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基于概念密度泛函理論磷酸酯類反應(yīng)性物質(zhì)毒性預(yù)測(cè)

2018-04-10 11:24:24丁曉琴丁俊杰李大禹潘里裴承新
物理化學(xué)學(xué)報(bào) 2018年3期
關(guān)鍵詞:質(zhì)子化計(jì)算結(jié)果原子

丁曉琴,丁俊杰,李大禹,潘里,裴承新

1 引言

大多數(shù)有機(jī)磷酸酯類化合物都是乙酰膽堿酯酶不可逆抑制劑。不可逆抑制劑不同于一般的配體與受體相互作用,它涉及到舊化學(xué)鍵的斷裂和新化學(xué)鍵的形成,即發(fā)生化學(xué)反應(yīng)的過(guò)程。因此在構(gòu)建與受體相互作用的化學(xué)反應(yīng)性物質(zhì)的定量構(gòu)效關(guān)系(QSAR)或定量構(gòu)性關(guān)系(QSPR)方程時(shí),會(huì)遇到一些獨(dú)特的困難與問(wèn)題1,2。目前,QSAR使用的描述參數(shù)大多數(shù)是非反應(yīng)性的,例如傳統(tǒng)的立體參數(shù)、電性參數(shù)、疏水參數(shù),以及后來(lái)不斷發(fā)展的各種分子結(jié)構(gòu)性質(zhì)描述參數(shù)等3-7,這些參數(shù)中的多數(shù)沒(méi)有涉及到化合物在發(fā)生化學(xué)反應(yīng)過(guò)程中的電子轉(zhuǎn)移變化,從而不能有效和精確地描述化合物在體內(nèi)與酶或受體等發(fā)生化學(xué)反應(yīng)的作用機(jī)制,進(jìn)而導(dǎo)致構(gòu)建的反應(yīng)性物質(zhì)的 QSAR或QSPR模型預(yù)測(cè)性能較差。

隨著量子化學(xué)理論、計(jì)算方法以及計(jì)算機(jī)技術(shù)的迅速發(fā)展,特別是近十幾年來(lái)概念密度泛函理論(Conceptual Density Functional Theory,CDFT)的發(fā)展,使得化學(xué)反應(yīng)性物質(zhì)的毒性虛擬評(píng)估成為可能。概念密度泛函理論是密度泛函理論(DFT)的一個(gè)重要分支,又稱為密度泛函活性理論或化學(xué)密度泛函理論8-11。它是從 DFT理論中把與化學(xué)相關(guān)的概念和原理提取出來(lái),通過(guò)理論推導(dǎo),獲得參數(shù)的計(jì)算方法12-14。這些參數(shù)主要包括電負(fù)性、硬度、軟度、福井函數(shù)、親電性等一系列新型的量子化學(xué)描述符指數(shù)。一方面通過(guò)分子的化學(xué)勢(shì)來(lái)描述分子在體系中的反應(yīng)性能;另一方面通過(guò)分子中各個(gè)原子的電荷密度來(lái)描述體系中可能發(fā)生化學(xué)反應(yīng)的重點(diǎn)部位15-19。概念密度泛函理論方法得到的一系列新型電子結(jié)構(gòu)描述參數(shù),是一類新的專門用于描述化學(xué)反應(yīng)性物質(zhì)的結(jié)構(gòu)指數(shù)。本文應(yīng)用概念密度泛函理論,對(duì)磷酸脂類乙酰膽堿酯酶不可逆抑制劑的反應(yīng)性指數(shù)進(jìn)行系統(tǒng)的理論計(jì)算,探索該類描述指數(shù)在構(gòu)建精確 QSPR模型方面的應(yīng)用,進(jìn)而實(shí)現(xiàn)對(duì)磷酸酯類反應(yīng)性物質(zhì)毒性的高精度預(yù)測(cè)。這方面的研究?jī)?nèi)容在國(guó)內(nèi)外還未見(jiàn)相關(guān)的報(bào)道。

