王 彥,俞仲望,陳 思,李 玲,朱臻宇(第二軍醫(yī)大學(xué),.藥學(xué)院藥物分析學(xué)教研室;.基礎(chǔ)部神經(jīng)生物教研室;.藥學(xué)院分析測(cè)試中心,上海200433)
氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用結(jié)合代謝組學(xué)方法研究不同極化狀態(tài)下小膠質(zhì)細(xì)胞的代謝差異
王 彥a,俞仲望b,陳 思a,李 玲c,朱臻宇c(第二軍醫(yī)大學(xué),a.藥學(xué)院藥物分析學(xué)教研室;b.基礎(chǔ)部神經(jīng)生物教研室;c.藥學(xué)院分析測(cè)試中心,上海200433)
目的運(yùn)用代謝組學(xué)方法闡明經(jīng)典激活型(M 1型)、選擇活化型(M 2型)和靜息態(tài)小膠質(zhì)細(xì)胞的代謝差異。方法將體外培養(yǎng)小鼠小膠質(zhì)細(xì)胞系(BV2)細(xì)胞,分為M 1組、M 2組和靜息態(tài)組,用實(shí)時(shí)熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(qRT-PCR)檢測(cè)特異性mRNA的表達(dá)差異以確定細(xì)胞極化狀態(tài),采用基于氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(GC-MS)技術(shù)的代謝組學(xué)方法闡明代謝變化。結(jié)果發(fā)現(xiàn)M 1型與靜息態(tài)細(xì)胞的差異代謝物15個(gè),M 2型與靜息態(tài)細(xì)胞的差異代謝物15個(gè)。結(jié)論通過代謝組學(xué)方法可以找到小膠質(zhì)細(xì)胞極化的差異代謝物,并解釋其可能的極化機(jī)制,為神經(jīng)退行性疾病的防治提供了理論依據(jù)。
氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用;代謝組學(xué);小膠質(zhì)細(xì)胞;實(shí)時(shí)定量PCR
小膠質(zhì)細(xì)胞是一種在中樞神經(jīng)系統(tǒng)中存在的巨噬細(xì)胞,是中樞神經(jīng)系統(tǒng)中的主要免疫防線。它分為兩種極化類型,即經(jīng)典激活型(M 1型)和選擇活化型(M 2型)。用脂多糖(LPS)和干擾素γ(IFN-γ)刺激,可以使細(xì)胞極化成為M 1型,用白介素4(IL-4)刺激可以使細(xì)胞極化成為M 2型。M 1型小膠質(zhì)細(xì)胞主要發(fā)揮促炎作用,具有分泌促炎因子、誘導(dǎo)NO合成、產(chǎn)生活性氧簇ROS、誘導(dǎo)Th1細(xì)胞免疫應(yīng)答、殺死微生物和抗腫瘤功能。M 2型是小膠質(zhì)細(xì)胞產(chǎn)生免疫抑制的一種狀態(tài),具有清除寄生蟲、抑制炎癥、促進(jìn)組織生長(zhǎng)、促進(jìn)腫瘤生長(zhǎng)和免疫調(diào)節(jié)等功能[1]。小膠質(zhì)細(xì)胞在神經(jīng)退行性疾病中具有重要作用[2],最近的研究結(jié)果表明,小膠質(zhì)細(xì)胞可以間接起到抗炎作用,而這些有益的小膠質(zhì)細(xì)胞往往呈現(xiàn)的是選擇活化型即M 2型[3],而當(dāng)小膠質(zhì)細(xì)胞被過度激活后則具有神經(jīng)毒性,丟失了有益的功能,轉(zhuǎn)而變成了促炎表型M 1型[4]。因此,研究小膠質(zhì)細(xì)胞的極化機(jī)制對(duì)防治神經(jīng)退行性疾病具有重要意義。
細(xì)胞代謝組學(xué)是以細(xì)胞為研究對(duì)象,通過分析其在不同環(huán)境或刺激因子干預(yù)狀態(tài)下產(chǎn)生不同的代謝產(chǎn)物來闡明可能的機(jī)制[5]。關(guān)于小膠質(zhì)細(xì)胞蛋白組和基因組已有報(bào)道[6],而本研究在代謝物水平,使用基于GC-MS的代謝組學(xué)方法系統(tǒng)研究了M 1型、M 2型和靜息態(tài)BV2細(xì)胞間的代謝差異,推測(cè)BV2細(xì)胞極化的發(fā)生過程,進(jìn)一步完善對(duì)小膠質(zhì)細(xì)胞的系統(tǒng)生物學(xué)研究方法。
