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煙草番茄斑萎病毒RT-LAMP 檢測體系的建立及優(yōu)化

2024-12-31 00:00:00張俊蕾蓋曉彤趙正婷劉弟王金鳳姜寧劉雅婷
關(guān)鍵詞:快速檢測

摘要:為快速檢測煙草番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV),基于TSWV核外殼蛋白(nucleocapsidprotein,NP)保守序列設(shè)計5組引物進行篩選,采用單一變量法對反應(yīng)溫度、時間及反應(yīng)體系中dNTPs、Mg2+、甜菜堿的含量和內(nèi)外引物比等參數(shù)進行優(yōu)化,建立煙草TSWV反轉(zhuǎn)錄環(huán)介導(dǎo)等溫擴增(loop-mediated isothermalamplification,RT-LAMP)檢測體系,并采用RT-PCR(revers transcription-polymerase chain reaction)檢測方法進行平行比對試驗,驗證優(yōu)化后RT-LAMP的特異性、靈敏性及實用性。結(jié)果表明,煙草TSWV RT-LAMP檢測體系最佳引物組為TS-N-4,在25 μL的反應(yīng)體系中各組分最佳加入量為緩沖液2.5 μL、100 mmol·L-1 MgSO4 0.5 μL、10 mmol·L-1 dNTPs 0.5 μL、10 mmol·L-1 FIP/BIP 1.5 μL、10 mmol·L-1 F3/B3 0.5 μL、10 mmol·L-1 LF/LB 1.5 μL、5 mmol·L-1 Betaine 6 μL、Bst 2.0 WarmStar DNA Polymerase(8 000 U·mL-1) 0.5 μL、M-MLV 酶(10 000 U·mL-1)0.125 μL、RNA (≥64.7 fg)1 μL,DEPC H2O補至25 μL;最佳反應(yīng)溫度和時間分別為58 ℃、60 min。優(yōu)化后的RT-LAMP靈敏度是RT-PCR的1 000倍,且田間樣品檢測結(jié)果與RT-PCR相符。建立的RT-LAMP方法特異性強、靈敏度高、操作簡單,對于煙草TSWV的檢測及監(jiān)控有重要意義。

關(guān)鍵詞:番茄斑萎病毒;NP基因;反轉(zhuǎn)錄-環(huán)介導(dǎo)等溫擴增;快速檢測

doi:10.13304/j.nykjdb.2023.0238

中圖分類號:S435.72 文獻標志碼:A 文章編號:1008‐0864(2024)08‐0140‐11

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