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免疫沉淀法與質(zhì)譜聯(lián)用檢測RHD蛋白序列方法學(xué)的建立*

2021-10-22 11:10鐘福鈴梁延連蘇宇清吳凡梁爽張海璇洪文旭徐筠娉
臨床輸血與檢驗 2021年5期
關(guān)鍵詞:血型抗原質(zhì)譜

鐘福鈴 梁延連 蘇宇清 吳凡 梁爽 張海璇 洪文旭 徐筠娉

Rh血型在臨床輸血中的重要性僅次于ABO血型,Rh抗原是由染色體1p 3 4-p 3 6上兩個同源基因RHD和RHCE(序列同源性為96%)編碼的膜蛋白,其屬于非糖基化疏水跨膜蛋白的一個家族,這兩個基因很可能是由一個共同的祖代基因復(fù)制而來。Rh血型抗原至少由三種非同源的膜蛋白(RHD、RHC/c、RHE/e)攜帶,它們的分子量在30 000至32 000之間,但其不是糖基化蛋白[1-2],而是紅細胞膜上一種脂肪?;幕瘜W(xué)成分[3-4]。RhD抗原是具有復(fù)雜多態(tài)性的抗原,其變異體在輸血醫(yī)學(xué)中具有極其重要的意義,如弱D表型曾被稱為Du型,和正常RhD陽性紅細胞上的D抗原相比,弱D表型紅細胞D抗原質(zhì)量未改變,只是數(shù)量減少,抗-D血清有時無法鑒定出D抗原導(dǎo)致誤判血型[5]。本研究通過應(yīng)用免疫沉淀法[6]與質(zhì)譜技術(shù)[7]檢測RHD蛋白的氨基酸序列可以獲取最大量的人類紅細胞膜RHD蛋白序列信息,對存在RHD基因但血清學(xué)未檢測到RhD抗原的紅細胞進行精確定型,同時為進一步探討RHD基因調(diào)控RhD抗原在紅細胞上的表達奠定基礎(chǔ)。

資料與方法

1 試劑 R I P A蛋白裂解液(RIPA Lysis and Extraction Buffer,Thermo Fisher Science)、B C A蛋白定量試劑盒(Pierce? BCAProtein Assay Kit,Thermo Fisher Science)、二硫蘇糖醇(Dithiothreitol,DTT,PlusOne)、碘乙酰胺(Iodoacetamide,IAA,Sigma)、胰蛋白酶(Trypsin,Promega,V5280)、胰酶重溶液(Trypsin resolve solution,Promega,V530)、碳酸氫銨(Ammonium bicarbonate,Sigma A6141)、甲酸(FA,Sigma)、乙腈Acetonitrile(Fisher)、甲醇methanol(Fisher)、Rh抗-D血清。

2 儀器 Obitrap Q Exactive mass spectrometer(Thermo Fisher Scientific,USA)、多功能酶標儀(MDParadigm),Concentratorplus真空離心濃縮儀(Eppendorf),SartoriusBP 2 1 1d分析天平(Sartorius),高速離心機(Thermo Fisher Scientific)。

3 研究對象 隨機選取10例已知RhD陽性的無償獻血者的抗凝血5 mL(本研究經(jīng)深圳市血液中心倫理委員會批準,文中所涉及獻血者均已被告知實驗內(nèi)容并由本人簽署知情同意書),其中血型定型分別為:RhCCDee(3例)、RhCcDEe(5例)、RhccDEE(2例)。

4 檢測方法

4.1 蛋白質(zhì)提?。孩偃〖t細胞樣品100 μL加入1 mL預(yù)冷的Lysis Buffer,使用超聲破碎儀破碎細胞,超聲2 s暫停2 s,共超聲10 min。②4℃ 14 000 g離心15 min,立即將上清液轉(zhuǎn)移到新的離心管中。

4.2 BCA法蛋白質(zhì)定量:①配制濃度為0.0 2 5、0.125、0.250、0.500、0.750、1.000、1.500、2.000(μg/μL)的標準品溶液,并將樣品稀釋50倍備用。②分別取25 μL標準品及樣品于微孔板中,每孔中加入200 μL工作試劑。在微孔板振蕩器上混合30 s后,37℃孵育30 min。③冷卻至室溫后,在多功能酶標儀上測量562 nm處的吸光度。制備標準曲線,并計算樣品濃度。

4.3 免疫沉淀:①準備Protein A agarose,用PBS洗兩遍瓊脂糖珠,然后用P B S配制成5 0%濃度。②每1 mg總蛋白中加入100 μL Protein A瓊脂糖珠(50%),4℃搖晃10 min(EP管插于冰上,放置水平搖床),以去除非特異性雜蛋白,降低背景。③4℃ 14 000 g離心15 min,將上清液轉(zhuǎn)移到新的離心管中,去除Protein A瓊脂糖珠。④用PBS將總蛋白稀釋到約1 μg/μL,以降低裂解液中去垢劑的濃度。⑤加入200 μL Rh抗-D抗體到500~1 000 μg總蛋白中,4℃緩慢搖動抗體和細胞裂解液混合物過夜。⑥加入100 μL的Protein A瓊脂糖珠捕捉抗體及其結(jié)合的蛋白,4℃緩慢搖動抗原抗體混合物過夜。⑦在14 000 g瞬時離心5 s,收集瓊脂糖珠-抗體復(fù)合物,去上清,用800 μL預(yù)冷的PBS buffer洗滌3遍。

