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藥物基因組學(xué)在藥物研發(fā)中的轉(zhuǎn)化與應(yīng)用

2013-05-31 08:49:12溫家根周宏灝
中國藥理學(xué)通報(bào) 2013年4期
關(guān)鍵詞:基因組學(xué)多態(tài)性遺傳

溫家根,周宏灝,張 偉

(中南大學(xué)臨床藥理研究所,湖南省遺傳藥理學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,湖南長沙 410078)

近年來,許多上市藥物如西布曲明、西立伐他汀等由于其嚴(yán)重的不良反應(yīng)被撤市,后續(xù)研究發(fā)現(xiàn)這些不良反應(yīng)均與藥物相關(guān)生物標(biāo)記的遺傳多態(tài)性有關(guān)[1]。目前,生物標(biāo)記的遺傳多態(tài)性與藥物療效及毒性的研究獲得了突破性進(jìn)展,以藥物基因組學(xué)為基礎(chǔ)的藥物研究平臺受到了各大制藥公司和藥物研究機(jī)構(gòu)的青睞,應(yīng)用藥物基因組學(xué)已成功開發(fā)出了曲妥珠單抗(赫塞汀)、吉菲替尼、威羅菲尼等腫瘤靶向藥物。此外,對已上市藥物的遺傳藥理學(xué)研究,同樣可以指導(dǎo)臨床合理用藥,如華法林、阿巴卡韋等。與傳統(tǒng)的研究方法相比,藥物基因組學(xué)平臺的應(yīng)用將有助于縮短藥物開發(fā)周期、降低研究成本及藥物的毒副作用[2]。本文將介紹近年來藥物基因組學(xué)的轉(zhuǎn)化和應(yīng)用概況。

1 藥物安全性有效性與藥物基因組學(xué)

藥物的安全性和有效性是新藥開發(fā)和臨床用藥的核心問題。據(jù)統(tǒng)計(jì),絕大多數(shù)藥物在約1/3的使用者中不能取得滿意療效,約1/6的使用者發(fā)生不同程度的毒副反應(yīng),總安全有效率不到50%[3]。美國食品藥物管理局(FDA)的數(shù)據(jù)也表明,美國約50%的病人初次服藥時(shí)使用著錯(cuò)誤的種類或劑量,每年死于藥物不良反應(yīng)的人數(shù)為10萬人,因此而住院的人數(shù)為220萬/年,造成的經(jīng)濟(jì)損失高達(dá)1770億美元[4]。近20年來,由于嚴(yán)重不良反應(yīng)被FDA召回的藥物多達(dá)40余種,給制藥企業(yè)造成的損失約400億美元,其中認(rèn)為與遺傳因素相關(guān)或很可能相關(guān)的品種約有10種,約占撤市藥物總數(shù)的25%,涉及的基因包括Ⅰ相代謝酶CYP450s、Ⅱ相代謝酶UGTs、轉(zhuǎn)運(yùn)體SLC家族、離子通道hERG、受體5-HT 等[1]。

藥物代謝酶、藥物轉(zhuǎn)運(yùn)體和作用靶點(diǎn),即藥物相關(guān)生物標(biāo)記,與藥物的藥代動(dòng)力學(xué)、藥效動(dòng)力學(xué)及毒副作用等關(guān)系密切。藥物相關(guān)生物標(biāo)記的個(gè)體差異,尤其是一些能夠明顯影響代謝酶、轉(zhuǎn)運(yùn)體及作用靶點(diǎn)的多態(tài)性,引起了體內(nèi)血藥濃度的變化及藥物反應(yīng)的異常,導(dǎo)致不良反應(yīng)出現(xiàn)及藥物的不敏感。例如,2010年,減肥藥西布曲明(曲美)因發(fā)生嚴(yán)重心血管不良反應(yīng)而被撤市[5]。早在2008年周宏灝院士等與韓國研究者共同發(fā)表的權(quán)威報(bào)道中,西布曲明便被證實(shí)在體內(nèi)可被高度遺傳多態(tài)性的藥物代謝酶CYP2B6所代謝,CYP2B6基因多態(tài)性可導(dǎo)致酶活性降低70% -100%[6]。突變者體內(nèi)西布曲明的平均濃度增加252%,代謝產(chǎn)物增加148%,其明顯增高的藥物濃度極可能造成嚴(yán)重心血管毒性。同時(shí),西布曲明可抑制hERG離子通道,延長QT間期,從而誘發(fā)長QT間期綜合征(LQTS),導(dǎo)致心跳驟停[7-8]。又如,2001年,西立伐他汀因?qū)е铝?1例嚴(yán)重橫紋肌溶解致死事件而被撤市[9]。后續(xù)研究證實(shí),SLCO1B1基因521T>C多態(tài)性是他汀類藥物主要不良反應(yīng)橫紋肌溶解的獨(dú)立決定因子,對于預(yù)測和預(yù)防他汀類藥物的肌毒性具有關(guān)鍵作用[10-11]。而具有類似毒性的同類藥物辛伐他汀、阿托伐他汀和瑞舒伐他汀等因及時(shí)修改藥品說明書,警告SLCO1B1基因521T>C多態(tài)性攜帶者應(yīng)調(diào)整藥物劑量至25%-50%,仍然在市場上占據(jù)重要地位。

