賈譜超, 張 威, 劉 陽, 田 茂, 張昺林,章高森, 劉光琇, 陳 拓
(1. 中國科學(xué)院 西北生態(tài)環(huán)境資源研究院 沙漠與沙漠化重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,甘肅 蘭州 730000; 2. 中國科學(xué)院 西北生態(tài)環(huán)境資源研究院冰凍圈科學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,甘肅 蘭州 730000; 3. 甘肅省極端環(huán)境微生物資源與工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,甘肅 蘭州 730000; 4. 中國科學(xué)院大學(xué),北京 100049)
冰川是由積雪經(jīng)過多年反復(fù)融凍、累積和壓實(shí)等作用而形成的復(fù)雜生態(tài)系統(tǒng),主要由雪、冰和融水3 種相互關(guān)聯(lián)的生境組成。冰川因其低溫、寡營養(yǎng)、強(qiáng)輻射等惡劣的自然條件,構(gòu)成了冰川特有生態(tài)環(huán)境特征,這種極端寒冷的生境中生存的大量微生物使其成為一個(gè)天然的微生物資源保藏庫。隨著全球氣候變暖引發(fā)冰川消融,大量封存在冰川中的微生物逐漸被釋放出來[1],導(dǎo)致冰川中大量的微生物資源隨著冰川的消融而流失。
冰川微生物主要來源于周圍環(huán)境,包括細(xì)菌、病毒、原生生物和真菌及其孢子等等,隨著冰川發(fā)育,這些微生物被封存在冰川冰中。在冰川微生物的研究中,高通量測序、宏基因組等各種分子水平上的研究方法現(xiàn)已十分普遍,但傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法因其可得到完整的生命體,并能在個(gè)體水平研究微生物的各項(xiàng)生理生化指標(biāo),是獲得微生物資源和微生物全基因組的必要手段,仍被廣泛應(yīng)用[2]。研究表明,冰川中微生物細(xì)胞數(shù)量范圍為2×102~7×107CFU·mL-1(colony forming units per milliliter)[3-8],細(xì)菌群落豐富度低于土壤、水體和其他富營養(yǎng)生境。大量研究中冰川可培養(yǎng)細(xì)菌大多來源于放線菌門、變形菌門、擬桿菌門和厚壁菌門,但在不同生境中細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)不同,可培養(yǎng)細(xì)菌的數(shù)量也因生境的改變而不同[9-13]。然而,目前對于冰川微生物的可培養(yǎng)研究仍不夠,且冰川微生物資源的流失從未停止。
冬克瑪?shù)妆ㄎ挥谔乒爬矫},其融水作為長江源頭之一,部分冰川微生物會隨融水進(jìn)入下游,這些幸存者中包含一些遠(yuǎn)古時(shí)期的細(xì)菌,可能對下游生態(tài)系統(tǒng)造成重大影響。該區(qū)域的氣候主要受西風(fēng)帶和印度洋季風(fēng)的影響,呈現(xiàn)出冬季干冷、夏季暖濕的特性[14],年平均氣溫為-5 ℃[15],降水集中于5—9 月,降水量436.6 mm,占全年比例為92.5%~94.1%[16]。相關(guān)可培養(yǎng)細(xì)菌的研究工作表明,冬克瑪?shù)妆ㄑ又屑?xì)菌來源于放線菌門、變形菌門和厚壁菌門,且放線菌門是優(yōu)勢門[13];而冰川前沿土壤可培養(yǎng)細(xì)菌研究同樣發(fā)現(xiàn)放線菌門是優(yōu)勢門,且25 ℃培養(yǎng)條件下分離的屬的豐度和多樣性大于4 ℃[17]。通過非培養(yǎng)手段研究發(fā)現(xiàn)冬克瑪?shù)妆┒吮韺颖突妆簿哂胁煌募?xì)菌群落[18]。這些研究表明:冰川中不同生境條件下,微生物的群落分布差異較大,可培養(yǎng)微生物在異質(zhì)的生境中系統(tǒng)進(jìn)化會發(fā)生改變[10]。目前,對于冬克瑪?shù)妆ㄎ⑸锏难芯坎欢?,且都只研究了一種冰川生境,同時(shí)研究雪、冰和融水3種生境能夠更系統(tǒng)全面地了解冰川生態(tài)系統(tǒng)可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性和群落構(gòu)成。
