劉 林,楊少宗,林師冠,王曉輝,孔垂瑾,曲喜英,朱煥章
(1.復(fù)旦大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院 遺傳工程國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,上海 200433;(2.河南 洛陽職業(yè)技術(shù)學(xué)院,洛陽 471001)
獲得性免疫缺陷綜合征(Acquired Immuno Deficiency Syndrome,AIDS)病人體內(nèi)HIV-1潛伏感染細(xì)胞的存在,是造成病人在高效抗逆轉(zhuǎn)錄病毒療法(Highly Active Antiretroviral Therapy,HAART)治療中止后外周血中病毒拷貝數(shù)重新反彈的主要原因[1,2].在這個(gè)病毒儲(chǔ)藏庫中,HIV-1整合在宿主細(xì)胞基因組中但病毒基因并不表達(dá),使得該細(xì)胞與正常細(xì)胞并無區(qū)別從而逃避免疫系統(tǒng)的清除作用[3].當(dāng)這些潛伏細(xì)胞受到細(xì)胞因子等刺激而活化后,病毒基因就能得以激活并產(chǎn)生新的病毒,從而使血液中病毒拷貝數(shù)反彈[4].
目前一種新型的“激活 清除”治療策略,就試圖通過特定的激活劑來激活潛伏病毒,并輔以HAART 治療來阻止新產(chǎn)生病毒的傳播,最終利用免疫系統(tǒng)的作用來清除潛伏感染細(xì)胞[5,6].由于在感染HIV-1的病人體內(nèi),每106個(gè)靜止CD4+T細(xì)胞中才有一個(gè)整合有復(fù)制完全型的HIV-1,這意味著一個(gè)病人體內(nèi)的潛伏感染的細(xì)胞數(shù)不會(huì)超過107[7].因此,建立有效的用于藥物篩選的模型,是成功篩選高效、低毒性HIV潛伏激活劑的一個(gè)關(guān)鍵.
HIV-1基因表達(dá)極其依賴于宿主細(xì)胞內(nèi)的轉(zhuǎn)錄因子[8].造成HIV-1潛伏感染的一個(gè)重要分子機(jī)制就是轉(zhuǎn)錄激活相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子的缺乏[9].在HIV-1潛伏感染的建立和再激活中,NF-κB和Tat扮演了至關(guān)重要的角色[4,8].靜止記憶CD4+T淋巴細(xì)胞核中缺乏活化的NF-κB,是這些淋巴細(xì)胞中促使HIV-1原病毒潛伏的關(guān)鍵因素[10].Tat蛋白是HIV-1基因正常轉(zhuǎn)錄所必需的,缺少了Tat的作用會(huì)導(dǎo)致病毒基因不能夠正常轉(zhuǎn)錄表達(dá)而促使病毒在宿主細(xì)胞內(nèi)潛伏[8].在這過程中,NF-κB和Tat通過分別結(jié)合到HIV-1 LTR中κB和TAR元件上發(fā)揮作用.因此,本文旨在構(gòu)建野生型及κB或TAR元件突變型HIV-1LTR驅(qū)動(dòng)的熒光素酶表達(dá)載體,并將其轉(zhuǎn)染人腎表皮細(xì)胞293,通過G418篩選以獲得熒光素酶穩(wěn)定表達(dá)細(xì)胞克隆.由于TNF-α是一種有效的激活HIV-1表達(dá)的激活劑,它能夠特異性激活下游NF-κB信號(hào)通路[9],可以用來研究這些細(xì)胞模型對(duì)于TNF-α的反應(yīng)是否符合預(yù)期.我們進(jìn)一步用激活劑TNF-α對(duì)該體外系統(tǒng)進(jìn)行處理,以初步探討模型在篩選HIV-1潛伏激活藥物及信號(hào)通路機(jī)制研究方面的作用.
pHIV LTR-Luc、pHIV LTRΔκB-Luc和pHIV LTRΔTAR-Luc由Warner C.Greene實(shí)驗(yàn)室提供.
大腸桿菌DH5α、pcDNA3.0質(zhì)粒均為本實(shí)驗(yàn)室保存;各種限制性內(nèi)切酶,以及T4DNA連接酶均購自TaKaRa公司.PCR引物、DNA序列測定均由上海英駿生物技術(shù)有限公司完成.
