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北京優(yōu)質(zhì)雜交玉米種子內(nèi)生細菌種類多樣性

2016-12-14 08:36:04李南南王榮煥趙久然
食品科學技術(shù)學報 2016年5期
關(guān)鍵詞:京科農(nóng)科玉米種子

李南南, 劉 洋, 趙 燃, 王榮煥, 肖 明, 趙久然, 程 池

(1.上海師范大學 生命與環(huán)境科學學院, 上海 200234;2.中國食品發(fā)酵工業(yè)研究院 中國工業(yè)微生物菌種保藏管理中心, 北京 100015;3.北京市農(nóng)林科學院 玉米研究中心, 北京 100097)

北京優(yōu)質(zhì)雜交玉米種子內(nèi)生細菌種類多樣性

李南南1,2, 劉 洋2,3,*, 趙 燃2, 王榮煥3, 肖 明1,*, 趙久然3, 程 池2

(1.上海師范大學 生命與環(huán)境科學學院, 上海 200234;2.中國食品發(fā)酵工業(yè)研究院 中國工業(yè)微生物菌種保藏管理中心, 北京 100015;3.北京市農(nóng)林科學院 玉米研究中心, 北京 100097)

通過傳統(tǒng)微生物培養(yǎng)方法研究北京市自主培育并具有遺傳相關(guān)性的優(yōu)質(zhì)雜交玉米種子內(nèi)生細菌種類的多樣性。實驗表明來自共同父本京2416的雜交玉米京華8號、京農(nóng)科728、京單68和NK718種子的內(nèi)生細菌分別有10,14,13和18個OTUs;MicrobacteriummaritypicumDSM 12512T(AJ853910)是京農(nóng)科728種子的第一優(yōu)勢種,是京單68種子的第二優(yōu)勢種,也是NK718種子的并列第三優(yōu)勢種;MicrobacteriumsaperdaeIFO 15038T(AB004719)是京農(nóng)科728和京單68的并列第三優(yōu)勢種。來自共同父本京92的雜交玉米京科968和京科665種子的內(nèi)生細菌分別有14和7個OTUs;京科968種子的第二優(yōu)勢種BacillushorneckiaeDSM 23495T(FR749913)也是京科665的第一優(yōu)勢種。結(jié)果表明玉米種子基因型對其內(nèi)生細菌的種類多樣性具有一定的影響,來自共同父本的雜交玉米內(nèi)生菌在OTU數(shù)目上相近,并且具有相同的優(yōu)勢菌種;不同父本的玉米種子內(nèi)生菌OTU數(shù)目不同,且內(nèi)生菌群落結(jié)構(gòu)也有所差異。這是首次以具有遺傳相關(guān)性的北京優(yōu)質(zhì)玉米雜交種子為實驗材料研究玉米種子內(nèi)生細菌種類多樣性與其基因型的關(guān)系。

雜交玉米; 種子; 內(nèi)生細菌; 種類多樣性

玉米不僅是世界第一大糧食作物,也是我國第一大糧食作物,是中國近年來糧食作物中產(chǎn)量和面積增長最快的。玉米具有適應(yīng)性廣、產(chǎn)量潛力高等優(yōu)點,并具有糧、經(jīng)、果、飼、能等很多用途,發(fā)展玉米生產(chǎn)對于國家糧食安全的保障、畜牧業(yè)的加速發(fā)展、城鄉(xiāng)人民膳食結(jié)構(gòu)的改善及人民生活水平的提高具有重要意義[1]。雜交玉米具有果穗大、籽粒飽、抗逆性強、抗病高產(chǎn)等優(yōu)良特性[2]。到目前為止,國家和省級審定的玉米新品種就已達到4 000多個,但其中已真正轉(zhuǎn)化為現(xiàn)實生產(chǎn)力的品種卻很少[3]。