本文通過可培養(yǎng)方法,研究冬克瑪?shù)妆? 430 m、5 550 m 和5 670 m 海拔表層雪、表層冰及冰下融水3種生境中可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性及其群落結(jié)構(gòu)特征,發(fā)現(xiàn)疑似新種48 株,豐富了冬克瑪?shù)妆ㄎ⑸镔Y源的理論基礎(chǔ),對唐古拉山區(qū)域生態(tài)環(huán)境評估及微生物物種資源發(fā)掘有一定參考價(jià)值,以期為之后的冰川微生物研究提供科學(xué)依據(jù),為微生物資源庫提供數(shù)據(jù)支撐及菌種資源。
唐古拉山脈,位于中國西藏自治區(qū)東北部與青海省邊境處,東段為西藏與青海的界山,東南部延伸接橫斷山脈的云嶺和怒山。本研究樣品于2021年9月下旬在唐古拉山冬克瑪?shù)妆ǎ▓D1),海拔每隔120 m 采集冰、雪和融水樣品,采集的所有樣品用無菌采樣袋(Bombardier, 加拿大)和無菌瓶(比克曼,中國)分裝,每個(gè)海拔不同類型的樣品均采集三個(gè)平行樣(圖1)。將采集的樣品放入冰箱-20 ℃低溫保存運(yùn)回實(shí)驗(yàn)以進(jìn)行后續(xù)細(xì)菌培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)。
圖1 冬克瑪?shù)妆ú蓸狱c(diǎn)Fig. 1 Sampling sites of Dongkemadi Glacier
將解凍后的樣品使用定性濾紙過濾,然后取其中一部分用pH 測量儀(PT-10, Sartorius, 德國)對水體樣品pH 值進(jìn)行測定;取另一部分樣品用電導(dǎo)率測量儀(DDSJ-308A,上海雷磁)對水體電導(dǎo)率(electrical conductance, EC)進(jìn)行測量;Cl-、NO3-、SO42-、Na+、K+、Mg2+及Ca2+的含量均在中國科學(xué)院西北生態(tài)環(huán)境資源研究院冰凍圈科學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室測定,具體方法參照文獻(xiàn)[19]。
選用5 種不同的培養(yǎng)基:R2A 瓊脂培養(yǎng)基(R2A)、R2A 改良瓊脂培養(yǎng)基(R2A-Y,培養(yǎng)基中每升額外添加1 g酵母膏)、營養(yǎng)瓊脂、胰蛋白胨大豆肉湯培養(yǎng)基(TSB)和腦心浸出液肉湯(BHI),培養(yǎng)基參考德國菌種保藏中心(https://www.dsmz.de)配方。
在超凈臺中將冰樣置于滅菌的5 L 燒杯中,切除表面1 cm,取出冰樣置于無菌瓶在4 ℃冰箱緩慢融化,雪樣同樣置于4 ℃冰箱緩慢融化。在超凈臺中從冰樣和融水樣分別取200 μL 涂布于R2A、R2A-Y、營養(yǎng)瓊脂、TSB 和BHI 瓊脂培養(yǎng)基上。在超凈臺中將200 mL雪樣融水過濾到0.22 μm無菌Millipor微孔濾膜上,將濾膜懸浮在2 mL 0.9%的生理鹽水中,充分震蕩以懸浮細(xì)菌細(xì)胞,然后取200 μL 涂布在培養(yǎng)基表面進(jìn)行培養(yǎng)。所有樣品在無光條件下培養(yǎng),每種培養(yǎng)基做6個(gè)平行樣,其中3個(gè)置于25 ℃條件下培養(yǎng),另外3 個(gè)置于10 ℃條件下培養(yǎng)。培養(yǎng)1周后開始對25 ℃培養(yǎng)箱的平板進(jìn)行計(jì)數(shù)和不同表型特征菌落的分離和純化,3 周后開始對10 ℃培養(yǎng)箱的平板進(jìn)行同樣操作。分離、純化出的細(xì)菌加入25%的甘油混合后放置于凍存管中并保存至-80 ℃冰箱中。
對可培養(yǎng)細(xì)菌進(jìn)行16S rRNA基因的擴(kuò)增,引物采用通用引物27F(5′-AGAGTTTGATCCTGGCT CAG-3′)和1492R(5′-GGTTACCTTGTTACGACTT-3′)[20]。擴(kuò)增體系(25 μL):12.5 μLTaqDNA 聚合酶,10.5 μL ddH2O,1 μL 引物。擴(kuò)增反應(yīng)條件:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s 和72 ℃延伸45 s進(jìn)行30個(gè)循環(huán);最后72 ℃延伸20 min。PCR 擴(kuò)增的產(chǎn)物送至西安擎科生物公司進(jìn)行序列測定,將測定得到的16S rRNA 基因序列提交至GeneBank(NCBI)獲取序列登錄號:ON693689-ON693837。
