樊景超,閆燊,劉婷婷,滿芮,李好先,曹尚銀*
1.中國農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)業(yè)信息研究所,北京 100081
2.國家農(nóng)業(yè)科學數(shù)據(jù)中心,北京 100081
3.中國農(nóng)業(yè)科學院鄭州果樹研究所,鄭州 450009
數(shù)據(jù)庫(集)基本信息簡介
images/BZ_206_745_1986_1110_2071.pngimages/BZ_206_1110_1986_2267_2071.pngimages/BZ_206_745_2071_1110_2151.pngimages/BZ_206_1110_2071_2267_2151.pngimages/BZ_206_745_2151_1110_2232.pngimages/BZ_206_745_2231_1110_2312.pngimages/BZ_206_1110_2151_2267_2232.pngimages/BZ_206_745_2311_1110_2392.pngimages/BZ_206_1110_2231_2267_2312.pngimages/BZ_206_1110_2311_2267_2392.pngimages/BZ_206_745_2391_1110_2472.pngimages/BZ_206_1110_2391_2267_2472.png images/BZ_206_745_2472_1110_2552.pngimages/BZ_206_1110_2472_2267_2552.pngimages/BZ_206_745_2554_1110_3179.pngimages/BZ_206_1111_2554_2267_3179.png
images/BZ_207_273_295_737_771.pnghttp://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0031(石榴)http://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0032(柿子)http://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0033(桃)http://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0034(杏)http://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0035(櫻桃)http://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0036(棗)images/BZ_207_273_770_737_851.png科技基礎性工作專項(2012FY110100)數(shù)據(jù)庫(集)組成本數(shù)據(jù)集主要由石榴、核桃、獼猴桃、李、杏、棗、山楂、葡萄、桃、櫻桃、蘋果、柿、梨、板栗14個樹種共計1707個地方品種資源的實地照片組成。以樹種為單位建立子數(shù)據(jù)集,每個子數(shù)據(jù)集中包含各個品種的資源調(diào)查編號信息(xlsx格式)和以該編號、品種名命名的文件夾,每個文件夾中包含該品種大生境、小生境、整樹及葉、花、果以及突出種質(zhì)特性部位的照片(jpg格式)。
果樹產(chǎn)業(yè)作為世界農(nóng)產(chǎn)品三大支柱之一,其種質(zhì)資源是進行新品種培育和基礎理論研究的重要源頭[1]。種質(zhì)資源的收集、調(diào)查工作一直都受到各國政府的重視和支持。種質(zhì)資源作為基礎理論研究、培育新品種等的重要資源,開展相關研究不僅可以保留瀕臨滅絕的物種,保存對人類和自然具有重要、甚至是未知作用的基因,而且可以為其他學科的研究和科技創(chuàng)新提供研究材料和重要的科學數(shù)據(jù)。因此,各國都積極地進行收集、鑒定和保存工作。國際植物遺傳資源研究所(IPGRI)、美國國家植物遺傳資源局(PGRB)、日本國力遺傳資源中心等都是各國收集、保存和研究種質(zhì)資源的專門部門。
