崔雨明,侯佩莉,張茂林,李鴻梅,黃 飛,關(guān)振宏*
(1.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)食品科學(xué)與工程學(xué)院,吉林 長春 130118;2.吉林大學(xué)人獸共患病教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 人獸共患病研究所,吉林 長春 130062)
A型流感病毒(Influenza A virus,IAV)是嚴(yán)重威脅人類和動(dòng)物生命健康的病原體之一,其高發(fā)病率和死亡率可對(duì)社會(huì)經(jīng)濟(jì)造成很大的影響[1]。IAV可感染包括人、哺乳動(dòng)物、家禽及野生禽類等在內(nèi)的多種宿主,其危害嚴(yán)重,曾引起20世紀(jì)的三次人際間的流感大流行,例如1918年-1919年的大流行中,全世界約有2000萬以上的人死于流感。IAV屬于正黏病毒科,其基因組由8條負(fù)鏈單股RNA節(jié)段組成,其中第1、2、3節(jié)段分別編碼聚合酶蛋白PB2、PB1和PA。
2001年,Chen W 等[2]研究T細(xì)胞表位CD8+時(shí)發(fā)現(xiàn)了IAV的第11種蛋白質(zhì)——PB1-F2。該蛋白是由聚合酶亞單位PB1基因編碼的,由87個(gè)左右的氨基酸組成。PB1-F2在絕大多數(shù)的IAV中都有發(fā)現(xiàn),而在B型流感病毒中沒有編碼相似蛋白的基因片段[3]。它在宿主細(xì)胞中的存在時(shí)間非常短,一般在病毒感染后2h開始翻譯,并且在5h達(dá)最大蛋白表達(dá)量[2]。研究發(fā)現(xiàn)PB1-F2主要定位在線粒體表面,但是其在某些病毒感染的細(xì)胞中的胞漿及核內(nèi)都能發(fā)現(xiàn)。定位在線粒體上的PB1-F2能夠與線粒體腺苷酸轉(zhuǎn)位分子3(ANT3)和電壓依賴的陰離子通道1(VDAC1)結(jié)合,改變線粒體膜通透性,釋放細(xì)胞色素C而引起線粒體途徑誘導(dǎo)的細(xì)胞凋亡[4]。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),PB1-F2主要引起免疫細(xì)胞的凋亡,這將導(dǎo)致抗原遞呈和獲得性免疫應(yīng)答的降低,這是其致病性的重要因素[5]。PB1-F2還能直接與PB1相互作用,調(diào)節(jié)聚合酶的活性,導(dǎo)致病毒聚合酶的活性增強(qiáng),從而增加RNA的積累,保證了病毒的充分復(fù)制[6]。
PB1-F2是流感病毒的一種重要毒力因子,病毒所致的高死亡率很可能與多種流感病毒毒株中都存在的 PB1-F2 蛋白有關(guān)[7-8]。McAuley J L等[9]研究發(fā)現(xiàn)PB1-F2作為一個(gè)新的流感病毒的毒力因子,能促進(jìn)病毒感染后繼發(fā)的細(xì)菌感染。AIV感染所致死亡率的主要原因?qū)嶋H是這些繼發(fā)的細(xì)菌感染。Conenello G M等[10]比較病毒的氨基酸序列時(shí)發(fā)現(xiàn),來自1997年香港和1918年西班牙的流感病毒PB1-F2蛋白的66位氨基酸由天冬氨酸轉(zhuǎn)變?yōu)榻z氨酸,這很可能是這兩種病毒株高致死率的一個(gè)因素。
PB1-F2蛋白自被發(fā)現(xiàn)以來就倍受關(guān)注,許多研究都表明該蛋白在流感病毒的侵染過程中起重要作用,但是其影響病毒入侵、復(fù)制和致病作用的分子機(jī)理尚不清楚。本研究利用酵母雙雜交系統(tǒng),從人白細(xì)胞文庫中篩選與PB1-F2蛋白相互作用的新宿主蛋白,為進(jìn)一步深入研究其生物學(xué)功能奠定基礎(chǔ)。
質(zhì)粒pcDNA3.0/HA-PB1-F2、大腸埃希菌DH5α為吉林大學(xué)人獸共患病研究所病毒室保存。Matchmaker GAL4Two-h(huán)ybrid System 3酵母雙雜交系統(tǒng)、BD 克隆質(zhì)粒 pGBKT7、AD 克隆質(zhì)粒pACT2、酵母菌株AH109、人工合成營養(yǎng)缺陷型培養(yǎng) 基 SD/-Trp/-Leu/-His、SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade、X-α-半乳糖苷酶(X-α-gal)和人白細(xì)胞cDNA文庫均購自Clontech公司;PEG 3350購自北京經(jīng)科宏達(dá)生物技術(shù)有限公司,酵母質(zhì)粒小提試劑盒購自天根生化科技有限公司;各種限制性內(nèi)切酶、高保真Pfu DNA聚合酶、T4DNA連接酶均購自寶生物工程(大連)有限公司;鮭魚精DNA、醋酸鋰購自Sigma公司。
