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3 個蘋果新品種病毒病的發(fā)生狀況及ASSVd 序列分析

2023-07-27 16:26:23陳榮鑫鐘遠聞孫魯龍王輝王伯臣賈榮儉趙政陽
果樹學報 2023年6期

陳榮鑫 鐘遠聞 孫魯龍 王輝 王伯臣 賈榮儉 趙政陽

摘要:【目的】近年來,蘋果病毒病的發(fā)生日趨嚴重,對產(chǎn)業(yè)的健康發(fā)展造成了嚴重影響,但是其在蘋果新品種瑞陽、瑞雪、瑞香紅上的發(fā)病狀況尚不明確?!痉椒ā吭?021—2022 年采用RT-PCR方法對白水地區(qū)198 份新品種樣品進行病毒病檢測,并對感染蘋果銹果類病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)植株的果實癥狀進行了調(diào)查和基因克隆、測序?!窘Y(jié)果】檢測結(jié)果顯示白水地區(qū)新品種潛隱性病毒的感病率顯著高于非潛隱性病毒,其中蘋果褪綠葉斑病毒(apple chloroticleaf spot virus,ACLSV)的檢出率最高,達到了91.72%,其次是蘋果莖溝病毒(apple stem grooving virus,ASGV)和蘋果莖痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV),檢出率分別達到了77.16%、37.13%,蘋果壞死花葉病毒(apple necroticmosaic virus,ApNMV)的檢出率為30.31%,蘋果銹果類病毒和蘋果凹果類病毒(apple dimple fruit viroid, ADFVd)的檢出率接近10%;通過對新品種攜帶病毒類型分析發(fā)現(xiàn),新品種瑞陽整體的檢出率低于瑞雪和瑞香紅,且73.17%植株病毒復(fù)合侵染種類以2~3 種為主,而瑞雪、瑞香紅57.55%、69.39%的植株以3~4 種為主;3 個新品種感染蘋果銹果類病毒后,瑞陽主要表現(xiàn)為“花臉型”,瑞雪、瑞香紅表現(xiàn)為“花臉型”“果面凹凸不平”2 種癥狀;通過對3 個新品種ASSVd分離物進行測序、分析,發(fā)現(xiàn)新品種瑞陽分離物與伊朗蘋果分離物(KM213397.1)同屬一個分支,新品種瑞雪、瑞香紅分離物序列與韓國、加拿大蘋果分離物(AF421195.1、X71599.1)同屬一個分支。【結(jié)論】檢測結(jié)果表明,白水地區(qū)3 個新品種蘋果褪綠葉斑病毒、蘋果莖溝病毒感病率較高,非潛隱性病毒的感病率相對較低,且新品種瑞陽對病毒的敏感性較低;新品種瑞雪、瑞香紅蘋果銹果類病毒分離物屬于同一分支,而它們擁有共同的親本(克氏粉紅×秦富1 號),這從寄主親緣關(guān)系遠近的角度表明ASSVd侵染存在寄主特異性。

