張雪萍，徐 莉，符宏高，陳美玲，黃其鍛，陸永樹(shù)，耿寶榮，陳友鈴*，黃 鎮(zhèn)*

(1.福建師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院/福建省發(fā)育與神經(jīng)生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室， 福建 福州 350117； 2.福建省健豐生物科技有限公司， 福建 泉州 362500； 3.福建省石凍王生物技術(shù)研發(fā)中心有限公司， 福建 泉州 362500； 4.福建省南平市政和縣天富盈農(nóng)業(yè)專(zhuān)業(yè)合作社， 福建 南平 353602)

棘胸蛙Quasipaaspinosa是我國(guó)南方的大型食用蛙，因其具有食藥用價(jià)值而受到人們的青睞，是我國(guó)近年來(lái)養(yǎng)殖蛙類(lèi)中的主要品種之一。由于市場(chǎng)需求的增加和棲息地的破壞，野生棘胸蛙的數(shù)量急劇下降[1]。人工養(yǎng)殖是滿足市場(chǎng)需求和保護(hù)野生棘胸蛙的最佳途徑[2]。然而，在養(yǎng)殖過(guò)程中，由于養(yǎng)殖餌料的投喂、養(yǎng)殖密度大等因素，導(dǎo)致棘胸蛙在養(yǎng)殖過(guò)程中頻發(fā)疾病，嚴(yán)重制約了棘胸蛙產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。棘胸蛙養(yǎng)殖過(guò)程中，常見(jiàn)的疾病有：紅腿病、白內(nèi)障、腹水病、歪頭病等[3]，其中爛皮病是棘胸蛙養(yǎng)殖過(guò)程中較為常見(jiàn)的病害之一，其癥狀發(fā)病初期表現(xiàn)為食欲減退，表皮無(wú)光澤，然后表皮脫落并開(kāi)始潰爛，出現(xiàn)白斑，甚至指骨和頜骨外露。該病傳染性強(qiáng)，死亡率很高，嚴(yán)重影響棘胸蛙養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)效益[4-6]。

前期研究發(fā)現(xiàn)多種病菌會(huì)引起棘胸蛙的爛皮病，例如王瑞君等[4]對(duì)患爛皮病的棘胸蛙進(jìn)行致病菌分離，經(jīng)鑒定該致病菌株為奇異變形桿菌。胡靄臻等[5]從病死的爛皮病棘胸蛙頭部、腿部和肝部分離得到3株病原菌，分別命名為L(zhǎng)J10201、LJ10202、LJ10203，經(jīng)鑒定，確認(rèn)LJ10201、LJ10203菌株為弗氏檸檬酸桿菌，LJ10202菌株為布氏檸檬酸桿菌。呂耀平等[6]從患爛皮病的棘胸蛙中分離并篩選出3株致病菌BS1、BS2和BS3，經(jīng)鑒定上述3株菌均為蠟樣芽孢桿菌。鄭榮泉等[7]從患病瀕死的棘胸蛙爛皮部位深層皮膚及肝臟組織分離病原菌，發(fā)現(xiàn)不動(dòng)桿菌在患病棘胸蛙中占主導(dǎo)地位。肖波[8]從患腐皮病的棘胸蛙成蛙皮膚病灶、肌肉組織和肝臟中分離病原菌，發(fā)現(xiàn)嗜水氣單胞菌是棘胸蛙腐皮病的主要病原。由這些研究結(jié)果可知，棘胸蛙爛皮病的細(xì)菌病原呈現(xiàn)多樣性，容易受到環(huán)境因子的影響，在不同的地區(qū)、不同的養(yǎng)殖環(huán)境各不相同。因此，在不同的地區(qū)開(kāi)展棘胸蛙爛皮病的監(jiān)測(cè)，對(duì)于棘胸蛙病害防治有著積極的作用。

