及其互作蛋白分析[J]. 植物生理學(xué)報(bào), 2015(11): 1895-1900.DOI:10.13592/j.cnki.ppj.2015.0347.
[15] 王豪杰, 姜永華, 劉艷利, 等. 蘋果MdHB-1基因啟動(dòng)子中的乙烯響應(yīng)元件對(duì)外源乙烯的響應(yīng)分析[J]. 植物生理學(xué)報(bào), 2016(3): 365-371.DOI:10.13592/j.cnki.ppj.2015.0660.
[16] 唐威華, 張景六, 王宗陽, 等. SDS-PAGE法測定His-tag融合蛋白分子質(zhì)量產(chǎn)生偏差的原因[J]. 分子植物(Molecular Plant), 2000, 26(1): 64-68.
[17] VIHINEN M, AL E. Accuracy of protein flexibility predictions[J].Proteins Structure Function & Bioinformatics, 1994, 19(2): 141-149.
[18] MANAVELLA P A, DEZAR C A, BONAVENTURE G, et al. HAHB4,a sunflower HD-Zip protein, integrates signals from the jasmonic acid and ethylene pathways during wounding and biotic stress responses[J].Plant Journal for Cell & Molecular Biology, 2008, 56(3): 376-388.DOI:10.1111/j.1365-313X.2008.03604.x.
[19] SMET I D, LAU S, EHRISMANN J S, et al. Transcriptional repression of BODENLOS by HD-ZIP transcription factor HB5 in Arabidopsis thaliana[J]. Journal of Experimental Botany, 2013, 64(10): 3009-3019.DOI:10.1093/jxb/ert137.
[20] LECHNER E, LEONHARDT N, EISLER H, et al. MATH/BTB CRL3 receptors target the homeodomain-leucine zipper ATHB6 to modulate abscisic acid signaling[J]. Developmental Cell, 2011, 21(6):1116-1128. DOI:10.1016/j.devcel.2011.10.018.
[21] ZHANG S. Function of the HD-Zip I gene Oshox22 in ABA-mediated drought and salt tolerances in rice[J]. Plant Molecular Biology, 2012,80(6): 571-585. DOI:10.1007/s11103-012-9967-1.
[22] SON O, HUR Y S, KIM Y K, et al. ATHB12, an ABA-inducible homeodomain-leucine zipper (HD-Zip) protein of arabidopsis,negatively regulates the growth of the inflorescence stem by decreasing the expression of a gibberellin 20-oxidase gene[J]. Plant & Cell Physiology, 2010, 51(9): 1537-1547. DOI:10.1093/pcp/pcq108.
[23] DAI M, HU Y, MA Q, et al. Functional analysis of rice HOMEOBOX4(Oshox4) gene reveals a negative function in gibberellin responses[J].Plant Molecular Biology, 2008, 66(3): 289-301. DOI:10.1007/s11103-007-9270-8.
[24] 李明娜. 紫花苜蓿鹽誘導(dǎo)HD-Zip類轉(zhuǎn)錄因子MsHB2的克隆及功能分析[D]. 南京: 南京農(nóng)業(yè)大學(xué), 2014.
[25] 陳明, 徐幸蓮, 周光宏, 等. 鼠傷寒沙門氏菌鞭毛蛋白FliC的原核表達(dá)、純化及其多克隆抗體的制備[J]. 食品科學(xué), 2013, 34(9): 180-184. DOI:10.7506/spkx1002-6630-201309037.
[26] 王琪琦, 李玉紅, 胡亮亮, 等. 黃瓜CsERECTA基因的原核表達(dá)及其多克隆抗體制備[J]. 西北植物學(xué)報(bào), 2016, 36(5): 1031-1038.DOI:10.7606/j.issn.1000-4025.2016.05.1031.
[27] TORII K U, MITSUKAWA N, OOSUMI T, et al. The arabidopsis ERECTA gene encodes a putative receptor protein kinase with extracellular leucine-rich repeats[J]. Plant Cell, 1996, 8(4): 735-746.DOI:10.1105/tpc.8.4.735.
[28] SHPAK E D, LAKEMAN M B, TORII K U. Dominant-negative receptor uncovers redundancy in the arabiadposis ERECTA leucinerich repeat recptor-like kinase signaling pathway that regulates organ shape[J]. Plant Cell, 2003, 15(5): 1095-1100. DOI:10.1105/tpc.010413.[29] FRANK W, PHILLIPS J, SALAMINI F, et al. Two dehydrationinducible transcripts from the resurrection plant Craterostigma plantagineum encode interacting homeodomain-leucine zipper proteins[J]. Plant Journal, 1998, 15(3): 413-421. DOI:10.1046/j.1365-313X.1998.00222.x.
[30] JOHANNESSON H, WANG Y, ENGSTR?M P. DNA-binding and dimerization preferences of Arabidopsis homeodomain-leucine zipper transcription factors in vitro[J]. Plant Molecular Biology, 2001, 45(1):63-73. DOI:10.1023/A:1006423324025.
[31] MEIJER A H, SCARPELLA E, VAN DIJK E L, et al. Transcriptional repression by Oshox1, a novel homeodomainleucine zipper protein from rice[J]. Plant Journal, 1997, 11(2): 263-276.