將提交至NCBI 的16S rRNA 基因序列在EZBioCloud 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(www. ezbiocloud. net);clustal muscle 方法進(jìn)行比對,p-distance 方法計(jì)算的距離,選擇鄰近相接法對序列進(jìn)行分析;用MEGA11構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。
冰川樣品中,雪的pH 值呈弱酸性,5.71~5.86;EC 較低,3.45~5.51 μS·cm-1。Cl-、NO3-、Na+、Mg2+和Ca2+含量隨著海拔變化差異顯著;其中Na+、Mg2+和Ca2+含量隨海拔增加含量降低(表1)。雪樣的SO42-和K+含量隨著海拔變化無顯著性差異(表1)。
冰的pH 值的范圍為6.55~6.57,電導(dǎo)率較低,10.93~48.30 μS·cm-1。Cl-、Na+、K+、Mg2+、Ca2+、NO3-和SO42-含量隨著海拔變化差異顯著,其中NO3-和SO42-含量隨海拔增加而增加(表1)。
冰川融水的pH 值的范圍為6.93~7.30;電導(dǎo)率范圍在73.30~134.77 μS·cm-1之間。Na+、K+、Mg2+、Ca2+、Cl-、NO3-和SO42-含量隨著海拔變化差異顯著,其中Cl-、NO3-和SO42-含量隨著海拔增加而增加(表1)。
不同溫度下可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量顯著不同;在10 ℃培養(yǎng)條件下,10 ℃培養(yǎng)溫度下培養(yǎng)得到的細(xì)菌數(shù)量平均值為539 CFUs·mL-1,顯著高于25 ℃的189 CFUs·mL-1[圖2(a)]。雪樣在10 ℃培養(yǎng)條件下,可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量平均值是8 CFUs·mL-1,在25 ℃時(shí)是12 CFUs·mL-1,10 ℃培養(yǎng)得到的數(shù)量平均值低于25 ℃[圖2(b)];冰樣和融水樣在10 ℃培養(yǎng)條件下,培養(yǎng)得到的細(xì)菌數(shù)量平均值(冰樣1567 CFUs·mL-1,融水樣44 CFU·mL-1)均顯著高于25 ℃(冰樣528 CFU·mL-1,融水樣27 CFU·mL-1)[圖2(c)~2(d)]。
圖2 冬克瑪?shù)妆膳囵B(yǎng)細(xì)菌數(shù)量Fig. 2 Abundance of the culturable bacteria from the Dongkemadi Glacier
研究還發(fā)現(xiàn)不同樣品類型,培養(yǎng)得到的細(xì)菌數(shù)量也不同。在10 ℃培養(yǎng)條件下從雪、冰和融水樣培養(yǎng)得到的細(xì)菌數(shù)量顯著不同,表現(xiàn)為冰樣>融水樣>雪樣。在25 ℃從雪、冰和融水樣培養(yǎng)得到的細(xì)菌數(shù)量同樣表現(xiàn)為冰樣>融水樣>雪樣,但雪樣和融水樣間的差異性不顯著。
根據(jù)培養(yǎng)基上細(xì)菌菌落的表型特征,分離、純化得到149 株細(xì)菌。將這些細(xì)菌的16S rRNA 基因序列在EZBioCloud數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,分析發(fā)現(xiàn)冬克瑪?shù)妆ǚ蛛x出的菌株分別歸屬于4 個(gè)門,放線菌門(Actinobacteria)、變形菌門(Proteobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)和厚壁菌門(Firmicutes)。