1.1材料
1.1.1 儀器 HA202M型天平(日本AND公司);Trace U ltra/DSQⅡGC-MS型氣質(zhì)聯(lián)用儀(美國Thermo公司);TR-5MS型石英毛細(xì)管柱(30 m× 0.25 mm,0.25μm,美國Thermo公司);EDC-810型PCR儀(東勝創(chuàng)新公司);Light Cycler96型RTPCR儀(瑞士Roche公司)。
1.1.2 試劑 甲氧胺鹽酸鹽、N-甲基-N-三甲基硅烷基三氟乙酰胺(MSTFA)、三甲基氯硅烷(TMCS)、吡啶(Sigma公司);正庚烷、甲醇、氯仿和氯化鈉(分析純,國藥集團(tuán));柱式Trizol總RNA抽提試劑盒、第一鏈cDNA合成試劑盒、熱啟動(dòng)SYBR Green染料試劑盒(生工生物公司);引物由上海英駿公司合成。
1.1.3 細(xì)胞株與培養(yǎng)液 BV2細(xì)胞(上海生命科學(xué)研究院細(xì)胞資源中心);胎牛血清、DMEM F12培養(yǎng)液、雙抗、磷酸緩沖液和胰酶(Gibco公司);鼠IL-4、鼠INF-γ及LPS(R&D公司);10 cm培養(yǎng)皿和六孔板(Corning公司)。
1.2方法
1.2.1 細(xì)胞培養(yǎng) 細(xì)胞用含10%胎牛血清和1%青/鏈霉素雙抗的DMEM F12(Gibco)在37℃、5% CO2條件下培養(yǎng),當(dāng)細(xì)胞融合度達(dá)到85%時(shí),將細(xì)胞隨機(jī)分為3組:靜息態(tài)組(C)、M 1組(M 1)、M 2組(M 2),每組5皿。細(xì)胞用無血清培養(yǎng)液培養(yǎng),M 1組加入LPS和INF-γ刺激,M 2組加入IL-4刺激,24 h后將全部培養(yǎng)皿取出。其中LPS的終濃度為100 ng/m l,INF-γ的終濃度為100 ng/m l,IL-4的終濃度為10 ng/m l。
1.2.2 實(shí)時(shí)定量PCR(RT-PCR) 將BV2細(xì)胞種于六孔板中,每孔106個(gè)細(xì)胞,用柱式Trizol總RNA抽提試劑盒提取3組細(xì)胞的總RNA。使用第一鏈cDNA合成試劑盒反轉(zhuǎn)錄cDNA,使用熱啟動(dòng)SYBR Green染料試劑盒進(jìn)行RT-PCR檢測(cè)。每組反應(yīng)做3個(gè)復(fù)孔,各組分別是精氨酸酶1(A rg-1)、白介素-1β(IL-1β)、誘導(dǎo)型一氧化氮合酶(iNOS)、腫瘤壞死因子α(TNF-α)、巨噬細(xì)胞甘露糖受體-1(MRC-1)以及甘油醛-3-磷酸脫氫酶(GAPDH)。這些特異性基因的上下游引物序列從Eurogentec網(wǎng)站獲取。
1.2.3 細(xì)胞樣品制備 棄細(xì)胞培養(yǎng)液,用生理鹽水洗滌2次,加入1m l-20℃70%甲醇猝滅。小心用細(xì)胞刮刀刮下細(xì)胞,移至事先干燥稱重的1.5 m l離心管中。將其在氮?dú)庀麓蹈?,再次稱重得細(xì)胞干重。在離心管中加入1.8 m l氯仿-甲醇-水(2∶5∶2)的乳濁液,冰水混合物中超聲30 min后8 455 r/m in離心10 min,取上清液,氮?dú)庀麓蹈珊筮M(jìn)行衍生化處理。衍生化過程中為每管加入15 mg/m l甲氧胺吡啶37.5μl,渦旋1min后,70℃烘箱烘干,1 h后,加入37.5μl含1%TMCS的MSTFA,渦旋1 m in,室溫下放置1 h,溶于100μl正庚烷,渦旋1 min后,6 684 r/min離心5 m in,吸取100μl上清液至進(jìn)樣小瓶,用于GC-MS分析。
1.2.4 GC-MS條件 進(jìn)樣量為1μl;進(jìn)樣口溫度:250℃;升溫程序:起始溫度為70℃,保持4 min,4℃/min升至220℃,后以8℃/min升至300℃,保持10 min。圖譜從第3分鐘開始采集,共采集60 min。載氣:高純氮?dú)?;流?.0 m l/min;分流模式:10∶1。
質(zhì)譜條件的選擇:電子轟擊源(EI);離子源溫度:250℃;接口溫度:260℃;電子能量:70 eV;調(diào)諧方式:標(biāo)準(zhǔn)調(diào)諧;質(zhì)譜掃描方式:全部掃描;范圍:15~800 amu;掃描速度:5 s/dec。
