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利用微生物技術生產肌苷酸和鳥苷酸的進展

2014-04-03 09:34王美玲
河南化工 2014年9期
關鍵詞:核糖嘌呤核苷酸

王美玲

(青島科技大學,山東青島 266042)

1 IMP和GMP的作用

1.1 生理機能

核苷酸是細胞生理機能中必不可少的生物元素,因為它們是DNA和RNA的結構組成部分,是能量載體(即ATP和GTP)、輔酶因子(即NAD+和NADP+)和一些維生素(維生素B1、B2和B9)的結構成分。嘌呤營養(yǎng)不足和核苷酸代謝的紊亂會導致嚴重的疾病[1]。

IMP是生物合成嘌呤的核心分子,它的生物合成是受到嚴格調控的。GMP既可以經IMP從頭合成,又可以經補救途徑合成,而且它是二磷酸鳥苷酸(GDP)、三磷酸鳥苷酸(GTP)、鳥苷四磷酸(ppGpp)和環(huán)鳥苷酸(cGMP)的前體分子,他們在生物體中的重要性是眾所周知的[2]。此外,這些嘌呤核苷酸可用作食品添加劑,在生物技術產業(yè)中具有重大經濟利益。

1.2 營養(yǎng)和保護作用

IMP和GMP是天然鮮味的來源,可以用作食品中的風味添加劑,通常和谷氨酸鹽一起用于增強食品鮮味[3]。除了內在調味功能,IMP和GMP作為食品添加劑的營養(yǎng)功能也已經得到了相關報道。IMP和GMP既可以改善一些無味食物的適口性,也可以改善低鹽食物的可接受性,有利于緩解老年人由于味覺喪失而導致的營養(yǎng)缺乏狀況,有利于蛋白質、必要的維生素和礦物質的攝入[4]。因此,它們在應用生物技術領域引起了廣泛的興趣。

有報道稱IMP能夠刺激成人中樞神經系統(tǒng)軸突的生長,具有保護神經、強心劑和免疫調節(jié)的作用[5];而GMP能發(fā)揮神經營養(yǎng)和促神經生長的效果,這對于神經的生長非常重要[6];此外,一些核苷衍生物是強有力的抗病毒藥物,已經被提議作為化療藥物[7]。最后,有報告稱IMP和GMP都具有抗氧化活性,因此,可以保護細胞免受活性氧自由基的侵害[8]。

2 IMP和GMP的生物合成及調節(jié)

IMP和GMP都是嘌呤合成途徑的代謝產物。它們的生物合成方式有兩種:既可以通過從頭合成途徑由5-磷酸核糖-1-焦磷酸(PRPP)和谷氨酰胺獲得,另外,嘌呤堿基也可以通過補救途徑直接轉化為核苷—磷酸衍生物[9]。同時,由于IMP和GMP可以保持細胞內穩(wěn)態(tài)和進行能源供應,在細胞生理中占據關鍵角色,其合成途徑是一個受到嚴格調控的過程。

2.1 從頭合成途徑

從頭合成途徑把谷氨酰胺和PRPP經由10個不同的酶催化過程轉化為IMP。IMP是嘌呤代謝途徑的中心物質,在隨后的兩個酶催化過程中它可以被相應的酶催化為 AMP或 GMP[10]。IMP先后被AMP合成酶和AMP裂解酶催化生成AMP。在嘌呤代謝的另一途徑中,IMP脫氫酶將IMP轉化為黃嘌呤核苷酸(XMP),然后GMP合成酶將XMP催化為GMP[11]。

2.2 補救合成途徑

在補救途徑中,PRPP可以被某些特定的磷酸核糖轉移酶催化為自由堿基,進行堿基的循環(huán)利用。補救途徑中的酶催化途徑如下:腺嘌呤磷酸核糖轉移酶,次黃嘌呤磷酸核糖轉移酶,黃嘌呤磷酸核糖轉移酶和鳥嘌呤磷酸核糖轉移酶分別催化腺嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、鳥嘌呤生成 AMP、IMP、XMP和GMP[12]。此外,一些堿基和核苷酸可以被特定的氧化酶類和脫氨酶所催化。例如腺苷酸脫氨酶把AMP催化為 IMP,GMP還原酶把 GMP催化為IMP[13]等。