2 藥物基因組學(xué)的發(fā)展

19世紀(jì)50年代首先由Motulsky和Vogel提出了遺傳藥理學(xué)這一概念,早期遺傳藥理學(xué)主要闡釋了藥物代謝酶的異常與藥物應(yīng)答的關(guān)系,而后,普萘洛爾代謝和反應(yīng)的種族差異的發(fā)現(xiàn)證實(shí)了代謝酶的表型具有種族特異性[3]。1990年,美國正式啟動(dòng)了國際人類基因計(jì)劃(HGP),隨著計(jì)劃的進(jìn)行,1997年藥物基因組學(xué)的概念被正式提出。2002年人類基因組計(jì)劃完成,所有兩萬個(gè)人類基因序列已被闡明,藥物基因組的研究更加深入。從2005年開始,全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)提供了很多疾病的易感位點(diǎn),后續(xù)研究發(fā)現(xiàn)很多位點(diǎn)都與藥物的應(yīng)答相關(guān),而基于藥物療效的GWAS則可以發(fā)現(xiàn)更多的藥物相關(guān)基因,彌補(bǔ)了候選基因研究的不足,同時(shí)也為GWAS研究成果的轉(zhuǎn)化帶來了曙光[12]。高通量測序技術(shù)的發(fā)展和生物芯片技術(shù)的完善,使得藥物基因?qū)W的研究變得更加簡單快捷,全基因組分型應(yīng)用到個(gè)體化臨床診斷與治療成為可能[13]。

藥物基因組學(xué)的研究內(nèi)容也在不斷更新,在藥物基因組學(xué)研究的起步階段,藥物代謝酶、轉(zhuǎn)運(yùn)體、藥物靶點(diǎn)的單核苷酸多態(tài)性(SNPs)是研究焦點(diǎn)[14]。然而,SNPs只能在一定程度上闡釋藥物在不同人體及群體間藥代動(dòng)力學(xué)和藥效動(dòng)力學(xué)的差異,藥物基因組學(xué)的研究逐漸轉(zhuǎn)向基因的拷貝數(shù)變異(CNV)及甲基化、mircoRNA 等表觀遺傳水平[15]。Ebert等[16]在研究結(jié)直腸癌治療時(shí),發(fā)現(xiàn)腫瘤組織TFAP2E高甲基化后,DKK4表達(dá)水平升高,結(jié)腸癌對氟尿嘧啶出現(xiàn)嚴(yán)重的耐藥,患者預(yù)后分極明顯。其次,從生殖細(xì)胞藥物基因組學(xué)向癌癥藥物基因組學(xué)發(fā)展。在心血管、精神類、代謝類、傳染性疾病中,生殖細(xì)胞遺傳基因可以在很大程度上決定藥物應(yīng)答的個(gè)體差異,然而在腫瘤疾病中,腫瘤組織基因組出現(xiàn)很大變異,變異不僅與腫瘤的發(fā)生相關(guān),還直接決定了化療藥物的敏感性。因此,可針對腫瘤特異基因設(shè)計(jì)靶向藥物,目前,成功開發(fā)的腫瘤靶向藥物已有曲妥珠單抗、吉菲替尼、威羅菲尼等,腫瘤藥物基因組已經(jīng)成為了藥物基因組學(xué)的研究重點(diǎn)。最后,藥物基因組學(xué)研究的另一趨勢是從藥物的單基因變異效應(yīng)向多基因遺傳變異的綜合效應(yīng)發(fā)展。藥物可以通過多個(gè)環(huán)節(jié)、多條途徑發(fā)揮作用,同樣疾病也可以通過多條途徑影響藥物的作用。例如,CYP2C9和VKORC1基因的變異只能解釋40%患者間華法林用藥劑量的差異,而CYP4F2及其他疾病因素對華法林用藥劑量也有著很大的影 響[17]。Patel 等[18]發(fā) 現(xiàn) FLT3-ITD、MLL-PTD、PHF6、ASXL1、IDH2、CEBPA等基因突變的共同效應(yīng)與急性骨髓系白血病患者柔紅霉素治療的預(yù)后明顯相關(guān)。