本次研究共分離得到了放線菌門中的16個(gè)屬,分別是庫克菌屬(Kocuria)、微桿菌屬(Microbacterium)、節(jié)桿菌屬(Arthrobacter)、假節(jié)桿菌屬(Pseudarthrobacter)、紅球菌屬(Rhodococcus)、土壤球菌屬(Agrococcus)、密執(zhí)安棍狀桿菌屬(Clavibacter michiganensis)、類諾卡氏菌屬(Nocardioides)、纖維素單胞菌屬(Cellulomonas)、血桿菌屬(Sanguibacter)、鏈霉菌屬(Streptomyces)、冷桿菌屬(Cryobacterium)、氣微菌屬(Aeromicrobium)、居真菌細(xì)菌屬(Mycetocola)、根戈德里谷氨酸桿屬(Paeniglutamicibacter)和鹽地桿菌屬(Salinibacterium),庫克菌屬為優(yōu)勢屬(圖3)。
圖3 放線菌門可培養(yǎng)細(xì)菌基于16S rRNA基因序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹Fig. 3 Phylogenetic tree of Actinobacteria culturable bacteria based on 16S rRNA gene sequence
變形菌門中分離得到13個(gè)屬,分別是馬賽菌屬(Massilia)、鞘氨醇單胞菌屬(Sphingomonas)、短波單胞菌屬(Brevundimonas)、鞘氨醇盒菌屬(Sphingopyxis)、紫色桿菌屬(Janthinobacterium)、不動(dòng)桿菌屬(Acinetobacter)、副球菌屬(Paracoccu)、嗜冷桿菌屬(Psychrobacter)、極單胞菌屬(Polaromonas)、皺紋單胞菌屬(Rugamonas)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、Aquirhabdus和紅育菌屬(Rhodoferax),馬賽菌屬為優(yōu)勢屬(圖4)。
圖4 變形菌門可培養(yǎng)細(xì)菌基于16S rRNA基因序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹Fig. 4 Phylogenetic tree of Proteobacteria culturable bacteria based on 16S rRNA gene sequence
擬桿菌門中分離出4 個(gè)屬,分別是黃桿菌屬(Flavobacterium)、薄層菌屬(Hymenobacter)、土地桿菌屬(Pedobacter)和Kaistella,其中黃桿菌屬是優(yōu)勢屬(圖5)厚壁菌門分離出3個(gè)屬,分別是芽孢桿菌屬(Bacillus)、微小桿菌屬(Exiguobacterium)和類芽孢桿菌(Paenibacillus),芽孢桿菌屬是優(yōu)勢屬(圖6)。
圖6 厚壁菌門可培養(yǎng)細(xì)菌基于16S rRNA基因序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹Fig. 6 Phylogenetic tree of Firmicutes culturable bacteria based on 16S rRNA gene sequence
研究表明,16S rRNA 基因同一性為98.7%作為物種級臨界值[21],本研究中發(fā)現(xiàn)與已分離發(fā)表的菌種相似度低于98.7%的細(xì)菌有46 株,均為潛在新種。
統(tǒng)計(jì)不同溫度下可培養(yǎng)細(xì)菌物種發(fā)現(xiàn),不同培養(yǎng)溫度,培養(yǎng)得到的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)不同,具體表現(xiàn)在物種數(shù)目和組成。在10 ℃培養(yǎng)條件下,共分離出55個(gè)種(28個(gè)屬),而在25 ℃只分離出43個(gè)種(23個(gè)屬)。有些細(xì)菌只在一個(gè)培養(yǎng)溫度發(fā)現(xiàn),氣微菌屬、冷桿菌屬、居真菌細(xì)菌屬、根戈德里谷氨酸桿屬、鹽地桿菌屬、Aquirhabdus、副球菌屬、嗜冷桿菌屬、極單胞菌屬、皺紋單胞菌屬、假單胞菌屬、黃桿菌屬和土地桿菌屬只從10 ℃培養(yǎng)溫度分離得到,纖維素單胞菌屬、密執(zhí)安棍狀桿菌屬、血桿菌屬、不動(dòng)桿菌屬、副球菌屬、鞘氨醇盒菌屬、芽孢桿菌屬和微小桿菌屬只從25 ℃培養(yǎng)溫度分離得到,而其他屬在兩個(gè)培養(yǎng)溫度下均能分離得到[圖7(a)]。
