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元江野生稻柱頭特異性啟動(dòng)子p51408的克隆及功能分析

2017-12-01 09:47周國(guó)華
關(guān)鍵詞:柱頭特異性性狀

周國(guó)華

(1.宜春學(xué)院 生命科學(xué)與資源環(huán)境學(xué)院,江西 宜春 336000;2.云南農(nóng)業(yè)大學(xué) 農(nóng)學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院,云南 昆明 650201)

元江野生稻柱頭特異性啟動(dòng)子p51408的克隆及功能分析

周國(guó)華1,2

(1.宜春學(xué)院 生命科學(xué)與資源環(huán)境學(xué)院,江西 宜春 336000;2.云南農(nóng)業(yè)大學(xué) 農(nóng)學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院,云南 昆明 650201)

【目的】水稻柱頭是水稻有性生殖的重要器官,柱頭外露是決定異交結(jié)實(shí)的重要特性,是影響雜交水稻制種和不育親本繁育的關(guān)鍵因素之一,開展水稻柱頭外露特異表達(dá)啟動(dòng)子研究是探尋水稻雜種優(yōu)勢(shì)分子機(jī)理及進(jìn)行分子育種的基礎(chǔ)?!痉椒ā繉?duì)一個(gè)元江野生稻柱頭外露特異表達(dá)基因的啟動(dòng)子p51048進(jìn)行了克隆,分析了該啟動(dòng)子的序列結(jié)構(gòu)特征及os51408的表達(dá)特性,通過構(gòu)建該啟動(dòng)子的GUS融合表達(dá)載體,獲得了轉(zhuǎn)化體。【結(jié)果】組化染色分析表明,該啟動(dòng)子能在水稻花器官的柱頭、花柱等區(qū)域特異表達(dá),而在根、莖葉、穎花中無(wú)表達(dá)或低表達(dá)?!窘Y(jié)論】推測(cè)其為柱頭組織特異性啟動(dòng)子,將為進(jìn)一步開展水稻柱頭外露這一重要性狀的分子機(jī)理和表達(dá)調(diào)控研究奠定基礎(chǔ)。

水稻;柱頭外露;啟動(dòng)子;克隆

【研究意義】水稻是中國(guó)最主要的糧食作物[1]。自20世紀(jì)70年代雜交水稻的研究推廣,極大地提高了中國(guó)水稻產(chǎn)量,其繁育體系很大程度上依賴于以柱頭外露為主的不育系異交特性的改良。柱頭是參與水稻有性生殖過程中最重要的器官之一,柱頭外露是指水稻開花時(shí)柱頭伸到張開的穎殼之外,開花結(jié)束后穎殼閉合,但柱頭仍留在穎殼外的特性,在決定不育系可交配特性、異交結(jié)實(shí)率及雜交制種產(chǎn)量等雌性花器性狀中,柱頭的外露率是最直接、最重要的因素之一[2-3],對(duì)水稻柱頭外露性狀的深入研究意義重大。【前人研究進(jìn)展】隨著現(xiàn)代分子技術(shù)和遺傳連鎖圖譜的應(yīng)用,有關(guān)水稻柱頭外露性狀QTL基因定位的研究也有很多報(bào)道,共檢測(cè)到與柱頭外露率相關(guān)的QTLs 多達(dá)40余個(gè)[4-6],盡管目前QTLs定位分析的報(bào)告很多,但其研究結(jié)果并不完全一致,這也反應(yīng)出柱頭外露性狀QTL遺傳的復(fù)雜性。關(guān)于柱頭外露的基因功能、分子機(jī)制的研究仍然還沒有很好的開展起來(lái)。野生稻比栽培稻具有更高的柱頭外露率,而相對(duì)于野生稻,屬于自花授粉的栽培稻柱頭外露率一般較少,且雌雄蕊也較小[7]。Virmani和Athwal[8]分析比較了29個(gè)栽培稻品種和野生稻類型的柱頭外露率,發(fā)現(xiàn)柱頭外露率最低的是秈稻品種臺(tái)中本地1號(hào),最高的是野生稻。龐漢華[9]、范樹國(guó)[10]等都在野生稻中發(fā)現(xiàn)大量高柱頭外露率的類型,許多野生稻柱頭外露率甚至達(dá)到100 %。從野生稻中發(fā)掘在栽培稻中已丟失或削弱了的優(yōu)異基因已經(jīng)成為當(dāng)前雜交稻育種與水稻資源研究的熱點(diǎn)[11]?!颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】元江野生稻分布在云南省紅河州元江縣,位于紅河水系上游,是中國(guó)迄今發(fā)現(xiàn)的分布海拔最高(海拔780 m)的普通野生稻,雌蕊呈羽毛狀,柱頭紫色,外露率達(dá)100 %[12],是研究水稻柱頭外露性狀的優(yōu)異材料。本實(shí)驗(yàn)在以往研究及綜合前人研究的基礎(chǔ)上[13-14],采用Li[13]及Swanson[14]方法于開花前1 d取樣,對(duì)部分檢測(cè)的基因進(jìn)行實(shí)時(shí)定量RT-PCR(qRT-PCR)檢測(cè),發(fā)現(xiàn)探針號(hào)為OS51408.1.S1_at在柱頭外露組織中特異表達(dá),為進(jìn)一步研究其表達(dá)調(diào)控特征和功能?!緮M解決關(guān)鍵問題】本研究克隆了元江野生稻該基因上游1.8 kb啟動(dòng)子區(qū),分析其序列結(jié)構(gòu)特征,構(gòu)建了相應(yīng)的GUS表達(dá)載體,以進(jìn)一步分析其表達(dá)調(diào)控特征,為更深入地研究水稻柱頭外露性狀的組織特異性啟動(dòng)子奠定了基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 實(shí)驗(yàn)材料

