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ImageJ軟件測量肝臟體積的方法

2010-01-31 04:17張會如劉洪美
中國醫(yī)學裝備 2010年7期
關(guān)鍵詞:菜單欄感興趣灰度

吳 濤 張會如 王 梅 董 睿 劉洪美

肝臟體積(liver volume,LV)是間接反映肝臟儲備功能的一項重要指標[1],根據(jù)CT或MRI的掃描圖像準確計算手術(shù)前、后的肝臟體積,對于肝臟切除、肝移植等手術(shù)的病人非常有必要,有助于減少因術(shù)后殘肝體積過小而造成的各種并發(fā)癥。術(shù)后測量殘余肝臟體積,有助于外科醫(yī)生了解肝臟的再生情況。遺憾的是這種處理醫(yī)學影像的軟件通常是安裝在醫(yī)院影像設(shè)備上,非放射人員無法經(jīng)常接觸,而且這種軟件需要影像設(shè)備的支持,不能安裝在個人電腦中,市面上獨立的CT體積測量軟件又非常昂貴,這給肝臟外科醫(yī)生進行臨床和科學研究帶來諸多不便。ImageJ是一個可免費下載的圖像分析軟件包,由美國國立衛(wèi)生研究院(National Institutes of Health,NIH)研究開發(fā),用于幫助分析臨床和科研中的醫(yī)學影像。目前國內(nèi)尚未見有關(guān)ImageJ軟件測量肝臟體積的報道,基于以上原因,本文提出了一種在個人電腦上利用ImageJ軟件測量肝臟體積的方法。

1 安裝ImageJ軟件

ImageJ軟件下載地址∶(版本1.42)http∶// www.rsb.info.nih.gov/ij/download.html,直接雙擊下載后的程序即可安裝,軟件運行最少需要64M內(nèi)存,可以在Windows、Linux、Mac OS等操作系統(tǒng)上運行。

2 LV測量的過程

2.1 獲取圖片

由我院附屬醫(yī)院PACS圖像處理工作站,選取行腹部多層螺旋CT平掃獲得的肝臟CT圖像,掃描層厚5 mm,螺距1.0,管電壓120 kV,管電流65 mAs。將CT圖像存為DICOM格式的圖像文件夾拷至個人電腦,對其進行LV測量。

2.2 半自動法測量LV

2.2.1 制作圖像棧

每例病人的DICOM格式CT圖像文件夾中,每層CT圖片都有一個唯一的編號,運行ImageJ軟件,選擇菜單File→open,找到待處理的文件夾,按文件夾中CT圖像的編號順序,依次打開含有肝臟的DICOM格式的CT圖像,共N層;點擊菜單欄Image→stacks→Images to stack,軟件自動將N幅圖像轉(zhuǎn)換成圖像棧(圖1所示),即在一個窗口里以多線程的形式層疊N幅圖像,并行處理。只要內(nèi)存允許,ImageJ軟件能夠打開任意多的圖像進行處理。

圖1 ImageJ圖像棧

2.2.2 圖像預(yù)處理

DICOM格式的圖像棧每像素16位存儲,為得到最佳的圖像分割效果,需要先對棧進行預(yù)處理。通過點擊菜單欄Image→Adjust→Window/Level,調(diào)節(jié)圖像棧的窗寬、窗位,本文中窗寬、窗位為300 HU、40 HU;點擊Image→Type→8-bit將16位圖像轉(zhuǎn)換為8位圖像,灰度值范圍為0-255,并將此時的圖像棧保存命名為“原始棧圖像”以備用;點擊菜單欄Process→Enhance Contrast,對棧作圖像增強處理;Process→Smooth對棧進行平滑處理。

2.2.3 閾值分割和二值化

閾值分割是利用灰度直方圖分析圖像的灰度分布,選擇合適的閾值Threshold,并把灰度圖像分成目標與背景。ImageJ軟件提供了閾值化的用戶窗口,單擊菜單欄Image→Adjust→Threshold,彈出Threshold窗口,如圖2所示,拖動滑塊調(diào)整閾值,對圖像棧進行閾值分割。本文使用兩個閾值同時調(diào)整的方法,閾值的大小選取根據(jù)實時的調(diào)整確定,一般最小值為100,最大值為230,單擊Apply后得到二值化圖像;單擊菜單欄Process→Binary→Outline,獲得圖像的邊緣輪廓,得到“邊緣圖像”。