圖7 冬克瑪?shù)妆膳囵B(yǎng)細(xì)菌物種數(shù)(a)和CFU(b)Fig. 7 Number of species (a) and colony forming units (b) of the culturable bacteria from the Dongkemadi Glacier
研究還發(fā)現(xiàn),不同生境,培養(yǎng)得到的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)也不同。本次培養(yǎng)共分離出36個(gè)屬,雪中分離出8 個(gè)屬,冰中28 個(gè),融水中14 個(gè)。在10 ℃培養(yǎng)條件下,雪中分離出5 個(gè)種,冰中35 個(gè),融水中21 個(gè);在25 ℃下,雪中分離出5 個(gè)種,冰中32 個(gè),融水中8個(gè)。微桿菌屬在3 種生境中均能分離得到,土壤球菌屬僅在雪樣中分離得到;纖維素單胞菌屬、密執(zhí)安棍狀桿菌屬、庫克菌屬、居真菌細(xì)菌屬、根戈德里谷氨酸桿屬、假節(jié)桿菌屬、鹽地桿菌屬、血桿菌屬、不動(dòng)桿菌屬、紫色桿菌屬、嗜冷桿菌屬、假單胞菌屬、皺紋單胞菌屬和微小桿菌屬僅在冰樣中分離得到;氣微菌屬、類諾卡氏菌屬、Aquirhabdus、紅育菌屬、鞘氨醇盒菌屬和類芽孢桿菌僅在融水樣中分離得到[圖7(a)]。
在10 ℃和25 ℃培養(yǎng)條件下,放線菌門均為優(yōu)勢門,分別占60.64%和77.76%,在屬水平上,以庫克菌屬(24.49%和44.31%)、微桿菌屬(19.83%和25.52%)和馬賽菌屬(10.35%和4.48%)為優(yōu)勢屬。冰樣中的最優(yōu)勢屬為庫克菌屬,而融水樣和雪樣中的最優(yōu)勢屬均為微桿菌屬[圖7(b)]。
辛普森多樣性指數(shù)(Simpson’s diversity index)、物種均勻度指數(shù)(species evenness index)、香農(nóng)-威納指數(shù)(Shannon-Weiner index)和物種數(shù)目(number of species)4個(gè)多樣性指數(shù)的統(tǒng)計(jì)結(jié)果均表明不同培養(yǎng)溫度,冬克瑪?shù)妆? 種樣品總的可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性不同,且10 ℃培養(yǎng)條件下,可培養(yǎng)細(xì)菌的多樣性高于25 ℃[圖8(a)]。
圖8 冬克瑪?shù)妆膳囵B(yǎng)細(xì)菌α-多樣性(a)和β-多樣性(b)Fig. 8 α-diversity (a) and β-diversity (b) of the culturable bacteria from the Dongkemadi Glacier
4 個(gè)多樣性指數(shù)的統(tǒng)計(jì)結(jié)果均發(fā)現(xiàn)不同生境,可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性也不同。其中,香農(nóng)-威納指數(shù)和物種數(shù)目的統(tǒng)計(jì)結(jié)果一致,在10 ℃和25 ℃兩個(gè)培養(yǎng)條件下多樣性均表現(xiàn)為冰樣>融水樣>雪樣。兩個(gè)溫度培養(yǎng)條件下辛普森多樣性一致表現(xiàn)為融水樣>冰樣>雪樣[圖8(a)]。10 ℃培養(yǎng)條件下物種均勻度:雪樣>融水樣>冰樣;25 ℃培養(yǎng)條件下物種均勻度:融水樣>雪樣>冰樣[圖8(a)]。NMDS 圖結(jié)果顯示冬克瑪?shù)妆?種不同生境的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)明顯不同,且相比雪樣,冰樣與融水樣的可培養(yǎng)細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)更相近[圖8(b)]。
本研究從冬克瑪?shù)妆ǚ蛛x得到的可培養(yǎng)細(xì)菌可分為4個(gè)門,分別是放線菌門、變形菌門、擬桿菌門和厚壁菌門,與其他冰川研究結(jié)果一致[10,13,22-24]。無論在可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量還是物種數(shù)目方面,放線菌門都是冰川生態(tài)系統(tǒng)的優(yōu)勢菌門[25-27],本研究中冬克瑪?shù)妆ㄒ灿蓄愃频慕Y(jié)果。