1.2.5 數(shù)據(jù)處理 GC-MS原始數(shù)據(jù)經(jīng)Thermo Xconvert軟件轉(zhuǎn)換為NetCDF格式,轉(zhuǎn)換后的數(shù)據(jù)經(jīng)XCMS軟件進(jìn)行峰校正和峰積分,產(chǎn)生一個(gè)保留時(shí)間、質(zhì)核比、峰強(qiáng)度的三維矩陣后,采用MATLAB 7.0對(duì)離子峰進(jìn)行過濾,僅保留相同保留時(shí)間下豐度最大的離子峰,除以每個(gè)樣品的細(xì)胞干重值進(jìn)行歸一化,得到的數(shù)據(jù)導(dǎo)入SIMCA-P V11.0軟件經(jīng)過中心化和帕累托變換預(yù)處理,標(biāo)準(zhǔn)化后用偏最小二乘法判別分析(PLS-DA),選取VIP值(variable influence in the projection)>1作為潛在標(biāo)記物,求出每個(gè)差異代謝物的RSD值,剔除>30%的數(shù)據(jù)后,與X-caliber自帶的NIST庫進(jìn)行匹配得到最后的差異代謝物。
2.1RT-PCR 各組BV2細(xì)胞提取總mRNA,反轉(zhuǎn)錄合成cDNA,用qRT-PCR檢測(cè)IL-1β、iNOS、TNF-α、A rg-1和MRC-1的表達(dá)情況,如圖1所示。用LPS和鼠INF-γ刺激后可以升高iNOS、TNF-α的水平,分別為靜息態(tài)組的2.82倍和3.13倍,并使A rg-1的表達(dá)量顯著下降,為靜息態(tài)組的0.122倍。用鼠IL-4處理BV2細(xì)胞24 h后使A rg-1、MRC-1水平升高,為靜息態(tài)組的26.5倍和2.63倍,而IL-1β和TNF-α水平則明顯下降,為靜息態(tài)組的0.611倍和0.161倍,說明BV2細(xì)胞極化成功。
圖1 qRT-PCR顯示3種狀態(tài)下BV2細(xì)胞特異性表達(dá)mRNA情況
2.2不同狀態(tài)BV2細(xì)胞裂解液GC-MS總離子流圖 M 1、M 2和靜息態(tài)BV2細(xì)胞經(jīng)過提取后將胞內(nèi)代謝物進(jìn)行衍生化處理,分析得到GC-MS總離子流圖,其典型圖譜如圖2所示。
圖2 靜息態(tài)(A)、M 1型(B)、M 2型(C)BV2細(xì)胞裂解液GC-MS總離子流圖
2.3標(biāo)志物的尋找 通過XCMS軟件進(jìn)行峰校正和峰積分后,得到1 058個(gè)離子峰,通過非靶標(biāo)離子篩選,去除同一內(nèi)源性代謝物的碎片衍生物,簡(jiǎn)化得到159個(gè)離子峰。本研究中,我們構(gòu)建了PLS-DA模型,分析比較M 1和靜息態(tài)、M 2和靜息態(tài)細(xì)胞裂解液的關(guān)系,該得分圖的分離趨勢(shì)用R2和Q2表示(R2X=0.712,R2Y=0.992,Q2Y=0.939),R2X、R2Y和Q2Y是PLS-DA模型的評(píng)價(jià)指標(biāo)。R2X表示計(jì)算所得隱變量反映自變量X的變異程度,R2Y用來表示隱變量反映因變量Y的變異百分比,Q2Y為交叉驗(yàn)證后PLS-DA模型能夠預(yù)測(cè)X和Y變異的能力,它們的值應(yīng)盡可能接近1,如圖3所示。為了找到可以區(qū)分組間關(guān)系的離子峰,我們進(jìn)一步使用PLS-DA,篩選VIP值大于1的峰作為潛在差異代謝物,如圖4所示,對(duì)照NIST庫,挑選相似度80%以上,RSD值小于30%的值。最終得到M 1和靜息態(tài)的差異代謝物共15個(gè),涉及9個(gè)代謝通路,其中D-葡萄糖、葡萄糖醇、乳酸、果糖、蔗糖、焦谷氨酸、甘氨酸、檸檬酸、磷酸、腐肉堿、阿糖醇較靜息態(tài)升高,硬脂酸、油酸、甾鏈醇、十六烯酸較靜息態(tài)降低;M 2和靜息態(tài)的差異代謝物15個(gè),也涉及9個(gè)代謝通路,其中鳥氨酸、甘氨酸、丙氨酸、氨基丙酸、谷氨酸、天冬酰胺、琥珀酸、蘇氨酸、硬脂酸、棕櫚酸、腐肉堿、乙醇胺、肌醇、阿糖醇、肉豆蔻酸較靜息態(tài)升高,如表1、表2所示。
圖3 由BV2細(xì)胞胞內(nèi)代謝物GC-MS圖譜獲得的PLS-DA得分圖
圖4 BV2細(xì)胞得分載荷圖