關(guān)鍵詞:蘋果新品種;病毒?。籖T-PCR檢測;ASSVd

中圖分類號:S661.1 文獻標志碼:A 文章編號:1009-9980(2023)06-1215-11

蘋果(Malus × domestica Borkh.)是我國重要的經(jīng)濟作物,國家統(tǒng)計局數(shù)據(jù)顯示,2021年全國蘋果種植面積約為208.8萬hm2,總產(chǎn)量約為4 597.34萬t。近年來,我國蘋果產(chǎn)業(yè)快速發(fā)展,苗木流通日益頻繁,加上田間栽培管理粗放,致使病毒病的蔓延加快[1]。其中對我國危害較為嚴重的病毒有6 種,分別是蘋果莖溝病毒(apple stem grooving virus,ASGV)、蘋果莖痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)、蘋果褪綠葉斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)3 種潛隱性病毒和蘋果壞死花葉病毒(applenecrotic mosaic virus,ApNMV)、蘋果銹果類病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)、蘋果凹果類病毒(apple dimple fruit viroid,ADFVd)3 種非潛隱性病毒[2-3]。潛隱性病毒侵染樹體后不會表現(xiàn)出明顯的癥狀,但會影響苗木的生長發(fā)育,較健康植株相比生長量降低10%~36%,產(chǎn)量減少16%~46%[4]。非潛隱性病毒在侵染樹體后會表現(xiàn)出明顯的癥狀,其中蘋果壞死花葉病毒會引起植株葉片斑駁、黃化、褪綠,導(dǎo)致葉綠素的降解,光合能力下降,嚴重影響植株的產(chǎn)量、果實品質(zhì)[5-6]。蘋果銹果類病毒和蘋果凹果類病毒在枝干和葉片中無明顯癥狀,但蘋果銹果類病毒會使果實表面呈現(xiàn)花臉、銹果、花臉-銹果復(fù)合型、環(huán)斑型和綠點型5 種癥狀,蘋果凹果類病毒使得感病果實表面凹陷,這兩種病毒均會導(dǎo)致果實喪失商品價值,影響蘋果產(chǎn)業(yè)持續(xù)健康發(fā)展[7-9]。

蘋果銹果類病毒屬于馬鈴薯紡錘塊莖類病毒科(Pospivioidae)蘋果銹果類病毒屬(Apscaviroid),是日本學者Hashimoto 等[10]首次發(fā)現(xiàn)的。近年來,多位學者對蘋果銹果類病毒是否存在地區(qū)?;院图闹鲗;赃M行了研究,結(jié)果均表明該病毒侵染不存在明顯的地區(qū)?;裕嬖诩闹魈禺愋訹11-13];邢飛等[14]對感染蘋果銹果類病毒的中秋王和寒富的序列進行測定發(fā)現(xiàn)兩者的主流序列完全一致,但兩者表現(xiàn)癥狀不同,說明寒富對蘋果銹果類病毒的抗性較強。蘋果新品種瑞陽、瑞雪、瑞香紅是西北農(nóng)林科技大學趙政陽團隊培育的優(yōu)質(zhì)晚熟新品種。瑞陽是由秦冠和長富2 號雜交選育而成的紅色品種[15]。瑞雪、瑞香紅的親本均為秦富1 號和克氏粉紅[16-17]。目前,隨著矮化栽培以及高接換頭技術(shù)的推廣,新品種栽培面積在不斷擴大,但是對新品種病毒病的發(fā)生、分布狀況尚不明確。因此,筆者所在課題組對渭南市白水縣栽植的新品種病毒病發(fā)生狀況進行了系統(tǒng)調(diào)查,采用RT-PCR方法檢測了198 份樣品6 種病毒的感染情況,旨在探究新品種病毒病的危害程度。此外,對感染蘋果銹果類病毒的新品種樣品進行基因組序列分析,明確蘋果銹果類病毒在新品種上的變異情況,為新品種病毒病的檢測及無病毒苗木的推廣提供有效的參考依據(jù)。

1 材料和方法

1.1 試驗材料

2021—2022 年4—10 月在陜西省渭南市白水縣種植新品種瑞陽、瑞雪、瑞香紅的果園(表1)采用五點采樣法,采集了198 份葉片樣品,放入5 mL凍存管,用4 ℃保溫箱帶回實驗室,后用液氮速凍,放于-80 ℃冰箱進行保存、備用;蘋果莖溝病毒、蘋果莖痘病毒、蘋果褪綠葉斑病毒的陽性對照為實驗室保存的攜帶有3 種病毒的組培苗,蘋果銹果類病毒、蘋果凹果類病毒、蘋果壞死花葉病毒的陽性對照為質(zhì)粒,陰性對照均為實驗室保存的脫毒苗;對蘋果銹果類病毒序列分析的樣品為上述檢測出的陽性樣品;測定果實品質(zhì)指標的試驗材料來源于白水蘋果試驗站的瑞雪,經(jīng)病毒檢測,所有植株均為復(fù)合侵染的植株,但不感染蘋果凹果類病毒,健康果實為不攜帶蘋果銹果類病毒的3 棵植株,“花臉型”和“果面凹凸不平”的是攜帶了蘋果銹果類病毒的植株各3 株,在果實采收期,采收每棵果樹樹冠外圍果實各10個,進行果實品質(zhì)測定。