1.2.1 酵母誘餌質(zhì)粒 pGBKT7-PB1-F2 的構(gòu)建根據(jù)GenBank上登錄的流感病毒A/Puerto Rico/8/34(H1N1)的PB1-F2的基因序列設(shè)計(jì)一對(duì)引物,引物序列如下:上游引物(帶有EcoRⅠ酶切位點(diǎn)):5′CGGAATTCATGGGACAGGAACAGGATAC 3′;下游引物(帶有BamHⅠ酶切位點(diǎn)):5′CGGGATCCCTAATACACAATCTGTTTGGG 3′。以pcDNA3.0/HA-PB1-F2 為模板,PCR 擴(kuò)增目的基因,擴(kuò)增條件是95℃5min變性后進(jìn)入循環(huán),94℃30s,58℃ 40s,72℃ 30min,30個(gè)循環(huán),最后72℃延伸10min。然后將pGBKT7載體和PCR產(chǎn)物片段用BamHⅠ和EcoRⅠ進(jìn)行雙酶切,用T4DNA連接酶16℃連接過夜,然后轉(zhuǎn)入DH5α感受態(tài)細(xì)胞中,提取質(zhì)粒后采用酶切法鑒定,并對(duì)所得候選陽性質(zhì)粒進(jìn)行DNA測(cè)序分析。
1.2.2 誘餌蛋白的自身激活檢測(cè) 采用標(biāo)準(zhǔn)的醋酸鋰法來制備感受態(tài)酵母細(xì)胞AH109,然后按照Clontech公司說明書上的方法將酵母表達(dá)載體誘餌質(zhì)粒pGBKT7-PB1-F2轉(zhuǎn)化到AH109感受態(tài)中,隨機(jī)挑選含pGBKT7-PB1-F2 與 pGBKT7質(zhì)粒的AH109酵母細(xì)胞單克隆,劃線接種于SD/-Trp/-Ade/X-α-Gal,SD/-His/-Trp/X-α-Gal營養(yǎng)缺陷型培養(yǎng)板,30℃培養(yǎng)1周,觀察其生長情況,檢測(cè)誘餌蛋白有無自激活作用。將轉(zhuǎn)化pGBKT7-PB1-F2和空載體pGBKT7的酵母細(xì)胞分別在SD/-Trp/Kan(20μg/mL)液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)16h~24h,測(cè)定培養(yǎng)液的A600,進(jìn)行誘餌蛋白的毒性檢測(cè)。
1.2.3 誘餌蛋白表達(dá)的檢測(cè) 分別挑取未轉(zhuǎn)化載體的酵母菌和pGBKT7-PB1-F2陽性的酵母單克隆菌落接到SD/-Trp/Kan液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)20h,用酵母蛋白提取試劑盒提取酵母總蛋白,通過 Western blot驗(yàn)證PB1-F2蛋白在酵母細(xì)胞中的表達(dá)。
1.2.4 酵母共轉(zhuǎn)化法篩選與PB1-F2相互作用的蛋白 按照Clonteck公司Matchmaker System 3說明書進(jìn)行。將白細(xì)胞cDNA文庫和pGBKT7-PB1-F2誘餌質(zhì)粒共轉(zhuǎn)入酵母AH109感受態(tài)細(xì)胞中,其中文庫質(zhì)粒DNA 100μg、誘餌質(zhì)粒75μg、鮭魚精DNA 0.1mg,混勻后加入9mL無菌PEG/Li-Ac溶液(10%的10×TE,10%的10×LiAc,80%的50%PEG)中,30℃、200r/min振蕩培養(yǎng)45min;加入1mL DMSO,42℃熱激20min,置于冰上2 min,4000r/min離心3min;用15mL的無菌1×TE緩沖液重懸細(xì)胞,涂于四缺平板SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade上,于30℃ 培養(yǎng)3d~7d。同時(shí)在雙缺平板SD/-Trp/-Leu上涂100μL 1∶100稀釋的細(xì)胞,用于轉(zhuǎn)化效率的計(jì)算。