近10年來,藥物基因組學(xué)在藥物研發(fā)及個(gè)體化用藥中越來越受重視。2005年,國際“遺傳藥理學(xué)研究網(wǎng)絡(luò)”(PGRN)正式成立,明確地闡釋了藥物基因型與藥物應(yīng)答的關(guān)系,使用藥物基因組學(xué)的研究結(jié)果改善疾病的治療方案,將人類基因數(shù)據(jù)囊括到疾病預(yù)防、個(gè)體化用藥的日常臨床規(guī)范中[19]。同年,“遺傳藥理學(xué)與藥物基因組學(xué)知識庫”(PharmGKB)也建立完善,該數(shù)據(jù)庫為研究者們及臨床醫(yī)生提供了眾多藥物基因組學(xué)信息[20-21]。2007年,以“藥物基因組學(xué)/生物標(biāo)記與新藥開發(fā)的管理決策”為主題的“第四屆美國食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)—制藥企業(yè)研討會(huì)”在Bethesda召開,此舉由美國食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)、藥物基因組學(xué)工作組(PWG)、美國藥品研究和生產(chǎn)協(xié)會(huì)(PhRMA)、美國生物技術(shù)工業(yè)組織(BIO)和藥品信息協(xié)會(huì)(DIA)等組織共同聯(lián)合發(fā)起,旨在將藥物基因組學(xué)與生物標(biāo)記全面應(yīng)用于新藥開發(fā)的管理決策。同時(shí),各發(fā)達(dá)國家及地區(qū)紛紛出臺相關(guān)的規(guī)范,以加快藥物基因組學(xué)的轉(zhuǎn)化與應(yīng)用(見Tab 1)。

表1 各國發(fā)布的藥物基因組學(xué)相關(guān)規(guī)范

3 藥物基因組學(xué)在藥物研發(fā)各階段中的應(yīng)用

目前,除極少數(shù)抗腫瘤藥物是在藥物基因組學(xué)的指導(dǎo)下進(jìn)行研發(fā),大部分藥物仍遵循傳統(tǒng)的研發(fā)路線,缺少了藥物相關(guān)遺傳標(biāo)志物的數(shù)據(jù)。然而,將藥物基因組學(xué)全面應(yīng)用到藥物研究各階段十分必要:對于新藥研發(fā),從新化合物的發(fā)現(xiàn)直至臨床實(shí)驗(yàn)的結(jié)束,均可進(jìn)行藥物基因組學(xué)的相關(guān)研究,從而縮短藥物研發(fā)的周期,降低藥物研發(fā)成本;對于上市藥物,尤其是價(jià)格低廉療效確切但具有潛在風(fēng)險(xiǎn)的藥物,進(jìn)行藥物基因組學(xué)的再評價(jià),可以發(fā)現(xiàn)潛在的風(fēng)險(xiǎn)基因位點(diǎn),增強(qiáng)藥物安全性,避免撤市,甚至可以使撤市藥物重新上市。

