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彩色甘藍(lán)型油菜指紋圖譜構(gòu)建

2022-09-06 11:40羅玉秀雷帆滕守連崔小青
現(xiàn)代園藝 2022年16期
關(guān)鍵詞:多態(tài)性引物位點(diǎn)

羅玉秀,雷帆,滕守連,崔小青

(1 青海大學(xué)生態(tài)環(huán)境工程學(xué)院,青海西寧 810016;2 青海省海東市民和縣總堡鄉(xiāng)農(nóng)業(yè)綜合服務(wù)中心,青海海東 810800)

油菜是我國種植最為廣泛的油料作物[1],青藏高原海拔高、氣候冷涼,植物生長季節(jié)短,適宜油菜種植[2],既能保證農(nóng)業(yè)收入,又能增加旅游收入。因而在休閑農(nóng)業(yè)中得到了廣泛運(yùn)用,種植面積有所增加[3]。原本大面積種植青稞的地區(qū),現(xiàn)以油菜和青稞相間呈帶狀或條塊狀種植,展現(xiàn)出別樣的魅力[4]。

油菜作為觀賞植物大面積種植時(shí),花色單一,易引起視覺疲勞[5-6]。近年來,育種學(xué)家以同屬十字花科的蘿卜和諸葛菜為彩色基因供體,通過遠(yuǎn)緣雜交技術(shù),創(chuàng)制出彩色油菜資源,各大實(shí)驗(yàn)室利用這些資源,開展了彩色油菜品種(系)選育工作[7]。本研究在青藏高原植物資源保護(hù)與利用實(shí)驗(yàn)室開展了相關(guān)研究工作,并選育出多個(gè)彩色甘藍(lán)型油菜品種(系)。在以油菜為主題的休閑農(nóng)業(yè)區(qū),搭配種植不同花色的彩色油菜,營造大面積、多元化的觀賞景觀,對游客具有更大的吸引力和震撼力,可促進(jìn)休閑農(nóng)業(yè)發(fā)展。目前,彩色油菜種子市場需求量較大,其質(zhì)量優(yōu)劣直接影響觀賞價(jià)值和經(jīng)濟(jì)價(jià)值[3]。因此,快速、有效地鑒定彩色油菜種子的純度和真實(shí)性十分有必要。

形態(tài)學(xué)鑒定和分子鑒定是鑒定作物品種的常用方法。形態(tài)學(xué)鑒定雖然操作簡單,但耗時(shí)長,易受環(huán)境和人為因素的影響[9]。DNA 分子標(biāo)記技術(shù)是快速、準(zhǔn)確、高效的分子鑒定技術(shù),該項(xiàng)技術(shù)的發(fā)展為育種學(xué)家研究作物性狀的遺傳特性奠定了良好的理論基礎(chǔ),也為品種純度和真實(shí)性鑒定提供了強(qiáng)有力的技術(shù)保障[10]。該技術(shù)不受取材部位、取材時(shí)間和環(huán)境的影響,大大提高了鑒定的準(zhǔn)確性,縮短了鑒定時(shí)間,是最為科學(xué)有效的鑒定品種(系)純度和真實(shí)性的方法。

近年來,分子標(biāo)記指紋圖譜在作物品種鑒定、注冊、質(zhì)量監(jiān)測及知識產(chǎn)權(quán)保護(hù)等方面起到不可替代的作用[8],可用于構(gòu)建指紋圖譜的DNA 分子標(biāo)記方法有多種,如RFLP[10]、RAPD[11]、SRAP[12]、AFLP[13]、ISSR[14]、SSR[7,8,15]、特異性標(biāo)記[16]等。其中,SSR 標(biāo)記覆蓋整個(gè)基因組,對DNA質(zhì)量和數(shù)量要求不高,操作簡單,具有位點(diǎn)多態(tài)性高、條帶重復(fù)性佳、試驗(yàn)穩(wěn)定性強(qiáng)、共顯性遺傳等多個(gè)優(yōu)點(diǎn)。因此,在DNA 分子標(biāo)記技術(shù)中脫穎而出,成為構(gòu)建指紋圖譜最常用的手段[7,8,16]。SSR 技術(shù)已廣泛應(yīng)用于玉米[17]、水稻[18]、油菜[19-20]、大豆[21]等作物指紋圖譜構(gòu)建和品種純度鑒定研究中。在青藏高原植物資源保護(hù)與利用實(shí)驗(yàn)室,已用該項(xiàng)技術(shù)構(gòu)建青海省主栽春油菜品種指紋圖譜[9]。