1.2.1 質(zhì)粒構(gòu)建
以pHIV LTR-Luc報(bào)告質(zhì)粒為模板,用Primer Premier 5軟件進(jìn)行引物設(shè)計(jì),PCR擴(kuò)增HIV LTRLuc片段.引物由上海英駿公司合成,序列如下:LTRNdeI-5'-GGTACATATGTGGAAGGGCTAATT TGGTC-3'和LUCXhoI-5'-AATACTCGAGATTCGTTAAAATAGTACAGTGACCC-3'.PCR反應(yīng)按以下參數(shù)進(jìn)行:94℃3min;(94℃30s,56℃30s,72℃150s)×32;70℃10min.膠回收PCR產(chǎn)物,用NdeⅠ和XhoⅠ分別酶切PCR擴(kuò)增產(chǎn)物和pcDNA3.0載體.回收DNA片段,并用T4DNA連接酶16℃連接過夜.連接產(chǎn)物用氯化鈣法轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α,在氨芐青霉素(終濃度50μg/mL)的LB平板中培養(yǎng)過夜后,挑選菌落抽提質(zhì)粒進(jìn)行酶切和測序鑒定.
1.2.2 轉(zhuǎn)染及穩(wěn)定細(xì)胞株的篩選
24孔板中每孔接種5×105個(gè)293細(xì)胞,待培養(yǎng)板中細(xì)胞覆蓋率在95%以上,用Lipofectamin 2000轉(zhuǎn)染試劑按照2μL∶0.8μg比例轉(zhuǎn)染pcDNA3.0-HIV LTR-Luc及其突變型質(zhì)粒.細(xì)胞在含800μg/mL新霉素(G418)培養(yǎng)液培養(yǎng)14d后,將細(xì)胞消化后按梯度稀釋種在96孔板中.待能夠看到明顯克隆后,尋找單個(gè)細(xì)胞克隆用胰酶消化擴(kuò)大培養(yǎng),并提取基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增鑒定.
1.2.3 熒光素酶活性檢測
穩(wěn)定細(xì)胞克隆在高糖的DMEM(Gibco產(chǎn)品)細(xì)胞培養(yǎng)液中(含10%胎牛血清,100U/mL青霉素,100g/mL鏈霉素),37℃、5%CO2細(xì)胞培養(yǎng)箱中培養(yǎng).當(dāng)24孔細(xì)胞培養(yǎng)板中細(xì)胞覆蓋率達(dá)到95%以上,加入終濃度為10ng/mL TNF-α[11]或10μmol/L PMA(Phorbol-12-myristate-13-acetate,PMA)的培養(yǎng)液培養(yǎng).培養(yǎng)18h讓藥物充分作用后,棄去上清,用PBS清洗細(xì)胞.然后按照熒光素酶檢測試劑盒(Dual Luciferase Assay System,Promega)說明書步驟操作:棄去培養(yǎng)基,用500μL 1×PBS清洗細(xì)胞;將PBS完全棄去后,每孔加入100μL的細(xì)胞裂解液,在搖床上裂解15min.將上述裂解細(xì)胞及上清收集到1.5mL的EP管內(nèi),12000r/min離心1min.保留上清進(jìn)行后續(xù)檢測.樣品放冰上,用冷光儀(Lumat LB 9507)檢測細(xì)胞內(nèi)熒光素酶的表達(dá)水平.同時(shí)設(shè)立不加藥組、加藥組和沒有轉(zhuǎn)染質(zhì)粒的人胚胎腎細(xì)胞293細(xì)胞作為空白組.儀器參數(shù)設(shè)置見Lumat LB 9507操作手冊(cè).加藥組與未加藥組熒光素酶檢測值的比值可以用來表示藥物對(duì)于該體外系統(tǒng)中細(xì)胞中LTR的激活效果.每個(gè)實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次以獲得平均值.
以pHIV LTR-Luc為模板進(jìn)行PCR,擴(kuò)增出HIV LTR-Luc片段.然后通過Nde I和XhoI酶切,連接到pcDNA3.0質(zhì)粒的相應(yīng)位置,獲得pcDNA3.0-HIV LTR-Luc表達(dá)質(zhì)粒.LTR上κB和TAR元件突變的突變型質(zhì)粒構(gòu)建方法也與之類似,區(qū)別之處在于PCR的模板分別為pHIV LTRΔκB-Luc和pHIV LTRΔTAR-Luc.
