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浙江畬族群體X染色體四個(gè)基因座遺傳多態(tài)性

2011-08-21 06:40吳淑珍夏露陳引蕾龐玲霞
關(guān)鍵詞:基因座法醫(yī)學(xué)畬族

吳淑珍,夏露,陳引蕾,龐玲霞

(1.溫州醫(yī)學(xué)院 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)中心,浙江 溫州 325035;2.溫州醫(yī)學(xué)院附屬第二醫(yī)院 婦產(chǎn)科,浙江 溫州 325027)

人類(lèi)X染色體有著獨(dú)特的遺傳方式,男性的基因組中呈單倍型形式存在,遺傳方式獨(dú)特——父親的等位基因只能遺傳給女兒,所以它具有一些常染色體遺傳標(biāo)記所無(wú)法比擬的優(yōu)點(diǎn),特別適用于法醫(yī)學(xué)實(shí)踐中在父母缺如情況下姐妹之間的同胞親緣鑒定,這種獨(dú)特的遺傳方式已引起了一些法醫(yī)工作者的注意[1-2]。對(duì)浙江畬族常染色體的STR基因座的遺傳多態(tài)性已有研究[3],但有關(guān)X染色體STR基因座的多態(tài)性資料鮮見(jiàn)。由于同樣的遺傳標(biāo)記在不同的群體中,其遺傳多態(tài)性是不同的,為了觀察浙江畬族群體中X-STR基因座的遺傳多態(tài)性,我們對(duì)浙江畬族的DXS7132、DXS6804、DXS6799、DXS9898基因座進(jìn)行遺傳學(xué)調(diào)查,并結(jié)合本實(shí)驗(yàn)室對(duì)其他民族研究的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行分析,為研究中華民族群體起源、人群遺傳差異、法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別等提供基礎(chǔ)資料。

1 對(duì)象和方法

1.1 對(duì)象 樣本的采集根據(jù)知情同意的原則,260份(女145,男115)畬族血樣取自無(wú)血緣關(guān)系且3代內(nèi)無(wú)族外通婚的浙江景寧畬族個(gè)體。

1.2 方法

1.2.1 DNA的提?。貉簶颖静捎肊DTANa2抗凝,Chelex-100快速法[4]提取DNA。

1.2.2 引物序列:DXS7132、DXS6804、DXS6799、DXS9898 4個(gè)基因座的引物序列參照基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(www.gdb.org), 基本信息見(jiàn)表1,由上海捷瑞生物工程公司合成。引物序列見(jiàn)表2。

表1 浙江畬族四個(gè)X-STR基因座的特性

表2 浙江畬族四個(gè)X-STR基因座的引物序列

1.2.3 PCR擴(kuò)增條件:PCR反應(yīng)采用PC-818型基因擴(kuò)增儀,總反應(yīng)體系為20μL,反應(yīng)管混合物中含10×緩沖液2.0μL,20μmol/L 引物0.2μL,25 mmol/L MgCl21.2μL,加入2.0μL模板DNA上清液(1 ng~1μg),1.0 U Taq酶,補(bǔ)水11.6 μL,冰上無(wú)菌操作。擴(kuò)增條件:94 ℃變性5 min,然后94 ℃變性35 s,58 ℃退火35 s,72 ℃延伸40 s,循環(huán)35次后,72 ℃保持10 min,4 ℃保存。

1.2.4 聚丙烯酰胺凝膠電泳:采用6%聚丙烯酰胺凝膠(Acr:Bis=29:1,C=5%)分型,凝膠板厚0.6 cm,長(zhǎng)19 cm,寬12 cm,恒電壓500 V,泳動(dòng)1.5 h,銀染檢測(cè),檢測(cè)結(jié)果用數(shù)碼相機(jī)拍照保存在電腦中。

1.2.5 等位基因分型標(biāo)準(zhǔn)物的制備[5]:采用PCR-聚丙烯酰胺凝膠電泳(polyacrylamide gel electrophoresis,PAGE)-切膠回收-二次PCR-測(cè)序的方法制備X-STR基因座等位基因分型標(biāo)準(zhǔn)物,并以測(cè)序結(jié)果按重復(fù)單位重復(fù)次數(shù)命名等位基因。

