林 艷,黃少偉,毛積鵬,何紫迪,蔣開彬
(華南農(nóng)業(yè)大學 廣東省森林植物種質(zhì)資源創(chuàng)新與利用重點實驗室/林學與風景園林院,廣東 廣州 510462)
在以鋸材為生產(chǎn)目的的人工林培育中,材性性狀作為重要的經(jīng)濟性狀已受廣泛重視。對木材材性的重視,一方面源于它們對出材率,對最終產(chǎn)品的質(zhì)量和市場價格影響重大[1],另一方面也因為它們受中度至高度的遺傳控制[2-3],對這些性狀的改良能獲得較大的遺傳增益。已經(jīng)開展定位數(shù)量性狀基因位點定位(quantitative trait locus,QTL)的性狀包括:生長與活力[4]、木材性狀[5]、油成分[6]、無性繁殖特性[7]、分枝習性和生理性狀等[8-9]。
林木生長周期長,世代周轉(zhuǎn)慢,雜合性強,絕大多數(shù)重要的經(jīng)濟性狀為數(shù)量性狀,受環(huán)境影響大,多數(shù)性狀的遺傳控制,如基因的數(shù)目、基因位點和作用效果等,都還不清楚[10],而分子生物學技術(shù)為解決這些問題提供了一個有力的工具。通過構(gòu)建高密度遺傳圖譜,建立性狀與分子標記的連鎖,進而確定控制性狀的基因數(shù)目、效應值以及基因間的相互作用,可大大提高林木育種的研究水平,因此,構(gòu)建林木遺傳圖譜和定位數(shù)量性狀基因位點具有重要的理論和實踐意義[11]。
50年代澳大利亞昆士蘭林業(yè)研究所首次開展了濕地松與加勒比松雜交育種,取得了舉世矚目的成就。我國于60年代初開展?jié)竦厮?、加勒比松雜交育種工作,取得了顯著的經(jīng)濟、社會效益[12]。傳統(tǒng)的林木遺傳改良方法是通過雜交育種試驗,育種周期長,具有一定局限性,分子標記輔助育種的出現(xiàn)大大縮短了育種周期,目前已有研究人員通過RAPD[13]、SSR[14]等分子標記技術(shù)構(gòu)建濕加松遺傳圖譜,但利用遺傳圖譜進行QTL定位分析的較少。對濕加松材性性狀的QTL定位研究,有助于確定該性狀受遺傳控制的程度,促進雜種松的遺傳改良進展。
本研究采用的親本樹種加勒比松(Pinuscaribaea)具有速生性和優(yōu)良的分枝習性的特性,濕地松(Pinuselliottii)具有干形的通直性和較高的木材密度的特性,濕地松×加勒比松雜種多個重要經(jīng)濟性狀的表現(xiàn)具有明顯的樹種效應[15]。此外,松樹的生殖生物學具有獨特之處,其種子具有比較大的單倍體胚乳,可以利用一個單株的大配子體群體構(gòu)建單株樹遺傳圖譜,這一策略已在多種松樹上得到應用[16]。
以濕地松(Pinuselliottiivar.elliottii,PEE)為母本,加勒比松(Pinuscaribaeavar.hondurensis,PCH)為父本,將PEE的一個無性系(2ee1-102)和PCH的一個無性系(1ch1-063)人工控制授粉。雜交種子全部播種育苗,營造試驗林,地點在澳大利亞昆士蘭(Queensland)東南部的Beerburrum(26°09′S,152°53′E)和Tuan(25°22′S,152°30′E)。選擇雜交F1代共86株用于本試驗作圖群體及木材密度QTL定位群體。
1.2.1 DNA提取與濃度檢測 從上述兩個試驗點的86株樹上采集松針,采用Graham等人[17]的方法提取DNA,經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測,并用紫外分光光度計測其濃度和純度,將DNA濃度調(diào)整至30~40g/g[18],-20 ℃低溫保存。
1.2.2 SSR、AFLP、ESTP和PAL1標記與遺傳圖譜的構(gòu)建 參照Shepherd等[19]成功轉(zhuǎn)移到PEE和PCH的201個SSR標記,選擇擴增效果較好的137對引物用于多態(tài)性檢測。連同單核苷酸多態(tài)性(SNP)技術(shù)標定的一個苯丙氨酸脫氨酶(PAL1)基因和Shepherd等[20]發(fā)表的297個AFLP標記,最后采用JoinMap?3.0[21]作圖軟件構(gòu)建連鎖遺傳圖譜。
