Yab
1964年,38歲的托馬斯·布洛克開車途經(jīng)美國黃石國家公園,決定下來參觀一番。作為地標景點的彩色熱泉,當然也是他的“必看”之一。
對于其他人來說,可能拍兩張照片,和家人朋友分享一下,這件事就結(jié)束了??汕删颓稍?,布洛克當時是印第安納大學的一名細菌學教授,而“內(nèi)行人”一眼就看出了門道:這樣的色彩多半是帶色素的微生物造成的,是什么微生物,它們又怎么能在溫度這么高(約70℃)的水中生存呢?
沒有人知道答案。于是第2年夏天,布洛克帶著這些問題,還有項目資金和他的一個本科生哈德森·弗里茲,回到了這里。
“探究黃石公園熱泉中的生物”這種暑期項目,現(xiàn)在聽起來像是個劃水的假期活動,當時的2人絕不會想到他們真的發(fā)現(xiàn)了一種新細菌,這種細菌還在20世紀80年代末開啟了現(xiàn)代分子生物學的新篇章,并且在新冠疫情蔓延的今天我們耳熟能詳?shù)腜CR核酸檢測,也少不了它的身影。
耐高溫的細菌
在70℃的“蘑菇泉”泉水中,2人分離出1種粉橙色的細菌,并把它命名為Thermusaquaticus,水生嗜熱菌。生活在水里,故為“aquaticus/水生”,在高溫中生存,故為“thermus/嗜熱”,簡單明了。
接下來的10年,2人主要的研究都集中在“為什么”:在當時“生命能夠承受的最高溫度在55℃左右”的普遍認知下,為什么水生嗜熱菌如此特別?生物都有它自身最適的溫度范疇,而一般決定這個范疇的是這種生物體內(nèi)的酶。作為蛋白質(zhì),超過一定的溫度,酶就會失活,因而,布洛克和弗里茲假設,水生嗜熱菌帶有的酶都有高于其他生物酶的溫度范疇,所以它才能耐住高溫。
事實也正是這樣。1970年,布洛克和弗里茲在《細菌學》雜志上發(fā)表了他們對水生嗜熱菌的醛縮酶的研究成果——這種酶竟然在95℃活性最高,也就意味著它平常生活的70℃高溫也只是勉勉強強。
他們的發(fā)現(xiàn)逐漸引起了科學界的興趣。隨后,DNA連接酶、轉(zhuǎn)錄酶、NADH氧化酶等生物體內(nèi)比較重要的酶也從水生嗜熱菌里被提取了出來。在其他酶都會支離破碎的高溫條件下,這些酶大放異彩,首次為科學家展示了很多反應的其他可能性。
開啟PCR時代
1976年,中國臺灣科學家錢嘉韻教授的團隊分離出1種“最適溫度在70℃,95℃仍然不失活”的DNA聚合酶。從水生嗜熱菌的學名Thermusaquaticus中取出首字母,它被簡稱為TaqDNA聚合酶。
然而,短暫的興奮后,卻是無盡的空虛;在解答了“為什么”之后,那個年代人們的想象力限制了他們問出下一個問題:“我們能用它嗎?”接下來是十幾年的沉寂,直到1988年,水生嗜熱菌等待的轉(zhuǎn)機才終于到來。
這一切離不開一個叫凱利·穆利斯的人。今天他為人熟知的身份,是聚合酶鏈式反應(PCR)的發(fā)明者。
當時,穆利斯是生物醫(yī)藥巨頭Cetus公司的一名研發(fā)人員,懂得“商機”的他知道這種復制擴增生物核酸的技術需要做到規(guī)?;?、自動化、快捷化,才能體現(xiàn)出真正的價值。而在這條道路上的阻礙恰巧就在于PCR的核心——聚合酶的選用上。
復習一下中學的知識:PCR的原理是用高溫將初始的樣本DNA雙鏈分開,再用聚合酶引導DNA復制,形成新鏈;重復幾十輪后,原來微末的DNA被成億萬計地擴增,從而可以被可視化地分析。比如新冠病毒核酸檢測中,怎樣判斷陰性、陽性呢?就是通過PCR擴增可能在鼻咽中存在的病毒核酸,達到一定數(shù)值即為陽性。
初期的PCR使用大腸桿菌(Escherichiacoli)的DNA聚合酶,這種酶雖然已經(jīng)是人類的老朋友了,但無奈它在最開始的高溫解鏈的環(huán)節(jié)就會失活,導致加入的大腸桿菌聚合酶只能用1輪,而后面的幾十輪中的每一輪都需要手動加入。想象一下今天,如果還只能使用這種酶的話,核酸檢測耗費的人力、財力和時間恐怕都會成倍增長。
穆利斯曾經(jīng)說過:“我發(fā)明PCR,并不是我真的創(chuàng)造了什么新的東西,而是只有我把那些已經(jīng)存在的東西正確地組合運用起來了?!闭撬贑etus的團隊重新“挖掘”出了已知非常耐熱的Taq聚合酶的研究,也正像是有如神助,這種酶的耐熱性、反應活性和準確性等性質(zhì)完全符合他們當時對PCR聚合酶的所有期待——它簡直就像是為PCR而生的。
在Taq聚合酶商業(yè)化后的第2年,它就登上了《科學》雜志,成為建刊來第一個“年度分子”(MoleculeoftheYear)。它的應用,再加上之后發(fā)明的可以自動變換溫度的熱循環(huán)儀,標志著經(jīng)典PCR完全體的誕生。這種技術今天幾乎成了生物醫(yī)藥領域研究和研發(fā)的必備工具,而穆利斯也在1993年憑此獲得了諾貝爾化學獎。
嗜熱菌的未來
回到水生嗜熱菌本身,在各大搜索引擎、書籍文章中搜尋它的身影,你會發(fā)現(xiàn)PCR相關的故事占據(jù)了絕大多數(shù)的篇幅。這樣的“光環(huán)”反倒遮蓋了這種細菌其他可能的閃光點。
除了耐熱的酶之外,水生嗜熱菌的代謝方式、與周圍細菌的交互等是否也有利于它在這樣極端嚴苛環(huán)境下的存活?目前已知的包括水生嗜熱菌在內(nèi)只有2種嗜熱菌會形成的“圓小體”,是一種通過肽聚糖細胞壁將周邊細菌連接起來的球狀構(gòu)造,它是否像科學家假設的那樣能夠起到保護和耐熱的作用,還可以幫助嗜熱菌在貧瘠的熱泉中儲存營養(yǎng)?和親緣關系較近的非嗜熱菌相比,又有怎樣的進化故事讓它們適應了現(xiàn)在的生活方式?
這一切都還是未知。
解答這些看起來足夠基礎、冷門的問題,只是滿足生物學家的求知欲,還是將來也能造就Taq聚合酶那樣的奇跡呢?今天的我們尚不知道,而基礎研究的魅力正在于此。
話說回來,如果你是一只會思考的水生嗜熱菌,你更愿意默默無聞地自由生活在黃石公園的一隅,還是生來便作為人類基礎研究的一部分,為世界知曉呢?