我國是世界上最為重要的果樹起源中心之一,世界各國廣泛栽培的梨、桃、核桃、獼猴桃等落葉果樹樹種多源于我國[2]。農(nóng)家品種又稱為地方品種,是在特定地區(qū)經(jīng)過長期栽培和自然選擇而形成的品種,對所在地區(qū)的氣候和生產(chǎn)條件一般具有較強的適應性,并包含豐富的基因型,具有豐富的遺傳多樣性,常存在特殊優(yōu)異的性狀基因,是果樹品種改良的重要基礎和優(yōu)良基因來源。發(fā)達國家已經(jīng)將其原產(chǎn)果樹樹種的地方品種進行了詳細的調(diào)查和收集。新中國成立后,黨和政府十分重視果樹事業(yè)的發(fā)展。國務院在1956年擬定的全國科技遠景規(guī)劃中提出“要調(diào)查、收集、保存、利用我國豐富的果樹品種資源”。農(nóng)業(yè)農(nóng)村部原農(nóng)業(yè)部也發(fā)出了“關于全面收集整理各地農(nóng)作物農(nóng)家品種工作的通知”。到1960年,全國已有18個?。▍^(qū))基本完成了野外調(diào)查任務。由于首次普查任務的成果因為歷史的原因大多得而復失,1979年果樹資源考察工作又提上日程,中國農(nóng)業(yè)科學院組織了對西藏、云南、湖北等?。▍^(qū))的考察工作,這部分工作中最具代表性的是中國農(nóng)業(yè)科學院鄭州果樹研究所牽頭成立全國獼猴桃資源調(diào)查組,組織各省級自治區(qū)有關研究單位開展的全國獼猴桃資源大普查。這次普查基本摸清了我國分步驟云南、西藏等27個省市自治區(qū)的獼猴桃屬植物資源。
由于歷史原因,野外資源考察工作未能保存足夠的圖像資料。即使有圖像資料,其色彩、清晰度等各方面也存在很多失真的地方。而且當時沒有GPS導航設備,一些有關資源地域分布的描述并不確切。
通過收集網(wǎng)絡信息、查閱文獻、果樹志等途徑,從文字信息上大體掌握我國主要落葉果樹優(yōu)勢產(chǎn)區(qū)的地域分布,確定科學調(diào)查的主要區(qū)域和基本范圍。在實地走訪主要落葉果樹種植地區(qū)的過程中,一方面直接對當?shù)厝诉M行詢問,另一方面是通過當?shù)亓謽I(yè)站、農(nóng)業(yè)局等單位協(xié)助調(diào)查,以此科學有效地確定調(diào)查的主要區(qū)域和主要樹種。本研究數(shù)據(jù)采集和處理過程包括農(nóng)家品種拍攝和數(shù)據(jù)處理及入庫。
到達現(xiàn)場確定調(diào)查對象后,鑒于品種的開花和果實成熟在不同的時期,需要分別在開花期、果實成熟期多次實地拍攝品種的大生境、小生境、整樹及葉、花、果以及突出種質(zhì)特性部位全部或部分照片。花、葉、果實也可帶回實驗室,在小型攝影棚內(nèi)拍攝,效果更佳。同時,鑒于品種所處環(huán)境的復雜性,盡量多拍攝照片,以備后期篩選。另外,如果2次拍攝還不能完全獲得全部特性照片,需要補拍。拍攝照片要求:(1)記錄準確(種質(zhì)名稱、地點、拍攝者姓名和單位,拍攝時間);(2)采用數(shù)碼相機,要求拍攝物體主題突出,圖像清晰,相機像素不低于800萬;(3)局部拍攝時應加標尺;(4)數(shù)碼照片采用jpg格式,照片像素不小于1024×768或768×1024,文件大小不低于3 MB;(5)提交的照片包括:整樹照片(樹生境照片、單株照、果園照),枝葉照片(結果枝、營養(yǎng)枝、一年生枝、多年生枝),花的照片(初開花、盛開花、雄花、雌花、花器官特寫),果實的照片(單果照、切開果照、種子照、結果枝照、整樹結果照)。
對拍攝的照片進行人工篩選,照片整理要求:(1)數(shù)碼照片必須在照片名字中標注種質(zhì)名稱、地點、拍攝時間,同時按照調(diào)查表對照片進行編號;(2)沖印照片,檢查照片質(zhì)量,在照片背面標注種質(zhì)名稱、地點、拍攝時間,同時將照片編號附于對應的調(diào)查表后以供專家組審閱。篩選合格的數(shù)碼照片分別導入到以品種唯一編號(子專題片區(qū)負責人姓全拼+名拼音首字母+調(diào)查者姓名拼音首字母+所在地調(diào)查流水號)命名的文件夾中,同時將編號信息記錄到對應的“2012年-2017年全國落葉果樹農(nóng)家品種資源照片編號-樹種”Excel文件中。各個品種文件夾和編號信息記錄表再匯總到以樹種命名的文件夾中。