1.2.3 木材密度的測量 在6 a生濕加松86個單株樹干胸高位置以下的輪枝間(約1.2 m)鉆取直徑12 mm的木芯備用。將木芯置于索氏抽提器中,分別用酒精和水各抽提6 h和8 h去除松脂,然后置于103 ℃烘箱烘干,在槽形支架上粘牢,沿徑向鋸成(2.00±0.05)mm厚的薄片,將薄片放置在室內(nèi)使其含水率與空氣濕度達到平衡,以便進行X光照射。
對所有個體進行木材密度分析,采用間接的X射線光密度法掃描,產(chǎn)生數(shù)碼圖像,用WindendroTM軟件[22]進行分析。通過對X射線密度的原始數(shù)據(jù)進行檢驗,發(fā)現(xiàn)最外一個年輪的晚材在處理過程中受損或在WinDendro軟件分析過程中判讀不準確,另外由于每個樣本髓心與木芯取樣位置的距離都不完全相等,導致第一個年輪數(shù)據(jù)不準確,因此第一年和第六年年輪數(shù)據(jù)舍棄,采用QTL定位法對4年的年輪密度:全木芯木材基本密度(BD)(單位:mg/c3),年輪木材密度(RD),早材基本密度(EWD),晚材基本密度(LWD)進行測量并求平均值。
1.2.4 QTL定位方法 用作圖軟件MapQTL 4.0?[23]進行木材密度QTL定位,采用單標記作圖法(MT),和區(qū)間作圖法(IM)進行QTL分析,以LOD值的大小來判斷是否存在QTL效應。
圖1 加勒比松父本的遺傳圖譜Fig.1 Genetic map of male parent of Pinus caribaea
加勒比松圖譜共包含199個標記:70個SSR,125個AFLP,3個ESTP和PAL1,分成32個連鎖群(Pc1~Pc32,其中Pc3和Pc6因無法確定連鎖相,各分成兩個片段,實際上是34個連鎖群),總長度為1 734 cM,標記平均間距(10.6±7.8)cM(圖1)。
全木芯木材基本密度(BD)和年輪平均木材密度(AVRD)上都有數(shù)量較大的QTL位點,如BD,在Kruskal-Willas檢驗和區(qū)間作圖中顯著性水平都高于0.05的位點有8個,分布在連鎖群H1_Pc16,H2_Pc7和H14_Pc21上(表1)。AVRD上效應較高的位點,也主要分布在3個連鎖群,分別是H2_Pc7,H2_Pc10和H14_Pc21(表2)。
表1 分子標記與全木芯木材基本密度(BD)QTL的連鎖
結(jié)果顯示,全木芯木材基本密度(BD)和年輪平均木材基本密度(AVRD)都存在解釋表型方差在20%以上的點,并且多數(shù)分布在連鎖群H2_Pc7上的PR117M和PR256M之間的區(qū)段上(表1,表2),這些結(jié)果顯示出連鎖群H2_Pc7在木材密度遺傳控制上具有特殊重要性。
ESTP標記在木材密度的遺傳控制上也發(fā)揮了作用,其中H2_Pc7上的PAL1基因(位點PAL1520),對全木芯木材基本密度(BD)的效應達到0.05以上的顯著性水平,解釋了該性狀表型方差的14.0%(表1)。
表2 分子標記與年輪木材基本密度(RD)QTL的連鎖
晚材密度的QTL分布有別于年輪木材密度和早材密度,主要分布在H3_Pc5和H4_Pc6(表4),其中H4_Pc6在年輪密度和早材密度某些性狀上也起比較重要的作用,而在年輪密度和早材密度的遺傳控制中起重要作用的連鎖群,如H2_Pc7和H14_Pc21上面的標記,在這里或者不出現(xiàn),或者效應較小(表3,表4)。
晚材密度的QTL效應也低于年輪和早材密度,解釋表型方差的比例超過10%的位點較少??赡苁且驗橥聿拿芏仁苓z傳控制的程度低于年輪木材密度和早材密度,這有待進一步的檢驗。
表3 分子標記與早材基本密度(EWD)QTL的連鎖
表4 分子標記與晚材基本密度(LWD)QTL的連鎖