內(nèi)生細菌是一類內(nèi)共生微生物,能夠定殖在健康植物組織內(nèi)并且對植物組織無害,可通過直接或者間接作用影響植物生長和發(fā)育。諸多研究證實在種子表面和種子內(nèi)部有豐富的微生物群落,包括各種病菌和有益的細菌[4]。有益內(nèi)生細菌能夠?qū)χ参锏慕】瞪L起到直接或者間接促進作用,如生物防治、植物促生、內(nèi)生固氮等[5]。目前關(guān)于有益內(nèi)生細菌生態(tài)功能的報道很多,其中對植物的直接促生作用主要包括生物固氮[6-7]、分泌和誘導(dǎo)產(chǎn)生植物生長調(diào)節(jié)物質(zhì)[8-9]、改善植物對礦物質(zhì)的利用率[10]等;對植物的間接促生作用主要是植物內(nèi)生細菌的生防作用,主要包括分泌抗菌物質(zhì)[10]、競爭生態(tài)位與營養(yǎng)物質(zhì)[11]、誘導(dǎo)系統(tǒng)抗性[12-13]等。

近年來,隨著植物微生態(tài)學研究的快速發(fā)展,人們逐步認識到與植物相聯(lián)合的細菌,特別是其中的有益細菌對植物的健康生長發(fā)揮著重要的生物學作用。雖然與植物相聯(lián)合細菌的相關(guān)研究報道越來越多[14],但相對于水稻而言,與玉米相聯(lián)合細菌的研究報道相對較少,且主要集中于與玉米根系相聯(lián)合細菌的研究[15-16]。與玉米種子相聯(lián)合的細菌的研究鮮有報道[17-18],有關(guān)不同基因型玉米種子內(nèi)生細菌的研究則更少[19]。在本課題組對植物種子相聯(lián)合的微生物研究基礎(chǔ)上[19-22],用傳統(tǒng)微生物純培養(yǎng)方法研究具有遺傳相關(guān)性的北京優(yōu)質(zhì)玉米雜交品種間的內(nèi)生細菌種類的多樣性,可為植物基因型與定殖在其內(nèi)的內(nèi)生細菌群落間的相關(guān)性的研究提供理論依據(jù),為指導(dǎo)玉米種子生產(chǎn)與貯藏過程中的微生物控制與強化及保障種子的健康與活力提出科學依據(jù),這將對推進種子科學研究及種業(yè)發(fā)展具有重要理論依據(jù)和實踐意義。

1 材料和方法

1.1 實驗材料

1.1.1 玉米種子的采集

試驗樣品為北京農(nóng)林科學院玉米研究中心自主培育并提供的6種雜交玉米品種(京華8號,京農(nóng)科728,京單68,NK718,京科968,京科665),樣品具有遺傳相關(guān)性,見表1,于2013年采自位于甘肅張掖的北京農(nóng)林科學院試驗基地 (北緯39°04′57.94″,東經(jīng)100°12′49.40″),4 ℃保存。

表1 樣品間遺傳相關(guān)性

1.1.2 培養(yǎng)基及試劑

LB、TSA和R2A成品培養(yǎng)基,購于北京陸橋公司;細菌基因組DNA提取試劑盒和PCR相關(guān)試劑購于TIANGEN公司;實驗所用PCR引物由北京諾賽生物公司合成。

1.2 實驗方法

1.2.1 樣品表面滅菌

先用無菌水清洗雜交玉米種子,之后依次用體積分數(shù)為70%的乙醇溶液浸泡3 min,次氯酸鈉溶液(氯離子濃度為2.5%)浸泡5 min,70%乙醇浸泡30 s,最后用無菌水淋洗5~7次,在無菌濾紙無菌條件下晾干[19];同時取最后一次淋洗水120 μL涂于LB固體平板上,28 ℃恒溫培養(yǎng)72 h,檢測玉米種子表面滅菌效果[4]。表面滅菌徹底的種子用于實驗。

1.2.2 內(nèi)生細菌的分離與純化

玉米內(nèi)生細菌群落多樣性研究采用傳統(tǒng)分離培養(yǎng)技術(shù)[20]。取5.0 g表面滅菌的玉米種子用無菌研缽研磨成粉末,采用梯度稀釋法制備1×10-1g/mL到1×10-3g/mL的系列稀釋液。每一梯度稀釋液分別取200 μL涂布于R2A、LB、TSA平板上,每個處理組設(shè)置三個平行,30 ℃培養(yǎng)3天后根據(jù)平板上菌落的形態(tài)(大小、顏色、形狀、表面光澤度、透明度、邊緣整齊度等)隨機挑取具有代表性單菌落[15],純化后4 ℃保存?zhèn)溆?,同時保存于中國工業(yè)微生物菌種保藏中心(CICC)。