實(shí)驗(yàn)材料來(lái)自元江野生稻的苗期嫩綠葉片,Trizol植物組織總RNA提取試劑盒自Invitrogen公司購(gòu)買,EX-Taq、First strand cDNA Synthesis kit、轉(zhuǎn)化質(zhì)粒載體、DNA連接酶等采購(gòu)自TaKaRa公司,感受態(tài)細(xì)胞、DNA marker、Taq酶等實(shí)驗(yàn)試劑購(gòu)買自上海生工;瓊脂糖回收試劑盒購(gòu)買自大連寶生生物公司。所需擴(kuò)增引物由上海生工合成。轉(zhuǎn)化材料于2015年5月種植于宜春學(xué)院水稻實(shí)驗(yàn)基地。

1.2 總RNA提取與cDNA合成

分別對(duì)元江野生稻不同時(shí)期、不同組織進(jìn)行取樣,按試劑盒說(shuō)明提取總RNA后,電泳檢測(cè)其質(zhì)量,合格后經(jīng)DNaseⅠ處理,按照First stand cDNA Synthesis試劑盒程序進(jìn)行第一鏈cDNA的合成。

1.3 生物信息學(xué)功能分析

通過基因芯片數(shù)據(jù)分析,在OS51408基因編碼上游1800 pb以內(nèi),利用啟動(dòng)子功能預(yù)測(cè)與分析開放軟件PLACE(http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html)及PlantCARE(http://bioinformatcs.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/),查找該區(qū)域內(nèi)的CAAT與TATA框等重要的自動(dòng)自序列特征,進(jìn)行該啟動(dòng)子功能預(yù)測(cè),并分析其中的各順式作用元件。

1.4 OS51408在不同組織中的表達(dá)量分析

根據(jù)OS51408基因組序列,以Actin為內(nèi)參基因,設(shè)計(jì)熒光定量PCR引物:OS51408-F:5’- ACGCGTTTTTCCTGAACTGC -3’;OS51408-R:5’- CGACGACAGGGGCTTAACAA-3’;OsActinA:5’-CTTCATA GGAATGGAAGCTGCGGGTA-3’;OsActinB:5’-CGACCACCTTGATCTTCATGCTGCTA-3’。

分別提取元江野生稻不同生長(zhǎng)階段的幼苗、根、幼葉、花藥、柱頭、子房等組織的總RNA,反轉(zhuǎn)錄后以cDNA為模板,熒光定量PCR儀(ABI 7300)分析OS51408基因的時(shí)空表達(dá)特征,20 μl反應(yīng)體系為:cDNA模板1 μl、上下游引物(10 μmol/L)各0.5 μl、SYBR Premix Ex-Taq10 μl、ROX Reference Dye(50×)0.4 μl、 ddH2O 8.6 μl。反應(yīng)程序設(shè)置:95 ℃預(yù)變性30 s;95 ℃變性5 s、60 ℃退火30 s,36個(gè)循環(huán),添加繪制溶解曲線。每個(gè)樣品實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次,選取其中一次結(jié)果來(lái)做統(tǒng)計(jì)分析,運(yùn)用2-△△T法計(jì)算該基因在不同組織中的相對(duì)表達(dá)量。

