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關(guān)于新型冠狀病毒肺炎的深度思考:共感染

2021-12-05 09:00何禮賢
微生物與感染 2021年6期
關(guān)鍵詞:病原學(xué)病原體感染率

何禮賢

復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科,上海 200032

流行性感冒病毒(influenza virus)和其它病原體共感染的高發(fā)病率及高致死率早就為人們所關(guān)注。隨著病原體的變異與新檢測技術(shù)的發(fā)展,共感染正成為熱點(diǎn)話題[1-2]。引發(fā)新型冠狀病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)全球大流行的嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)與其它病原體的共感染同樣引起了大家的重視,多篇薈萃分析(meta analysis)試圖通過大數(shù)據(jù)分析揭示其實(shí)質(zhì),但現(xiàn)有研究存在諸多不足,分析如下。

1 COVID-19患者共感染流行病學(xué)與病原學(xué)薈萃分析的潛在缺陷

2020年4月,Lansbury等收集了COVID-19暴發(fā)初期發(fā)表的30篇文章進(jìn)行薈萃分析,發(fā)現(xiàn)共感染的病原體主要為支原體、細(xì)菌、真菌和病毒。經(jīng)病原學(xué)診斷確認(rèn),住院患者組的肺炎支原體共感染率為42%。細(xì)菌的共感染率為7%,其中重癥監(jiān)護(hù)室(intensive care unit,ICU)患者組為14%,主要是銅綠假單胞菌和流感嗜血桿菌(各占12%),其次是肺炎克雷白桿菌、腸桿菌屬細(xì)菌和鮑曼不動(dòng)桿菌等。3篇研究報(bào)道從6例患者呼吸道和尿路標(biāo)本中分離出真菌,包括白念珠菌、光滑念珠菌、黃曲霉和煙曲霉等。另有14篇研究報(bào)告有其他呼吸道病毒的共感染,其中以呼吸道合胞病毒(又稱呼吸道融合病毒)(respiratory syncy-tial virus, RSV)最常見,占病毒共感染病例的16.9%,其次是甲型流感病毒占15.5%[3]。

該研究稱收集了與SARS-CoV-2同時(shí)感染的、任何研究設(shè)計(jì)的共感染數(shù)據(jù)。搜索所用的關(guān)鍵詞除共感染(coinfect or co-infect)、混合感染(mixed infection)、同時(shí)感染(concomitant infect)外,還包括重疊感染(superinfection)、繼發(fā)感染(secondary infection)、細(xì)菌性肺炎、菌血癥、細(xì)菌感染、呼吸機(jī)相關(guān)性肺炎和真菌病等。從與關(guān)鍵詞相符的 1 180 篇文章中篩選出符合要求的共30篇。但是,文章沒有說明有多少篇研究屬于共感染或同時(shí)感染。方法中稱“實(shí)驗(yàn)室確定的感染是指從呼吸道或血液標(biāo)本中檢出細(xì)菌或真菌,及通過抗原測定法或聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)檢測出呼吸道病原體”,還包括“報(bào)告共感染但沒有交代檢測方法或所涉及病原學(xué)診斷的研究”。結(jié)果出現(xiàn)了高達(dá)42%的肺炎支原體共感染,及8篇沒有病原學(xué)診斷的所謂“共感染”。作者在討論中指出,“由肺炎支原體引起的共感染都是根據(jù)IgM血清學(xué)檢測結(jié)果作出的診斷,此方法本身特異性不高,可能導(dǎo)致過度診斷”,并引用嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV)共感染的一項(xiàng)研究,其血清學(xué)診斷肺炎衣原體和肺炎支原體陽性率分別為30%和9%,而用PCR檢測呼吸道標(biāo)本均為陰性[4],以說明血清學(xué)診斷方法的不可靠。方法與結(jié)果相矛盾,顯然影響了該薈萃分析數(shù)據(jù)的可信性。另外,納入分析的30篇文章中的29篇為觀察性研究或病例系列,僅1篇為隨機(jī)對(duì)照研究(僅限藥物試驗(yàn),并非為研究共感染而設(shè)計(jì))。資料的高度異質(zhì)性和結(jié)果偏倚源于原始研究的質(zhì)量不高。