2 理論與計(jì)算方法

2.1 理論

在概念密度泛函理論中,通過(guò)兩種微擾對(duì)分子體系基態(tài)能量Ε的影響,來(lái)研究各種物理化學(xué)性質(zhì)的變化。根據(jù)Hohenberg-Kohn定理,兩種微擾一個(gè)是體系總電子數(shù)Ν的變化,另一個(gè)是外勢(shì)ν的變化,分別以dΝ微擾和dν微擾表示。對(duì)于分子體系,外勢(shì) ν通常指原子核形成的庫(kù)倫勢(shì),外勢(shì)的變化可以是幾何構(gòu)型或構(gòu)象的改變,也可以是與其它分子相互作用時(shí)相對(duì)位置的變化。在微擾的影響下,體系性質(zhì)的改變可以用敏感度系數(shù)(sensitivity coefficient)來(lái)表示。我們感興趣的敏感度系數(shù)是體系基態(tài)對(duì)微擾dΝ和微擾dr的一階、二階響應(yīng)函數(shù)的變化,甚至三階和更高價(jià)的響應(yīng)函數(shù)(其真正的物理和化學(xué)意義正在探索研究和發(fā)展過(guò)程中)。通過(guò)對(duì)分子體系的能量泛函Ε[ρ(r)]=Ε[Ν, r]求微商,可以得到各種敏感度系數(shù),包括化學(xué)勢(shì)、電負(fù)性、硬度、軟度、福井函數(shù)等等。下面對(duì)本文研究密切相關(guān)的幾個(gè)反應(yīng)性參數(shù)進(jìn)行簡(jiǎn)要說(shuō)明:

一階響應(yīng)函數(shù):可以獲得化學(xué)勢(shì) μ和電子密度ρ等。

化學(xué)勢(shì):

電子密度:

根據(jù)有限差分原理,化學(xué)勢(shì)近似從計(jì)算分子垂直電離勢(shì)I和親和勢(shì)A中獲得?;瘜W(xué)勢(shì)μ的負(fù)值是電負(fù)性χ。

二階響應(yīng)函數(shù):可以獲得體系硬度、軟度、福井函數(shù)等。

整體硬度:

體系整體硬度(global hardness, η)表示的是當(dāng)外勢(shì)不變,化學(xué)勢(shì)隨著電子數(shù)目的改變而變化的速率。

整體軟度:

體系整體軟度(global softness, S)與體系整體硬度之間存在倒數(shù)關(guān)系。

親電指數(shù):

局域硬度20:

局域硬度又稱硬度密度(hardness density),描述在外勢(shì)不變的條件下,體系化學(xué)勢(shì)隨 r處電子密度改變而改變的難易程度。

局域軟度:

局域軟度用以衡量在外勢(shì)不變的情況下,體系某點(diǎn)的電子密度對(duì)體系化學(xué)勢(shì)微擾的敏感程度。整體軟度與局域軟度的關(guān)系S是:S = ∫s(r)dr,而局域軟度則是:

上式局域軟度包含了福井函數(shù)和整體軟度的信息,即包含了相對(duì)反應(yīng)物而言的整體反應(yīng)性-硬度或軟度。

福井函數(shù):

福井函數(shù)用來(lái)描述分子內(nèi)的反應(yīng)順序,即同一個(gè)分子結(jié)構(gòu)中不同位置的相對(duì)反應(yīng)活性信息,而局域軟度可用來(lái)研究分子間的反應(yīng)順序。這兩個(gè)都是量子化學(xué)反應(yīng)性最重要的定量描述參數(shù)。同時(shí),局域軟度還可度量體系化學(xué)勢(shì)對(duì)某區(qū)域外勢(shì)微擾的敏感程度,因此有可能包含分子中不同位置相對(duì)反應(yīng)性的信息。

福井函數(shù)是一個(gè)局域性質(zhì),即分子中不同的位置有不同的值。因此,福井函數(shù)為研究化學(xué)反應(yīng)的區(qū)域選擇性或確定生物體系的活性中心提供了有力的工具。表示在外勢(shì)不變的條件下,分子體系的總電子數(shù)發(fā)生改變時(shí),分子中區(qū)域j點(diǎn)的電子數(shù)變化率;或者分子體系的總電荷發(fā)生改變時(shí),區(qū)域j點(diǎn)的電荷變化率。應(yīng)用有限差分近似,福井函數(shù)f(r)可表示為,