常規(guī)的細(xì)菌性疾病檢測(cè)方法為培養(yǎng)法，該方法是將發(fā)生疾病的組織取出勻漿后，在營(yíng)養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基上進(jìn)行培養(yǎng)，然后分離出單菌落進(jìn)行鑒定。該方法只能針對(duì)可培養(yǎng)的細(xì)菌進(jìn)行鑒定，對(duì)于整個(gè)組織的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)解析不夠全面[9]。16sRNA擴(kuò)增子測(cè)序技術(shù)是鑒定非培養(yǎng)的或難以鑒定的細(xì)菌的有用工具，大大提高了分析復(fù)雜微生物種群組成的能力，并為研究人員提供更精確的分類(lèi)信息。16sRNA基因由于其分子大小適中、突變率小而成為細(xì)菌系統(tǒng)分類(lèi)研究中最常用的標(biāo)記[10]。本研究通過(guò)細(xì)菌16sRNA片段高通量測(cè)序技術(shù)和生物信息學(xué)分析手段，對(duì)人工養(yǎng)殖的患爛皮病棘胸蛙的健康皮膚和潰爛皮膚菌群進(jìn)行比較分析，有助于了解棘胸蛙皮膚的菌群結(jié)構(gòu)及潛在致病菌，為棘胸蛙的健康養(yǎng)殖以及病害防治提供理論基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 樣本來(lái)源

3只患爛皮病的棘胸蛙活體取自三明市三元區(qū)眾源棘胸蛙養(yǎng)殖專(zhuān)業(yè)合作社。根據(jù)外觀診斷，棘胸蛙身上的皮膚存在局部潰爛。為了減少試驗(yàn)誤差，在患病棘胸蛙背部選擇直徑1.0～1.5 cm的健康和潰爛部位的皮膚作為取樣點(diǎn)(圖1)。每只棘胸蛙用無(wú)菌蒸餾水清洗2次，以減少暫時(shí)性表面細(xì)菌。在無(wú)菌超凈工作臺(tái)內(nèi)，從枕骨大孔插針快速處死，解剖。分別迅速取其健康皮膚樣本和潰爛皮膚樣本。健康皮膚樣本編號(hào)為HS1、HS2和HS3，組成健康皮膚組(Healthy Skin)。潰爛皮膚樣本編號(hào)為RS1、RS2和RS3，組成潰爛皮膚組(Rotten Skin)。樣品液氮速凍后置于-80℃保存待用。

注：A、B、C為3只患爛皮病的棘胸蛙活體。紅圈為潰爛部位皮膚；藍(lán)圈為健康部位皮膚。圖1 患爛皮病的棘胸蛙皮膚Fig.1 Skin of Quasipaa spinosa affected with the rotten-skin disease

1.2 樣品總DNA提取、PCR擴(kuò)增及高通量測(cè)序

在冰上用組織勻漿機(jī)將棘胸蛙皮膚樣品勻漿后，根據(jù)說(shuō)明書(shū)用Soil DNA Kit試劑盒(Omega Bio-Tek，USA)提取細(xì)菌總DNA。通過(guò)在2%的瓊脂糖凝膠中電泳分析總DNA質(zhì)量和完整性，并使用NanoDrop(ND2000，Thermo Scientific)對(duì)DNA濃度進(jìn)行定量分析。用細(xì)菌特異性引物：341F(5′-CCTAYGGGRBGCASCAG-3′)和806R(5′-GGACTACNNGGGTATCTAAT-3′)對(duì)16sRNA基因可變區(qū)(V3～V4區(qū))進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR產(chǎn)物用2%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后送生工生物工程(上海)股份有限公司進(jìn)行基于IlluminaHiSeq測(cè)序平臺(tái)的高通量測(cè)序。

1.3 測(cè)序處理和質(zhì)控

根據(jù)PE reads之間的overlap關(guān)系，使用cutadapt 1.18去除Read1 3′端測(cè)序引物接頭AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA和Read2 3′端測(cè)序引物接頭AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT后，用PEAR 0.9.8將成對(duì)的reads拼接(merge)成一條序列；然后按照barcode標(biāo)簽序列識(shí)別并區(qū)分樣品得到各樣本數(shù)據(jù)，同時(shí)校正序列方向；最后用PRINSEQ 0.20.4對(duì)各樣本數(shù)據(jù)的質(zhì)量進(jìn)行質(zhì)控過(guò)濾，切除reads尾部質(zhì)量值20以下的堿基，設(shè)置10 bp的窗口，如果窗口內(nèi)的平均質(zhì)量值低于20，從窗口開(kāi)始截去后端堿基，過(guò)濾質(zhì)控后的含N序列和短序列，最終過(guò)濾掉低復(fù)雜度的序列，得到各樣本有效數(shù)據(jù)。