表1 GC-MS法測(cè)得M1與靜息態(tài)BV2細(xì)胞差異代謝物的特征
表2 GC-MS法測(cè)得M 2與靜息態(tài)BV2細(xì)胞差異代謝物的特征
3.1糖代謝 從結(jié)果可見M 1型細(xì)胞的D-葡萄糖、葡萄糖醇、乳酸、果糖、蔗糖及磷酸成分較靜息態(tài)高,而M 2型細(xì)胞的糖類成分沒有太多變化[1]。M 1型細(xì)胞的無氧酵解增強(qiáng),而M 2型的無氧酵解沒有顯著增強(qiáng),M 1型BV2細(xì)胞能夠打開6-磷酸果糖激酶開關(guān),使果糖濃度升高。M 1型細(xì)胞的殺菌力增強(qiáng),而類似于糖酵解的無氧過程最符合此情況下升高能量的要求。另外,結(jié)果中檸檬酸成分升高,與Halabe[7]的研究結(jié)果相符,即檸檬酸作為三羧酸循環(huán)中的產(chǎn)物對(duì)糖酵解有負(fù)反饋調(diào)節(jié)作用。相反的,在M 2型細(xì)胞中存在葡萄糖代謝,能夠?yàn)樾迯?fù)組織提供持續(xù)的能量。另據(jù)Glanzer等[6]的蛋白組學(xué)研究結(jié)果,激活后的BV2細(xì)胞中β-葡萄糖苷酶的表達(dá)量上調(diào),該酶可以將細(xì)胞中低分子纖維糊精及一些纖維二糖、三糖分子中結(jié)合于末端的葡萄糖鍵打開,同時(shí)釋放出葡萄糖,這與本研究結(jié)果中M 1型的葡萄糖成分上調(diào)相符合。
3.2脂質(zhì)代謝 脂質(zhì)代謝能夠提供細(xì)胞發(fā)生吞噬作用時(shí)的能量需求,并在細(xì)胞膜流動(dòng)中起到重要作用。M 1型細(xì)胞中的COX-2酶上調(diào),而COX-1酶下降,M 2型細(xì)胞則反之。BV2細(xì)胞可以通過調(diào)節(jié)脂質(zhì)代謝來應(yīng)對(duì)所發(fā)生的炎癥反應(yīng)。本研究中M 2型細(xì)胞代謝物的脂肪酸成分明顯上調(diào),而M 1型的則下降,與Odegaard等[8]的研究結(jié)果相符。同時(shí),根據(jù)Glanzer等的研究結(jié)果,經(jīng)過視神經(jīng)及坐骨神經(jīng)碎片刺激的小膠質(zhì)細(xì)胞,其脂肪酸結(jié)合蛋白3(FABP-3)、載脂蛋白E(apoE)表達(dá)量上調(diào),F(xiàn)ABP-3是一種細(xì)胞內(nèi)的脂質(zhì)結(jié)合超家族成員,而apoE是低密度脂蛋白膽固醇的配體,它們能夠調(diào)控各種生化代謝特別是脂質(zhì)代謝,其含量的升高可能與M 2型吞噬能力增強(qiáng)相關(guān),也與本研究中M 2型細(xì)胞中脂肪酸代謝物含量升高的結(jié)果相符合。
3.3氨基酸代謝 實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示M 1型細(xì)胞裂解液中焦谷氨酸、甘氨酸成分明顯升高,M 2型細(xì)胞中鳥氨酸、琥珀酸、甘氨酸、丙氨酸、氨基丙酸、谷氨酸、蘇氨酸、天冬酰胺成分明顯升高。
M 2型細(xì)胞中的A rg-1表達(dá)量升高,A rg-1能將精氨酸轉(zhuǎn)化為鳥氨酸和尿素,因此在M 2型細(xì)胞裂解物中可見鳥氨酸成分明顯增多,這與Van Gool等[9]的結(jié)論相符。由于鳥氨酸在尿素循環(huán)中存在,因此可見其下游的琥珀酸含量也升高。精氨酸酶在細(xì)胞增殖、組織修復(fù)和膠原合成中起到重要作用。與該代謝相關(guān)的半胱氨酸和酪氨酸代謝也與免疫抑制相關(guān)。根據(jù)文獻(xiàn)[6],M 2型細(xì)胞中的天冬酰胺基葡萄糖酶含量較靜息態(tài)減少,該酶可以將天冬酰胺水解成天冬氨酸,酶的含量減少會(huì)導(dǎo)致天冬酰胺的蓄積,這與本研究的結(jié)果相符合。
3.4腐胺 腐胺的含量在M 1型中有所升高,因?yàn)楦吩谥舅岷铣杉把趸衅鸬街匾饔?,Di Marzio等[10]的研究顯示腐肉堿可能具有抑制酸性脂肪酸合成的功能。腐胺在M 2型中升高可能是因?yàn)镸 2型中鳥氨酸含量升高并在鳥氨酸脫羧酶催化下脫去羧基得到腐胺,所以其含量也明顯升高。
