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核K近鄰分類算法在基因表達(dá)式編程中的應(yīng)用

2014-10-21 14:20吳曉明
新校園·上旬刊 2014年9期

吳曉明

摘 要:本文提出了一種新的核k近鄰分類算法(GEPKNN)。主要內(nèi)容是在基因表達(dá)式編程中,依靠GEP搜索復(fù)雜表達(dá)式空間方面的優(yōu)勢,為核KNN自動構(gòu)造與數(shù)據(jù)相關(guān)的核函數(shù),以減小人工選擇核函數(shù)的主觀性,達(dá)到提升核KNN分類性能的目的。該算法優(yōu)于傳統(tǒng)核KNN算法,結(jié)構(gòu)簡單,分類速度快并且在高維空間上仍然保持較好的分類性能。

關(guān)鍵詞:核KNN算法;遺傳算子;基因表達(dá)式編程;核k近鄰分類器

核KNN的主要不足在于其分類性能對核函數(shù)比較敏感。為了降低選擇核函數(shù)時的不確定性,筆者提出了一種基于基因表達(dá)式編程的核KNN算法,簡記為GEPKNN。算法的基本思路是利用GEP的函數(shù)空間搜索能力,為核KNN自動構(gòu)造與訓(xùn)練數(shù)據(jù)相關(guān)的核函數(shù)。

一、GEPKNN算法

1.核KNN算法

核KNN與KNN的主要區(qū)別在于使用了不同的距離度量,如果將KNN所用的X上的歐氏距離替換為核距離,就得到了一個核KNN分類器。

2.遺傳算子

GEP的大部分遺傳算子可以不加改變地應(yīng)用到GEPKNN中。需要注意的是,應(yīng)用遺傳算子于染色體時,必須保持EDOM和PDOM的邊界,防止產(chǎn)生無效的后代,還要引入兩個特殊的算子用于進(jìn)化PDOM域:其中PDInversion算子轉(zhuǎn)置PDOM中的隨機(jī)子串,而CPMutation改變常數(shù)池中隨機(jī)位置上的常數(shù)。

3.適應(yīng)度函數(shù)

為了縮短訓(xùn)練時間,我們在算法中統(tǒng)一取k=3。

求個體適應(yīng)度的具體過程是:個體I的兩個域(表達(dá)式域和參數(shù)域)解碼后組裝成核函數(shù)k,把k載入核KNN后就可以在其上作k折交叉驗證了。假設(shè)經(jīng)過k折交叉驗證得到的平均錯誤率是e,令個體的適應(yīng)度為:

fitness=1000*(1-e)

求適應(yīng)度函數(shù)時,需要頻繁計算核距離,因此,縮短計算核距離的時間是提高算法效率的一個有效手段。基于此,我們提出了下面的定理1,該定理很容易用數(shù)學(xué)歸納法證明。

定理1(求核距離的快速方法)令K={k1,k2,k3},其中k1、k2、k3是上面提到的3個常用核函數(shù),S是K上的加法、乘法、指數(shù)運(yùn)算等運(yùn)算符的集合。k是由K和S中元素構(gòu)成的任一符合語法規(guī)范的算術(shù)表達(dá)式,由定理2可知k是核函數(shù)。如果原空間X中的內(nèi)積進(jìn)行規(guī)范化,則存在實數(shù)SPID,對于X中任意點(diǎn)x都有k(x,x)=SPID。

此時,核距離的公式可以修改為:

d>(φ(x1),φ(x2))·■

上式計算核距離可以使求適應(yīng)度的時間縮短約2/3。

4.GEPKNN算法

綜合上面的分析,GEPKNN的偽碼如下:

算法(GEPKNN)

輸入T//訓(xùn)練集

輸出核KNN分類器

Init(p(0))//初始化種群

t=0

while(t

p(t+1)=GEP(p(t))//產(chǎn)生下代種群

for(individual I in p(t+1)){

k=decode(I)//k是核函數(shù)

e=crossvalidation(T,核KNN(k))

//用核函數(shù)k構(gòu)造核KNN,在訓(xùn)練集上

//作交叉驗證

I.fitness=1000*(1-e)}t++

if(bestFitness>threshold)

Break}

k=decode(p(t)中的最好個體I)

Return核KNN(k)

二、實驗結(jié)果

為驗證GEPKNN算法的有效性,我們在UCI的wisconsin-breast-canser、iris、diabetes和glass四個標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集上比較了GEPKNN,KNN和C4.5等算法的分類性能。對每個數(shù)據(jù)集,我們隨機(jī)抽取其中65%作為訓(xùn)練集,剩下的35%作為測試集。GEPKNN的參數(shù)設(shè)置匯總詳見表1。

實驗程序用java和Weka實現(xiàn),實驗平臺為jdk1.6,pentium4 1.8GHZ處理器,512M內(nèi)存,Windows xp操作系統(tǒng)。

表1 試驗結(jié)果

三、總結(jié)

本文提出的GEPKNN算法較好地解決了為核KNN選擇核函數(shù)及其參數(shù)的問題,實驗結(jié)果表明GEPKNN算法是有效的。

參考文獻(xiàn):

[1]饒鮮,楊紹全,魏青,董春曦.核的最近鄰算法及其仿真[J].系統(tǒng)工程與電子技術(shù),2007,29(3):470-471.

[2]李曲,蔡之華,蔣思偉,朱莉.基因表達(dá)式程序設(shè)計在預(yù)測中的應(yīng)用研究[A].第五屆全球智能控制與自動化大會[C].杭州:2004.