不同溫度下冬克瑪?shù)妆膳囵B(yǎng)細(xì)菌的數(shù)量顯著不同,在10 ℃培養(yǎng)條件下可培養(yǎng)細(xì)菌的數(shù)量高于25 ℃。相關(guān)研究結(jié)果表明,不同培養(yǎng)溫度下可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量差異顯著[17],可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量與溫度呈負(fù)相關(guān)關(guān)系[28-29]。冰川細(xì)菌經(jīng)過了一定時(shí)間的反復(fù)融凍和低溫封存,冰樣和融水樣的細(xì)菌群落已發(fā)生了變化,部分不耐冷的細(xì)菌因不適應(yīng)低溫環(huán)境而被淘汰,存活下來的細(xì)菌可能更適應(yīng)低溫環(huán)境。冷桿菌屬、嗜冷桿菌屬和極單胞菌屬等只在10 ℃培養(yǎng)條件下被分離的耐冷細(xì)菌,極大可能在冰川消融的大趨勢下消失;而纖維素單胞菌屬、血桿菌屬和副球菌屬這些只在25 ℃培養(yǎng)溫度分離得到的非耐冷細(xì)菌,隨著冰川消融,它們可能在經(jīng)過低水溫的冰前河流時(shí)就被淘汰。
本研究結(jié)果與其他冰川對比,包括安第斯山脈玻利瓦爾冰川[26]、北極斯瓦爾巴群島冰川[30]、卓奧友峰冰川[31]、天山烏魯木齊河源1 號冰川[32-33]、老虎溝12 號冰川[33-34]和慕士塔格冰川[22,33,35]等[11,36-38]。結(jié)果發(fā)現(xiàn)包括優(yōu)勢屬(庫克菌屬、微桿菌屬和馬賽菌屬)在內(nèi)的28 個(gè)屬在其他冰川均被發(fā)現(xiàn),而纖維素單胞菌屬、假節(jié)桿菌屬、根戈德里谷氨酸桿屬、血桿菌屬、Aquirhabdus、皺紋單胞菌屬、鞘氨醇盒菌屬和Kaistella在其他冰川未見報(bào)道。冬克瑪?shù)妆òl(fā)現(xiàn)的細(xì)菌門和優(yōu)勢屬在其他冰川相關(guān)研究中也被發(fā)現(xiàn),可能是由于這些冰川相似的極端環(huán)境對于細(xì)菌的選擇性造就了細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的相似性。冬克瑪?shù)妆ù嬖诖罅开?dú)有的屬,這可能是由于其微生物來源不同,并且受到溫度、濕度、太陽輻射程度和營養(yǎng)水平等一系列環(huán)境條件的影響而造成的[39]。研究還發(fā)現(xiàn)疑似新種49 株,分離的可培養(yǎng)細(xì)菌中32.21%為潛在新種,說明冰川是一個(gè)極好的微生物資源庫[40],可以為冰凍圈微生物資源開發(fā)及利用提供數(shù)據(jù)支撐及菌種資源。目前,冰川消融的情況十分嚴(yán)峻,在冰川消失前相關(guān)領(lǐng)域的科研工作者應(yīng)盡力保存微生物資源以便進(jìn)一步研究和利用[41]。
比較三種生境可培養(yǎng)細(xì)菌的多樣性指數(shù),發(fā)現(xiàn)不同生境中可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性不同。不同生境中可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量差異顯著。在其他冰川也發(fā)現(xiàn)了類似現(xiàn)象,有研究表明崇測冰帽雪樣、土樣和冰磧物中的可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量差異很大[10];祁連山七一冰川雪和融水中的可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量差異同樣很大[38]。冰樣中可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量遠(yuǎn)高于融水樣和雪樣,這可能與樣品中的非水溶性固形物有關(guān),冰樣中非水溶性固形物含量最多,為細(xì)菌提供了穩(wěn)定棲息的微環(huán)境。