通過(guò)聚類(lèi)操作，用Usearch 11.0.667將序列按照彼此的相似性分歸為許多小組，1個(gè)小組就是1個(gè)OTU(可操縱分類(lèi)單元，Operational Taxonomic Units)。根據(jù)不同的相似度水平，對(duì)所有序列進(jìn)行OTU劃分，通常對(duì)97%及以上相似水平的OTU進(jìn)行生物信息統(tǒng)計(jì)分析。

1.4 數(shù)據(jù)分析

使用mothur 1.43.0軟件計(jì)算群落豐富度指數(shù)(Chao指數(shù)、Ace指數(shù))、群落多樣性指數(shù)(Shannon 指數(shù)、Simpson指數(shù))和樣品覆蓋率；使用R軟件v3.6.0繪制稀釋曲線和等級(jí)分布曲線并進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析及聚類(lèi)分析；使用STAMP v1.1進(jìn)行顯著性分析；通過(guò)對(duì)組間樣本進(jìn)行比較，在各分類(lèi)水平上找出兩組中具有顯著差異的物種。

2 結(jié)果與分析

2.1 棘胸蛙皮膚樣本16sRNA測(cè)序結(jié)果

由表1可知，棘胸蛙6個(gè)皮膚樣本16sRNA的擴(kuò)增和測(cè)序，共得到有效讀長(zhǎng)684 478條，平均每個(gè)樣品114 080條。所有樣品測(cè)序覆蓋度均為100%，表明測(cè)序比較真實(shí)反映各樣品的微生物組成。

表1 各樣品OTUsTable 1 OTUs of each sample

2.2 棘胸蛙皮膚菌群多樣性分析

對(duì)患爛皮病棘胸蛙的6個(gè)皮膚樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)OTU比對(duì)后，繪制了不同樣品的稀釋曲線，由圖2A可知，所有的樣品稀釋曲線均隨序列數(shù)量的增加而趨于平緩，表明所測(cè)的數(shù)據(jù)量已經(jīng)可以反映微生物群落結(jié)構(gòu)和多樣性。同時(shí)，對(duì)樣品繪制等級(jí)分布曲線，由圖2B可知，在水平方向上，健康皮膚組的曲線在橫軸上的跨度大于潰爛皮膚組，表明棘胸蛙健康皮膚的微生物物種數(shù)目高于潰爛皮膚，同時(shí)在垂直方向上健康皮膚組的曲線比潰爛皮膚組陡峭，表明棘胸蛙健康皮膚中存在相對(duì)豐度明顯占優(yōu)的細(xì)菌種類(lèi)。

注：A為健康皮膚與潰爛皮膚樣品的稀釋度曲線；B為健康皮膚與潰爛皮膚樣品細(xì)菌多樣性的等級(jí)分布曲線。圖2 健康皮膚與潰爛皮膚樣品的稀釋度曲線和等級(jí)分布曲線Fig.2 Curves of the rate of dilution and grade distribution for the samples of healthy skin and ulcerated skin

從表2可知，健康皮膚組微生物的ACE指數(shù)、Chao 1指數(shù)均高于潰爛皮膚組，表明患爛皮病棘胸蛙健康皮膚中微生物的物種數(shù)目高于潰爛皮膚。健康皮膚組微生物的Shannon指數(shù)高于潰爛皮膚組，并且Simpson指數(shù)低于潰爛皮膚組，表明在微生物多樣性方面，棘胸蛙健康皮膚中微生物的菌群多樣性高于潰爛皮膚。最后，所有6個(gè)樣品的覆蓋率均為1，表明了測(cè)序深度合理，能飽和覆蓋到樣品中的微生物種群。

表2 各樣品高通量測(cè)序結(jié)果分析Table 2 Analysis of the high-throughput sequencing results of each sample

2.3 棘胸蛙皮膚菌群結(jié)構(gòu)分析

首先從細(xì)菌分類(lèi)的門(mén)水平上對(duì)健康皮膚組和潰爛皮膚組的細(xì)菌群落組成進(jìn)行比較。由圖3A可知，健康皮膚的優(yōu)勢(shì)菌門(mén)是藍(lán)細(xì)菌門(mén)/葉綠體(Cyanobacteria Chloroplast，50.7%)、變形菌門(mén)(Proteobacteria，21.99%)、厚壁菌門(mén)(Firmicutes，7.88%)、擬桿菌門(mén)(Bacteroidetes，3.6%)、放線菌門(mén)(Actinobacteria，2.27%)，其他門(mén)類(lèi)占比不足1%。由圖3B可知，潰爛皮膚的優(yōu)勢(shì)菌門(mén)是變形菌門(mén)(Proteobacteria，98.88%)，其他門(mén)類(lèi)占比不足1%。其中健康皮膚和潰爛皮膚的菌群結(jié)構(gòu)存在顯著差異。除變形菌門(mén)Proteobacteria為健康皮膚和潰爛皮膚的共有優(yōu)勢(shì)菌門(mén)之外，健康皮膚和潰爛皮膚的優(yōu)勢(shì)菌門(mén)均不相同。