3.5檸檬酸 檸檬酸循環(huán)是有氧代謝的中心,可促進(jìn)合成糖、脂肪、氨基酸等物質(zhì)的底物。本研究中,M 1型細(xì)胞代謝物的檸檬酸含量明顯升高,而M 2型中處于檸檬酸循環(huán)中的琥珀酸含量升高。這一結(jié)果可以推測(cè)出葡萄糖作為底物的利用率的升高導(dǎo)致了檸檬酸循環(huán)的升高。
本研究首次使用基于GC-MS的代謝組學(xué)方法結(jié)合qRT-PCR指標(biāo)研究小膠質(zhì)細(xì)胞的極化機(jī)制,從中找到共26種差異代謝物,預(yù)測(cè)并分析了其可能的代謝通路。M 1型和M 2型小膠質(zhì)細(xì)胞對(duì)影響神經(jīng)退行性疾病的進(jìn)程具有重要作用,因此該研究對(duì)闡明尚不清楚的神經(jīng)退行性疾病機(jī)制具有潛在意義,同時(shí)也為該病的防治提供了新的思路。
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Comparative analysis of different states of polarized BV 2 cells by GC-MS combined withmetabonom ic technology
WANG Yana,YU Zhongwangb,CHEN Sia,LILingc,ZHU Zhenyuc(Second M ilitary Medical University,a.Department of Pharmaceutical Analysis,School of Pharmacy;b.Institute of Neuroscience and Key Laboratory of Molecular Neurobiology of the M inistry of Education,College of Basic Medical Science;c.Pharmaceutical Analysis Center,Schoolof Pharmacy,Shanghai200433,China)
ObjectiveTo analyze the differentmetabolites of the classical activated(M 1),alternatively activated(M 2)and resting BV2 cells by metabolomicsmethod.MethodsThemRNAs of several potential biomarkers were determined by real-time PCR analyses to confirm the state of BV 2 cells.Static GC-MS combined w ith metabolom ics technology was used to analyze themetabolic changes.ResultsTherewere 15 biomarkers identified between the M 1 group and the resting group,and 15 biomarkerswere found in the M 2 group and the resting group.ConclusionThe present study provides an effectiveway to reveal themechanism of the polarization of BV 2 cell,and itm ight provide a theoreticalbasis to preventor treat the neurodegenerative diseases.
GC-MS;metabonomic;m icroglia cell;RT-PCR
R917
] A
1006-0111(2015)03-0226-05
10.3969/j.issn.1006-0111.2015.03.009
2014-12-02
2015-03-17
[本文編輯] 顧文華
國家自然科學(xué)基金(81273474,31100765)
王 彥,碩士研究生.E-mail:wangyan.sophia@163.com
朱臻宇,博士,副教授,碩士生導(dǎo)師.研究方向:代謝組學(xué).Tel:(021)81871261;E-mail:zzyzyfzhu@163.com