沒有嚴(yán)格而合理的程序就無法保證執(zhí)法機(jī)構(gòu)行使職權(quán)，也不能保證水事行為人的正當(dāng)權(quán)益得到實(shí)現(xiàn)。根據(jù)水政監(jiān)察的職能和權(quán)限，一般有水行政監(jiān)督檢查和案件調(diào)查處理兩種程序。

一、水政監(jiān)督檢查程序

依法對水事活動(dòng)進(jìn)行監(jiān)督檢查是水政監(jiān)督的一項(xiàng)重要任務(wù)。通過檢查可以促使水事活動(dòng)當(dāng)事人貫徹執(zhí)行水法規(guī)，保證實(shí)現(xiàn)國家對水資源的所有權(quán)和管理權(quán)都有十分重要的意義，在檢查中也可以及時(shí)發(fā)現(xiàn)違法案件。其程序一般有準(zhǔn)備、實(shí)施、終結(jié)處理三階段：

（一）準(zhǔn)備。所謂準(zhǔn)備階段就是說水政檢查通常圍繞水政主管機(jī)構(gòu)的中心工作進(jìn)行，而且常有明確的執(zhí)法性，因此，執(zhí)法人員了解有關(guān)法律、法規(guī)，掌握專門的業(yè)務(wù)知識，從而獲得衡量水事活動(dòng)是否依法進(jìn)行的尺度；

（二）實(shí)施。在對檢查事項(xiàng)有明確認(rèn)識的基礎(chǔ)上制訂檢查實(shí)施方案。實(shí)施階段是將檢查事項(xiàng)告知水事行為人，以求其合作，然后運(yùn)用各種合法方式收集信息和材料；

（三）終結(jié)。終結(jié)處理階段主要對實(shí)施階段收集到的材料進(jìn)行綜合分析，作出水事活動(dòng)是否符合水法的結(jié)論，以書面形式或口頭形式通知水事行為人，如發(fā)現(xiàn)水事活動(dòng)違法，則予以立案審查或情節(jié)輕微的違法行為予以糾正。

二、案件調(diào)查處理程序

案件調(diào)查處理是水政監(jiān)察組織對水事行為人的違法行為進(jìn)行調(diào)查核定，收集證據(jù)，確定性質(zhì)和處理的執(zhí)法活動(dòng)，可以分為受理、調(diào)查、處理三程序：

（一）受理。案件的受理程序中所說的受理就是立案，是水政監(jiān)察組織對舉報(bào)材料，經(jīng)檢查獲得的材料、上級或下級移送的材料、其它水事管理機(jī)關(guān)移交的材料進(jìn)行審查，認(rèn)為符合立案條件予以立案的活動(dòng)。

（二）調(diào)查。案件調(diào)查程序是水政監(jiān)察組織在立案后應(yīng)即指派案件承辦人著手進(jìn)行案件調(diào)查，案件調(diào)查就是為了查明案情、收集證據(jù)而進(jìn)行的活動(dòng)。水政監(jiān)察組織可以自行收集證據(jù)，可以作為案件定性的證據(jù)有書證、物證、視聽資料、證人證言、當(dāng)事人陳述、鑒定結(jié)論、勘驗(yàn)筆錄和現(xiàn)場筆錄七種，但是以上證據(jù)均應(yīng)查明屬實(shí)后才能作為認(rèn)定事實(shí)的依據(jù)。在獲得證據(jù)的基礎(chǔ)上應(yīng)進(jìn)行全面分析研究，考慮各相關(guān)因素來確定當(dāng)事人的水事活動(dòng)是否違法。

（三）處理。案件處理程序就是水行政機(jī)關(guān)對違反水法規(guī)的行為和后果，依法做出的處理決定。目前主要實(shí)施形式有責(zé)令停止違法行為、責(zé)令限期采取補(bǔ)救措施等。對于違法事實(shí)清楚，證據(jù)確鑿的，水行政主管部門應(yīng)依法作出行政處罰決定，在作出行政處罰決定之前，應(yīng)當(dāng)制作“行政處罰告知書”，告訴當(dāng)事人的違法行為違反了水法規(guī)的哪一條規(guī)定，根據(jù)有關(guān)法律責(zé)任的具體條款擬定出所要給予的行政處罰，并送達(dá)當(dāng)事人之后，才能發(fā)出《行政處罰決定書》及送達(dá)回證。需要給予治安管理處罰的，移送公安機(jī)關(guān)處理；構(gòu)成犯罪的，應(yīng)及時(shí)將案件移送司法機(jī)關(guān)依法追究刑事責(zé)任。承辦人員在案件完畢后，應(yīng)及時(shí)填寫案件審批表準(zhǔn)備結(jié)案，并做到案結(jié)卷成，一案一卷。