2.3 合成過程的調節(jié)

在真核生物中,大多數與IMP和GMP合成相關的基因都受到細胞外嘌呤的負調控,同時代謝水平的調控也通過終產物反饋調節(jié)方式存在于嘌呤代謝途徑中[14]。例如PRPP酰胺轉移酶被IMP所抑制,并且受到轉錄水平和代謝水平的雙重調節(jié)[15];IMP脫氫酶則被GMP抑制,而與GMP合成有關的基因是受到鳥嘌呤反應元素(GRE)的特別調控,其可以被GDP或GDP衍生物所抑制[16]。

在一些微生物如大腸桿菌(E.Coli)和枯草芽孢桿菌(B.subtilis)中,與IMP和GMP生物合成相關基因大部分是以Pur操縱子的形式存在的,PurR基因是Pur操縱子的主要調節(jié)基因[17]。當IMP或GMP從環(huán)境中可以獲得時,可以增強PurR基因抑制目標基因表達的作用效果[18]。作用于PurR基因表達的效應物在不同物種間是不同的,而且在E.coli和B.subtilis中PurR阻遏物的功能也有一些差異[19]。另外,據有關文獻報道,B.subtilis中 Pur操縱子的表達也受到一種鳥苷敏感型的核糖開關的調控,它可以負調控操縱子中結構基因的表達[20]。

3 微生物菌種

所有微生物都能夠合成嘌呤(IMP和GMP),而且其產率隨著菌種的不同變化很大[21]。因此,要定義一個“嘌呤核苷酸生產微生物”不僅要看微生物合成IMP或GMP的能力,更重要的是評估其把產物分泌到外界培養(yǎng)基中的能力。對于所謂的“嘌呤核苷酸生產微生物”,可以根據有關于嘌呤代謝通路的遺傳學和代謝知識,通過隨機誘變或代謝工程等方法大幅度的提高其產物產率。

枯草芽孢桿菌(B.Subtilis)、谷氨酸棒狀桿菌(C.Glutamicum)和產氨棒桿菌(C.Ammoniagens)是傳統(tǒng)認識上具有最高產量的潛力菌種[22]。這些微生物能夠在培養(yǎng)基中積累大量的肌苷酸和鳥苷酸,從而避免復雜的和昂貴的回收提取。其他微生物也被用于生產GMP和IMP:例如可以利用鏈霉菌(Streptomycetes)菌種生產GMP,利用索多斯微球菌(Micrococcus sodonensis)和檸檬節(jié)桿菌(Arthrobacter citreus)生產IMP[24];最近也開始利用解淀粉芽胞桿菌(Bacillus amyloliquefaciens)生產核苷酸,并且其產量可能與B.subtilis相當;E.coli作為一種模式生物,由于其基因組信息和基因組工具較多,也被認為是潛在的嘌呤核苷酸生產微生物,因此可以通過基因工程的手段過量表達嘌呤核苷酸[25]。

4 IMP和GMP的工業(yè)化生產

IMP和GMP作為風味增強劑已經實現了工業(yè)化生產,迄今為止已經發(fā)展了幾種方法來改善生產流程。主要有以下兩種策略:①RNA破碎和核苷酸提取;②通過發(fā)酵的方式生產嘌呤核苷酸。

4.1 以RNA破碎的方式提取IMP和GMP

第一種方法是基于細胞培養(yǎng)液的RNA提取,通過后續(xù)水解過程獲得自由核苷酸[26]。大多數用于生產RNA的酵母菌都是具有高RNA含量的菌種,例如 Candida、Pichia、Saccharomyces或 Hansenula,而且已經進行了深入研究和基因修飾可以實現核苷酸的過表達[27]。

酵母菌的自溶是由熱處理誘導的,然后通過乙醇沉淀RNA,因此可以通過化學或酶法獲得獲取自由核苷酸。在化學水解RNA過程中利用Ca(OH)2誘導進行核酸合成的干擾;相比之下,酶法需要溶解5'-磷酸二酯酶來獲得自由核苷酸,使用最廣泛的酶是來自青霉菌(Penicillium)的核酸酶P1[28]。