1.2.3 內(nèi)生細菌的16S rDNA序列分析

用細菌基因組DNA提取試劑盒(TIANGEN)提取細菌基因組DNA。采用正向引物27F(5′-AGAGTTTCATCTGGCTCAG-3′)和反向引物1492R(5′-GGTTACCTTGTTACGACTT-3′)擴增細菌16S rDNA。PCR反應(yīng)體系(50 μL)為DNA模板3 μL、10×buffer 5 μL、引物27F(10 mmol/L)1 μL、引物1492R(10 mmol/L)1 μL、dNTP(2.5 mmol/L)4 μL、Taq酶(5 U/L)0.25 μL,最后用ddH2O補足至50 μL。反應(yīng)程序為94 ℃預(yù)變性5 min,94 ℃變性1 min,55 ℃復(fù)性1 min,72 ℃延伸1 min,共30個循環(huán)后72 ℃延伸10 min。用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR擴增產(chǎn)物。擴增出的PCR產(chǎn)物用ABI 3730型DNA測序儀測序(ABI,USA),將所有序列信息提交到NCBI,測序得到的結(jié)果在EzTaxon server 2.1進行比對,確定與已知序列同源關(guān)系,比對后序列相似性達到98.65%以上的歸為同一個運算的分類單位(operational taxonomic units,OTU)。

2 實驗結(jié)果

通過傳統(tǒng)分離培養(yǎng)方法從雜交玉米品種京華8號、京農(nóng)科728、京單68、NK718、京科968和京科665種子中分別挑取20,29,26,39,30,16株細菌,分別有10,14,13,18,14,7個代表菌株(表2~表7),將代表菌株序列信息提交到GenBank,并獲得登錄號。

表2 玉米京華8號種子內(nèi)生細菌分布

表3 玉米京農(nóng)科728種子內(nèi)生細菌分布

父本為京2416的雜交玉米品種在OTU數(shù)目相近,京華8號,京農(nóng)科728,京單68和NK718種子分別有10,14,13和18個OTUs,京農(nóng)科728、京單68的OTU數(shù)目最相近;父本為京92的雜交玉米品種京科968和京科665種子分別有14和7個OTUs。父本為京2416的雜交玉米品種種子內(nèi)生細菌的OTU數(shù)目多于父本為京92的雜交玉米品種。

研究玉米京華8號種子內(nèi)生細菌分布,見表2,由實驗可知,本實驗中的6種雜交玉米品種優(yōu)勢菌種不同。京華8號第一優(yōu)勢種是PseudomonastaiwanensisBCRC 17751T(EU103629);PantoeaagglomeransDSM 3493T(AJ233423)和CitrobacteryoungaeCECT 5335T(AJ564736)是并列第2優(yōu)勢種。

表4 玉米京單68種子內(nèi)生細菌分布

表5 玉米NK718種子內(nèi)生細菌分布

研究玉米京農(nóng)科728種子內(nèi)生細菌分布,見表3,由實驗可知,京農(nóng)科728第一優(yōu)勢種和第二優(yōu)勢種分別是MicrobacteriummaritypicumDSM 12512T(AJ853910)和Leuconostocmesenteroidessubsp.dextranicumNRIC 1539T(AB023246);MicrobacteriumsaperdaeIFO 15038T(AB004719)和MicrobacteriumparaoxydansCF36T(AJ491806)是并列第三優(yōu)勢種。

研究玉米京單68種子內(nèi)生細菌分布,見表4,由實驗可知京單68第一和第二優(yōu)勢種分別是EnterococcuslactisBT159T(GU983697)和MicrobacteriummaritypicumDSM 12512T(AJ853910);AcinetobacterlwoffiiNCTC 5866T(AIEL01000120)和MicrobacteriumsaperdaeIFO 15038T(AB004719)是并列第三優(yōu)勢種。