1.2.5 酵母細(xì)胞內(nèi)相互作用的重復(fù)驗(yàn)證 將四缺板上生長的轉(zhuǎn)化子進(jìn)行1輪SD/-Leu/-Trp/-His培養(yǎng)皿和 3 輪 SD/-Leu/-Trp/-His/-Ade/X-α-gal培養(yǎng)皿篩選,排除假陽性。再挑取生長良好、深藍(lán)色的陽性克隆接種于四缺液體培養(yǎng)基中培養(yǎng),提取酵母質(zhì)粒并電轉(zhuǎn)化至大腸埃希菌DH5α,含氨芐青霉素培養(yǎng)基中篩選克隆,PCR鑒定獲得陽性轉(zhuǎn)化子,提取質(zhì)粒DNA,再重新與重組質(zhì)粒pGBKT7-PB1-F2共同轉(zhuǎn)化酵母菌株AH109,轉(zhuǎn)化產(chǎn)物涂布于SD/-Leu/-Trp/-His/-Ade/X-α-gal,不能生長或生長菌落為白斑者作為假陽性克隆。進(jìn)一步采用濾紙法定性檢測(cè)β半乳糖苷酶報(bào)告基因的活性。將濾紙片平鋪于培養(yǎng)皿中劃出不同的區(qū)域,挑取培養(yǎng)皿上長勢(shì)良好的克隆菌落均勻涂在濾紙片的不同區(qū)域,將濾紙片于液氮中反復(fù)凍融幾次,向其中均勻加入10 mL Z buffer/X-Gal,30℃培養(yǎng)并觀察顏色變化,變藍(lán)的為陽性克隆。
1.2.6 基因測(cè)序分析 篩選出假陽性后的文庫質(zhì)粒經(jīng)EcoRⅠ/XhoⅠ雙酶切后,選擇有插段的樣品送生物公司進(jìn)行DNA測(cè)序,利用GenBank的數(shù)據(jù)庫資源,運(yùn)用BLAST應(yīng)用程序進(jìn)行序列分析。
A型流感病毒PB1-F2的全長基因與pGBKT7載體連接,構(gòu)建的pGBKT7-PB1-F2質(zhì)粒轉(zhuǎn)化到大腸埃希菌DH5α中,PCR技術(shù)鑒定含重組質(zhì)粒的陽性克??;提取質(zhì)粒并用EcoRⅠ/BamHⅠ雙酶切鑒定(圖1),片段大小相符。測(cè)序分析結(jié)果顯示閱讀框架無誤,表明構(gòu)建誘餌質(zhì)粒成功。
圖1 重組質(zhì)粒pGBKT7-PB1-F2的PCR及酶切鑒定Fig.1 Identification of pGBKT7-PB1-F2plasmid by PCR and enzyme digestion
將誘餌蛋白載體pGBKT7-PB1-F2及空載體pGBKT7分別轉(zhuǎn)化到感受態(tài)AH109酵母菌中,隨機(jī)挑選幾個(gè)單克隆菌落涂布營養(yǎng)缺陷型培養(yǎng)皿,30℃培養(yǎng)3d~5d。結(jié)果發(fā)現(xiàn),包含pGBKT7-PB1-F2及空載體pGBKT7的酵母菌株在SD/-Trp/-Ade/-X-α-gal、SD/-Trp/-His/-X-α-gal培養(yǎng)板上都沒有長出菌落,這表明pGBKT7-PB1-F2在該酵母雙雜交系統(tǒng)中無自身激活作用,可以用于文庫篩選。再將上述兩種轉(zhuǎn)化酵母菌分別在SD/-Trp/Kan液體培養(yǎng)基中30℃培養(yǎng)過夜,觀察發(fā)現(xiàn)pGBKT7-PB1-F2及pGBKT7兩個(gè)菌株生長情況都非常良好,其OD值比較接近,說明誘餌載體pGBKT7-PB1-F2對(duì)酵母細(xì)胞沒有毒性,可以用于酵母雙雜交文庫篩選。
在SD/-Trp/Kan液體培養(yǎng)基中接入含有pGBKT7-PB1-F2誘餌質(zhì)粒和無載體的酵母菌株,30℃培養(yǎng)過夜,收集沉淀用酵母蛋白提取試劑盒提取誘餌質(zhì)粒陽性克隆酵母菌中的總蛋白,用c-Myc抗體進(jìn)行Western blot檢測(cè),結(jié)果顯示在相應(yīng)分子質(zhì)量處可檢測(cè)到特異性條帶,說明含誘餌質(zhì)粒的酵母菌中有PB1-F2蛋白的表達(dá)(圖2)。
利用酵母雙雜交系統(tǒng)以pGBKT7-PB1-F2質(zhì)粒為誘餌蛋白篩選人白細(xì)胞cDNA文庫。篩選出的陽性克隆在SD/-Leu/-Trp/-His/-Ade/X-a-gal培養(yǎng)皿上反復(fù)篩選3次,四缺培養(yǎng)基劃線篩選結(jié)果如下(圖3),再經(jīng)過β-半乳糖苷酶活性測(cè)定(圖4),以排除假陽性克隆。之后將陽性克隆質(zhì)粒進(jìn)行EcoRⅠ/XhoⅠ雙酶切,瓊脂糖凝膠電泳后,可以看到不同大小的cDNA片段(圖5)。選擇電泳條帶良好的陽性克隆質(zhì)粒進(jìn)行DNA測(cè)序,通過測(cè)序分析與NCBI GenBank數(shù)據(jù)庫進(jìn)行BLAST比對(duì),合并序列完全相同的克隆,并剔除載體的閱讀框與目的基因不同的克隆,最后共獲得8種不同類別的基因(表1),包括各種酶、激酶、受體以及相關(guān)因子。