幾乎同時(shí)發(fā)布的Daneman等的薈萃分析納入原始文獻(xiàn)共24篇,提示共感染(就診時(shí)即存在)率為3.5%,繼發(fā)感染(病程中或住院期間新出現(xiàn))率為15.5%,總體感染率為6.9%。分層分析顯示全部住院患者的共感染率為8.1%,其中重癥患者的共感染率為11.6%。僅有11篇(45.8%)報(bào)告了病原學(xué)診斷資料,其中居首位的是支原體(共11例患者,其中3例被診斷為肺炎支原體感染),其次是細(xì)菌包括流感嗜血桿菌和銅綠假單胞菌(各5例)??股厥褂寐?1.3%,其中廣譜抗生素占74%[5]。該薈萃分析的優(yōu)點(diǎn)是對(duì)共感染和繼發(fā)感染予以了區(qū)分,存在的問題是未明確表示支原體檢測方法。支原體培養(yǎng)仍很困難,未能成為實(shí)用技術(shù)。所以,作為共感染“最常見病原體”且能夠鑒定到種的支原體,其檢測結(jié)果源自何種檢測技術(shù)及其可信度成為一大疑問。

薈萃分析是將具有共同研究目的、相互獨(dú)立的多個(gè)研究結(jié)果應(yīng)用特定統(tǒng)計(jì)學(xué)方法進(jìn)行定量分析,以得出更可靠的結(jié)論,通常被認(rèn)為是Ⅰ級(jí)循證醫(yī)學(xué)證據(jù)和A級(jí)推薦意見。但是,由于OVID-19患者體內(nèi)多種病原體共感染的相關(guān)原始研究質(zhì)量不高,以及現(xiàn)有的相關(guān)薈萃分析在數(shù)據(jù)收集與分析方面存在高度異質(zhì)性,所以它作為循證醫(yī)學(xué)證據(jù)的價(jià)值與科學(xué)性被削弱了。

2 COVID-19患者共感染研究中存在的不足

2.1 相關(guān)術(shù)語的定義和運(yùn)用混亂

混合感染(mixture infection)是兩種或兩種以上不同病原體感染同一個(gè)體的現(xiàn)象,可分為共感染(coinfection)和重疊感染(superinfection)。共感染特指機(jī)體同時(shí)感染兩種或兩種以上不同病原體而急性發(fā)病的現(xiàn)象。重疊感染特指先感染一種病原體,尚未痊愈,又感染另一種或多種病原體的現(xiàn)象。此外還有其他相關(guān)術(shù)語,如繼發(fā)感染(secondary/subsequent infection),指一種病原體感染病程中或清除后的另一種病原體感染;醫(yī)院感染(nosocomial infection),指住院患者在醫(yī)院內(nèi)獲得的感染。

冠名“共感染”的大多數(shù)研究中所指的并非嚴(yán)格意義上的共感染,可能僅僅是指多個(gè)病原體協(xié)同致病現(xiàn)象。盡管Lansbury的薈萃分析聲稱重點(diǎn)分析同時(shí)存在的共感染,但實(shí)際上在30篇文章中僅有1篇文章對(duì)共感染時(shí)間有所交代[6]。

Hendaus 和Jomha的評(píng)論中則不加區(qū)分地使用了重疊感染、繼發(fā)感染、共感染和醫(yī)院感染4種術(shù)語[7]。其實(shí),如果按發(fā)病時(shí)序來看,COVID-19患者發(fā)生的共感染常為社區(qū)感染,重疊感染或繼發(fā)感染則多屬醫(yī)院感染。前者感染的病原體大多為抗生素敏感菌,后者則以耐藥菌居多。因此,區(qū)分共感染與重疊感染或繼發(fā)感染具有重要臨床意義。

2.2 病原學(xué)檢測技術(shù)的選擇及結(jié)果解釋缺少規(guī)范

分子檢測新技術(shù)的快速發(fā)展有力推動(dòng)了感染性疾病病原診斷學(xué)的進(jìn)步,但也給臨床應(yīng)用與評(píng)價(jià)帶來新課題。