研究玉米NK718種子內(nèi)生細菌分布,見表5,由實驗可知Leuconostocmesenteroidessubsp.dextranicumNRIC 1539T(AB023246)和ChryseobacteriumindoltheticumLMG 4025T(AY468448)是NK718并列第一優(yōu)勢種;MicrobacteriummaritypicumDSM 12512T(AJ853910)和PantoeavagansLMG 24199T(EF688012)是并列第二優(yōu)勢種。

研究玉米京科968種子內(nèi)生細菌分布,見表6,由實驗可知京科968第一和第二優(yōu)勢種分別是Leuconostocmesenteroidessubsp.dextranicumNRIC 1539T(AB023246)和BacillushorneckiaeDSM 23495T(FR749913);PantoeavagansLMG 24199T(EF688012),EnterococcuslactisBT159T(GU983697),EnterococcusmundtiiCECT972T(AJ420806),ArthrobacterbambusaeGM18T(KF150696),MicrobacteriumsaperdaeIFO 15038T(AB004719)和ChryseobacteriumindoltheticumLMG 4025T(AY468448)是并列第三優(yōu)勢種。

表6 玉米京科968種子內(nèi)生細菌分布

研究玉米京科665種子內(nèi)生細菌分布,見表7,由實驗可知京科665第一優(yōu)勢種是BacillushorneckiaeDSM 23495T(FR749913);MoraxellaosloensisNCTC 10465T(X74897)和MicrobacteriummaritypicumDSM 12512T(AJ853910)是并列第二優(yōu)勢種。

雖然各品種的優(yōu)勢菌種存在差異,但是來自共同父本有遺傳相關(guān)性的雜交玉米品種存在共同的優(yōu)勢菌種。父本為京2416的雜交玉米品種種子內(nèi)生菌中,京農(nóng)科728的第一優(yōu)勢種MicrobacteriummaritypicumDSM 12512T(AJ853910)是京單68的第二優(yōu)勢種,也是是NK718的并列第三優(yōu)勢菌種;京農(nóng)科728和京單68的并列第三優(yōu)勢菌種均為MicrobacteriumsaperdaeIFO 15038T(AB004719)。父本為京92的雜交玉米品種種子內(nèi)生菌中京科968的第二優(yōu)勢菌種BacillushorneckiaeDSM 23495T(FR749913)也是京科665的第一優(yōu)勢種。

表7 玉米京科665種子內(nèi)生細菌分布

3 結(jié)果與討論

種子是種子植物遺傳信息的傳遞者與保存者,是植物的延續(xù)器官。同時種子是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的基礎(chǔ),其開發(fā)及利用水平是衡量一個國家種植業(yè)發(fā)展水平的重要標志[23]。種子表面和內(nèi)部存在多種微生物,是多種有益微生物和病原菌的傳遞載體。目前對根際微生物的研究已較深入,但與種子相聯(lián)合微生物的研究相對較少,其中對雜交玉米種子內(nèi)生細菌群落結(jié)構(gòu)多樣性的研究較水稻少[19]。本研究以北京市自主培育,并具有遺傳相關(guān)性的優(yōu)質(zhì)玉米雜交品種為研究對象,通過傳統(tǒng)微生物培養(yǎng)方法,對玉米種子內(nèi)生細菌種類多樣性進行研究,旨在揭示具有遺傳相關(guān)性的不同玉米品種對其種子內(nèi)生細菌種類多樣性的影響。