1 試驗(yàn)?zāi)康?/h2>

從509 對SSR 引物中,篩選出7 對材料間具有多態(tài)性的SSR 引物,從30 對特異性引物,篩選出6 對材料間具有多態(tài)性的引物,并用13 對引物構(gòu)建10 份彩色油菜品種(系)的指紋圖譜。旨在為開發(fā)春性彩色油菜分子鑒定技術(shù)標(biāo)準(zhǔn),快速有效鑒定市場流通彩色油菜的真實(shí)性和質(zhì)量提供依據(jù)。

2 材料與方法

2.1 供試材料

本研究材料共10 份,包括8 個(gè)彩色甘藍(lán)型油菜品種(系)、1 個(gè)甘藍(lán)型油菜常規(guī)品種(青油14 號)、1 個(gè)春性甘藍(lán)型油菜雜交品種(青雜5 號)。青雜5 號和青油14來源于種子實(shí)體店,R4、P1 和P2 來源于江西農(nóng)業(yè)大學(xué),其他材料于實(shí)驗(yàn)室選育(見表1)。選出飽滿的種子分別種植于花盆,并在光照培養(yǎng)室培養(yǎng),每個(gè)材料隨機(jī)選取10 個(gè)單株做好標(biāo)記,用于分子鑒定。

表1 試驗(yàn)材料

2.2 引物

試驗(yàn)所用SSR 引物由生工生物公司合成(見表2)。30 對特異性引物是自行設(shè)計(jì)并委托生工生物公司合成。

2.3 DNA 提取方法

取油菜幼苗2 葉1 心期的第1 片真葉,采用CTAB法,提取基因組DNA;采用微量核酸蛋白分析儀,測定DNA 濃度和純度;采用瓊脂糖凝膠,檢測DNA 質(zhì)量。各樣品DNA 按檢測結(jié)果配制為50ng/μL 工作液。每個(gè)材料10 個(gè)單株的DNA 等量混合,建立基因池,用于多態(tài)性引物篩選。

2.4 PCR 的擴(kuò)增體系及擴(kuò)增條件

PCR 反應(yīng)用10μL 體系,各成分(見表2)。PCR 反應(yīng)條件:94℃(2min);94℃(45s)、59℃(30s)、72℃(45s),共10 個(gè)循環(huán),每循環(huán)退火溫度降低0.5℃;94℃(45s)、54℃(30s)、72℃(45s),共30個(gè)循環(huán);72℃(1min)。然后在4℃條件下保存。

表2 PCR 擴(kuò)增體系

2.5 等位基因檢測

用6%聚丙烯酰胺凝膠分離PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物,銀染顯影后讀帶。僅記錄多態(tài)性位點(diǎn),清晰可辨的多態(tài)性位點(diǎn),有條帶記為“1”,無帶記為“0”,不清晰記為“3”。利用NTSYS 2.10e 軟件對數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類分析。

3 結(jié)果分析

3.1 多態(tài)性引物篩選

用509 對SSR 引物對10 份材料的DNA 池進(jìn)行引物篩選,初步選出12 對多態(tài)性較強(qiáng)的引物。進(jìn)一步篩選結(jié)果證明,其中7 對引物的擴(kuò)增條帶清晰、穩(wěn)定、差異明顯。7 對引物共擴(kuò)增出22 個(gè)多態(tài)性位點(diǎn),每對引物擴(kuò)增2~5 個(gè)多態(tài)性位點(diǎn),平均每對引物擴(kuò)增出3.1 個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)。擴(kuò)增多態(tài)性位點(diǎn)最多的引物為P21,擴(kuò)增出5 個(gè);擴(kuò)增多態(tài)性位點(diǎn)最少的引物為P27 和P180,只擴(kuò)增出2 個(gè)。多態(tài)性比例達(dá)40%~100%,擴(kuò)增條帶大小在90~820bp,可用于構(gòu)建指紋圖譜。

由圖1 可知擴(kuò)增結(jié)果,由表3 可知當(dāng)選引物。30 對A2 染色體上的特異引物對10 份材料的DNA 池進(jìn)行引物篩選,最終篩選出6 對特異性引物,其擴(kuò)增位點(diǎn)具有多態(tài)性,且條帶清晰、穩(wěn)定、差異明顯,擴(kuò)增位點(diǎn)1~3 個(gè),平均2 個(gè)。6 對引物共擴(kuò)增出12 個(gè)多態(tài)性位點(diǎn),擴(kuò)增條帶大小在90~550bp,可用于構(gòu)建指紋圖譜。