親核福井函數(shù):表示當(dāng)分子得到1個(gè)電子時(shí),第j原子的電荷變化率。

親電福井函數(shù):表示當(dāng)分子失去1個(gè)電子時(shí),第j原子的電荷變化率。

自由基攻擊福井函數(shù):

表示當(dāng)分子的某一原子受到自由基攻擊時(shí)的電荷變化率。

上式中 qj(Ν),qj(Ν + 1),qj(Ν - 1)分別表示分子為中性、陰離子和陽(yáng)離子時(shí),分子中原子j所帶的電荷;fj+(r)和 fj-(r)分別為親核進(jìn)攻指數(shù)和親電進(jìn)攻指數(shù),表示分子中的原子j給電子和得電子能力的強(qiáng)弱,而 fj0(r)為自由基攻擊指數(shù),其值大小反映自由基進(jìn)攻的能力。

前線分子軌道是控制化學(xué)反應(yīng)的難易程度、反應(yīng)區(qū)域及立體選擇性的重要因素:最高占有軌道(HOMO)控制著親電反應(yīng)位置,而最低空軌道(LUMO)是控制著親核反應(yīng)位置。

2.2 計(jì)算方法

本文通過(guò)對(duì)磷酸酯類化合物的結(jié)構(gòu)性質(zhì)分析,選擇了 15個(gè)具有大鼠腹腔半數(shù)致死劑量(LD50)活性的各種結(jié)構(gòu)類型化合物作為訓(xùn)練集21,包括有機(jī)磷酸酯類殺蟲劑和部分神經(jīng)性毒劑,毒性范圍跨越 5個(gè)數(shù)量級(jí)以上。首先分別在氣相和水溶液相(CPCM模型)條件下,采用B3LYP/6-311++G(2d,3p)基組對(duì)分子進(jìn)行了結(jié)構(gòu)優(yōu)化。然后我們采用 MP2/6-311++G(2d,3p)及B3LYP/6-311++G(2d,3p)兩個(gè)基組,分別在氣相和水溶液條件下,進(jìn)行分子結(jié)構(gòu)描述參數(shù)計(jì)算。其中,NBO性質(zhì)分別進(jìn)行了中性分子(分子的電子數(shù)為Ν),得到一個(gè)電子(電子數(shù)為Ν + 1),失去一個(gè)電子(電子數(shù)為Ν - 1)條件下的計(jì)算。所有訓(xùn)練集和測(cè)試集分子的最低能量構(gòu)象的結(jié)構(gòu)與原子編號(hào)參見(jiàn)Supporting Information-圖 S1。

計(jì)算得到分子的整體描述參數(shù)有:分子的垂直電離勢(shì)I、垂直親和勢(shì)A、電子化學(xué)勢(shì)μ、絕對(duì)硬度 η、親電性指數(shù) ω以及分子的前線軌道能量等。分子局域描述指數(shù)有:收斂的原子福井函數(shù)、原子NBO凈電荷以及Wiberg鍵級(jí)等。上述計(jì)算獲得的整體和局域的分子描述參數(shù)和疏水性參數(shù)等原始計(jì)算結(jié)果詳見(jiàn) Supporting Information-圖S2。

采用上述計(jì)算的參數(shù),應(yīng)用逐步回歸統(tǒng)計(jì)分析方法,構(gòu)建四個(gè)條件(MP2和B3LYP、氣相和溶液相)的線性方程,確定最合理的計(jì)算條件,化合物的毒性采用大鼠腹腔半數(shù)致死劑量的負(fù)對(duì)數(shù)(pLD50)。在此基礎(chǔ)上,進(jìn)一步采用遺傳最小偏二乘方法(G/PLS),構(gòu)建線性/非線性QSPR方程,主成分?jǐn)?shù)分別設(shè)為 1-6,方程的長(zhǎng)度設(shè)為 3-10,優(yōu)化并選擇合理的方程組用于測(cè)試集的毒性預(yù)測(cè)。

本文分子模型的構(gòu)建采用GaussView 5.09軟件,量子化學(xué)計(jì)算采用Gaussian09軟件22,在曙光TC3600刀片服務(wù)器上完成。相關(guān)統(tǒng)計(jì)分析采用Cerius2軟件23完成。另外應(yīng)用ACD/Lab12.024學(xué)術(shù)下載版軟件和HyperChem7.025評(píng)估程序計(jì)算了分子疏水性logP值、分子體積、表面積等參數(shù)。