圖2 Western blot檢測(cè) Gal4BD-PB1-F2融合蛋白在AH109中的表達(dá)Fig.2 Western blot analysis of the Gal4BD-PB1-F2 fusion protein expresed in AHl09
圖3 四缺培養(yǎng)基篩選陽性克隆Fig.3 Screening of positive clones using QDO plates
圖4 β-半乳糖苷酶活性測(cè)定Fig.4 Detection ofβ-galactosidase activity
圖5 獵物質(zhì)粒的酶切鑒定Fig.5 Identification of prey clones by enzyme digestion
表1 以PB1-F2為誘餌蛋白篩選白細(xì)胞文庫獲得的陽性克隆的BLAST結(jié)果Table1 The BLAST results of positive clones obtained from the screening of leukocyte cDNA library using PB1-F2as bait
PB1-F2是最近發(fā)現(xiàn)的AIV的一種重要毒力因子,越來越多的證據(jù)表明,這種蛋白具有多種生物學(xué)功能,包括誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡,增強(qiáng)炎癥反應(yīng)和調(diào)節(jié)病毒聚合酶的活性,這些特性表現(xiàn)出一定程度的毒株和宿主特異性[11]。但是到目前為止,PB1-F2蛋白在病毒變異、復(fù)制和致病機(jī)制方面的確切機(jī)制還不清楚,因此研究該蛋白與宿主蛋白的相互作用,是研究蛋白分子作用機(jī)制的重要方面。
作為研究蛋白質(zhì)相互作用的一種強(qiáng)有力的工具,酵母雙雜交技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于生物學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域[12-14]。我們采用PB1-F2 基因全長作為誘餌進(jìn)行蛋白質(zhì)復(fù)合物篩選,共篩選出8種靶蛋白,主要包括酶、激酶、受體以及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)因子。表明PB1-F2在細(xì)胞內(nèi)可以與多種蛋白相互作用,發(fā)揮調(diào)節(jié)細(xì)胞功能的作用。在這8個(gè)候選PB1-F2相互作用的蛋白中,鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)是一組具有GTP結(jié)合、水解活性的蛋白質(zhì),在細(xì)胞膜受體和效應(yīng)蛋白之間的信息傳遞過程中起中介作用,是細(xì)胞內(nèi)一類重要的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)蛋白。G蛋白由3條蛋白鏈組成,按相對(duì)分子質(zhì)量從大到小排列為Gα、Gβ和 Gγ,每一個(gè)亞單位也由多種亞型組成[15-16]。鳥嘌呤核甘酸結(jié)合蛋白β多肽2(GNB2)是G蛋白β亞單位的成員,是一種WD40結(jié)構(gòu)重復(fù)的多功能蛋白,最近發(fā)現(xiàn)其在線粒體融合等方面發(fā)揮重要的作用[17-18]。研究表明G蛋白通過CCR5和CXCR4介導(dǎo)的信號(hào)傳導(dǎo)在HIV復(fù)制過程中是非常重要的,所以深入探索G蛋白信號(hào)對(duì)病毒復(fù)制和疾病進(jìn)程的作用是很重要的工作[19]。雖然目前關(guān)于GNB2的研究報(bào)道較多,但其在流感病毒感染方面還未見報(bào)道。
本研究中,我們篩選出與PB1-F2蛋白相互作用的8種靶蛋白,通過分析這幾種蛋白已知的生物學(xué)功能及其信號(hào)傳導(dǎo)途徑,為探索PB1-F2蛋白功能和作用機(jī)理提供了新的方向,同時(shí)對(duì)流感病毒的防控具有極為重要的意義。PB1-F2與這些蛋白相互作用的生物學(xué)意義值得深入研究。
[1]Sauerbrei A,Schmidt-Ott R,Hoyer H,et al.Seroprevalence of influenza A and B in German infants and adolescents[J].Med Microbiol Immunol,2009,198:93-101.