Zhu等采集257例COVID-19患者的喉拭子進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(reverse transcription PCR,RT-PCR)檢測,發(fā)現(xiàn)共感染率高達(dá)94.2%,包括9種病毒、11種細(xì)菌和4種真菌,以細(xì)菌最多見(91.8%),病毒次之(31.5%),再次為真菌(23.3%)[8]。該研究無臨床資料,僅根據(jù)實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)得出該“實(shí)驗(yàn)室共感染率”,其意義并不明確。Zhong等應(yīng)用宏基因組二代測序技術(shù)(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)對(duì)23例COVID-19患者的67份呼吸道和腸道標(biāo)本檢測發(fā)現(xiàn),重癥患者中呼吸道病原體的共感染率高達(dá)84.6%(11/13),其中病毒和細(xì)菌分別為30.8%(4/13)和69.2%(9/13),且23.1%的患者中存在洋蔥伯克霍爾德菌復(fù)合群(Burkholderia cepacian complex,Bcc)和表皮葡萄球菌的共感染。在1例醫(yī)院感染Bcc患者的標(biāo)本中檢測到多毒力基因的表達(dá),推測其可能是導(dǎo)致患者死亡的主要原因。該文作者認(rèn)為應(yīng)當(dāng)檢測和跟蹤與Bcc相關(guān)的醫(yī)院感染,并優(yōu)先治療以減少致死性結(jié)局[9]。但是,按現(xiàn)有認(rèn)知,當(dāng)COVID-19患者存在其他病原體共感染時(shí),大多數(shù)人恐難接受應(yīng)當(dāng)優(yōu)先解決Bcc感染這一方案。

以傳統(tǒng)技術(shù)與新技術(shù)相結(jié)合,特別是規(guī)范新技術(shù)的應(yīng)用指征和臨床意義解讀,減少混亂,才能發(fā)揮其應(yīng)有的獨(dú)特價(jià)值。

2.3 診斷標(biāo)準(zhǔn)不一

在多數(shù)關(guān)于COVID-19的研究中,如凡是從標(biāo)本中分離到細(xì)菌或真菌就被判定為共感染,而未區(qū)分定植、共生、污染與感染的差異,則導(dǎo)致假陽性。He等報(bào)告COVID-19患者的醫(yī)院感染率為7.1%(65/918), 其中肺炎占32.3%,血流感染占24.6%,尿路感染占21.5%。分離菌(未說明標(biāo)本來源)中包括凝固酶陰性葡萄球菌(coagulase-negative staphylococcus, CNS)12株和念珠菌2株,被認(rèn)定為感染菌[10]。事實(shí)上,此類菌株如果從呼吸道或尿液標(biāo)本中檢出,通常沒有臨床意義。即使從血液中檢出CNS,也還需要排除污染后再確定。紐約的Nori等采用的排除標(biāo)準(zhǔn)是:血培養(yǎng)中出現(xiàn)皮膚菌落(革蘭氏陽性桿菌、 CNS、微球菌及考克氏菌屬)陽性而在多重培養(yǎng)或不同日期的培養(yǎng)中呈陰性結(jié)果;呼吸道標(biāo)本的培養(yǎng)中出現(xiàn)酵母菌、口咽部菌落、混合性菌屬和皮膚菌落陽性;尿標(biāo)本中僅有培養(yǎng)陽性而無菌血癥癥狀[11]。

倫敦的Hughes等判斷COVID-19住院患者是否存在共感染時(shí),需要兩位專家對(duì)每一株分離菌進(jìn)行評(píng)估以確定其有無臨床意義,凡無必要應(yīng)用抗生素治療則定義為共生菌或無臨床意義菌株。結(jié)果發(fā)現(xiàn),60例血培養(yǎng)標(biāo)本陽性中的36例(60%)被判斷為污染菌;呼吸道標(biāo)本中念珠菌屬和未特征化的酵母菌很常見(21.4%),不能作為診斷依據(jù);3例煙曲霉培養(yǎng)陽性,1例已知為定植,2例可能感染的患者因半乳甘露聚糖抗原檢測(galactomannan antigen test,GM)和(1,3)-β-D-葡聚糖檢測(G試驗(yàn))均為陰性,被判定不太可能是侵襲性感染[12]。該辦法更符合臨床治療和抗生素管理的要求,但耗費(fèi)人力,且可能受人為因素影響。