雜交玉米品種在遺傳上具有相關(guān)性。由表1可知,京華8號、京農(nóng)科728、京單68和NK718雜交玉米品種來共同父本,內(nèi)生菌在OTU數(shù)目上基本相同且存在相同的優(yōu)勢菌種,如京華8號、京農(nóng)科728、京單68和NK718種子內(nèi)生菌分別有10,14,13和18個OTUs,京農(nóng)科728、京單68和NK718種子內(nèi)生菌中都有MicrobacteriummaritypicumDSM 12512T(AJ853910),京農(nóng)科728和京單68種子內(nèi)生菌中都存MicrobacteriumsaperdaeIFO 15038T(AB004719)。來自共同父本的京科968和京科665種子內(nèi)生菌也表現(xiàn)出相似的結(jié)果,它們分別有14和7個OTUs并且都存在BacillushorneckiaeDSM 23495T(FR749913)。雖然種植土壤、空氣和水分等環(huán)境因素對雜交后代內(nèi)生菌群結(jié)構(gòu)具有一定影響,本實驗為規(guī)避環(huán)境因素差異對內(nèi)生菌群落結(jié)構(gòu)的影響,玉米材料均從相同環(huán)境條件下采集得到,因此雜交玉米品種內(nèi)生菌在OTU數(shù)目、優(yōu)勢菌種的相似性與其父本基因型相同有關(guān)聯(lián)。植物的基因型對與其相聯(lián)合的細菌群落結(jié)構(gòu)具有重要的影響。Weinert 等研究馬鈴薯的根際細菌群落時發(fā)現(xiàn)不同品種之間及遺傳轉(zhuǎn)化的馬鈴薯與其親本植株的根際細菌群落結(jié)構(gòu)具有明顯差異[24]。不同水稻品種根面定殖的細菌種類和數(shù)量有明顯差異,抗病性強的品種定殖的具有拮抗性的細菌數(shù)量比抗病性弱的品種多[25]。

種子是攜帶親本基因的雛形植物體[26],種子的基因型對相聯(lián)合的細菌具有一定的影響。Adams等對不同棉花品種的內(nèi)生菌研究中發(fā)現(xiàn),棉花品種不同,遺傳關(guān)系、生理學和外部形態(tài)學特征方面的差異會使定殖在種子中的內(nèi)生菌群落結(jié)構(gòu)有明顯差異[27]。不同基因型番茄種子內(nèi)生細菌群落結(jié)構(gòu)不同[28]。鄒媛媛等[29]對具有遺傳相關(guān)性雜交水稻組合及其各自親本的種子固有細菌群落結(jié)構(gòu)多樣性進行研究發(fā)現(xiàn)雜交子代種子的優(yōu)勢菌屬及其豐度與親本種子的基因型具有一定的相關(guān)性。Liu等[19]在對具有遺傳相關(guān)性的玉米雜交組合及其親本種子內(nèi)生細菌群落結(jié)構(gòu)進行研究時發(fā)現(xiàn)子代與親本種子的內(nèi)生細菌類群數(shù)量及種類存在著明顯差異,但是子代中優(yōu)勢菌大都能在親本種子中檢測到,同時發(fā)現(xiàn)具有遺傳相關(guān)性的子代內(nèi)生優(yōu)勢菌種類與其親本具有一定關(guān)聯(lián)性。

據(jù)報道,本研究中的很多菌屬(Citrobacter、Pantoea、Pseudomonas、Bacillus、Acinetobacter)屬于植物促生菌。研究發(fā)現(xiàn)Citrobacter能夠超表達植酸酶并且引發(fā)植物生長,這是由于Citrobacterbraakiiphytasegene (appA)基因具有促進植物生長特性,appA的超表達能夠增加它們作為生物菌劑的潛能[30]。非致病菌Pantoeaspp.在很多植物扮演著生物肥料和生物菌劑角色,能夠增加作物產(chǎn)量,除此之外還有多種作用如固氮,拮抗病菌等[31]。Chickpea(CicerarietinumL.)中的Pseudomonasputida和Bacillus能夠改善干旱脅迫[32]。水稻根中分離到的Bacillus能夠參與抗菌、促進植物生長和系統(tǒng)性抗性活動[33]。植物促生菌Acinetobacter能增加單子葉植物Lemna minor (duckweed)和雙子葉植物Lactucasativa(lettuce)的葉綠素含量[34]。Bacillussubtilis可以快速定殖于玉米苗中,對玉米紋枯病菌具有明顯抑制作用并能夠促進玉米生長[35],并且對玉米小斑病菌有明顯拮抗作用[36]。Pseudomonasgeniculata和Arthrobactersp.是新的玉米內(nèi)生固氮菌資源,能夠促進玉米生長[37]。這些植物促生菌能夠增加植物產(chǎn)量,提高質(zhì)量,增強耐受性,固氮和改善環(huán)境條件等[15]。