3 結(jié)果與討論

3.1 分子反應(yīng)性分析

計(jì)算結(jié)果表明,四個(gè)計(jì)算條件得到的結(jié)果,整體趨勢(shì)基本一致。為了便于說(shuō)明,現(xiàn)將其中的一個(gè)條件,即:B3LYP/6-311++G(2d,3p)/gas的計(jì)算結(jié)果列于表 1-表 3(僅列出 15個(gè)訓(xùn)練集化合物的計(jì)算結(jié)果,包括了部分叔胺氮游離態(tài)和質(zhì)子化態(tài)的結(jié)果)。

從上述結(jié)果可見(jiàn):大多數(shù)分子的親電反應(yīng)中心都在磷原子上。但也有例外情況,如一些計(jì)算結(jié)果反映出化學(xué)反應(yīng)有可能甚至優(yōu)先發(fā)生在碳原子上,這可能與發(fā)生化學(xué)反應(yīng)的類型有關(guān);反應(yīng)中心磷原子上的正電荷和磷的親電進(jìn)攻反應(yīng)性并沒(méi)有明顯的相關(guān)性;分子中的最低鍵級(jí),并不一定就是與酶反應(yīng)中的離去基團(tuán),與得失電子后,分子鍵級(jí)的變化過(guò)程有關(guān)。例如含有 P―S鍵或P―N鍵的分子,在Ν - 1個(gè)電子的狀態(tài)下,其鍵級(jí)的降低變化就比較大;任何單個(gè)反應(yīng)性指數(shù)與毒性似乎沒(méi)有明顯的相關(guān)規(guī)律,這可能與其作用機(jī)制和動(dòng)力學(xué)過(guò)程中的復(fù)雜性有關(guān),多種因素的共同作用引起乙酰膽堿酯酶的活性抑制、毒性及老化。

表1 訓(xùn)練集分子的pLD50毒性、前線軌道能量和能差、磷原子的NBO電荷和親電反應(yīng)指數(shù)fp-(r)Table 1 The pLD50 value, frontier orbital energy and gap, NBO charge and fp-(r) in training sets.

表2 訓(xùn)練集分子整體反應(yīng)性指數(shù)Table 2 The global reactivity index for the training sets at B3LYP/6-311++G(2d,3p)/gas level.

3.2 氮原子不同質(zhì)子化狀態(tài)及構(gòu)象對(duì)分子反應(yīng)性影響

3.2.1質(zhì)子化狀態(tài)對(duì)分子反應(yīng)性影響

Amiton、VX、GV和 EDMM 四個(gè)分子(化學(xué)結(jié)構(gòu)見(jiàn)Supporting Information-S1),離去基團(tuán)側(cè)鏈上的乙胺基叔氮原子質(zhì)子化成為胺基陽(yáng)離子后,反應(yīng)性指數(shù)計(jì)算結(jié)果的共同特點(diǎn)是:分子的HOMO和LUMO軌道能量顯著降低,能量差增加;磷原子上的正電性增加;在氣相和溶液相狀態(tài)下,MP2方法計(jì)算氮原子的不同質(zhì)子化狀態(tài)都預(yù)測(cè)到磷中心的親電反應(yīng)性,而B3LYP方法在氮原子的非質(zhì)子化狀態(tài),氣相和溶液相都沒(méi)有預(yù)測(cè)到磷中心的親電反應(yīng)性,氮原子質(zhì)子化后,磷原子的親電性發(fā)生了明顯的轉(zhuǎn)化,由非親電反應(yīng)中心轉(zhuǎn)到較強(qiáng)的親電反應(yīng)中心;同時(shí),分子的垂直電離勢(shì)I增加、親和勢(shì) A降低、I-A的能差顯著增加,絕對(duì)硬度η增強(qiáng)、親電性ω有所降低,說(shuō)明質(zhì)子化后,磷中心的親電進(jìn)攻反應(yīng)性增強(qiáng)。