3.1臨床前研究臨床前研究包括了新化合物的發(fā)現(xiàn)、藥理毒理研究、細(xì)胞及動(dòng)物模型的研究,而藥物基因組學(xué)在藥物臨床前研究的各階段均可發(fā)揮重要的作用。首先,在抗腫瘤藥物的開發(fā)中,針對腫瘤特異性標(biāo)記物設(shè)計(jì)的靶向藥物在癌癥治療中的地位日益重要。曲妥珠單抗的研發(fā)成功揭開了腫瘤靶向藥物治療的序幕,該藥物靶向性抑制乳腺癌細(xì)胞HER2受體的功能,使得HER2陽性患者獲益[24]。2002年,Sanger研究機(jī)構(gòu)發(fā)現(xiàn)60%的黑色素瘤患者均出現(xiàn)了BRAFV600E突變,突變后黑色素瘤出現(xiàn)持續(xù)增殖和凋亡抑制,而威羅菲尼(Vemurafinib)可以特異性地阻斷BRAF途徑,抑制黑色素瘤[25-27]。2007年,ALK融合基因被發(fā)現(xiàn),并被認(rèn)為是NSCLC部分亞型中的促癌變因子,ALK基因重排的發(fā)生約占NSCLC患者的3%[28-29]。同年發(fā)現(xiàn)克唑替尼(Crizotinib)具有明顯抑制ALK和c-Met受體的功能,抑制ALK陽性腫瘤的發(fā)展[30],該藥最終于2011年8月上市,用于NSCLCALK的治療。其次,對新化合物的研究,應(yīng)在藥物基因組學(xué)的指導(dǎo)下,明確藥物在體內(nèi)的代謝過程和藥效過程中所涉及的通路,推測潛在靶點(diǎn)、信號通路和藥動(dòng)學(xué)過程(吸收、分布、代謝、排泄,簡稱ADME)相關(guān)蛋白的遺傳變異對藥物處置及應(yīng)答的影響,設(shè)計(jì)體外細(xì)胞實(shí)驗(yàn)及動(dòng)物實(shí)驗(yàn)。此外,必要時(shí),還應(yīng)該利用定點(diǎn)誘變技術(shù)構(gòu)建細(xì)胞模型及使用基因敲除小鼠模型,對藥物相關(guān)的基因位點(diǎn)進(jìn)行研究,為臨床研究提供充足的證據(jù)。

3.2臨床研究

3.2.1Ⅰ臨床研究中,應(yīng)當(dāng)選擇具有藥物相關(guān)的代謝酶和轉(zhuǎn)運(yùn)體的多態(tài)性的受試者,對臨床前研究中發(fā)現(xiàn)的藥物代謝轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)基因靶點(diǎn)進(jìn)行驗(yàn)證,更加精確地預(yù)測藥物的個(gè)體化使用劑量。由于Ⅰ、Ⅱ臨床實(shí)驗(yàn)的人數(shù)有限,可采用回顧性研究的方法對相關(guān)性不強(qiáng)的生物標(biāo)記進(jìn)行研究,初步推測及估計(jì)各標(biāo)記在藥物反應(yīng)中的作用。

3.2.2Ⅲ期臨床研究提供很多藥物在患者體內(nèi)的療效、毒性及藥代動(dòng)力學(xué)方面的數(shù)據(jù),為確保數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性,在該期應(yīng)更多地采用前瞻性研究策略,選取潛在可獲益(療效好,毒性可能性低)的特定基因型人群,排除潛在不可獲益(無效和毒性可能性高)人群。由于入組的病例具有較大的一致性,所需的病例數(shù)較傳統(tǒng)Ⅲ期臨床研究有所降低,例如,克唑替尼臨床實(shí)驗(yàn)只招募255名局部晚期或轉(zhuǎn)移的ALK陽性NSCLC患者,由于其療效明顯,該藥很快被 FDA批準(zhǔn)上市[31]。而在威羅菲尼Ⅲ期臨床研究中,入組的病人僅為132例BRAF-V600E黑色素瘤患者,患者使用威羅菲尼后,總體生存期延長至16個(gè)月[32]。此外,該期也可以對一些基因的突變進(jìn)行回顧性研究,如抗癌藥西曲昔單抗和帕尼單抗可以靶向EGFR受體,而KRAS是EGFR下游信號,KRAS基因12號外顯子突變,則導(dǎo)致EGFR靶向藥物敏感性降低[33-34],若Ⅲ期臨床研究能對KRAS突變進(jìn)行回顧性研究,必然會(huì)節(jié)省大量時(shí)間和經(jīng)費(fèi),精確定位EGFR靶向藥物的獲益人群。Ⅲ期臨床研究融入藥學(xué)基因組學(xué)的主要任務(wù)在于評估基因型與藥物效應(yīng)之間的關(guān)系;同時(shí),其另一個(gè)重要任務(wù)是開發(fā)相關(guān)基因分析的方法及試劑盒,并進(jìn)行質(zhì)量評價(jià),確?;蚍中蛯傩院蜏?zhǔn)確性。