1.2 植物總RNA的提取、反轉(zhuǎn)錄

采用CTAB 法提取植物總RNA[18]。取0.5 g 樣品,在液氮下研磨成粉末狀,經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳和紫外分光光度計檢測RNA完整性和純度后,使用EasyScript? One- Step gDNA Removal and cDNA SynthesisSuperMix(北京全式金生物技術(shù)有限公司)將RNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA,用于病毒檢測。

1.3 病毒檢測

RT-PCR 病毒檢測反應(yīng)體系為25 μL,2×Es TaqMastermix(Dye)(北京康為生物科技有限公司)12.5 μL,上下游引物10 μmol ·L-1各1 μL,cDNA 為1 μL,無菌ddH2O 9.5 μL;PCR 反應(yīng)程序:預(yù)變形94 ℃,2 min;變形94 ℃,30 s;退火溫度,30 s;延伸72 ℃,30 s;35 個循環(huán);終延伸72 ℃,10 min。病毒檢測所用的引物均參照已經(jīng)發(fā)表的序列[19-24],由北京擎科生物科技有限公司合成,引物序列、擴增的目標片段、退火溫度如表2 所示。

檢出率(%)=檢出樣本數(shù)/樣本總數(shù)×100。

復(fù)合侵染率(%)=感染N種病毒的植株數(shù)/總樣本數(shù)×100。

1.4 果實品質(zhì)測定方法

單果質(zhì)量利用電子稱重器測量,縱徑、橫徑采用游標卡尺進行測定,可溶性固形物含量利用ATAGO(PAL-1)手持數(shù)顯折光儀測定,可滴定酸含量利用GMK-835F 型酸度計測定,固酸比為可溶性固形物含量/可滴定酸含量,硬度采用FTA GS-15 型水果質(zhì)地分析儀隨機在果實中部選取3 個點,削除果皮進行測定,色澤參數(shù)(L*表示果實光澤明亮程度、a*表示果實底色的紅綠程度、b*表示果實面色的黃藍程度)采用Minolta CR-400 型色差計在果實表面的赤道部位隨機選取5 個點進行測定,所有數(shù)據(jù)求平均值后使用。

1.5 PCR產(chǎn)物的回收、測序

取蘋果銹果類病毒的陽性樣本進行基因克隆,將PCR 反應(yīng)產(chǎn)物點于1.2%的瓊脂糖凝膠上進行電泳,并在凝膠成像儀下觀察電泳結(jié)果,再將擴增出的目標片段切下,放入提前準備好的1.5 mL離心管,按PCR產(chǎn)物純化回收試劑盒[生工生物工程(上海)股份有限公司]說明書進行產(chǎn)物回收,后將回收得到的片段與pMD19-T 載體進行連接,熱擊轉(zhuǎn)化入DH5α 大腸桿菌感受態(tài)細胞(北京擎科生物科技有限公司),最后將篩選后得到的陽性克隆,交送北京擎科生物科技有限公司測序。

1.6 數(shù)據(jù)分析

使用Excel 軟件進行數(shù)據(jù)分析、作圖,使用IBMSPSS Statistics 23.0 軟件對數(shù)據(jù)進行多重差異顯著性分析,測序結(jié)果采用NCBI 中Blast 進行相似性查找,使用MEGA7.0 軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進化樹,利用DNAMAN軟件進行序列相似性比對分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 蘋果新品種病毒病發(fā)生狀況