本數(shù)據(jù)針對我國優(yōu)勢產(chǎn)區(qū)落葉果樹農(nóng)家品種資源進行調(diào)查與收集。優(yōu)勢產(chǎn)區(qū)包括河南、湖北、湖南、西藏、北京、天津、河北、內(nèi)蒙古、遼寧、吉林、黑龍江、江蘇、廣東、廣西、重慶、貴州、云南、四川、山東、上海、浙江、安徽、福建、江西、山西、陜西、甘肅、青海、寧夏、新疆等落葉果樹重點分布地區(qū)。收集了2012-2017年間石榴、核桃、獼猴桃、李、杏、棗、山楂、葡萄、桃、櫻桃、蘋果、柿、梨、板栗14個樹種的大生境、小生境、整樹及葉、花、果以及突出種質(zhì)特性部位全部或部分照片,數(shù)據(jù)以樹種為單元。圖集包含14個文件夾,主要通過對調(diào)查的落葉果樹照片資料規(guī)范化測量、整理而成,部分樣例見圖1、2。
圖1 獼猴桃地方品種果實照片
圖2 蘋果樹地方品種生境照片
本數(shù)據(jù)集的質(zhì)量取決于工作路線和流程的合理性,資源調(diào)查和數(shù)據(jù)采集方法的科學性,以及圖片的拍攝質(zhì)量,所有資源的調(diào)查和采集均是在相關樹種領域專家?guī)ьI下多次訪問農(nóng)家品種資源所在地獲取的,果樹農(nóng)家品種資源鑒定信息參考中國植物物種數(shù)據(jù)庫(http://db.kib.ac.cn/)。
通過組建不同樹種的聯(lián)合專家組進行考察,經(jīng)專家研判以保證調(diào)查農(nóng)家品種資源的可靠性和唯一性。數(shù)據(jù)集照片在種質(zhì)資源原生地考察,實地拍攝,未經(jīng)加工處理。所有資源的拍攝照片均是多次訪問農(nóng)家品種資源所在地獲取的。
在國家科技部科技基礎性工作專項重點項目“我國優(yōu)勢產(chǎn)區(qū)落葉果樹農(nóng)家品種資源調(diào)查與收集”支持下,中國農(nóng)業(yè)科學院鄭州果樹研究所聯(lián)合全國多家科研單位、大專院校的百余名科技人員,利用現(xiàn)代化的調(diào)查手段系統(tǒng)調(diào)查、收集、整理和保護了我國主要落葉果樹地方品種資源并建立了檔案,形成數(shù)據(jù)庫。這項工作的成果是摸清了我國果樹地方品種的家底,為全國性的果樹地方品種鑒定和評價、優(yōu)良基因挖掘和種質(zhì)創(chuàng)新利用奠定了堅實的基礎。
通過收集網(wǎng)絡信息、查閱文獻資料等途徑,從文字信息上掌握我國主要落葉果樹優(yōu)勢產(chǎn)區(qū)的地域分布,確定今后科學調(diào)查的區(qū)域和范圍,做好前期的案頭準備工作。實地走訪主要落葉果樹種植地區(qū),科學調(diào)查主要落葉果樹的優(yōu)勢產(chǎn)區(qū)區(qū)域分布、歷史演變、栽培面積、農(nóng)家品種的種類和數(shù)量、產(chǎn)業(yè)利用狀況和生存現(xiàn)狀等情況,最終形成一套系統(tǒng)的相關科學調(diào)查分析報告。通過項目的實施,最終超額完成調(diào)查鑒定收集1450份填補國內(nèi)瀕臨滅絕或具有特異農(nóng)藝性狀的農(nóng)家品種果樹資源的既定任務,為我國果樹領域資源保存和育種研究提供強有力的溯源性支撐。
致 謝
本數(shù)據(jù)集是由中國農(nóng)業(yè)科學院鄭州果樹研究所牽頭,全國22個研究所和大學、100多位科技人員同時參與,很多調(diào)查圖片和品種性狀資料來之不易,尤其是許多優(yōu)異、瀕危的果樹地方品種資源多處于偏遠的山區(qū)村莊,交通不便,需要跋山涉水、歷經(jīng)艱難險阻才得以調(diào)查收集十分珍貴,在此對本數(shù)據(jù)集的貢獻者一并表示感謝!
中國科學數(shù)據(jù)(中英文網(wǎng)絡版)2021年4期