2.2.4 創(chuàng)建感興趣區(qū)域

打開已保存的“原始棧圖像”,單擊Process→Image Calculator,彈出Image Calculator窗口,如圖3所示,在Image1欄選擇“原始棧圖像”,Image 2欄選擇“邊緣圖像”,Operation欄選擇Subtract,對兩個圖像棧進行減運算(原始棧圖像減去邊緣圖像),得到描有邊緣輪廓的圖像棧,本文稱之為“減圖像”;如果“減圖像”中肝臟的邊緣輪廓是閉合的,可利用軟件的魔術(shù)棒工具直接點擊肝臟邊緣的任意一點,自動獲得感興趣區(qū)域,如圖4(a)所示黃線即為肝臟感興趣區(qū)域(Region of interesting,ROI),工具欄灰暗區(qū)是魔術(shù)棒工具;但是如果“減圖像”中肝臟的邊緣輪廓存在不連續(xù)的地方,需要利用軟件畫筆工具連接斷開的邊緣,如圖4(b)所示,這樣獲得閉合的肝臟邊緣后,再利用魔術(shù)棒工具得到感興趣區(qū)域。

圖2 圖像閾值分割

圖3 圖像減運算窗口

2.2.5 計算肝臟體積

圖4 創(chuàng)建感興趣區(qū)域

圖5 ROI計算窗口

獲取棧的第一幅CT圖像的ROI后,點擊菜單欄Analyze→Tools→ROI Manager…,在彈出的ROI Manager窗口中點擊Add,軟件自動添加第一幅圖像的ROI數(shù)據(jù);然后利用魔術(shù)棒工具創(chuàng)建第二幅圖像的ROI,并在ROI Manager窗口中點擊Add,添加第二幅圖像的ROI數(shù)據(jù),之后依次對棧圖像的每一幅圖像做以上處理,直到添加完N幅圖像的ROI數(shù)據(jù)(圖5所示),點擊ROI Manager窗口中的Measure按鈕,軟件自動彈出Result窗口顯示所有感興趣區(qū)域的面積計算結(jié)果,圖6所示,單擊File→Save As可自動存為Excel格式文件,利用Excel表格可計算各層面ROI面積和層厚的乘積,再累加各項乘積,得到肝臟總體積。本文計算肝臟體積為1264.056 cm3,如表1所示。

3 小結(jié)

ImageJ軟件是一種支持Java語言的圖像分析與處理軟件,該軟件開放源代碼,占用內(nèi)存空間小,圖像處理速度快,可以在Windows、Mac OS、Mac OS X、Linux等操作系統(tǒng)上運行,支持DICOM,JPEG,BMP,TIFF,GIF, FITS等多種圖片格式,可對醫(yī)學影像圖像直接分析和處理;ImageJ軟件還可用來做肝臟CT容量分析,它的好處是可以免費下載,在不需要放射科醫(yī)生的支持下,外科醫(yī)生可在個人電腦上獨立進行肝臟CT容積的分析。此外ImageJ支持宏語言和插件擴展功能,使用ImageJ內(nèi)置的文本編輯器和Java編譯器開發(fā)Java語言的各種插件,可完成對ImageJ的擴展,這種機制使專業(yè)人員能夠通過Java編程完善該軟件,并實現(xiàn)相應(yīng)專業(yè)領(lǐng)域的特殊用途擴展,自定義的插件可以解決幾乎所有圖像處理和分析方面的問題。

圖6 ROI數(shù)據(jù)計算結(jié)果窗口

表1 肝臟體積計算表

該軟件目前已被廣泛用于醫(yī)學生物圖像的處理,如顯微鏡圖像細胞計數(shù)、細胞分割,醫(yī)學檢驗圖譜分析[2]等,在國外被較多地應(yīng)用于通訊、信息技術(shù)、航海航空等工程技術(shù)領(lǐng)域[3]。志,2005(7)∶747-748.

[3]Keagan Moodley, Hugh Murrell. A colourmap plugin for the open source, Java based, image processing package, ImageJ[J]. Computers Geosci,2004,30∶609-618.

[4]張國華.旋轉(zhuǎn)DSA在肝動脈造影中的應(yīng)用[J].中國醫(yī)學裝備,2007,4(6)∶42.

[5]黎一鳴,呂凡,吉鴻,等.肝臟體積變化與病肝儲備功能的關(guān)系研究[J].中華普通外科雜志,2002(2).

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