2.4 研究內(nèi)容和方法過于單一

迄今為止,關(guān)于COVID-19患者共感染的研究絕大多數(shù)是單中心、回顧性的,且以描述性病例系列為多,也有部分為回顧性隊(duì)列分析,而真正的基礎(chǔ)研究幾乎沒有,個(gè)別評(píng)述多源自流行性感冒病毒與細(xì)菌共感染研究的衍生或推論。研究共感染發(fā)生的危險(xiǎn)因素和對(duì)疾病結(jié)局影響略有涉及,少數(shù)研究結(jié)合抗生素耐藥性分析與比較,但樣本量很小。由于研究內(nèi)容和方法過于單一,質(zhì)量不可控。

3 改進(jìn)COVID-19患者共感染研究的建議

3.1 規(guī)范共感染的定義

共感染特指感染2種或2種以上不同病原體而急性發(fā)病的現(xiàn)象,強(qiáng)調(diào)2種(或以上)病原體同時(shí)感染,但臨床上患者初診或入院時(shí)大多不可能同時(shí)進(jìn)行多重病原體的實(shí)驗(yàn)室檢測。Huang和Nori分別將SARS-CoV-2感染確診2 d和3 d后的其他病原體感染規(guī)定為繼發(fā)感染[6,11],Hughes則以SARS-CoV-2檢測后5 d以內(nèi)細(xì)菌或真菌培養(yǎng)陽性的結(jié)果判定為共感染,與英國以5 d為界定義社區(qū)感染與醫(yī)院感染保持一致[12]。他們提出的時(shí)間節(jié)點(diǎn)不同,但相同的是將共感染與社區(qū)感染、繼發(fā)感染與醫(yī)院感染在時(shí)間上予以區(qū)別。除英國外,多數(shù)國家都將醫(yī)院感染定義為入院后2 d在醫(yī)院發(fā)生的感染。

因此,在強(qiáng)調(diào)初診或入院時(shí)盡可能進(jìn)行多重病原體檢測的同時(shí),將共感染界定為入院2 d 內(nèi)發(fā)生的其他病原體感染,更符合臨床實(shí)際。醫(yī)院感染作為繼發(fā)感染的類型之一,應(yīng)當(dāng)主要指侵襲性操作和留置裝置導(dǎo)致的感染,便于重點(diǎn)管理和預(yù)防。

3.2 確定病原學(xué)檢測技術(shù)的臨床價(jià)值和適用范圍

鑒于各種病原學(xué)檢測技術(shù)都被應(yīng)用于COVID-19患者共感染的診斷,盡管有些新技術(shù)敏感性很高,但特異性很低或缺少臨床評(píng)價(jià),導(dǎo)致共感染率升高,令決策者難以判斷和制訂政策,臨床醫(yī)師也可能因此過度診斷、過度治療。因此,有必要對(duì)各種病原學(xué)檢測技術(shù)的臨床價(jià)值和適用范圍進(jìn)行討論,以達(dá)成共識(shí)。

凡是可以培養(yǎng)的病原體(主要指細(xì)菌)仍然以經(jīng)典(傳統(tǒng))培養(yǎng)技術(shù)生長和鑒定結(jié)果為依據(jù)。在常規(guī)培養(yǎng)送檢的同時(shí)推薦應(yīng)用質(zhì)量可靠的呼吸道病原體多重聯(lián)合核酸檢測試劑盒進(jìn)行呼吸道標(biāo)本檢測。

目前,我國正式批準(zhǔn)使用抗原檢測的試劑僅有肺炎鏈球菌和Ⅰ型軍團(tuán)菌尿液檢測試劑盒,其陽性結(jié)果具有診斷意義。真菌抗原檢測的陽性結(jié)果僅有參考意義??贵w檢測方面,肺炎支原體和肺炎衣原體的血清IgG滴度4倍增高時(shí)有參考意義;IgM陽性不能用作診斷依據(jù)。病毒的抗體檢測亦如此。

分子檢測技術(shù)如RT-PCR和mNGS等,主要適用于不能或難以培養(yǎng)的病原體如病毒,對(duì)支原體和衣原體診斷亦有參考價(jià)值。而對(duì)于細(xì)菌和真菌,分子檢測技術(shù)僅作為一種補(bǔ)充技術(shù),其結(jié)果必須綜合判斷。