1.5 啟動(dòng)子序列分析與克隆

根據(jù)預(yù)測(cè)結(jié)果,利用Primer6.0軟件(http://www.premierbiosoft.com)設(shè)計(jì)特異性引物(P51408-F:5’-ACC AGC GTC GAC CCT ATT GAG GGC GTT CCG AT-3’,P51408-R:5’-CAC CAG CGC CAT GG GTA GGC AGG ACC AGA GGA GA-3’),并設(shè)計(jì)載體構(gòu)建所需的限制性內(nèi)切酶SalΙ和NcoΙ識(shí)別位點(diǎn)(劃線部分)以元江野生稻基因組DNA為模板,用高保真DNATaq酶PCR擴(kuò)增該啟動(dòng)子序列。20 μl反應(yīng)體系包括:PCR緩沖液Buffer4 μl,dNTP1.64 μl,上下游引物各0.5 μl,元江野生稻基因組DNA模板1 μl,DNA聚合酶0.2 μl,ddH2O至20 μl。PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?4 ℃預(yù)變性5 min; 94 ℃變性1 min, 56 ℃退火1 min, 72 ℃延伸1 min,循環(huán)30 次; 最后72 ℃延伸10 min。擴(kuò)增產(chǎn)物在2 %瓊脂糖凝膠電泳下分離檢測(cè),回收試劑盒純化目標(biāo)片段。

1.6 載體構(gòu)建與轉(zhuǎn)化

用限制性內(nèi)切酶SalΙ和NcoΙ分別雙酶切上述回收純化的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物和CAMBIA1305.1表達(dá)載體,瓊脂糖凝膠電泳分離、回收、純化p51408啟動(dòng)子序列和去除組成型啟動(dòng)子35S序列的表達(dá)載體片段,用T4-DNA連接酶(TaKaRa,大連)連接,構(gòu)建pCAMBIA1305:p51408:GUS啟動(dòng)子報(bào)告基因表達(dá)載體(圖1),電擊法轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH105B菌株的感受態(tài)細(xì)胞,經(jīng)卡那霉素抗性培養(yǎng)基上篩選后擴(kuò)大培養(yǎng),菌液PCR和雙酶切后送上海生工測(cè)序驗(yàn)證。

圖1 表達(dá)載體pCAMBIA1305.1-p51408-GUS結(jié)構(gòu)Fig.1 The structure of expression vector pCAMBIA1305.1-p51408-GUS

用構(gòu)建好、測(cè)序正確的農(nóng)桿菌菌株侵染受體ZH11幼胚誘導(dǎo)的愈傷組織。水稻愈傷組織培養(yǎng)、農(nóng)桿菌介導(dǎo)的遺傳轉(zhuǎn)化以及陽(yáng)性愈傷組織的篩選與再分化、抗性植株再生等操作依照粳稻遺傳轉(zhuǎn)化手冊(cè)[7]。

1.7 GUS染色檢測(cè)

將陽(yáng)性轉(zhuǎn)化植株葉片、花瓣、根莖等組織剪成小片,放于1.5 mL離心管中,加入預(yù)冷的90 %丙酮完全覆蓋材料,常溫處理20~30 min。以預(yù)固定組織并去除部分葉綠素。用蒸餾水將材料漂洗干凈后置于1.5 mL離心管中;加入適量配制好的GUS染色工作液至完全覆蓋材料,錫箔紙包好常溫過夜放置。用25 %,50 %,70 %,95 %乙醇梯度洗脫,搖床輕搖每次20 min,光學(xué)顯微鏡下觀察、拍照,白色背景下的藍(lán)色染色區(qū)即為GUS表達(dá)位點(diǎn)。

2 結(jié)果與分析

2.1 Os51408基因的表達(dá)模式

為檢驗(yàn)OS51408.1.S1_at的表達(dá)特征,對(duì)該啟動(dòng)子的調(diào)控基因OS51408在高柱頭外露的元江野生稻各組織中的表達(dá)情況進(jìn)行了分析,從圖2可以看出,OS51408 基因在幼苗、根、幼葉、花藥、子房中表達(dá)都很低,而在外露柱頭組織中表達(dá)急劇升高,與前人水稻表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)庫(kù)研究結(jié)果相吻合 (http://plantbiol.genetics.ac.cn/rice-Affy/)[13]。說(shuō)明p51408啟動(dòng)子與元江野生稻的柱頭外露性狀緊密相關(guān),是柱頭外露特異性表達(dá)啟動(dòng)子。