4 結(jié) 論

這是首次用傳統(tǒng)分離培養(yǎng)方法研究北京市自主培育并具有遺傳相關(guān)性的優(yōu)質(zhì)玉米雜交品種種子內(nèi)生細菌群落多樣性,對推進首都種子科學研究及種業(yè)發(fā)展具有積極的理論與實踐價值。為進一步挖掘植物與共生內(nèi)生細菌之間的互作關(guān)系提供參考依據(jù),可為深入研究種子內(nèi)生微生物區(qū)系結(jié)構(gòu)與植物基因型相關(guān)性提供理論依據(jù)。本實驗首次分離到的北京雜交玉米品種種子內(nèi)生細菌資源,能為今后合理開發(fā)新的植物益微菌劑奠定資源基礎(chǔ)。

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Diversity of Endophytic Bacteria in Beijing High-quality Hybrid Maize(ZeamaysL.) Seed

LI Nannan1, 2, LIU Yang2, 3,*, ZHAO Ran2, WANG Ronghuan3, XIAO Ming1,*,ZHAO Jiuran3, CHENG Chi2

(1.CollegeofLifeandEnvironmentalSciences,ShanghaiNormalUniversity,Shanghai200234,China;2.ChinaCenterofIndustrialCultureCollection,ChinaNationalResearchInstituteofFoodandFermentationIndustries,Beijing100015,China;3.MaizeResearchCenter,BeijingAcademyofAgricultureandForestrySciences,Beijing100097,China)

The objective of this study was to investigate the endophytic bacterial communities in seeds of Beijing high-quality hybrid maize varieties, which had genetic relationships used microbial culture-dependent methods. The results of this study indicated that the hybrid maize, which had same male parent Jing 2416, Jinghua 8, Jingnongke 728,Jingdan 68 and NK718 had 10,14,13 and 18 OTUs, respectively. The first dominant species (MicrobacteriummaritypicumDSM 12512T) (AJ853910) of the hybrid Jingnongke 728 was consistent with the second dominant species of the hybrid Jingdan 68 and consistent with the tied for third dominant species of the hybrid NK718. The tied for second dominant species (MicrobacteriumsaperdaeIFO 15038T) (AB004719) of the hybrid Jingnongke 728 was consistent with the tied for second dominant species of the hybrid Jingdan 68. Jingke 968 and Jingke 665 with the same male parent Jing 92 had 14 and 7 OTUs, The second dominant species (BacillushorneckiaeDSM 23495T (FR749913)) of the hybrid Jingke 968 was consistent with the first dominant species of the hybrid Jingke665. The result indicated that the endophytic bacterial diversity had certain relevance in the seeds of hybrid maize which were genetically related. Hybrid maize with the same male parent had same dominant species and had similar OTU number while hybrid maize with different male parents had different OTU numbers and community structures. Accrording to the available literature, this was the first research reported in world on the diversity of endophytic bacterial communities in seeds of Beijing high-quality hybrid maize varieties.

hybrid maize; seed; endophytic bacteria; diversity

李 寧)

10.3969/j.issn.2095-6002.2016.05.008

2095-6002(2016)05-0055-09

李南南,劉洋,趙燃,等. 北京優(yōu)質(zhì)雜交玉米種子內(nèi)生細菌種類多樣性[J]. 食品科學技術(shù)學報,2016,34(5):55-63. LI Nannan, LIU Yang, ZHAO Ran, et al. Diversity of endophytic bacteria in Beijing high-quality hybrid maize(ZeamaysL.) seed[J]. Journal of Food Science and Technology, 2016,34(5):55-63.

2016-03-16

雜交水稻國家重點實驗室開放課題(2014KF06); 公益性行業(yè)(農(nóng)業(yè))科研專項(201403002); 北京市科技新星計劃項目(Z141105001814095)。

李南南,女,碩士研究生,研究方向為微生物區(qū)系分析與分類鑒定;

*劉 洋,男,高級工程師,博士,主要從事微生物分類鑒定與植物內(nèi)生菌方面的研究。通信作者。

*肖 明,男,教授,博士,主要從事微生物與植物的相互作用及微生物分子生物學方面的研究。

TS210.1

A

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