3.2.2構(gòu)象對(duì)分子反應(yīng)性影響

相同分子和質(zhì)子化狀態(tài),不同構(gòu)象的反應(yīng)性指數(shù)計(jì)算結(jié)果表明,對(duì)大多數(shù)分子性質(zhì),例如前線軌道能量、原子電荷、鍵級(jí)、分子整體的反應(yīng)性指數(shù)等,計(jì)算結(jié)果有微小的差別,相對(duì)于其它的誤差,對(duì)回歸結(jié)果不會(huì)產(chǎn)生本質(zhì)的影響,采用分子的最低能量構(gòu)象計(jì)算分子性質(zhì)即可。但 MP2方法有時(shí)對(duì)構(gòu)象的反應(yīng)過(guò)分敏感,在同一個(gè)分子中,具有相同性質(zhì)的碳,構(gòu)象位置上稍有差異,對(duì)原子的親電反應(yīng)性就產(chǎn)生不可思議的差別,例如在二異丙基氟磷酸酯(Diisopropyl)分子中,兩個(gè)P―O―C鍵上的碳原子親電反應(yīng)性應(yīng)該基本類似,但計(jì)算結(jié)果顯示,C6具有僅次于磷的第二個(gè)親電反應(yīng)中心的性質(zhì),另一個(gè)C8則基本沒(méi)有親電反應(yīng)性,結(jié)果見(jiàn)表4。而B3LYP方法,在氣相和溶液相都沒(méi)有預(yù)測(cè)到C6和C8的親電反應(yīng)性的較大差異。

另一個(gè)方面,在大多數(shù)分子中磷中心的親電反應(yīng)性的計(jì)算值,MP2方法明顯要高于B3LYP方法計(jì)算結(jié)果,在分子的鍵級(jí)變化方面也有類似的問(wèn)題,說(shuō)明MP2方法計(jì)算結(jié)果的不穩(wěn)定性。

表3 關(guān)鍵原子間NBO鍵級(jí)及它們的得失1個(gè)電子后變化率Table 3 Pivotal NBO bond order and their variability after obtaining 1e or losing 1e.

3.3 反應(yīng)性指數(shù)的QSPR研究

3.3.1QSPR方程構(gòu)建

根據(jù)分子總體反應(yīng)性指數(shù)分析,以及氮原子離子化狀態(tài)、分子構(gòu)象對(duì)反應(yīng)性指數(shù)的影響,我們首先建立氮原子為質(zhì)子化狀態(tài)的 QSPR方程。應(yīng)用逐步回歸分析方法,分別構(gòu)建訓(xùn)練集化合物在四組條件下計(jì)算的描述符與毒性pLD50的QSPR方程,得到方程 13至方程 16,其中 r2是回歸方程的決定系數(shù),F(xiàn)test值是顯著性檢驗(yàn),XV_r2是交叉驗(yàn)證相關(guān)系數(shù),BS_r2是 Bootstrap方法相關(guān)系數(shù),Νobs表示構(gòu)建方程時(shí)訓(xùn)練集的個(gè)數(shù)。

方程13 (B3LYP/gas):

方程14 (B3LYP/water):

方程15 (MP2/gas):

方程16 (MP2/water):

表4 二異丙基氟磷酸酯優(yōu)化結(jié)構(gòu)及四組條件的計(jì)算結(jié)果比較Table 4 Optimizing structure, atomic number of diisopropyl phosphofluoridate and comparison of calculation results with four different calculating level.

從前四個(gè)方程可以看出,B3LYP和MP2氣相條件的計(jì)算結(jié)果要優(yōu)于溶液相條件的結(jié)果,其原因可能是由于QSPR方程的毒性采用LD50,LD50反應(yīng)的是所發(fā)生的反應(yīng)在體內(nèi)蛋白分子環(huán)境中進(jìn)行,蛋白環(huán)境下的介電常數(shù)要遠(yuǎn)小于水環(huán)境,因此氣相的計(jì)算結(jié)果更為可靠。且兩個(gè)氣相計(jì)算結(jié)果中,B3LYP/gas條件的計(jì)算結(jié)果更優(yōu)于MP2得到的結(jié)果,其交叉驗(yàn)證相關(guān)系數(shù)XV_r2= 0.722,為四組條件的最佳結(jié)果。為了深入地比較分析,我們同時(shí)采用逐步回歸方法,對(duì)相同計(jì)算參數(shù)下的 B3LYP/gas方法,氮非質(zhì)子化形式計(jì)算的描述符進(jìn)行了回歸,得到了方程17。

