蔣建國(guó), 宣 浩
(合肥工業(yè)大學(xué)計(jì)算機(jī)與信息學(xué)院,安徽合肥 230009)
醫(yī)學(xué)圖像的分割是醫(yī)學(xué)影像分析和理解的基礎(chǔ),是醫(yī)學(xué)圖像處理領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)[1,2]。在醫(yī)學(xué)臨床實(shí)踐和研究中經(jīng)常需要對(duì)人體某些組織或器官的形狀、邊界、截面面積以及體積進(jìn)行測(cè)量,從而得出該組織器官病理或功能方面的重要信息,而這些工作的前提就是目標(biāo)的分割。
主動(dòng)形狀模型由Cootes及其合作者于1992年提出,是參數(shù)動(dòng)態(tài)輪廓線(xiàn)模型(Active Countour Model,簡(jiǎn)稱(chēng)ACM)的代表性方法[3],是綜合利用邊緣和區(qū)域信息的一種圖像分割方法,在醫(yī)學(xué)圖像分割中有著越來(lái)越廣泛的應(yīng)用。主動(dòng)形狀模型包含2個(gè)部分的信息:①形狀信息,即統(tǒng)計(jì)形狀模型,該模型給出了所訓(xùn)練對(duì)象的平均形狀以及該類(lèi)對(duì)象的主要形變模式;②灰度階外觀信息,通過(guò)檢測(cè)訓(xùn)練集中樣本特征點(diǎn)周?chē)鷧^(qū)域的灰度階的統(tǒng)計(jì)信息得到。
主動(dòng)形狀模型用于圖像的分割包含2個(gè)步驟:從訓(xùn)練樣本集中建立模型和使用模型在新圖像中搜索目標(biāo)。主動(dòng)形狀模型在建立的過(guò)程中,首先是在訓(xùn)練集的形狀樣本之間建立正確的對(duì)應(yīng)點(diǎn)集合,而這一步在傳統(tǒng)中往往是采用手動(dòng)標(biāo)定的方法,存在如下缺點(diǎn):
(1)手動(dòng)標(biāo)定極其耗時(shí),長(zhǎng)時(shí)間重復(fù)性操作容易出現(xiàn)錯(cuò)誤。
(2)手動(dòng)標(biāo)定需要掌握專(zhuān)門(mén)知識(shí)作保障,并且不同標(biāo)定者之間存在主觀性,使得模型不具備客觀可重復(fù)性。
(3)當(dāng)拓展至三維空間中建立模型時(shí),手動(dòng)標(biāo)定特征點(diǎn)將難以進(jìn)行,所以需要通過(guò)一種自動(dòng)或半自動(dòng)的方法來(lái)完成特征點(diǎn)的選取。
本文提出了一種基于最小描述長(zhǎng)度準(zhǔn)則的最優(yōu)化的方法來(lái)完成這一工作,同時(shí)完成了統(tǒng)計(jì)形狀模型的建立;然后根據(jù)優(yōu)化得到的特征點(diǎn)位置,建立灰度階外觀模型即得到完整的主動(dòng)形狀模型。將建立的模型用于圖像的分割,通過(guò)對(duì)于腰部與膝關(guān)節(jié)MRI圖像的分割實(shí)驗(yàn)證明,本文方法的分割效果略好于經(jīng)典的手動(dòng)分割方法或與之相當(dāng),可以應(yīng)用到相關(guān)醫(yī)學(xué)圖像分割領(lǐng)域。
假設(shè)形狀集合S包含ns個(gè)訓(xùn)練形狀樣本,每個(gè)形狀Si(i=1,…,ns)通過(guò)沿著邊界的N個(gè)點(diǎn)來(lái)表現(xiàn),而這 N個(gè)點(diǎn)由弧長(zhǎng)參數(shù)φi來(lái)定義。每個(gè)形狀Si通過(guò)一個(gè)N p(Np=2N)維向量X i來(lái)表示,進(jìn)而構(gòu)成蘊(yùn)含整個(gè)樣本信息的協(xié)方差矩陣M。為了降低形狀樣本的維數(shù),通過(guò)主成分分析(Princip le Component Analysis,簡(jiǎn)稱(chēng)PCA)把訓(xùn)練樣本從原始的直角坐標(biāo)空間轉(zhuǎn)換到特征空間,得到ns-1個(gè)相互正交的特征向量,由這些特征向量組成一個(gè)ns-1維的形狀空間,Si對(duì)應(yīng)的形狀向量X i在這個(gè)線(xiàn)性空間可以被線(xiàn)性表示為:
其中,ˉX表示平均形狀;P m表示m方向上的特征向量;bm,i表示訓(xùn)練樣本中第i個(gè)形狀Si在第m個(gè)方向上投影得到的坐標(biāo)。每個(gè)特征向量對(duì)應(yīng)的特征值λm決定了bm,i的變化范圍。平均形狀向量ˉX和特征向量{Pm:m=1,2,…,ns-1}的描述長(zhǎng)度對(duì)于給定的訓(xùn)練集是個(gè)常量,因此只需要計(jì)算{bm,i:m=1,2,…,ns-1}的描述長(zhǎng)度即可[4],通過(guò)主成分分析后得到的ns-1個(gè)特征向量是相互正交的,所以可以分別計(jì)算形狀模型在ns-1個(gè)方向上的描述長(zhǎng)度,其描述長(zhǎng)度由bm,i對(duì)應(yīng)的λm所決定。目標(biāo)函數(shù)F MDL最終可表達(dá)為:
其中,λcut為MDL形狀模型精度閾值,將整個(gè)λm劃分為2個(gè)區(qū)域,對(duì)于大特征值的模式m,代價(jià)是lbλm,在小特征值區(qū)域的代價(jià)表達(dá)式為lbλcut+ (λm/λcu t-1),加上常量1-lbλcut即可得到該目標(biāo)函數(shù)[5]。
該算法由3個(gè)部分組成:
(1)提取出訓(xùn)練集中每個(gè)樣本的輪廓,可以采用手動(dòng)標(biāo)定或其它有效的圖像分割方法來(lái)獲取樣本的輪廓,在每個(gè)輪廓樣本上均勻采樣相同數(shù)目的特征點(diǎn)作為操作對(duì)象;然后在此基礎(chǔ)上遞歸地為每個(gè)形狀產(chǎn)生相同層數(shù)的多層尺度的弧長(zhǎng)參數(shù)函數(shù),計(jì)算出訓(xùn)練集中每個(gè)樣本的特征點(diǎn)位置坐標(biāo),得到一個(gè)點(diǎn)分布模型。
(2)由于初始訓(xùn)練集樣本之間除本文關(guān)注的非剛體形變之外還存在位置、大小和角度的差異,對(duì)所有當(dāng)前點(diǎn)分布模型應(yīng)用普氏分析(Procrustes analysis)[6],以消除這3個(gè)差異。
(3)對(duì)完成對(duì)齊的訓(xùn)練樣本集進(jìn)行主成分分析,根據(jù)(2)式計(jì)算出目標(biāo)函數(shù)。通過(guò)修改粗尺度上弧長(zhǎng)參數(shù)函數(shù)值(其余尺度下的特征點(diǎn)弧長(zhǎng)參數(shù)仍保持為0.5)使特征點(diǎn)的位置向著優(yōu)化的方向移動(dòng)。在目標(biāo)函數(shù)收斂判定方面,通過(guò)循環(huán)次數(shù)來(lái)控制收斂。
通過(guò)該算法的執(zhí)行,將獲得訓(xùn)練集樣本每個(gè)特征點(diǎn)的位置,并建立了基于最小描述長(zhǎng)度優(yōu)化的統(tǒng)計(jì)形狀模型,稱(chēng)為MDL形狀模型[7]。作為一個(gè)全局形狀模型,其主要作用是在搜索更新的過(guò)程中將形狀的變化約束在模型允許的范圍內(nèi)。文獻(xiàn)[8]認(rèn)為在特征向量方向上的形變?cè)谶@個(gè)方向上符合高斯分布。如果滿(mǎn)足(3)式要求,即
那么,由(1)式得到的形狀向量都是具有與訓(xùn)練樣本一樣特征的模式。
在解決點(diǎn)對(duì)應(yīng)問(wèn)題的同時(shí),已經(jīng)建立了基于最小描述長(zhǎng)度意義上的統(tǒng)計(jì)形狀模型。為了用模型來(lái)定位新的圖像中的目標(biāo),不僅全局形狀信息很重要,局部的紋理信息也很重要,它可以幫助在搜索更新的過(guò)程中確定各個(gè)特征點(diǎn)的最佳候選定位點(diǎn)。