圖2 Os.51408.1.S1_at在水稻不同組織的表達(dá)值Fig.2 The expression values of Os.51408.1.S1_at in different organism of rice

2.2 轉(zhuǎn)化載體的構(gòu)建及植株的獲得

為驗(yàn)證該啟動(dòng)子的功能,本實(shí)驗(yàn)用帶有酶切位點(diǎn)的特異引物從元江野生稻中擴(kuò)增得到p51408啟動(dòng)子區(qū)(圖3),然后用SalI和NocI雙酶切擴(kuò)增片段,純化后與經(jīng)同樣酶切的pCAMBIA1305.1連接,構(gòu)建了pCAMBIA1305:p51408: GUS 融合基因的表達(dá)載體并雙酶切驗(yàn)證(圖1,圖4),p51408啟動(dòng)子約為1.8 kb。按照粳稻遺傳轉(zhuǎn)化的方法,以中花11為受體,用潮霉素篩選抗性愈傷組織,經(jīng)分化、脫分化共得到陽(yáng)性轉(zhuǎn)化植株52棵。

圖3 P51408目標(biāo)片段擴(kuò)增Fig.3 The amplification of target fragment of P51408

圖4 載體p51408:GUS表達(dá)載體的酶切檢驗(yàn)Fig.4 The enzyme-cutting test of the vector of p51408:GUS

2.3 P51408啟動(dòng)子的結(jié)構(gòu)特征

啟動(dòng)子分析網(wǎng)站在線軟件Softberry(www.softberry.com/berry.phtml)進(jìn)行分析,結(jié)果表明,OS51408

基因上游1.8 kb左右序列為該基因啟動(dòng)子區(qū)。使用PLACE Signal Scan Program(http://www.dna.affrc.go.jp /PLACE)軟件及PlantCARE(http://bioinformatcs.psb.ugent.be /webtools/plantcare/html/)軟件分析該啟動(dòng)子序列,結(jié)果如圖5所示,在-50-55和-715-720位置(翻譯起始密碼子ATG中的A堿基位定義為+1)各有1個(gè)TATA box,在初始密碼子上游-24、-533、-545位置分別存在1個(gè)CAAT box,在-38處的G堿基位置為可能的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)。

經(jīng)進(jìn)一步的結(jié)構(gòu)和功能域分析后,還在p51408啟動(dòng)子序列中發(fā)現(xiàn)在受植物激素(auxin)及水楊酸(salicylic acid)調(diào)控轉(zhuǎn)錄活性的CREB調(diào)控因子結(jié)合位點(diǎn)ASFI[15],多個(gè)受光及植物激素調(diào)控的順式作用元件G-box[16],3個(gè)在參與赤霉素信號(hào)傳導(dǎo)起重要作用的WRKY71OS 的結(jié)合位點(diǎn)[17],6個(gè)脫落酸響應(yīng)的順式作用位點(diǎn),它們多是應(yīng)答干旱和寒冷脅迫信號(hào)的MYB、MYC 蛋白因子?;R(shí)別的保守序列[18-19];及植物組織特異表達(dá)和激素誘導(dǎo)rolB基因結(jié)合位點(diǎn)NTBBF1元件[20]。

圖5 p51408啟動(dòng)子系列部分應(yīng)答元件Fig.5 The reply elements of p51408

A:柱頭,B:根,C:莖,D:葉,E:穎花A: Stigma,B:Root,C:Stem,D:Leaf,E:Spikelet圖6 不同組織的GUS染色結(jié)果Fig.6 The stained results of GUS in different organism

2.4 轉(zhuǎn)化植株的GUS表達(dá)檢測(cè)

從圖6可以看出,利用GUS進(jìn)行組化染色,對(duì)52株水稻轉(zhuǎn)化植株的各組織表達(dá)情況進(jìn)行分析,結(jié)果表明,在轉(zhuǎn)化植株中p51408啟動(dòng)子能夠驅(qū)動(dòng)GUS在水稻柱頭組織中特異表達(dá),檢測(cè)到較強(qiáng)的表達(dá)信號(hào)(圖6A),而在根、莖,葉及幼穗中無(wú)表達(dá)或低表達(dá)(圖6 B,C,D,E),從而推測(cè)該啟動(dòng)子為柱頭組織特異性啟動(dòng)子。