如圖1 所示,通過對蘋果新品種病毒病發(fā)生情況的調(diào)查分析,表明白水地區(qū)新品種瑞陽、瑞雪、瑞香紅均受到6 種病毒病的侵染,且潛隱性病毒的檢出率明顯高于非潛隱性病毒。在3 種潛隱性病毒中,蘋果褪綠葉斑病毒的發(fā)病狀況最為嚴重,檢出率達到了91.72%,其次是蘋果莖溝病毒,檢出率為77.16% ,蘋果莖痘病毒的檢出率相對較低,為37.13%,3 種非潛隱性病毒中,蘋果壞死花葉病毒的檢出率較高,檢出率達到了30.31%,蘋果銹果類病毒和蘋果凹果類病毒的檢出率相對較低,均不到10%(圖2)。

2.2 蘋果新品種攜帶病毒類型

調(diào)查結(jié)果顯示,蘋果新品種瑞陽、瑞雪、瑞香紅潛隱性病毒的檢出率遠遠高于非潛隱性病毒,且均為蘋果褪綠葉斑病毒的檢出率最高,蘋果銹果類病毒和蘋果凹果類病毒的檢出率最低,這與上述結(jié)果基本一致。如圖3 所示,在3 個新品種中,瑞陽蘋果莖痘病毒和蘋果壞死花葉病毒的檢出率低于瑞雪和瑞香紅,分別為14.63%、17.07%;瑞雪蘋果壞死花葉病毒、蘋果銹果類病毒、蘋果凹果類病毒的檢出率均高于瑞陽、瑞香紅,其中蘋果壞死花葉病毒的檢出率分別是瑞陽、瑞香紅的2.65 倍、1.58 倍;瑞香紅蘋果莖痘病毒、蘋果褪綠葉斑病毒的檢出率最高,其中蘋果莖痘病毒的檢出率是瑞陽的4.74 倍,瑞雪的2.54倍,蘋果銹果類病毒、蘋果凹果類病毒的檢出率在3 個新品種中最低。在蘋果新品種病毒病復(fù)合侵染狀況中,瑞陽73.17%植株被2~3 種病毒復(fù)合侵染,而瑞雪、瑞香紅57.55%、69.39%的植株被3~4 種病毒復(fù)合侵染;此外,雖然3 個新品種均未檢出被6 種病毒復(fù)合侵染的植株,但不攜帶病毒的植株占比也較少(圖4)。

2.3 蘋果銹果類病毒在新品種上的表現(xiàn)

如圖5 所示,新品種瑞陽、瑞雪、瑞香紅的健康果實表面光滑、著色均勻(A1、B1、C1),而瑞陽感染蘋果銹果類病毒后主要表現(xiàn)為“花臉型”癥狀,果實完成著色后,表面為斑點式的紅黃相間(A2、A3);新品種瑞雪、瑞香紅感病后有兩種主要表現(xiàn)類型,一種是“果面凹凸不平”,其中瑞雪果實在果面癥狀較為明顯,果梗、果洼處無明顯癥狀,瑞香紅果實果面、果梗處癥狀較為明顯,褶皺嚴重,果洼處無明顯癥狀(B2、C2);另一種是“花臉型”,瑞雪為黃綠色果實,感染病毒后,在果實陽面呈現(xiàn)紅綠相間的花臉癥狀,果實陰面無花臉狀或癥狀較輕,瑞香紅果實為鮮紅色,感病果實“花臉型”的在陽面果實呈現(xiàn)紅黃相間,陰面無癥狀或癥狀較輕(B3、C3)。因瑞雪為黃綠色果實,感染病毒后無論是“花臉型”,還是“果面凹凸不平”,表現(xiàn)癥狀極為明顯,所以對瑞雪表現(xiàn)“花臉型”“果面凹凸不平”及“健康果實”生理指標進行測定(表3)。結(jié)果表明感染蘋果銹果類病毒后,與健康果實相比較,“花臉型”“果面凹凸不平”的果實單果質(zhì)量下降了127.72~144.33 g,果實縱徑減小了148.56~158.07 mm、橫徑減小了104.91~113.04 mm,影響了產(chǎn)量;果實色澤上L*、b*值不存在顯著差異,但因“花臉型”果實感染病毒后果實呈現(xiàn)一定的紅色,使得a*值增大,但“果面凹凸不平”果實a*值減小,嚴重影響了果實的外在品質(zhì);同時兩種癥狀果實的硬度增加了0.9~1.02 kg·cm-2,固酸比增加了5.59~20.05,影響果實的口感和內(nèi)在品質(zhì);尤其以“花臉型”對產(chǎn)量、內(nèi)外在品質(zhì)影響更為嚴重。