3.3 SARS-CoV-2與細(xì)菌的共感染研究應(yīng)與抗生素應(yīng)用管理相結(jié)合

目前的資料提示,SARS-CoV-2與細(xì)菌的共感染率較SARS-CoV的要低[13],其原因是方法學(xué)上的缺陷還是真正的實(shí)質(zhì)性差異有待進(jìn)一步探討。為此,需要對(duì)研究方法進(jìn)行嚴(yán)格、合理的設(shè)計(jì),開展高質(zhì)量的研究。

細(xì)菌性共感染研究要與抗生素應(yīng)用管理相結(jié)合。Clancy CJ等在述評(píng)中稱,在一項(xiàng)包括中國30個(gè)省級(jí)行政區(qū)552家醫(yī)院的研究中,58%的COVID-19患者應(yīng)用過抗生素進(jìn)行治療;另有多項(xiàng)研究表明,ICU中COVID-19重癥患者的抗生素和抗真菌藥物使用率分別為80~100%和7.5~15%[14]。治療COVID-19患者時(shí),抗生素使用失控原因很多,一定程度上與共感染研究滯后、抗生素應(yīng)用及管理脫節(jié)不無關(guān)系??股毓芾硇枰鄬W(xué)科參與和協(xié)同,在醫(yī)院層級(jí)上的管理措施需要在以下3方面進(jìn)行推進(jìn)。

3.3.1 普遍性干預(yù)措施除抗生素處方資格認(rèn)證、處方審核和及時(shí)反饋等眾所周知的措施外,近年來國外提倡“抗生素時(shí)限”(antibiotic time out)[15],即經(jīng)驗(yàn)性抗菌治療48 h后,對(duì)實(shí)驗(yàn)室檢測結(jié)果和臨床治療反應(yīng)進(jìn)行綜合評(píng)估,以確定后續(xù)處理,包括降階梯、維持原有治療、更改方案或停藥。這樣既符合感染性疾病診療和抗菌藥物作用的規(guī)律,也便于將抗菌藥物管理與臨床診治工作流程統(tǒng)一起來。

3.3.2 藥房/藥劑師干預(yù)措施包括藥物劑量優(yōu)化、對(duì)器官功能不全或其他特殊情況患者用藥劑量進(jìn)行調(diào)整、從靜脈給藥到口服給藥的及時(shí)轉(zhuǎn)換、外科預(yù)防用藥的及時(shí)停藥,以及藥物相互作用與不良反應(yīng)監(jiān)測等。

3.3.3 感染性疾病診療指南的培訓(xùn)與貫徹目前,各種感染性疾病和涉及感染的各學(xué)科疾病的診療指南或?qū)<夜沧R(shí)同樣是臨床抗生素使用和管理的基本指導(dǎo)文件,也是抗生素管理融入臨床診療工作的橋梁[16-17]。

多位專家呼吁,在COVID-19大流行期間更應(yīng)加強(qiáng)抗生素管理。專家還警告說:“COVID-19大流行期間抗生素的使用將不可避免地加劇抗生素耐藥,可能導(dǎo)致細(xì)菌的耐藥和病毒的變異,最終導(dǎo)致這場已經(jīng)很不幸的疾病大流行造成更多的發(fā)病和死亡”[18]。我國抗擊COVID-19疫情無疑取得全球稱道的成績,但在抗生素應(yīng)用方面暴露出來的問題值得重視,抗生素使用政策和管理措施需要更科學(xué)地不斷推進(jìn)與提升,使臨床醫(yī)師特別是感染科、呼吸科和危重癥醫(yī)學(xué)科等“抗生素大戶”的專業(yè)醫(yī)師都能成為合理使用抗生素的行家,以適應(yīng)日常醫(yī)療和應(yīng)對(duì)突發(fā)公共衛(wèi)生事件或重大自然災(zāi)害醫(yī)療急救的需要。

4 結(jié)語

目前已有過億人感染SARS-CoV-2,導(dǎo)致幾百萬人死亡的COVID-19全球大流行是人類面臨的重大災(zāi)難,共感染是重要幫兇。但是關(guān)于共感染的研究還很有限,而且目前的方法學(xué)存在許多不足。今后需要在共感染定義、病原學(xué)檢測及臨床診斷達(dá)成共識(shí)的基礎(chǔ)上,拓展研究思路和改進(jìn)研究方法,以期取得有價(jià)值的研究結(jié)果。

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