葉青　陳芃辰

“一騎紅塵妃子笑，無人知是荔枝來?！鼻О倌陙?，荔枝都是備受人們喜愛的佳果。而它究竟是不是土生土長的“中國果”？我國科學家花了整整12年時間解碼荔枝基因組，最近終于揭開其起源馴化面紗，找到荔枝起源于中國云南的有力證據(jù)。

集萬千寵愛于一身的荔枝佳果，在我國的栽培記錄可追溯到2300多年前。它的美味讓無數(shù)人為之傾倒。

可是，圍繞荔枝也有不少爭議：有人說它的出生地并非在中國云南;農戶嫌它大小年結果現(xiàn)象突出，導致供應鏈不穩(wěn);科學家說它缺乏基因組序列信息，制約基礎研究的深度。

“相比于柑橘、蘋果、桃等其他大宗水果，荔枝在基礎研究水平上的差距較大，且育種技術落后。破譯荔枝基因組密碼，對開發(fā)新的育種技術，促進基礎研究具有重要作用?！毖芯咳藛T表示。

12年前，華南農業(yè)大學園藝學院研究員李建國所在的科研團隊決定破譯荔枝基因組密碼，揭開其起源馴化面紗。“在沒有基因組的時代，哪個地方生長有野生荔枝，它可能就被認為是起源中心。最初在我國南部發(fā)現(xiàn)了野生荔枝，可后來在越南也發(fā)現(xiàn)有野生荔枝，究竟哪里才是荔枝真正的出生地呢？”李建國說。

科研團隊從眾多荔枝中挑選出妃子笑作為研究對象，“因為它是我國栽培范圍最廣、產(chǎn)量最高、鮮果銷售期最長的一個主栽品種?！毖芯咳藛T說。研究中，科研團隊利用二代Illumina、三代PacBio、Hi-C和10XGenomics等最新的基因組測序數(shù)據(jù)，通過優(yōu)化基因組組裝策略，完成妃子笑荔枝基因組假染色體水平的組裝。

“令我們想不到的是，妃子笑基因組的雜合度高達2.27%，這在植物中非常少見。雜合度高為項目前期的基因組組裝帶來了很大的挑戰(zhàn)。”華南農業(yè)大學園藝學院院長胡桂兵感嘆道。

最終，科研團隊利用72份荔枝資源重測序數(shù)據(jù)，鑒定到高質量的SNPs位點，提出了荔枝“一個起源中心、兩個獨立馴化事件”假說。

“云南是野生荔枝的起源中心，它沿著西江傳播，在海南形成野生荔枝種群的一個主要棲息地;此后，云南和海南野生荔枝分別獨立馴化為特早熟和晚熟品種，特早熟品種和晚熟品種再進一步雜交形成早熟與中熟品種。”李建國打趣道，“我們發(fā)現(xiàn)妃子笑中的兩個單倍體基因組，一個和云南野生荔枝是一家人，另一個和海南野生荔枝是一家人。”