2.4 蘋果銹果類病毒序列分析及比對

新品種瑞陽、瑞雪和瑞香紅感病樣本基因克隆結(jié)果如圖6 所示,經(jīng)連接、轉(zhuǎn)化每個品種均獲得了8條序列。通過MEGA7.0 軟件構(gòu)建鄰接法(neighborjoiningmethod,NJ)系統(tǒng)發(fā)育樹。由進化樹可以看出現(xiàn)有分離物可分為2 組,白水地區(qū)新品種感染的蘋果銹果類病毒基因組序列和新疆蘋果(MN598204.1、MN598215.1)的相似性較高,其中瑞雪、瑞香紅和新疆蘋果(MN598204.1)的親緣關(guān)系近,與韓國、加拿大蘋果分離物(AF421195.1、X71599.1)同屬于Ⅰ 組;瑞陽與新疆蘋果(MN598215.1)相似性最高,與伊朗蘋果分離物(KM213397.1)同屬于Ⅱ組(圖7)。

如圖8 所示,測序結(jié)果表明新品種瑞陽、瑞雪、瑞香紅感染的蘋果銹果類病毒序列長度分別為332、329、329 nt,與NCBI 中發(fā)布的序列MN598204.1、MN598215.1 進行比對,發(fā)現(xiàn)其同源性均超過99%。通過DNAMAN軟件比對發(fā)現(xiàn),瑞陽分離物序列與MN598215.1 相似性達到99.4%,瑞雪、瑞香紅分離物序列與MN598204.1 相似性分別達到了99.4%、98.4%;其中,瑞陽分離物序列與新疆蘋果分離物(MN598215.1)相比為103 位、328 位的G堿基突變?yōu)锳堿基,瑞雪與MN598204.1 序列相比在122 位發(fā)生了堿基缺失,135 位堿基由T突變?yōu)镃,瑞香紅與MN598204.1 序列相比228 位發(fā)生了堿基缺失,164 位堿基由T突變?yōu)镃,204 位堿基由A突變?yōu)門,329、330 位堿基由GG突變?yōu)門C。

3 討論

蘋果病毒病在我國蘋果栽培區(qū)域內(nèi)廣泛發(fā)生,因其主要通過嫁接的方式進行傳播,且目前尚無有效的藥劑來防止病毒病,這嚴重地影響了蘋果產(chǎn)業(yè)的健康發(fā)展[25]。目前,國內(nèi)已有多位學者對我國蘋果主產(chǎn)區(qū)病毒病的分布進行過研究,總體結(jié)果表明,我國栽培品種普遍都攜帶有病毒病,且復(fù)合侵染現(xiàn)象明顯,其中潛隱性病毒發(fā)病率較高,部分地區(qū)復(fù)合侵染率超過90%,蘋果銹果類病毒和蘋果凹果類病毒的發(fā)病率雖然較低,但是有逐年增加的趨勢[1,7,26]。因此新品種在進行推廣的過程中要注意病毒病的防控。筆者在本研究中采用RT-PCR方法對白水地區(qū)新品種6 種病毒病的發(fā)生狀況進行了調(diào)查,初步明確白水地區(qū)的新品種主要被3 種潛隱性病毒侵染,而3 種非潛性病毒的感病率相對較低。目前,高接換頭是一項解決果園老化、品種單一問題的技術(shù)[27]。白水地區(qū)3 個新品種的更新也主要采用高接換頭的方式,而新品種瑞陽整體的病毒檢出率、被病毒復(fù)合侵染的種類均低于瑞雪和瑞香紅,這表明瑞陽更不易被病毒感染。