灰度階外觀模型基于如下的認(rèn)識(shí):由于一個(gè)給定的點(diǎn)對(duì)應(yīng)物體的一個(gè)特定部分,不同的圖像中這個(gè)點(diǎn)的灰度水平常常相似。原則上特征點(diǎn)周?chē)魏涡螤畹膮^(qū)域都可以利用,典型的選擇是通過(guò)這個(gè)特征點(diǎn)的法線(xiàn)方向上的一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的像素點(diǎn),稱(chēng)為輪廓線(xiàn)(Profiles)[9]。分析訓(xùn)練集中每幅圖像的局部灰度信息,對(duì)圖像i中的特征點(diǎn)j,可以得到一個(gè)以其為中心,長(zhǎng)度為np個(gè)像素的輪廓線(xiàn)g′j,i,并對(duì)其歸一化作為灰度信息。
如果這個(gè)輪廓線(xiàn)從 pj start到 pj end,長(zhǎng)度為np個(gè)像素,則輪廓線(xiàn)的第k個(gè)元素為:
這里,yj,k是沿著第j個(gè)輪廓線(xiàn)的第k個(gè)點(diǎn)的坐標(biāo),即
其中,Ii(yj,k)表示圖像j中該點(diǎn)的灰度階。
將輪廓線(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)化,即
對(duì)于每個(gè)點(diǎn)j可以計(jì)算一個(gè)平均的標(biāo)準(zhǔn)化的派生的輪廓線(xiàn)模型,即
然后計(jì)算np×np協(xié)方差矩陣Sg,j,給出關(guān)于這個(gè)點(diǎn)的期望的輪廓線(xiàn)模型的統(tǒng)計(jì)信息描述。
使用已建立的主動(dòng)形狀模型在圖像中搜索待分割目標(biāo)的過(guò)程包含2個(gè)階段:在目標(biāo)圖像上給出模型點(diǎn)的初始位置;優(yōu)化模型點(diǎn)的姿態(tài)參數(shù)和形變參數(shù)直到?jīng)]有意義的變化結(jié)果為止。主動(dòng)形狀模型的方法根據(jù)訓(xùn)練數(shù)據(jù)對(duì)參數(shù)調(diào)整加以限制,從而將形狀的變化限制在一個(gè)合理的范圍內(nèi)。
模型實(shí)例和圖像結(jié)構(gòu)的匹配過(guò)程如下:
張仲平一大早就和徐藝出了家門(mén)。徐藝身兼雙職,既是他的助理,也是他老婆唐雯的外甥。下樓時(shí)兩個(gè)人都沒(méi)有說(shuō)話(huà)。徐藝背著一個(gè)大旅行袋走在前面,樣子有點(diǎn)怪異。也許并不怪異,只是張仲平知道那里面裝的是五十萬(wàn)現(xiàn)金而感覺(jué)有點(diǎn)特別罷了。
(1)檢驗(yàn)每個(gè)模型點(diǎn)周?chē)膮^(qū)域,計(jì)算需要移動(dòng)到更好位置的位移。
(2)從位移計(jì)算出姿態(tài)、比例和點(diǎn)分布模型的形狀參數(shù)的調(diào)整量。
(3)更新模型參數(shù),通過(guò)給模型參數(shù)施加限制,總體形狀約束保證與訓(xùn)練集中的形狀保持相似。
整個(gè)圖像分割的算法包含建模和搜索2個(gè)部分,其流程如圖1所示。
圖1 基于MDL形狀模型圖像分割框圖
本文以椎間盤(pán)為例,使用最小描述長(zhǎng)度方法在經(jīng)過(guò)40次循環(huán)后得到的主要8個(gè)控制節(jié)點(diǎn)的點(diǎn)對(duì)應(yīng)關(guān)系,如圖2所示。
圖2 訓(xùn)練集樣本的輪廓點(diǎn)對(duì)應(yīng)結(jié)果
由實(shí)驗(yàn)結(jié)果可以看出,MDL方法較好地解決了點(diǎn)對(duì)應(yīng)問(wèn)題,各樣本上的特征點(diǎn)較好的處于對(duì)應(yīng)的位置上。
本文將對(duì)分別使用基于MDL優(yōu)化和手動(dòng)標(biāo)定方法建立的主動(dòng)形狀模型用于椎骨、椎間盤(pán)和半月板MRI圖像分割,手動(dòng)標(biāo)定由經(jīng)驗(yàn)豐富的醫(yī)師給出,每種待分割圖像包含5幅圖片,圖3所示為分割結(jié)果對(duì)比。其中,第1行是基于本文建模的ASM分割結(jié)果,第2行是手動(dòng)標(biāo)定的ASM分割結(jié)果,由直觀效果可以看出,第1行的圖片在多個(gè)細(xì)節(jié)處分割精度較第2行圖片有所提高。