傳統(tǒng)的數(shù)量遺傳學多以Nilsson[24]的微效多基因假說為基礎。Nilsson假說提出數(shù)量性狀是由數(shù)以百計的基因控制,且各基因的效應微小而且相等。至今幾乎所有在作物和林木上進行的QTL定位研究,均揭示了寡基因模型,即控制數(shù)量性狀的基因間效應是不等的,且常常存在著少數(shù)主效基因,解釋了大部分的表型變異[25]。重要經(jīng)濟性狀的遺傳控制中普遍存在著主效基因[26]。田寶華[27]通過對不同環(huán)境下的玉米穗部進行QTL定位,發(fā)掘與玉米產(chǎn)量性狀密切相關(guān)的穗行數(shù)主效QTL位點;沈新蓮[28]利用1個棉屬野生種異常棉(Ganomalum )基因漸滲的優(yōu)質(zhì)纖維種質(zhì)系,獲得高強纖維的主效QTL。本研究建立的雜種松木材密度的QTL連鎖群,也存在寡基因模型和主效基因現(xiàn)象,這類基因可單獨解釋10%~20%的表型方差??刂颇静拿芏鹊腝TL位點相對集中分布在4個連鎖群:H2_Pc7,H2_Pc10,H4_Pc6和H14_Pc21,其中H4_Pc6和H14_Pc21兩個連鎖群在木材密度的遺傳控制上起著重要的作用,并且在相對狹窄的范圍內(nèi)連鎖或重疊,呈一因多效模式。
采用SSR和ESTP標記,檢測效率較高。檢測效率的差異與標記類型有關(guān),也與分析軟件有關(guān)。AFLP為顯性標記,只有3種位點分離信息(PI,MI和BI)[29],采用Map Manager QTX v0.24和QTL Cartographer v1.14作圖軟件,比較適合于近交物種,它們只能按測交模式進行QTL檢測;SSR和ESTP標記為共分離標記,位點分離信息共有4種(PI,MI,BI和FI)[29],不少位點上存在復等位基因,Map QTL v4.0能夠按異交模式檢測QTL,對包含復等位基因的位點的檢測效率較高,并在一定程度上彌補了群體較小的缺陷。
在小群體內(nèi)沒有檢測到顯著性水平較高的QTL,原因可能有3個,其一,群體規(guī)模偏??;其二,本研究構(gòu)建的圖譜未能覆蓋全基因組,控制木材密度性狀的部分QTL位于本圖譜以外的區(qū)段;其三,控制木材密度的QTL位點在該群體內(nèi)沒有發(fā)生分離。另外,年度間、季節(jié)間的差異也會影響,如晚材密度(LWD)上的QTL從數(shù)量和效應上都不如早材密(EWD),這可能是受到年度和季節(jié)氣候差異的影響。Sewell等[30]就木材物理性狀QTL表現(xiàn)受季節(jié)性氣候的影響做過研究,認為氣候因素可能導致與木材形成有關(guān)的細胞產(chǎn)生生物化學變化。比如,在早材和晚材形成過程中植物生長素水平的變化。此外,本研究的研究范圍仍較窄,只對單一密度性狀作出研究,下一步將結(jié)合生長、形質(zhì)性狀的QTL位點進行比較分析。
本研究通過對雜種松木材密度的QTL定位,獲得了控制木材密度的高效QTL連鎖群及主效基因,為進一步對生長、形質(zhì)等性狀進行QTL定位和發(fā)掘更多在各個性狀間共同作用的QTL位點奠定基礎。了解木材相關(guān)性狀的遺傳模式,有助于開展分子遺傳學研究,并為分子標記輔助選擇提供參考,以期最終實現(xiàn)培育出材性優(yōu)良的濕加松雜種的目的,在提高木材商業(yè)價值及木材生產(chǎn)加工品質(zhì)方面具有重要作用。
[1] Dixon R K,Meldahl R S,Ruark G A,et al.Process modeling of forest growth responses to environmental stress[J].Biometrics,Process modeling of forest growth responses to environmental stress.Portland Oregen:Timber Press,1990,47(4):21-32.