注：A為基于門(mén)水平的健康皮膚菌群相對(duì)豐度；B為基于門(mén)水平的潰爛皮膚菌群相對(duì)豐度；C為基于屬水平的健康皮膚菌群相對(duì)豐度；D為基于屬水平的潰爛皮膚菌群相對(duì)豐度。圖3 健康皮膚與潰爛皮膚的菌群相對(duì)豐度(基于門(mén)和屬水平)Fig.3 Relative abundance of the microflora in the healthy skin and ulcerated skin (based on the phylum and genus levels)

其次，在細(xì)菌分類(lèi)的屬水平上，共鑒定出15個(gè)主要屬。由圖3C可知，健康皮膚的主要優(yōu)勢(shì)菌屬為鏈形植物屬(Streptophyta，50.24%)、不動(dòng)桿菌屬(Acinetobacter，5.25%)，其他菌屬不足5%。由圖3D可知，潰爛皮膚的主要優(yōu)勢(shì)菌屬為不動(dòng)桿菌屬(Acinetobacter，98.33%)，其他菌屬不足5%。其中不動(dòng)桿菌屬為健康皮膚和潰爛皮膚的共有屬，潰爛皮膚中的不動(dòng)桿菌屬的含量顯著高于健康皮膚。鏈形植物屬為健康皮膚特有的細(xì)菌種屬。

2.4 棘胸蛙皮膚菌群結(jié)構(gòu)差異分析

2.4.1樣品聚類(lèi)分析 根據(jù)OTU的類(lèi)型將所有樣品進(jìn)行聚類(lèi)分析，結(jié)果見(jiàn)圖4。在細(xì)菌分類(lèi)的門(mén)和屬水平上，所有樣品均明顯聚成2大支，一支為健康皮膚組樣品，另一支為潰爛皮膚組樣品，表明2組樣品之間存在明顯的差異。

注：A為基于門(mén)水平的健康皮膚與潰爛皮膚菌群結(jié)構(gòu)聚類(lèi)分析；B為基于屬水平的健康皮膚與潰爛皮膚菌群結(jié)構(gòu)聚類(lèi)分析。圖4 聚類(lèi)分析健康皮膚與潰爛皮膚的菌群結(jié)構(gòu)(基于門(mén)和屬水平) Fig.4 Cluster analysis of the microbial community structure of healthy skin and ulcerated skin (based on the phylum and genus levels)

2.4.2顯著性差異分析 為了進(jìn)一步解析棘胸蛙健康皮膚與潰爛皮膚在屬水平上細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的差異性，將兩組樣本利用STAMP 進(jìn)行顯著性差異分析。由圖5可知，健康皮膚組與潰爛皮膚組的菌群存在顯著差異，不動(dòng)桿菌屬在潰爛皮膚中大量存在。而鏈形植物屬在健康皮膚中的細(xì)菌數(shù)高于潰爛皮膚。

注：左欄為不同細(xì)菌菌群在兩組樣本中的比例情況，右欄為95%置信度區(qū)間內(nèi)的差異比例，右欄縱軸為p值。圖5 健康皮膚與潰爛皮膚的差異細(xì)菌菌群(基于屬水平)Fig.5 Differential bacterial community between the healthy skin and the ulcerated skin (based on the genus level)

