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DNA條形碼鑒定研究

2017-09-12 02:33劉莉張仕林楊飛
關(guān)鍵詞:中藥材測(cè)序引物

劉莉 張仕林 楊飛

【摘要】目的 探究應(yīng)用DNA條形碼對(duì)大黃類藥物分類的效果。方法 提取四川、甘肅、青海、西藏、云南、寧夏6省份的40份樣品葉綠體matK基因序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增,將不同產(chǎn)地大黃的matK基因進(jìn)行對(duì)比,以進(jìn)行鑒定工作。結(jié)果 將提取的基因序列進(jìn)過(guò)嚴(yán)格仔細(xì)的對(duì)比,能夠發(fā)現(xiàn)40類樣品中細(xì)微的差別。結(jié)論 通過(guò)DNA條形測(cè)序工作可以對(duì)大黃進(jìn)行明確的品種分類。

【關(guān)鍵詞】大黃;matK基因

【中圖分類號(hào)】[Q37] 【文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼】B 【文章編號(hào)】ISSN.2095-6681.2017.08..01

大黃有非常實(shí)用的臨床藥效,在中醫(yī)臨床中有廣泛的應(yīng)用,其主要的功效為瀉下攻積、清熱瀉火、涼血解毒、逐瘀通經(jīng)、利濕退黃等。正品大黃為蓼科大黃屬的唐古特大黃、掌葉大黃或者藥用大黃的根莖。近年來(lái)隨著需求量的增大,以及野生大黃數(shù)量的急劇下降,在藥材市場(chǎng)流通有大量的假冒偽劣產(chǎn)品。中藥材的鑒別一直是一個(gè)熱門的話題,人們長(zhǎng)期尋找一種準(zhǔn)確的鑒別方法。以前大多數(shù)是經(jīng)有經(jīng)驗(yàn)的藥師通過(guò)外觀、氣味等方面進(jìn)行鑒別。這就有非常的主觀性,準(zhǔn)確率比較低。今年來(lái)隨著基因?qū)W的發(fā)展,人們通過(guò)對(duì)大黃基因?qū)W的研究,發(fā)現(xiàn)可以通過(guò)DNA序列的對(duì)比,可以對(duì)大黃進(jìn)行準(zhǔn)確的鑒別和分類。

1 資料與方法

1.1 一般資料

選取產(chǎn)自四川、甘肅、青海、西藏、云南和寧夏6個(gè)省份的40份樣品進(jìn)行鑒定。這些樣本經(jīng)過(guò)專家鑒定為大黃,并保存相應(yīng)的樣本以備查驗(yàn)。

1.2 方法

從大黃藥材根部中間部位選取20 mg,放入研磨器材中,加入液氮經(jīng)過(guò)充分的研磨成粉狀。然后用廣譜植物基因提取試劑盒提取DNA,提取過(guò)程中進(jìn)行充分的水浴,加入AP3緩沖液后高速離心1 min抽取上清液。將得到的DNA在-20℃的環(huán)境下保存待用。

用上海生工生物工程技術(shù)有限公司生產(chǎn)的由日本研發(fā)的3對(duì)引物,將目的基因進(jìn)行PCR的擴(kuò)增。引物信息以及退火溫度詳見表一。反應(yīng)體系的構(gòu)成:滅菌ddH2O 30 ?L,10×Buffer 5 ?L,2.5 mmol/L MgCl2 4 ?L,dNTP4?L,引物各2 ?L,DNA 模板2 ?L,TaqDNA 聚合酶lμL。按照預(yù)先設(shè)計(jì)好的擴(kuò)增程序進(jìn)行PCR擴(kuò)增。具體步驟為95℃預(yù)變性5 min;94℃變性30 s,50℃退火50 s,72℃延伸1 min,總共進(jìn)行35個(gè)循環(huán)。將擴(kuò)增的結(jié)果進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后,送到上海生工生物工程技術(shù)有限公司進(jìn)行測(cè)序[1]。

2 結(jié) 果

將所得的序列結(jié)果與文獻(xiàn)中提供的序列進(jìn)行分析對(duì)比,將序列100%相同的歸為同一個(gè)基因組,有任何不同的視為不同基因型。某些樣品經(jīng)過(guò)PCR擴(kuò)增后檢測(cè)不到DNA,這可能是因?yàn)樘崛悠芳兌炔粔颍s質(zhì)過(guò)多影響了引物和相應(yīng)基因的結(jié)合所導(dǎo)致。對(duì)于未檢測(cè)到DNA的樣品進(jìn)行進(jìn)一步的純化后,再進(jìn)過(guò)相同的流程得出了滿意的結(jié)果。經(jīng)過(guò)基因?qū)W分析大黃的matK基因序列全長(zhǎng)在1518 bp~1524 bp之間,總共發(fā)現(xiàn)57個(gè)變異點(diǎn),各個(gè)品種間有顯著差異的特異位點(diǎn)區(qū)分。所有大黃的平均遺傳距離為0.0421,最大遺傳距離為0.4521,最小遺傳距離為0.0036[2]。

3 討 論

中藥材由于炮制過(guò)程以及純度的問(wèn)題使得DNA的提取難度增大,有些研究中采用對(duì)ITS基因的擴(kuò)增進(jìn)行基因序列的研究,但是ITS除了大黃外,在一些真菌中的含量也十分的豐富。中藥材中常含有不同程度的真菌,因此該基因序列檢測(cè)的準(zhǔn)確度大大降低。而本文中所采用的matK基因就很好的避免了這個(gè)問(wèn)題,使檢測(cè)的準(zhǔn)確性以及可靠性大幅度的增加。本文中的檢測(cè)樣品量還不是十分充足,因此應(yīng)進(jìn)一步的研究,以便達(dá)到更好的鑒定效果。

參考文獻(xiàn)

[1] 李美妮,韓蕊蓮,等.大黃與易混偽品土大黃、虎杖原植物的ITS2 序列鑒定[J].環(huán)球中醫(yī)藥,2012,5(3):185-189.

[2] 張曉芹,劉春生,等.多基原藥材大黃葉綠體matK基因序列分析及鑒定研究[J].藥學(xué)學(xué)報(bào),2013,48(11):1722-1728.

本文編輯:李 豆endprint

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