[2] Zobel B J,Buijtenen J P V.Wood variation:its causes and control[J].Wood Variation Its Causes & Control,1989.
[3] Zobel B J,Jett J B.Genetics of Wood Production[M].Springer,Berlin,Heidelbery,1995.
[4] 李金華,王豐,廖亦龍,等.水稻種子活力的生理生化及遺傳研究[J].分子植物育種,2009,7(04):772-777.
Li J H,Wang F,Liao Y L,et al.Biochemical and genetic studies on seed of vigor rice[J].Molecular Plant Breeding,2009,7(04):772-777.
[5] 于曉麗.桉樹高密度遺傳圖譜構(gòu)建及生長和材性相關(guān)QTL解析[D].北京:中國林業(yè)科學研究院,2015.
Yu X L.Construction ofEucalyptusgenetic map with high density and QTL analysis of its correlation with growth and wood properties[D].Beijing:Chinese Academy of Forestry,2015.
[6] 呂秀清.玉米籽粒油分QTL定位及其效應分析[D].北京:中國農(nóng)業(yè)大學,2005.
Lü X Q.QTL location and effect analysis of corn kernel oil[D].Beijing:China Agricultural University,2005.
[7] 武喆,李蕾,張婷,等.黃瓜單性結(jié)實性狀的QTL定位[J].中國農(nóng)業(yè)科學,2015,48(1):112-119.
Wu Z,Li L,Zhang T,et al.QTL positioning of cucumber parthenocarpic character[J].Chinese Agricultural Science,2015,48(1):112-119.
[8] 成良強,唐梅,任小平,等.栽培種花生遺傳圖譜的構(gòu)建及主莖高和總分枝數(shù)QTL分析[J].作物學報,2015,41(6):979-987.
Cheng L Q,Tang M,Ren X P,et al.Genetic map construction of cultivated peanut and QTL analysis of main stem height and branch number[J].Journal of Crop Science,2015,41(6):979-987.
[9] 馬愛芬,王雯,李加納,等.甘藍型油菜種子發(fā)芽率QTL定位及相關(guān)生理性狀[J].遺傳,2009,31(2):206-212.
Ma A F,Wang W,Li J N,et al.Seed germination rate,QTL mapping and related physiological characters ofBrassicanapus[J].2009,31(2):206-212.
[10] 王明庥.林木遺傳育種學[M].北京:中國林業(yè)出版社,2001.
Wang M X.Forest genetics and breeding[M].Beijing:China Forestry Publishing House,2001.
[11] 高用明,朱軍.植物QTL定位方法的研究進展[J].遺傳,2000,22(3):175-179.
Gao Y M,Zhu J.Advances in plant QTL mapping methods[J].Genetics,2000,22(3):175-179.
[12] 黃少偉.松樹分子標記輔助育種研究進展[J].林業(yè)科學研究,2006,19(6):799-806.
Huang S W.Advances in molecular marker assisted breeding of pine trees[J].Forestry Science Research,2006,19(6):799-806.
[13] Nelson C D,Nance W L,Doud rick R L.Apartial genetic link age map of slash pine(PinuselliottiiEngelmann var.elliottii) based on random amlified polymorphic DNAs[J].Theor App Genet,1993,87(1/2):145-151.