3 討論與結(jié)論

疾病暴發(fā)是棘胸蛙養(yǎng)殖業(yè)健康發(fā)展的主要障礙。在養(yǎng)殖過(guò)程中，主要的疾病是體表有潰爛傷口的爛皮病。由于蛙沒(méi)有毛皮或羽毛，不斷地暴露在外部環(huán)境的影響下，生活在動(dòng)物皮膚上的微生物群落被認(rèn)為是疾病易感性的媒介，提供了抵御病原體的第一道防線[11-12]。盡管不同個(gè)體之間的水平傳播(例如在交配期間)或垂直傳播(即親代傳給后代，盡管不常見(jiàn))也是潛在的病原菌來(lái)源，但是蛙類(lèi)微生物組的主要來(lái)源是外部的水生和土壤環(huán)境，它們被認(rèn)為是蛙皮微生物群的儲(chǔ)存庫(kù)。目前研究表明，蛙表皮的微生物組具有物種特異性，這些微生物組成受到季節(jié)性變化、采樣個(gè)體、生命階段、身體部位、飲食、捕獲地點(diǎn)、棲息地、圈養(yǎng)、接觸人為污染物和抗生素治療的影響[13-15]。因此，在本研究中只考慮屬于同一物種、同一發(fā)育階段、同一地點(diǎn)的不同個(gè)體標(biāo)本，同時(shí)還在同一個(gè)個(gè)體上分別分析了健康皮膚和潰爛皮膚的細(xì)菌多樣性，目的是將皮膚感染性疾病的存在與構(gòu)成皮膚微生物區(qū)系的其他因素隔離開(kāi)來(lái)。

本試驗(yàn)結(jié)果也證實(shí)16sRNA片段高通量測(cè)序與其他依賴培養(yǎng)或不依賴培養(yǎng)的方法相比，可以更深入地檢查皮膚細(xì)菌群落的組成。Woodhams等[9]從黃腿蛙Ranamuscosa的皮膚中培養(yǎng)出40個(gè)獨(dú)特的細(xì)菌分離物，僅屬于3個(gè)不同的門(mén)類(lèi)。本研究中所有健康皮膚樣本的細(xì)菌群落由有限的門(mén)類(lèi)主導(dǎo)，即藍(lán)細(xì)菌門(mén)/葉綠體(50.7%)、變形菌門(mén)(21.99%)、厚壁菌門(mén)(7.88%)、擬桿菌門(mén)(3.6%)和放線菌門(mén)(2.27%)，這些門(mén)類(lèi)與類(lèi)似研究中發(fā)現(xiàn)的主導(dǎo)門(mén)類(lèi)基本相同[12, 16-18]。而棘胸蛙潰爛皮膚中細(xì)菌群落的優(yōu)勢(shì)菌門(mén)只有變形菌門(mén)(98.88%)，變形菌門(mén)在潰爛皮膚中高度富集。這些結(jié)果與Federici等[12]的研究結(jié)果不同，他們?cè)诮】岛突疾〉囊獯罄油躌anaitalica中觀察到相似的細(xì)菌門(mén)類(lèi)豐度，但細(xì)菌門(mén)類(lèi)不同。而Hu等[19]在健康和患病的虎紋蛙Hoplobatrachusrugulosus中觀察到相似的細(xì)菌門(mén)類(lèi)，但細(xì)菌門(mén)類(lèi)豐度不同。在屬水平上，健康皮膚中細(xì)菌群落的主要優(yōu)勢(shì)菌屬為鏈形植物屬(50.24%)、不動(dòng)桿菌屬(5.25%)。潰爛皮膚中細(xì)菌群落的優(yōu)勢(shì)菌屬為不動(dòng)桿菌屬(98.33%)。這些結(jié)果與Federici等[12]的研究結(jié)果不同，并未有與本研究相同的優(yōu)勢(shì)菌屬。而Hu等[19]在虎紋蛙的研究中，除不動(dòng)桿菌為健康和患病虎紋蛙皮膚菌群的共有優(yōu)勢(shì)菌屬、并且潰爛皮膚中的不動(dòng)桿菌屬含量明顯高于健康皮膚之外，其他優(yōu)勢(shì)均屬均不相同。

不動(dòng)桿菌是一種專(zhuān)性需氧細(xì)菌，它普遍存在于皮膚以及土壤、水和植物根際[20]。不動(dòng)桿菌的功能在以前的幾個(gè)研究中是相互矛盾的。一方面，據(jù)廣泛報(bào)道，不動(dòng)桿菌在醫(yī)院和其他醫(yī)療機(jī)構(gòu)引起感染和流行傳播，對(duì)醫(yī)療系統(tǒng)構(gòu)成巨大威脅[21]。另一方面，它們對(duì)于生物膜的形成是必要的，并有助于構(gòu)建和保護(hù)其他生物系統(tǒng)中的微生物群落[22]。在本研究中，潰爛皮膚中的不動(dòng)桿菌屬豐度明顯高于健康皮膚。這一結(jié)果與先前對(duì)虎紋蛙皮膚的細(xì)菌微生物組評(píng)估結(jié)果一致[19]?？梢缘贸?，本研究中棘胸蛙潰爛皮膚上發(fā)現(xiàn)的不動(dòng)桿菌豐度劇增對(duì)于棘胸蛙的健康狀態(tài)是有害的。