1.2.6 數(shù)據(jù)處理:對(duì)每個(gè)樣品逐個(gè)分型并記錄基因型。在Internet網(wǎng)上Promage公司網(wǎng)站http://www.proage.com/geneticidtools/powerstates/Power State Software 軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析,得出各基因座的等位基因及基因型頻率、觀察雜合度(heterozygosity,HO)、個(gè)體識(shí)別力(power of discrimination,PD)、多態(tài)信息含量(polymorphism information contene,PIC),按文獻(xiàn)[6-7]計(jì)算男性單倍型頻率、基因多樣性、個(gè)體識(shí)別力。

2 結(jié)果

2.1 浙江畬族群體4個(gè)X染色體基因座基因頻率分布、群體遺傳學(xué)指標(biāo) 見(jiàn)表3-6。

表3 浙江畬族四個(gè)X-STR基因座的等位基因分布頻率

2.2 基因座測(cè)序結(jié)果 見(jiàn)圖1-4。

表4 浙江畬族女性群體四個(gè)X-STR基因座的等位基因分布頻率

表5 浙江畬族男性群體四個(gè)X-STR基因座的單倍型分布

接上表

表6 浙江畬族四個(gè)X-STR基因座的等位基因群體統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)

圖1 DXS7132基因座的核心序列為[GATA],含等位基因12的測(cè)序結(jié)果

圖2 DXS6804基因座的核心序列為[TATC],含等位基因11的測(cè)序結(jié)果

圖3 DXS6799基因座的核心序列為[TATC],含等位基因11的測(cè)序結(jié)果

圖4 DXS9898基因座的核心序列為[TATC],含等位基因8.3的測(cè)序結(jié)果

3 討論

長(zhǎng)期以來(lái)人類(lèi)起源、進(jìn)化和遷移的研究是通過(guò)經(jīng)典的考古學(xué)、語(yǔ)言學(xué)以及形態(tài)學(xué)等方法實(shí)現(xiàn)的。分子生物學(xué)研究的引入,為我們了解人類(lèi)群體和個(gè)體間的關(guān)系提供了有力的工具,通過(guò)對(duì)DNA的分析可以對(duì)人類(lèi)的起源及群體的遷移狀況進(jìn)行研究。因浙江畬族主要居住在浙江省景寧自治縣及周邊的縣市,這些居住地主要是山區(qū),人口流動(dòng)少,相對(duì)封閉,所以基因型的遺傳相對(duì)比較保守,是我們研究群體遺傳學(xué)比較難得的寶貴資源。

由于人類(lèi)X染色體有著獨(dú)特的遺傳方式,在男性的基因組中呈單倍型形式存在,父親的等位基因只能遺傳給女兒,所以它具有一些常染色體遺傳標(biāo)記所無(wú)法比擬的優(yōu)點(diǎn)。我們選擇了DXS7132、DXS6804、DXS6799、DXS9898基因座對(duì)浙江畬族進(jìn)行了基因型分布的研究,獲得這四個(gè)基因座的群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù),結(jié)果發(fā)現(xiàn),四個(gè)基因座的基因型分布均符合Hardy-Weignberg平衡,男性個(gè)體單倍體的多樣性為0.9878,除DXS6799基因座外,其他3個(gè)基因座的多態(tài)信息含量均大于0.6195(該值大于0.5有高度可提供信息性)[8]。聯(lián)合應(yīng)用這4個(gè)基因座,有較高的識(shí)別能力和遺傳穩(wěn)定性,為研究畬族群體的起源、人群遺傳差異、法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別等提供基礎(chǔ)資料。

雖然X染色體STR基因座具有高度的多態(tài)性,但在鑒定中只能起到排除作用,要作出肯定的結(jié)論,必須與常染色體、Y染色體的多態(tài)性標(biāo)記相結(jié)合。

將本研究結(jié)果與其他民族、地區(qū)人群的數(shù)據(jù)比較,DXS7132基因座在匈牙利人群中檢出等位基因11與19[9],在阿爾及利亞人群中檢出等位基因11[10],DXS9898基因座在朝鮮人群中檢出等位基因0a與等位基因16[11],在葡萄牙人群中檢出的等位基因型與本研究結(jié)果一致[12]。

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