在屬水平雪樣、冰樣和融水樣中發(fā)現(xiàn)的細(xì)菌有重合,但部分屬是單一樣品獨(dú)有的。相似結(jié)果在其他冰川也有報(bào)道,如崇測冰帽雪樣、土樣和冰磧物[10,42];青藏高原竹溪冰川融化池和冰周河流[42];玉龍雪山白水1 號冰川前沿土壤和融水[44]。這3 種生境重合的細(xì)菌是微桿菌屬,在其他冰川的生境中也比較常見[24,27,45],微桿菌屬還是冬克瑪?shù)妆ǖ膬?yōu)勢屬,其很有可能在冰川生態(tài)系統(tǒng)中穩(wěn)定發(fā)揮重要作用。冰樣中發(fā)現(xiàn)的屬最多,雪樣有75%的屬與冰樣重合,融水樣有64.3%的屬與冰樣重合,雪樣只有12.55%的屬與融水樣重合;說明相比融水樣,雪樣和冰樣的群落相似度更高;且相比雪樣,融水樣和冰樣的群落相似度更高。冬克瑪?shù)妆?月末的平均溫度在0 ℃以下[15],冰川雪消融較少,冰川融水大部分來自受冰體壓力和地?zé)崛诨牡讓颖瑢?dǎo)致了雪與融水細(xì)菌群落差異巨大。
研究發(fā)現(xiàn)冬克瑪?shù)妆膳囵B(yǎng)細(xì)菌數(shù)量與Cl-、K+和Ca2+的含量,以及pH 和EC 呈正相關(guān)關(guān)系,與海拔(EL)呈反相關(guān)關(guān)系(表2)。相關(guān)研究表明,K+和Ca2+等離子濃度可代表冰雪中粉塵的含量[46-47],粉塵不僅可作為細(xì)菌的“載體”,將微生物從冰川周圍環(huán)境中攜帶至冰川,其中還含有微生物賴以生存的營養(yǎng)物質(zhì),為微生物提供了生存的微生態(tài)環(huán)境。已有的研究表明pH 值同樣對細(xì)菌數(shù)量影響顯著[48-49],主要原因可能是本次雪樣的pH 呈弱酸性,而冰和融水的pH 值均在7左右,中性的環(huán)境更適合絕大多數(shù)細(xì)菌的生存。
表2 可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性與環(huán)境因子的相關(guān)性Table 2 Correlation between culturable bacterial diversity and environmental factor
研究結(jié)果表明,環(huán)境因子還會影響微生物群落的多樣性[50-51]。在之前冰川微生物相關(guān)研究中未發(fā)現(xiàn)多樣性與Cl-濃度的明顯相關(guān)性,但在鹽堿化土壤微生物的研究中發(fā)現(xiàn)了與本研究相似的結(jié)果[50]。對于pH 值與細(xì)菌多樣性的相關(guān)性,部分研究與本研究有類似的結(jié)論[52],但還有研究結(jié)果表明pH 值與細(xì)菌多樣性在不同生境的相關(guān)關(guān)系不同[53]。pH值與細(xì)菌多樣性的相關(guān)關(guān)系受生境酸堿性影響,大多微生物更適合中性環(huán)境,環(huán)境是酸性時(shí),pH 值與細(xì)菌多樣性是正相關(guān)關(guān)系[54-55],環(huán)境是堿性時(shí),pH值與細(xì)菌多樣性是負(fù)相關(guān)關(guān)系[56]。
本研究以冬克瑪?shù)妆ㄑ?、冰和融水為研究對象,分離得到三類樣品中放線菌門、變形菌門、擬桿菌門和厚壁菌門,其中放線菌門是優(yōu)勢菌門。雪樣在不同培養(yǎng)溫度下得到的可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量差異不顯著;而冰樣和融水樣在不同培養(yǎng)溫度下得到的可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量差異顯著。
冰樣中可培養(yǎng)細(xì)菌數(shù)量遠(yuǎn)高于融水樣和雪樣,這可能與樣品中的非水溶性固形物有關(guān),冰樣中非水溶性固形物含量最多,為細(xì)菌提供了穩(wěn)定棲息的微環(huán)境。在屬水平,雪樣、冰樣和融水樣中發(fā)現(xiàn)的細(xì)菌有重合,雪樣和冰樣的群落相似度更高。
Cl-、K+、Ca2+、Na+和Mg2+的含量和pH 與冬克瑪?shù)妆膳囵B(yǎng)細(xì)菌數(shù)量和多樣性均呈正相關(guān)關(guān)系,且與Cl-、Ca2+的含量和pH 的相關(guān)性較大,這可能與冰川中粉塵的含量有關(guān)。
研究發(fā)現(xiàn)疑似新種49株,分離的可培養(yǎng)細(xì)菌中32.21%為潛在新種,說明冰川是一個(gè)極好的微生物資源庫,可以為冰凍圈微生物資源開發(fā)及利用提供數(shù)據(jù)支撐及菌種資源。
致謝:對唐古拉冰凍圈與環(huán)境觀測研究站全體成員在本研究采樣階段提供的幫助與指導(dǎo)表示衷心的感謝。