方程17 (B3LYP/gas,氮非質(zhì)子化):

方程17的決定系數(shù)和交叉驗(yàn)證相關(guān)系數(shù)等都有明顯的下降,即采用氮的非質(zhì)子化形式,相關(guān)性遠(yuǎn)不如采用氮的質(zhì)子化形式。

同時(shí),我們采用G/PLS統(tǒng)計(jì)回歸方法,構(gòu)建QSPR方程,通過(guò)變化主成分?jǐn)?shù)和方程長(zhǎng)度,合理地選擇方程,并分別采用線性回歸、樣條函數(shù)回歸、線性和樣條函數(shù)的結(jié)合回歸、非線性回歸等多種方法進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。結(jié)果表明,直接采用線性回歸,不如采用樣條函數(shù)回歸及線性和樣條函數(shù)結(jié)合的回歸獲得的結(jié)果好;另外,因非線性回歸的結(jié)果較差,故沒(méi)有采納。

3.3.2QSPR方程的pLD50預(yù)測(cè)

根據(jù)上述比較分析,我們選擇方程13作為預(yù)測(cè)方程組的QSPR方程之一。同時(shí),選擇G/PLS方程中,滿足 r2> 0.89; XV_r2> 0.83; BS_r2>0.89條件的10個(gè)方程組,共11個(gè)方程構(gòu)成預(yù)測(cè)方程組,對(duì)含15個(gè)化合物的訓(xùn)練集和含6個(gè)化合物的測(cè)試集進(jìn)行 pLD50的預(yù)測(cè),其結(jié)果見(jiàn)表 5中Pred.1CDFT的預(yù)測(cè)結(jié)果,(詳細(xì)參見(jiàn) Supporting Informtion-S3)。

為了系統(tǒng)比較分析,我們同時(shí)采用Cerius2軟件中的方法22,進(jìn)行傳統(tǒng)2D-QSPR參數(shù)計(jì)算、方程組構(gòu)建與毒性預(yù)測(cè),其結(jié)果見(jiàn)上表 5中 Pred.2 2D-QSPR的預(yù)測(cè)結(jié)果,(詳細(xì)參見(jiàn) Supporting Informtion-S3,其逐步回歸方程18在表5注釋中列出)。從逐步回歸的2D-QSPR方程看出,r2= 1,且其 Ftest很大,出現(xiàn)顯著的過(guò)擬合現(xiàn)象,顯然不合理。從表 5可以看出,基于概念密度泛函方法的預(yù)測(cè)結(jié)果,明顯優(yōu)于采用常規(guī)的2D-QSPR方法,除化合物TEP的預(yù)測(cè)誤差稍大外,其余三個(gè)化合物都相當(dāng)不錯(cuò);而常規(guī)的2D-QSPR方法有三個(gè)化合物的預(yù)測(cè)誤差較大,只有一個(gè)化合物的預(yù)測(cè)結(jié)果較好。測(cè)試集中24-optfreq和27-optfreq化合物用這兩種方法的預(yù)測(cè)結(jié)果具有顯著地差別,CDFT方法預(yù)測(cè)結(jié)果毒性相對(duì)較高,而常規(guī)的2D-QSPR預(yù)測(cè)結(jié)果的毒性較低。但據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道26,這兩個(gè)化合物是實(shí)驗(yàn)測(cè)定酶抑制活性logki最高的兩個(gè)化合物,這與基于CDFT方法的預(yù)測(cè)結(jié)果基本吻合。

表5 根據(jù)CDFT和傳統(tǒng)2D-QSPR方法,方程組對(duì)訓(xùn)練集和測(cè)試集化合物pLD50預(yù)測(cè)結(jié)果Table 5 pLD50 prediction results for the training set and the test set with the established equations average based on CDFT method and conventional 2D-QSPR.