[14] Yi-Liang L I,Zhao F C,Hui-Shan W U,et al.Relationship between growth traits heterosis and genetic distance among parents ofPinuselliottii×P.caribaeabased on SSR molecular markers[J].Forest Research,2012,25(2):138-143.
[15] 趙奮成,李憲政,張應中,等.濕地松與洪都拉斯加勒比松的雜交效果分析[J].林業(yè)科學研究,2006,19(4):409-415.
Zhao F C,Li X Z,Zhang Y Z,et al.Hybridization analysis ofPinuselliottiiand Honduras Caribbean pine[J].Forestry Science Research,2006,19(4):409-415.
[16] Johnston A J,Dieters M J,Dungey H S,et al.Intraspecific hybridization inPinuscaribaea,var.hondurensis,II.Genetic parameters[J].Euphytica,2003,129(2):159-168.
[17] Graham G C,Mayers P,Henry R J.A simplified method for the preparation of fungal genomic DNA for PCR and RAPD analysis.[J].Biotechniques,1994,16(1):48-50.
[18] Komulainen P,Brown G R,Mikkonen M,et al.Comparing EST-based genetic maps betweenPinussylvestrisandPinustaeda[J].Theoretical & Applied Genetics,2003,107(4):667-678.
[19] Shepherd M,Cross M,Maguire T,et al.Transpecific microsatellites for hard pines[J].Theoretical & Applied Genetics,2002,104(5):819.
[20] Shepherd M,Huang S,Eggler P,et al.Congruence in QTL for adventitious rooting inPinuselliottiixPinuscaribaeahybrids resolves between and within-species effects[J].Molecular Breeding,2006,18(1):11-28.
[21] Van Ooijen J W,Voorrips R E.JoinMap3.0,software for the calculation of genetic linkage maps[J].Plant Research International,Wageninggen,the Netherlands,2001.
[22] Dungey H S,Dieters M J,Nikles D G,et al.Symposium on hybrid breeding and genetics of forest trees.QFRI/CRC-SPF Symposium,Noosa,Australia,9-14 April 2000.[C]// Symposium on hybrid breeding and genetics of forest trees.QFRI/CRC-SPF Symposium,Noosa,Australia,2000.
[23] Van Ooijen J W,Boer M P,Jansen R C,et al.MapQTL4.0,Software for the calculation of QTL positions on genetic mpas[J].Plant Research International,Wageninggen,the Netherlands,2002.
[24] Nilsson-Ehle H.Kreuzungsuntersuchungen an Hafer und Weizen[J].Heredity,1909,252(1):290-291.
[25] Bradshaw H.Case history in genetics of long-lived plants:molecular approaches to domestication of a fast-growing forest tree[M].Molecular Dissection of Complex Traits,1997.
[26] Yan W H,Wang P,Chen H X,et al.A Major QTL,Ghd8,plays pleiotropic roles in regulating grain productivity,plant height,and heading date in rice[J].Molecular Plant,2011,4(2):319.
[27] 田寶華.不同環(huán)境條件下玉米穗部和籽粒性狀的QTL定位及玉米穗行數(shù)主效QTL的驗證[D].北京:中國農(nóng)業(yè)大學,2013.
Tian B H.QTL location and kernel number of maize ears and validation of main QTL in different environmental conditions[D].Beijing:China Agricultural University,2013.
[28] 沈新蓮,袁有祿,郭旺珍,等.棉花高強纖維主效QTL的遺傳穩(wěn)定性及它的分子標記輔助選擇效果[J].高技術(shù)通訊,2001,11(10):13-16.
Shen X L,Yuan Y L,Guo W Z,et al.Genetic stability of cotton high strength fiber dominant QTL and its molecular marker assisted selection effect[J].High Tech Communication,2001,11(10):13-16.
[29] QTL Mapping in Outbred Pedigrees[M]//Statistical genetics of quantitative traits.Springer New York,2007:303-329.
[30] Sewell M M,Bassoni D L,Megraw R A,et al.Identification of QTLs influencing wood property traits in loblolly pine(PinustaedaL.).I.Physical wood properties[J].Theoretical & Applied Genetics,2000,101(8):1273-1281.