作為一款玩家對(duì)抗類游戲，《超能戰(zhàn)聯(lián)》以發(fā)生在19世紀(jì)的一場(chǎng)巨大日食為故事開端。隨著日食出現(xiàn)，三座幻境之城和一批被稱作Cyphers的超能力孩童突然出現(xiàn)。這些超能力擁有者在經(jīng)歷了被利用、被秘密處決等一系列不公正待遇后，不得不抱團(tuán)求暖，赫利俄斯公司和地下聯(lián)盟便是在這樣的背景下相繼成立的。遺憾的是，兩大超能力陣營(yíng)很快因?yàn)橛^念不同走向背道而馳的對(duì)立局面，在第三勢(shì)力安塔理烏斯挑起的“坎多勒”（第三幻境城市）事件結(jié)束后，曾短暫聯(lián)手的赫利俄斯公司和地下聯(lián)盟準(zhǔn)備在異空間里進(jìn)行最后的對(duì)決，而玩家究竟要通過(guò)這場(chǎng)對(duì)決證明些什么呢？以及幕后操縱著一切的第三勢(shì)力安塔理烏斯又會(huì)有什么動(dòng)作？看來(lái)一切都得在游戲中獲得解答。