利用RNA生產IMP和GMP的主要缺點是副產品濃度相對較高,例如AMP、CMP和UMP等,它們不具有任何風味活性。因此,需要利用腺嘌呤脫氨酶的活性把AMP轉化為IMP以及通過活性炭吸附去除 CMP 和 UMP[29]。

4.2 通過發(fā)酵方式從培養(yǎng)液中提取嘌呤核苷酸

第二種方法是直接通過發(fā)酵工程從菌體培養(yǎng)液中提取嘌呤核苷酸,所用的菌種常為通過隨機誘變方法獲得產量增高的突變菌株。

肌苷酸和鳥苷酸通常由發(fā)酵生產其前體肌苷和鳥苷,然后再經過化學處理或酶催化形成相應的磷酸衍生物[30]。最近科學家們通過基因突變的策略找到了直接生產IMP和GMP的方法[31]:通過對營養(yǎng)缺陷性菌株B.subtilis和C.ammoniagens的突變實現了IMP的過表達,該菌株具有較低的5-核苷酸酶活性和較高的細胞膜通透性,IMP的產率達到了20~27 g/L;同樣的,在不同的鳥嘌呤缺陷型菌種如 C.glutamicum、C.ammoniagenes和 B.subtilis中,由于5-核苷酸酶活性較低也已經實現了IMP的過表達,最大產率為19 g/L。相比之下,尚未有直接生產GMP的報道,因此GMP是從IMP過表達菌株中經過兩步反應過程生產的,即通過IMP氨基酶把IMP轉化為GMP。最有效的生產菌株可從40 g/L IMP 中生產出 34.8 g/LGMP[32]。

5 菌株改造:代謝過程調控

在嘌呤合成途徑中通過基因工程的手段(主要是基因敲除和代謝調整等)重新改變代謝的物質流向,使代謝朝著合成肌苷和鳥苷的方向進行,從而實現IMP和GMP的過表達。

在B.subtilis中,為了生產肌苷酸,進行了理性代謝工程探索。首先選擇性失活腺苷酸琥珀酸合酶和肌苷5-磷酸脫氫酶,阻止IMP向AMP或GMP的轉化;然后,使鳥苷/肌苷磷酸化酶失活,減少肌苷降解;最終,對嘌呤操縱子進行修飾,破壞嘌呤操縱子阻遏基因和5-UTR中鳥苷核糖開關的基因,優(yōu)化Pur啟動子中-10序列的堿基以增強嘌呤操縱子的轉錄活性。最終獲得的突變菌株在30 g/L的葡萄糖培養(yǎng)基中可以獲得6 g/L的IMP[33]。

近期通過多種策略試圖構建生產GMP的C.glutamicum菌株[34],這些策略主要包括:①通過刪除編碼6-磷酸葡萄糖異構酶的Pgi基因,增加核糖5-磷酸前體的可用性;②通過下調編碼PRPP酰胺轉移酶的PurF基因的表達,克服調節(jié)—抑制節(jié)點的瓶頸;③催化生產GMP的反應,如激活IMP—脫氫酶(催化把IMP轉化為GMP)。通過13C代謝通量分析和代謝組分析確定了碳通量在工程菌細胞內的分布,由此確認PurA菌株是生產GMP的最優(yōu)菌株[35]。

總之,在提高肌苷酸和鳥苷酸積累量的代謝過程中具有相同的部分特征,主要修飾范圍可以分成五個部分:①中心代謝通量的重定向-增加核糖-5-磷酸的供應量;②從頭合成途徑的調節(jié);③救助途徑的修飾;④調控因子的改變;⑤增加分泌量。

6 結論

嘌呤類核苷酸的產率隨著科學技術的進步而不斷增加。合理的代謝設計和基因工程等現代技術相繼出現在核苷酸生產領域,與前期的隨機誘變方法相比有了突破性的提高。隨著系統(tǒng)生物學的進步和合成生物學的快速發(fā)展,可為將來進一步提高發(fā)酵過程的生產效率提供操作基礎。

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