[2]Chen W,Calvo P A,Malide D,et al.A novel influenza A virus mitochondrial protein that induces cell death[J].Nat Med,2001(7):1306-1312.
[3]Bouvier N M,Palese P.The biology of influenza viruses[J].Vaccine,2008(54):49-53.
[4]Zamarin D,García-Sastre A,Xiao X,et al.Influenza virus PB1-F2protein induces cell death through mitochondrial ANT3 and VDAC1[J].PLoS Pathog,2005,1:e4.
[5]Zamarin D,Ortigoza M B,Palese P,et al.Influenza A virus PB1-F2protein contributes to viral pathogenesis in mice[J].J Virol,2006,80(16):7976-7983.
[6]Mazur I,Anhlan D,Mitzner D,et al.The proapoptotic influenza A virus protein PB1-F2regulates viral polymerase activity by interaction with the PB1protein[J].Cell Microbiol,2008,10:1140-1152.
[7]Conenello G M,Palese P.Influenza A virus PB1-F2:A small protein with a big punch[J].Cell Host & Microbe,2007,2(4):207-209.
[8]Obenauer J C,Denson J,Mehta P K,et al.Large-scale sequence analysis of avian influenza isolates[J].Science,2006,311:1576-1580.
[9]McAuley J L,Chipuk J E,Boyd K L,et al.PB1-F2proteins from H5N1and 20century pandemic influenza viruses cause immunopathology[J].PLoS Pathog,2010,6(7):e1001014.
[10]Conenello G M,Zamarin D,Perrone L A,et al.A single mutation in the PB1-F2of H5N1(HK/97)and 1918influenza A viruses contributes to increased virulence[J].PLoS Pathog,2010,3:1414-1421.
[11]Krumbholz A,Philipps A,Oehring H,et al.Current knowledge on PB1-F2of influenza A viruses[J].Med Microbiol Immunol,2011,200:69-75.
[12]Mendelsohn A R,Brent R.Protein interaction methods-toward an end game[J].Science,1999,284:1948-1950.
[13]Miller J,Stagljar I.Using the yeast two-h(huán)ybrid system to identify interacting proteins[J].Methods Mol Biol,2004,261:247-262.
[14]李紅梅,周 娟,霍克克,等.酵母雙雜交系統(tǒng)在膜蛋白相互作用研究中的應(yīng)用[J].醫(yī)學(xué)分子生物學(xué)雜志,2010,7(2):159-164.
[15]Simon M I,Rathmann P S,Gautan N,et al.Diversity of G proteins in signal transduction[J].Science,1991,252:802-808.
[16]胡 健,胡友梅.G蛋白亞單位基因家族研究進(jìn)展[J].生理科學(xué)進(jìn)展,2003,34(2):131-135.
[17]Domino S R,Hamm H E.Structural and functional relation ships of heterotrimeric G proteins[J].FASEB J,1995,9:1059-1066.
[18]Zhang J,Liu W H,Liu J C,et al.G-protein beta2subunit interacts with mitofusin 1to regulate mitochondrial fusion[J].Nature communications,2010,10:1-10.
[19]Juno J A,F(xiàn)owke K R.Clarifying the role of G protein signaling in HIV infection:new approaches to an old question[J].AIDS Rev,2010,12:164-176.