根據(jù)以上研究,我們初步得出以下結(jié)果:離去基團(tuán)乙胺基上氮的質(zhì)子化形式是與乙酰膽堿酯酶相互結(jié)合的重要區(qū)域;以質(zhì)子化形式進(jìn)行該類分子的反應(yīng)性指數(shù)理論計(jì)算和 QSPR方程構(gòu)建是合理的。氮的質(zhì)子化不僅增加一個(gè)受體負(fù)電區(qū)相互作用的結(jié)合點(diǎn),同時(shí)增強(qiáng)了以磷原子為中心親電進(jìn)攻的反應(yīng)性能;從對(duì)構(gòu)象的敏感性和 QSPR方程的計(jì)算結(jié)果分析,B3LYP/6-311++G(2d,3p)/氣相條件的結(jié)果更能準(zhǔn)確地反應(yīng)結(jié)構(gòu)與毒性的差異,而MP2/6-311++G(2d,3p)的氣相和水溶液相條件得到的結(jié)果,對(duì)反應(yīng)性能的差異表現(xiàn)過(guò)于敏感,使得計(jì)算結(jié)果不穩(wěn)定。

4 結(jié)論

通過(guò)對(duì)訓(xùn)練集和測(cè)試集化合物的反應(yīng)性指數(shù)理論計(jì)算,QSPR方程組構(gòu)建,以及外部測(cè)試集預(yù)測(cè)和交叉驗(yàn)證預(yù)測(cè),我們發(fā)現(xiàn)應(yīng)用基于概念密度泛函理論的化學(xué)反應(yīng)性指數(shù),進(jìn)行乙酰膽堿酯酶不可逆抑制劑的毒性預(yù)測(cè)是完全可行的。研究結(jié)果表明:①大多數(shù)化合物的親電進(jìn)攻的反應(yīng)中心發(fā)生在磷原子上,某些化合物的乙胺基氮原子上的質(zhì)子化狀態(tài),能顯著地增強(qiáng)磷原子的親電性;②總的來(lái)看,構(gòu)象對(duì)反應(yīng)性描述指數(shù)的計(jì)算結(jié)果影響較小,但MP2方法有時(shí)對(duì)構(gòu)象反應(yīng)過(guò)分敏感,相似環(huán)境的原子計(jì)算值差別較大;③B3LYP/6-311++G(2d,3p)/gas條件得到的結(jié)果優(yōu)于其它條件;④應(yīng)用基于概念密度泛函理論的反應(yīng)性描述指數(shù)構(gòu)建的 QSPR模型,能夠更準(zhǔn)確地表達(dá)分子結(jié)構(gòu)與毒性之間關(guān)系。

概念密度泛函方法提出的物理量具有明確的物理意義,能很好描述化學(xué)反應(yīng)性的結(jié)構(gòu)特點(diǎn),因此越來(lái)越受到理論化學(xué)與(藥物)應(yīng)用化學(xué)家的廣泛關(guān)注與重視。由于磷酸酯類反應(yīng)性物質(zhì)的高毒性,使得實(shí)驗(yàn)的危險(xiǎn)系數(shù)高,數(shù)據(jù)資料不全或難以獲得。所以采用計(jì)算機(jī)虛擬評(píng)估,應(yīng)用構(gòu)建的高精度 QSPR模型,預(yù)測(cè)未知化合物的毒性,是一個(gè)很好的選擇。概念密度泛函理論在材料、藥物化學(xué)等領(lǐng)域的QSA(T)R應(yīng)用,僅在最近幾年才略有文獻(xiàn)報(bào)道,并有持續(xù)增長(zhǎng)的趨勢(shì)。本文將最新發(fā)展的量子力學(xué)概念密度泛函理論方法,應(yīng)用于這類特殊反應(yīng)性化合物的毒理性能評(píng)估和環(huán)境毒理評(píng)價(jià),為減少動(dòng)物的使用量,節(jié)約資源,降低環(huán)境污染等做一些努力??赏麨樘剿髁姿狨ヮ惒豢赡嬉种苿┡c乙酰膽堿酯酶的作用機(jī)制開拓新思路,并為評(píng)估該類化合物的生態(tài)和環(huán)境毒性提供理論依據(jù)。

Supporting lnformation:available free of charge νia the internet at http://www.whxb.pku.edu.cn.

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