3.2.3藥物毒性過敏反應(yīng)應(yīng)該是Ⅳ期臨床研究應(yīng)關(guān)注的重點(diǎn)。Ⅳ期臨床研究應(yīng)針對藥物毒副作用進(jìn)行藥物基因組學(xué)的再評價(jià)(如過敏相關(guān)的HLA基因突變位點(diǎn)),發(fā)現(xiàn)藥物毒副作用的遺傳標(biāo)記物,最終完善藥物標(biāo)簽,避免藥物因嚴(yán)重藥害事件而退市。

3.3上市藥物再評價(jià)目前,大部分上市藥物在研發(fā)時(shí)均未進(jìn)行藥物基因組學(xué)的研究,且其中很大一部分藥物的安全性有效性受到了質(zhì)疑,因此上市藥物的再評價(jià)顯得尤為重要。華法林的藥物基因組學(xué)研究是目前最成功的一個(gè)案例,CYP2C9和VKORC1兩個(gè)基因突變的發(fā)現(xiàn),使得預(yù)測華法林的個(gè)體化用藥劑量成為可能,華法林的安全性大大提升[35]。又如,5%的阿巴卡韋白人使用者可發(fā)生嚴(yán)重過敏反應(yīng),而針對HLA-B*5701的一項(xiàng)臨床實(shí)驗(yàn)(在基因未分型和排除基因型為HLA-B*5701的兩組受試者中進(jìn)行)發(fā)現(xiàn):在排除HLAB*5701基因型的受試者中未出現(xiàn)免疫相關(guān)的過敏反應(yīng)[36]。根據(jù)這一結(jié)果,F(xiàn)DA在2008年對阿巴卡韋的藥品說明書進(jìn)行了修改。最近,Liao等[37]發(fā)現(xiàn)使用阿斯匹林可以明顯延長結(jié)直腸癌PIK3CA突變患者的生存期,而野生型則無變化,該研究提示PIK3CA突變的直腸癌患者應(yīng)當(dāng)輔助使用阿司匹林。對于一些公認(rèn)的影響藥物作用的基因靶標(biāo)國外已有專門的試劑盒,能夠快速特異地進(jìn)行患者的基因分型,臨床醫(yī)生和臨床藥師可根據(jù)測試的結(jié)果對藥物的使用進(jìn)行調(diào)整。在研究上市藥物的藥物基因組學(xué)時(shí),選擇的藥物應(yīng)當(dāng)是療效差異明顯、不良反應(yīng)出現(xiàn)率高,針對特定的疾病無更加安全有效且價(jià)格低廉的藥物。通過以上手段,避免一些療效確切且價(jià)格低廉的藥物因潛在風(fēng)險(xiǎn)而被淘汰,節(jié)省新藥開發(fā)的費(fèi)用,同時(shí)排除了具有潛在風(fēng)險(xiǎn)的患者,增強(qiáng)藥物的安全性。

4 展望

隨著人類基因組學(xué)和藥物基因組學(xué)研究的發(fā)展,遺傳因素和基因多態(tài)性已被認(rèn)為是造成藥物毒性和療效差異的首要原因,藥物作用靶點(diǎn)也由原來所認(rèn)為的500個(gè)增至2 000個(gè),并由此為藥物研發(fā)帶來了無限商機(jī)[38]。在藥物研發(fā)各階段全面開展藥物基因組學(xué)研究可從源頭最大限度遏制嚴(yán)重藥害事件,降低治療失效的比例,并可研發(fā)具有高科技附加值的全新藥物,努力趕超歐美制藥強(qiáng)國。最后,此舉還可明顯增進(jìn)國民健康,減少醫(yī)患糾紛,為國家節(jié)省大量的醫(yī)療資源和衛(wèi)生保險(xiǎn)開支,從而獲得巨大的社會(huì)效益和經(jīng)濟(jì)效益。

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