圖3 MRI圖像分割結(jié)果對(duì)比
基于手動(dòng)標(biāo)定建模和本文MDL方法建模的ASM圖像分割誤差比較,見(jiàn)表1所列。
表1 2種建模方法的圖像分割誤差比較
從表1可以看出,基于MDL建模得到的分割誤差大部分相當(dāng)或略好于基于手動(dòng)標(biāo)定建模方法得到的結(jié)果。
通過(guò)實(shí)驗(yàn)可以看出,應(yīng)用MDL形狀模型的圖像分割效果與傳統(tǒng)的手動(dòng)建立模型的分割效果已經(jīng)不相上下。而這種方法的意義就是把人從繁重的、枯燥的標(biāo)定特征點(diǎn)的工作中解放出來(lái),利用該方法能夠在一定程度上解決由醫(yī)生經(jīng)驗(yàn)和主觀感受不同而產(chǎn)生的特征點(diǎn)標(biāo)記差異問(wèn)題。
進(jìn)一步的研究工作是將圖像的幾何特征和本文的最優(yōu)化方法結(jié)合,繼續(xù)提高模型的性能以及圖像分割的效果。
[1] 簡(jiǎn)江濤,馮渙清.醫(yī)學(xué)圖像分割中的形變模型技術(shù)[J].國(guó)際生物醫(yī)學(xué)雜志,2007,30(4):222-226.
[2] 孔維華,林 京.醫(yī)學(xué)圖像的多方向加權(quán)層間插值算法[J].合肥工業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào):自然科學(xué)版,2010,33(9):1438-1440.
[3] 陳武凡,秦 安,江少峰,等.醫(yī)學(xué)圖像分析的現(xiàn)狀與展望[J].中國(guó)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報(bào),2008,27(2):175-181.
[4] Davies R H,Tw ining C J,Cootes T F,et al.A m inimum description leng th approach to statistical shape modeling[J]. IEEE T ransaction on Medical Imaging,2002,21(5): 525-537.
[5] Thodberg H H.M inimum description length shape and appearancem odels[C]//Proc of the Information Processing in M edical Imaging 2003(IPM I),2003:51-62.
[6] Ericsson A,Karlsson J.A ligning shapes by m inim izing the description leng th[C]//Proceedings of Scandinavian Conference on Image Analysis,Joensuu,F(xiàn)inland,2005: 709-718.
[7] 王紹宇,戚飛虎,夏小玲.基于MDLShapeModel及EFD的行人輪廓2D+tim e表示[J].中國(guó)圖象圖形學(xué)報(bào),2008,13 (10):1898-1901.
[8] Cootess T F,Tay lor C J,Cooper D H,et al.Active shape m odels:their training and application[J].Compu ter V ision and Image Understanding,1995,61(1):38-59.
[9] Cootess T F,Taylo r C J,Lanitis A,et al.Buliding and using flexiblem odels incorporating g rey-level inform ation[C]// Proc of the fourth International Conference on Computer Vision,Berlin,1993:242-246.