3 討 論

植物組織特異性啟動(dòng)子的研究已成為近年來(lái)分子生物學(xué)、植物功能基因和基因工程研究的一個(gè)重要方向,也將成為植物基因改良的重要工具[21-22]。柱頭外露是水稻異交結(jié)實(shí)中一個(gè)非常重要的性狀,目前的研究主要集中在栽培措施的調(diào)控、性狀的QTL定位上,而柱頭外露的基因功能、分子生物學(xué)的機(jī)理及其相關(guān)基因功能研究并未系統(tǒng)地開展[6]。盡管很多研究人員在水稻柱頭外露性狀QTL基因定位的研究方面已有很多報(bào)道,共檢測(cè)到與柱頭外露率相關(guān)的QTLs 多達(dá)40余個(gè)[4-6],但其研究結(jié)果并不完全一致,這也反應(yīng)出柱頭外露性狀QTL遺傳的復(fù)雜性。而通過特異性的材料,從啟動(dòng)子的功能和表達(dá)特性這個(gè)獨(dú)特的角度對(duì)這一復(fù)雜性狀進(jìn)行研究,將為該性狀的研究提供另一種思路和有益的探索。

4 結(jié) 論

本研究利用元江野生稻柱頭外露高的這一特殊特點(diǎn),克隆了具有柱頭組織特異性并與其調(diào)控密切相關(guān)的啟動(dòng)子p51408。運(yùn)用生物信息學(xué)手段對(duì)其結(jié)構(gòu)進(jìn)行了預(yù)測(cè),揭示其包含多個(gè)受植物激素、光照誘導(dǎo)及組織器官特異性應(yīng)答元件,如ASFI、G-box、WRKY71OS、NTBBF1等,從另一方面也說(shuō)明了柱頭外露的外源激素調(diào)控的分子基礎(chǔ);表達(dá)模式分析顯示對(duì)其調(diào)控基因OS51408在幼苗、根、幼葉、花藥、子房中表達(dá)較低,而在柱頭中表達(dá)量高,表明其具有組織特異表達(dá)特性;構(gòu)建載體GUS轉(zhuǎn)化染色顯示其在花柱及柱頭特異表達(dá),在根、莖、葉及穎花中低或者不表達(dá),表明p51408具有較強(qiáng)的柱頭組織特異表達(dá)特性,將有助于進(jìn)一步開展與該性狀相關(guān)的啟動(dòng)子調(diào)控的研究,并為開展水稻柱頭外露性狀的分子機(jī)理和調(diào)控研究奠定基礎(chǔ)。

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(責(zé)任編輯 王家銀)

CloningandFunctionalAnalysisofSpecificPromoterp51408inStigmaExsertionofWildRice(OryzarufipoganGriff.)fromYuanjiangCity

ZHOU Guo-hua1,2

(1.College of Life Sciences and Environment Resource, Yichun University, Jiangxi Yichun 336000,China; 2.College of Agronomy and Bio-technology, Yunan Agricultural Universty, Yunnan Kunming 650201,China)

【Objective】The stigma exsertion of rice(OryzasativaL.) was an important trait determining the outcrossing rates, which was also a key factor influencing the hybrid seed production and sterile line breeding, so the research of tissue-specific expression of stigma exsertion of rice would laid the foundation of the molecular mechanism in heterosis of rice. 【Method】 In this paper, a specific expression promoter p51408 related with stigma exsertion of wild rice (OryzarufipogonGriff.) from Yuanjiang City was cloned, the structural character of its sequence and expression feature of os51408 was analyzed. 【Result】With the construction of GUS expression vector and histochemical staining,the results showed that it was specific expression in stigma and style, no or low expression in root, stem, leaf and spikelet. 【Conclusion】So it could be a tissue-stigma specific expression promoter, and might play a very important role in rice stigma exsertion research.

Rice; Stigma exsertion; Specific promoter; Clone

S511

A

1001-4829(2017)11-2393-05

10.16213/j.cnki.scjas.2017.11.001

2016-07-09

國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31200219);江西省教育廳基金項(xiàng)目(GJJ151048)

周國(guó)華(1977- ),男,博士,主要研究方向:水稻雜種優(yōu)勢(shì)利用、水稻分子生物學(xué),E-mail:zghynau@sina.com。

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