蘋果銹果類病毒作為非潛隱性病毒的一種,主要侵染的寄主有蘋果、梨、櫻桃、杏等,梨樹是其不顯癥寄主,蘋果和梨混栽的果園蘋果銹果類病毒發(fā)病率高[28]。蘋果銹果類病毒一旦侵染樹體,嚴重影響果實的商品價值,對蘋果產(chǎn)業(yè)持續(xù)健康發(fā)展的危害極大。近年來蘋果銹果類病毒在我國的發(fā)生率不斷增加,孫玚等[29]對云南省3 個蘋果產(chǎn)區(qū)蘋果主要病毒與類病毒調(diào)查檢測結(jié)果顯示蘋果銹果類病毒檢出率在18.57%~61.54%;陳冉冉等[30]對我國6 個蘋果產(chǎn)區(qū)疑似感染蘋果銹果類病毒的35 份樣本進行檢測,發(fā)現(xiàn)88.9%~100%的樣本為陽性;曾棋等[31]對北京地區(qū)梨樹病毒病的調(diào)查結(jié)果顯示,蘋果銹果類病毒的感病率達到54.8%。在本研究中,新品種瑞陽、瑞雪、瑞香紅在感染蘋果銹果類病毒后,果實表面會出現(xiàn)花臉、凹凸不平的癥狀,雖然目前新品種蘋果銹果類病毒的感病率不足10%,但是由于其對果實的內(nèi)外在品質(zhì)危害極大,因此要采用嚴格的防控措施,避免其大面積蔓延,影響新品種的持續(xù)健康發(fā)展。前人對蘋果銹果類病毒的測序結(jié)果表明,蘋果銹果類病毒侵染寄主存在一定的寄主特異性[30,32]。對新品種瑞陽、瑞雪、瑞香紅感染蘋果銹果類病毒的樣本進行克隆、測序,結(jié)果發(fā)現(xiàn)瑞陽分離物與MN598215.1 序列相似率高達99.4%,瑞雪、瑞香紅分離物與MN598204.1 相似率分別達到了99.4%、98.49%;系統(tǒng)發(fā)育樹結(jié)果顯示,瑞雪、瑞香紅的分離物在同一個分支,而瑞陽分離物與伊朗蘋果分離物同屬一個分支。瑞雪和瑞香紅擁有共同的親本:克氏粉紅和秦富1 號,是姊妹系品種,其親緣關(guān)系較近,這可能也是其感染的蘋果銹果類病毒分離物相似性較高的原因,進一步表明蘋果銹果類病毒侵染存在一定的寄主特異性。

近年來,蘋果病毒病的發(fā)生范圍與發(fā)病程度在逐步地增加,減慢了我國蘋果產(chǎn)業(yè)的發(fā)展步伐。雖然在植株感病后可以通過拔除病樹、加強肥水管理提高樹勢、注意修剪等方式緩解病毒病的危害與發(fā)展,但是從長遠來看,蘋果新品種在未來的發(fā)展、推廣中,建立無病毒苗木繁育基地、發(fā)展無病毒苗木才是解決這一問題的有效方式。

4 結(jié)論

白水地區(qū)3 個新品種主要被潛隱型病毒蘋果褪綠葉斑病毒和蘋果莖溝病毒侵染,非潛隱型病毒侵染率較低,且新品種瑞陽對病毒侵染敏感性低;感染蘋果銹果類病毒的樣本測序結(jié)果從寄主親緣關(guān)系的遠近,進一步證明蘋果銹果類病毒侵染存在寄主特異性。

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