圖1 引物SSR52 的擴(kuò)增結(jié)果

表3 篩選出的SSR 和特異性引物

3.2 指紋圖譜構(gòu)建

當(dāng)選的7 對SSR 引物和6 份特異性引物,構(gòu)建10份彩色油菜的基因分型和指紋圖譜。PCR 擴(kuò)增結(jié)果經(jīng)凝膠電泳顯影后記錄,多態(tài)性位點(diǎn)用引物和條帶大小表示,品種的指紋圖譜用“1”和“0”表示,即為該品種的數(shù)碼圖譜。將每對引物的每個(gè)品種數(shù)碼圖譜組合到一起,構(gòu)成每個(gè)品種的數(shù)碼指紋圖譜(見表4)。引物P13 構(gòu)建的指紋,能將參試材料中的普通黃花油菜與彩色油菜分開,引物P21 構(gòu)建的指紋,能將10 份材料彼此分開。13對引物共獲得10 份材料,32 個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)的340 個(gè)信息,其指紋圖譜相同概率僅為(1/2)340,說明材料間通過指紋圖譜甄別區(qū)分的幾率極大。

表4 10 份材料的DNA 指紋圖譜

3.3 聚類分析

利用NTSYS 2.10e 軟件對數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類分析,并構(gòu)建10 份材料的聚類分析圖(見圖2)。在遺傳距離0.63處,可將10 份材料分成3 類,其中,彩色油菜及其親本聚到第Ⅰ類;Y1(淺黃花)和青雜5 號(黃花)分別聚到第II 類和第III 類;彩色油菜中雜交種PY1 和PH1 與其雙親聚在一個(gè)亞類,雜交種RH1 與其雙親聚到另一亞類。說明彩色油菜與黃色油菜遺傳距離遠(yuǎn),青雜5 號與彩色油菜間差異最大,其次是PY1,粉色不育系與紫色不育系遺傳距離最近。聚類結(jié)果區(qū)分出10 份參試材料分子水平的遺傳關(guān)系,為育種工作進(jìn)行親本選配提供了背景參考。

圖2 聚類分析結(jié)果

4 結(jié)論

表型鑒定操作簡單,但費(fèi)時(shí)費(fèi)力,易受主觀因素和環(huán)境的影響[22]。甘藍(lán)型油菜遺傳基礎(chǔ)狹窄,可用于品種鑒定的表型標(biāo)記,僅有籽粒顏色、花色、葉色、生長習(xí)性等少數(shù)幾個(gè),且多數(shù)為數(shù)量性狀,表型差異小,難以區(qū)分[23]?;ㄉ誀钍且粋€(gè)明顯的標(biāo)記性狀,但等到花期才能辨別,鑒定周期長。分子標(biāo)記直接從DNA 水平上反應(yīng)品種間的遺傳多樣性,多態(tài)性十分豐富[24]。分子標(biāo)記技術(shù)是品種(系)真?zhèn)渭凹兌辱b定的首選方法,具有準(zhǔn)確、高效、方便等優(yōu)點(diǎn)?,F(xiàn)有彩色甘藍(lán)型油菜品種(系)指紋圖譜的構(gòu)建,對于育種、品種登記、知識產(chǎn)權(quán)保護(hù)及生產(chǎn)等環(huán)節(jié)均有重要意義。

本試驗(yàn)從539 對引物中,篩選出13 對具有多態(tài)性的引物,并構(gòu)建10 種材料的指紋圖譜,該圖譜能將10份研究材料準(zhǔn)確區(qū)分開來。圖譜中多態(tài)性位點(diǎn)用引物及條帶大小表示,位點(diǎn)用“1”和“0”表示,清晰明了、分辨率和實(shí)用性強(qiáng),可作為甄別不同材料的工具。聚類分析結(jié)果顯示,10 種材料之間的遺傳相似系數(shù)為0.4~0.86,聚類結(jié)果與遺傳背景相吻合,聚類結(jié)果可信。說明SSR 分子標(biāo)記結(jié)合特異性標(biāo)記構(gòu)建指紋圖譜,能充分反映油菜不同品種之間的遺傳差異,在新品種登記、保護(hù)、鑒定等方面具有廣闊的應(yīng)用前景。

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