馮子材從33歲投入軍隊，縱橫馳騁，經(jīng)過九死一生的考驗，當上了權傾一方的廣西提督。官場上種種貪腐給國家?guī)淼奈：?，他感觸最深。當年他在督辦鎮(zhèn)江軍務時，守軍饑腸轆轆，有人居然還膽敢私吞稅金，為了統(tǒng)領江北江南的軍務私肥，都阿興曾費盡腦汁想把他擠走，這樣的貪腐行為，馮子材無比痛恨。赴任廣西后，看見廣西官場中大大小小的官吏為了自己的一己私利，將國家危急存亡，人民苦難置之腦后，深切感受到這樣的官場文化不肅清整頓，其他事情就是舍本求末。馮子材上任廣西提督次年，他便奏呈朝廷，要朝廷給他明確整頓軍紀的權力，這從他同治六年底奏呈的《粵西軍務疲玩·請嚴申紀律片》中可以看到他對軍隊腐敗帶來的影響有著十分清醒的認識。

通過整頓軍紀，馮子材把軍權牢牢掌握在自己手中，使廣西軍隊真正成為國家的利器，戰(zhàn)之能勝。

由于不拉幫結派，不貪贓枉法，他和廣西各路臺面上的人物基本成了對手，他處處被掣肘。各路貪官為了共同利益，一致對抗他，他實在忍無可忍，于是開始反擊，他在廣西提督任內(nèi)，和他成死對頭的官員有11個之多。

第一個彈劾的是貪官徐延旭。

徐延旭山東臨清人，進士出身，此人在清朝諸多官員中，是個能力突出的官員，可以說是個上馬能治軍，下馬能治民的官員。同時，他在任署太平知府時，多次奉旨深入越南，對越南風土人情，山川河流十分了解，還專門編了三本書《越南世系沿革》、《中越交界各隘卡略》、《越南道路略》。這樣一個有為的官員，這樣一個前程遠大官員，卻經(jīng)受不起貪婪的考驗，在署太平知府時，在幫辦軍隊糧草時，大肆貪污。致使許多商人不堪忍受，在馮子材出行時，紛紛攔馬告狀。

馮子材考慮到官員職責不同，多次請求時任廣西巡撫蘇鳳文向朝廷參報徐延旭，因為按照清朝的體制，巡撫是總管一省地方政務的長官，例兼都察院右副都御史，有監(jiān)察本地方政務之權。

但蘇鳳文礙于徐延旭和兩廣總督張之洞的姐夫鹿傳霖交好，不想自找麻煩，因而老是推諉。直到蘇鳳文調(diào)離廣西，廣西布政使康國器看見事態(tài)嚴重，最終和馮子材聯(lián)名參本彈劾徐延旭，清廷接到彈劾本，即下旨：“徐由縣令起家，疊膺保獎，前據(jù)蘇鳳文密保該員才兼文武，器識宏深，若如馮子材所奏，是該員貪劣不職，蘇鳳文薦舉非人，且于該員親丁役捏功濫保，未能覺察，為所蒙蔽，亦應查明懲處?！?/p>

徐延旭貪污事實確鑿，有證有據(jù)，但清廷卻不處理，將彈劾之本轉(zhuǎn)給剛到任的廣西巡撫劉長佑。

這劉長佑是湖南新寧人，因鎮(zhèn)壓太平軍有功，咸豐十年晉升廣西巡撫，并兼廣西提督，把廣西軍政大權牢牢抓在手上。任上，培養(yǎng)了一批湘軍死黨、如徐延旭、張凱嵩、劉坤一、趙沃等。后來，劉長佑于同治元年晉升兩廣總督，同治六年因剿捻失敗，被免職。這次班師回朝廣西任巡撫，第一件事，就是接手查馮子材彈劾徐延旭案。

這劉長佑也是狗膽包天，只草草查了十天，便奏報清廷：“徐延旭歷任要地，防剿有功，遵旨復查各款，均無實據(jù)?！?/p>

清廷也懶得官場多事，草草回復：“徐延旭既查無營私舞弊等情，著無庸議。”

從此，馮子材便和劉長佑結下了梁子，劉長佑找了各種借口多次彈劾馮子材。

馮子材第二個彈劾之人也是劉長佑的親信，此人叫趙沃。

這趙沃和馮子材本是老鄉(xiāng)，但投入劉坤一的門下就死心塌地跟隨劉坤一，而劉坤一又是劉長佑的親叔。他便成為這叔侄的幫兇。他先任知州，后署鎮(zhèn)安府知府。趙沃和被馮子材彈劾的徐延旭是死黨，為了報復馮子材彈劾徐延旭，他向劉坤一和廣西巡撫楊重雅進讒言，詆毀馮子材愛將和親信李揚才，將李揚才從馮子材身邊調(diào)離。光緒四年，趙沃在部署追捕李揚才的過程中，虛捏戰(zhàn)功。馮子材憤而參了他一本，結果，清廷這次快速地查處了趙沃，立馬革了他的職。

馮子材第三個彈劾的人叫何元鳳。這何元鳳早年跟隨劉長佑攻下柳州，以功晉升柳州守備。馮子材任廣西提督后，何元鳳不聽調(diào)遣，有一次在攻打邊界土匪時，馮子材命令何元鳳帶左中右三營由右路挺進，馮子材帶小隊人馬先行，在營令兵督何元鳳起來救急，何元鳳不予理會，馮子材差點被土匪打死，后來何元鳳又私吞軍餉，馮子材抓住，便又參了一本。清廷接到參本，下旨：“以貪鄙違誤，廣西副將何元鳳革職逮問。”

但廣西巡撫蘇鳳文偏袒何元鳳，這事不了了之。加上何元鳳的上司張凱嵩可能已經(jīng)嗅出何元鳳有危險，趁著自己調(diào)任云貴總督的機會，把何元鳳調(diào)到自己身邊，保全了何元鳳。

馮子材在廣西提督任內(nèi)，被眾多貪官排擠，其中有京官李鴻章，言官張佩綸、廣西各路官員潘鼎新、張樹聲等。尤其經(jīng)過劉坤一必欲置之死地而后快，馮子材開始意識到危險正在一步步向自己逼近，如果政敵要置自己于死地，自已總有百口也說不清。為了保全性命，馮子材以病為由，一再請病假，當光緒八年（1882年）二月，十年前被自己彈劾的徐延旭風光回到廣西任布政使時，他知道，自己如果不走，真的就會被整死。于是痛下決心，連續(xù)三次請廣西各路官員奏折，告老還鄉(xiāng)。清廷多次慰留，由于馮子材態(tài)度堅決，清廷只好準奏。光緒九年（1883年）八月初三日奉旨：“馮著準其開缺，回籍治病，廣西提督著黃桂蘭補授。欽此。”這一年，馮子材66歲。

沒了官職的馮子材一身輕松，在柳州交接完各項事務，簡單收拾了一下，于11月17日便攜家?guī)Э诨氐侥蠈帲×藘赏?，啟程回欽州。