將質(zhì)粒分別轉(zhuǎn)染293細(xì)胞,經(jīng)G418篩選獲得穩(wěn)定細(xì)胞株293-HIV LTR-Luc、293-HIV LTRΔκB-Luc和293-HIV LTRΔTAR-Luc.然后,分別提取基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增鑒定,擴(kuò)增結(jié)果瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測.如圖1所示,PCR得到略小于2500bp的特異性條帶,與預(yù)期2300bp片段大小相符.PCR擴(kuò)增片段回收送樣測序,測序結(jié)果用MegaAlign軟件進(jìn)行比對(duì).比對(duì)結(jié)果顯示,293-HIV LTRΔκB-Luc中LTR上350nt位置的2個(gè)κB串聯(lián)序列被缺失突變,而293-HIV LTRΔTAR-Luc則在490nt附近有4bp的缺失(見圖1中下劃線標(biāo)注位置).這些突變位點(diǎn)與野生型LTR中順式元件所在位置相符.
圖1 細(xì)胞株基因組DNA的PCR檢測及序列比對(duì)結(jié)果Fig.1 The results of DNA PCR and sequence alignment
為了驗(yàn)證這些細(xì)胞模型能夠通過熒光素酶表達(dá)反映HIV-1LTR的活性,我們采用10ng/mL的TNF-α[11]對(duì)這些細(xì)胞模型進(jìn)行處理冷光儀可以檢測熒光素酶表達(dá)水平,來反映TNF-α對(duì)于不同細(xì)胞模型的激活效果我們發(fā)現(xiàn),對(duì)于野生型LTR的細(xì)胞模型來說,10ng/mL的TNF-α激活18h后熒光素酶表達(dá)水平是激活前的2.87±0.09倍(與對(duì)照相比,P=0.017),PMA處理為激活前的1.7±0.11倍;而同樣條件下,缺失了κB位點(diǎn)的細(xì)胞株無明顯激活效果(TNF-α為0.96±0.07倍,PMA為1.00±0.13,P>0.05,見圖2)對(duì)于TAR位點(diǎn)突變的細(xì)胞株,TNF-α對(duì)熒光素酶表達(dá)水平的激活效果與野生型LTR細(xì)胞株相比較弱(1.51±0.01倍,P<0.05),PMA處理為1.3±0.12倍.
圖2 TNF-α及PMA對(duì)野生型及突變型LTR細(xì)胞模型的激活效果Fig.2 The effects of TNF-αand PMA in wild-type and mutant LTR cell model
為了研究同一細(xì)胞模型中不同細(xì)胞克隆之間LTR對(duì)于熒光素酶的調(diào)控是否有較大區(qū)別,我們分別對(duì)該體外系統(tǒng)中每個(gè)模型選擇了3個(gè)不同的細(xì)胞克隆,同樣用10ng/mL TNF-α處理18h.結(jié)果顯示TNF-α對(duì)同一細(xì)胞模型不同細(xì)胞克隆的熒光素酶表達(dá)水平的激活有一定的差異,但是這種差異并沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)上的意義(P>0.05,見圖3).
圖3 TNF-α對(duì)同一細(xì)胞模型中不同細(xì)胞克隆的激活效果Fig.3 The effects of TNF-αin different cell clone of the same model
HIV-1潛伏感染是造成抗病毒療法無法根除病人體內(nèi)病毒的主要原因.因此,如何清除HIV-1潛伏感染細(xì)胞是目前艾滋病治療的一個(gè)熱門方向[5].而由于病人體內(nèi)潛伏感染細(xì)胞極其稀少,每個(gè)病人體內(nèi)最多也只有107個(gè)潛伏感染細(xì)胞[7],這迫切需要我們建立一個(gè)有效的藥物篩選模型來輔助藥物篩選和進(jìn)行機(jī)制研究.