本研究中發(fā)現(xiàn)，健康皮膚和潰爛皮膚菌群多樣性及結(jié)構(gòu)存在顯著差異。相比于潰爛皮膚，健康皮膚的細(xì)菌多樣性更高，根據(jù)多樣性抗性假說(shuō)，微生物群落越多樣化，寄主越有可能抵抗病原菌入侵[23]。這一結(jié)果與意大利河蛙的結(jié)果相似，健康皮膚樣本的微生物群多樣性明顯較高[12]。相反，在虎紋蛙的研究中，沒(méi)有發(fā)現(xiàn)蛙個(gè)體的健康皮膚和潰爛皮膚的菌群多樣性存在顯著差異，健康皮膚和潰爛的蛙的皮膚微生物豐富度和均勻度是相似的[19]。因此利用菌群多樣性來(lái)評(píng)估宿主健康是有限的。同時(shí)，健康皮膚和潰爛皮膚的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)明顯不同，表明細(xì)菌群落與棘胸蛙爛皮病的感染發(fā)病之間可能存在一定的關(guān)系。有研究發(fā)現(xiàn)，當(dāng)蛙的皮膚處于健康狀態(tài)時(shí)，健康的皮膚也寄生著大量的致病菌，這些菌群在皮膚表面相互作用形成微生態(tài)平衡[18, 24]，健康皮膚上的共生微生物占據(jù)了廣泛的生態(tài)位，并有效地保護(hù)個(gè)體免受病原體的侵害[25]。而這種平衡一旦被打破，皮膚微生物群的改變可能會(huì)導(dǎo)致病原菌的增加。病原菌的入侵破壞了健康皮膚菌群的組成，皮膚微生物群失調(diào)可能會(huì)導(dǎo)致宿主的疾病易感性[13, 18, 26-30]。

此外，研究人員廣泛研究了兩棲動(dòng)物皮膚微生物組的致病細(xì)菌和有益細(xì)菌[31-32]。益生菌在水產(chǎn)動(dòng)物生產(chǎn)中越來(lái)越多地被用作添加劑，以提高動(dòng)物的生長(zhǎng)、免疫和抗病能力，并作為水質(zhì)調(diào)節(jié)劑改善水質(zhì)[33]，但非宿主來(lái)源的益生菌在使用過(guò)程中存在潛在風(fēng)險(xiǎn)，因此更值得關(guān)注和探索宿主來(lái)源的益生菌。本研究中，發(fā)現(xiàn)雙歧桿菌Bifidobacterium等潛在益生菌存在于棘胸蛙健康皮膚中。而鏈球菌Streptococcus、泛菌Pantoea、副擬桿菌Parabacteroides、腸桿菌科Enterobacteriaceae、黃桿菌科Flavobacteriaceae、鞘脂單胞菌科Sphingomonadacea、金黃桿菌屬Chryseobacterium等水生動(dòng)物常見(jiàn)的條件致病菌均有發(fā)現(xiàn)，這些發(fā)現(xiàn)為棘胸蛙益生菌的開(kāi)發(fā)和細(xì)菌性疾病的防控提供了參考。

總之，皮膚菌群與動(dòng)物皮膚的免疫功能密切相關(guān)，建立良好的宿主皮膚-微生物生態(tài)系統(tǒng)對(duì)維護(hù)宿主健康非常必要。本研究結(jié)果表明，棘胸蛙健康皮膚和潰爛皮膚的菌群多樣性和結(jié)構(gòu)存在顯著差異。藍(lán)細(xì)菌門(mén)/葉綠體、變形菌門(mén)、厚壁菌門(mén)是棘胸蛙健康皮膚微生物的優(yōu)勢(shì)菌門(mén)，變形菌門(mén)中的不動(dòng)桿菌屬在棘胸蛙潰爛皮膚中高度富集，這說(shuō)明健康皮膚狀況與棘胸蛙的皮膚菌群結(jié)構(gòu)密切相關(guān)。然而本研究在棘胸蛙的健康皮膚和潰爛皮膚中檢測(cè)到的明顯不同的菌屬如何參與皮膚的免疫功能，都是值得進(jìn)一步開(kāi)展研究的。