HIV-1LTR作為病毒基因轉(zhuǎn)錄重要的調(diào)控區(qū),上面包含許多與轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子結(jié)合的順式元件[12].這些順式元件與相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子信號(hào)相互作用形成了一個(gè)復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò).在HIV-1潛伏感染的建立和維持過程中,NF-κB和Tat參與了至關(guān)重要的角色[4,8].NF-κB一般情況下位于細(xì)胞質(zhì)中,與其抑制因子I-κB結(jié)合;在細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)進(jìn)來時(shí),NF-κB進(jìn)入細(xì)胞核結(jié)合到HIV-1LTR上的兩個(gè)串聯(lián)的κB增強(qiáng)子序列[13].繼而通過直接募集組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶(HATs)到HIV-1LTR上,觸發(fā)原病毒的激活[14].Tat是由病毒基因組編碼的一種轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白.研究表明,HIV-1轉(zhuǎn)錄的時(shí)候,TAR先轉(zhuǎn)錄形成一小段有著莖環(huán)結(jié)構(gòu)的RNA.Tat可以結(jié)合到由TAR轉(zhuǎn)錄形成的RNA,募集轉(zhuǎn)錄復(fù)合體的一些重要組分,從而保證HIV-1轉(zhuǎn)錄延伸的順利進(jìn)行[15].在缺失Tat的條件下,轉(zhuǎn)錄起始正常但是只產(chǎn)生一小段無效的轉(zhuǎn)錄本.Tat表達(dá)水平作為轉(zhuǎn)錄活化和潛伏的開關(guān)[16],當(dāng)Tat在其他啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng)下反式表達(dá)時(shí),HIV-1原病毒持續(xù)性活化并且不能進(jìn)入潛伏[16].
突變型HIV-1LTR可以幫助我們有效地進(jìn)行藥物篩選和信號(hào)通路機(jī)制研究.Yang等就用缺失κB位點(diǎn)的NL4-3LTR驅(qū)動(dòng)的LUC報(bào)告質(zhì)粒建立瞬時(shí)轉(zhuǎn)染細(xì)胞模型,篩選到細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄因子Ets的一個(gè)突變型ΔVII-Ets-1能夠有效地激活靜止CD4+T細(xì)胞中的HIV-1表達(dá)[17].Williams等也通過ΔκB LTR的LUC報(bào)告質(zhì)粒,來研究Prostratin激活潛伏HIV-1表達(dá)的信號(hào)通路[10].與這些瞬時(shí)轉(zhuǎn)染系統(tǒng)相比,我們建立的穩(wěn)定表達(dá)系統(tǒng)具備許多優(yōu)點(diǎn).由于瞬時(shí)轉(zhuǎn)染細(xì)胞中質(zhì)粒DNA沒有整合進(jìn)基因組DNA中,會(huì)在細(xì)胞分裂的過程中被逐漸稀釋.這使得瞬時(shí)模型不能傳代,每次實(shí)驗(yàn)前都需重新轉(zhuǎn)染;而所用轉(zhuǎn)染試劑的不同,所轉(zhuǎn)染的質(zhì)粒DNA的量,以及細(xì)胞狀態(tài)都會(huì)影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果.而在穩(wěn)定表達(dá)細(xì)胞株中,質(zhì)粒DNA整合進(jìn)基因組,隨著基因組進(jìn)行復(fù)制,因此可以傳代使用,也避免了不同實(shí)驗(yàn)者以及不同批次轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)中所產(chǎn)生的誤差,結(jié)果重復(fù)性高.為了驗(yàn)證模型的有效性,我們用TNF-α對(duì)細(xì)胞模型進(jìn)行激活,對(duì)比不同細(xì)胞模型和同一細(xì)胞模型中不同細(xì)胞克隆中熒光素酶報(bào)告基因的表達(dá)水平,能夠很好地說明我們建立的這套體外系統(tǒng)能夠很好地反映不同藥物對(duì)于HIV-1LTR的激活效果.
由于我們構(gòu)建的細(xì)胞模型與用野生型病毒[18,19]或者慢病毒[20]感染T淋巴細(xì)胞后篩選出來的潛伏感染細(xì)胞有所不同,細(xì)胞中整合的病毒基因組并非處于潛伏感染狀態(tài).因此,進(jìn)一步證明所篩選出來的藥物能夠激活潛伏感染病毒,還需在專門的潛伏感染細(xì)胞中進(jìn)行驗(yàn)證.此外,我們構(gòu)建的模型中HIV-1LTR上與潛伏感染相關(guān)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控順式元件得到了突變,能夠進(jìn)一步用來篩選通過特定信號(hào)通路來激活HIV-1表達(dá)的藥物.我們期望這套體外系統(tǒng)能夠?yàn)镠IV-1激活劑的篩選工作提供便利.
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