4.4 蛋白酶切:①用50 mmol/L NH4HCO3溶液清洗protein A beads兩次,將beads分散于100 μL 50 mmol/L的NH4HCO3溶液。②加入DTT溶液使其終濃度為10 mmol/L,于56℃水浴中還原1 h。加入IAA溶液使其終濃度為50 mmol/L,避光反應(yīng)40 min后,加入DTT溶液使其終濃度為20 mmol/L中和過量的IAA。③按照胰蛋白酶與底物質(zhì)量比為1∶100加入胰蛋白酶,37℃酶切4 h,繼續(xù)按質(zhì)量比1∶100加入胰酶,37℃酶切反應(yīng)過夜(16 h)。④使用自填脫鹽柱脫鹽后,于45℃真空干燥備用。

4.5 質(zhì)譜鑒定分析:①肽段用樣品溶解液(0.1%甲酸、2%乙腈)溶解,充分振蕩渦旋,13 200 r/min,4℃離心10 min,上清液轉(zhuǎn)移到上樣管中進行質(zhì)譜鑒定。②色譜信息,預(yù)柱300 μm i.d.×5 mm, packed with Acclaim PepMap RPLC C18,5 μm,100 ?;分析柱75 μm i.d.×150 mm,packed with Acclaim PepMap RPLC C18,3 μm,100 ?;流動相A,0.1%甲酸,2%CAN;流動相B,0.1%甲酸,80%CAN;流速300 nL/min;每個組分析時間60 min。③分離后的肽段直接進入質(zhì)譜儀Thermo Scientific Q Exactive進行在線檢測,一級質(zhì)譜參數(shù),Resolution 70 000,AGCtarget 3e6,MaximumIT 40 ms,Scanrange 350 to 1 800 m/z;二級質(zhì)譜參數(shù),Resolution 17 500,AGCtarget 1e5,MaximumIT 60 ms,TopN 20,NCE/steppedNCE 27。

4.6 數(shù)據(jù)庫檢索:質(zhì)譜原始文件,Max Quant[8](1.5.6.5)檢索目標蛋白及uniprot-Human數(shù)據(jù)庫,檢索參數(shù)①固定修飾(Fixed modifications),Carbamidomethyl (C)。②可變修飾(Variable mod if ications),Oxidation (M)。③酶(Enzyme),Trypsin。④遺漏酶切位點(Maximum Missed Cleavages),2。⑤一級質(zhì)譜誤差(Peptide Mass Tolerance),2 0 p p m。⑥二級質(zhì)譜誤差(Fragment Mass Tolerance),0.5 Da。⑦肽段/碎片離子質(zhì)量數(shù)(Mass values),Monoisotopic(單同位素)。⑧顯著性閾值(Significance threshold),0.05。

結(jié) 果

1 蛋白濃度檢測 根據(jù)配制已知濃度的標準品溶液得到蛋白濃度的標準曲線,見圖1。

使用免疫沉淀法提取紅細胞上的RHD蛋白,通過標準曲線可以計算出10例標本的RHD蛋白濃度,見表1。

2 蛋白鑒定結(jié)果

2.1 目標蛋白搜庫結(jié)果:將鑒定到RHD蛋白的目標肽段與參比序列GenBank AEY68242.1進行比對,發(fā)現(xiàn)所檢測到的10例樣本的RHD蛋白序列與原參比序列的吻合度均達到100%,見表2。

表2 1~10號樣本鑒定到的RHD蛋白氨基酸長度、肽段數(shù)與原參比序列的吻合度

2.2 鑒定肽段二級圖譜:10例樣本均獲得了不同肽段碎片離子,每例樣本檢測到的肽段離子組合得到該樣本的紅細胞膜RHD蛋白肽段二級圖譜,選取1例樣本的肽段二級圖譜作為代表圖,如圖2所示。

圖2 紅細胞膜RHD蛋白肽段二級圖譜代表圖

紅細胞膜在低溫與超聲破碎儀的作用下裂解,通過特定抗-D抗體的免疫沉淀作用提取到高濃度的RHD蛋白。利用蛋白質(zhì)質(zhì)譜(MS)技術(shù)可以將檢測到的肽片段序列在數(shù)據(jù)庫中進行鑒定。此外,質(zhì)譜技術(shù)還可以處理任意多碎片的肽段數(shù)據(jù),能夠?qū)Ψg后修改的復(fù)雜模式(如高度磷酸化的肽)進行賦值和評分。MaxQuant計算蛋白質(zhì)組學(xué)平臺具有識別多肽段的能力,在檢測RHD蛋白方面具有顯著的優(yōu)勢。

討 論

RHD蛋白包括RHD和RHCE蛋白,兩者的多肽鏈結(jié)構(gòu)相似并具有高度的同源性[9]。此外,還有另一種蛋白Rh50,稱為Rh相關(guān)蛋白(RHAG),RHAG與RHD、RHCE的氨基酸序列存在32.9%、38.5%的相似性,三者之間有12個相似的跨膜結(jié)構(gòu)域[10]。RHAG蛋白不具有血型系統(tǒng)的多態(tài)性,即不產(chǎn)生血型抗原,但它可以輔助RHD及RHCE蛋白固定在紅胞膜上,形成RHD蛋白復(fù)合體。RHAG蛋白還參與RHD抗原的缺失和表達[11]。通過對紅細胞上RHD蛋白的分析研究,我們可以精確鑒定RhD血型,同時可以更深入地了解RHD蛋白的功能與RhD抗原在紅細胞上的表達以及相關(guān)RH蛋白家族之間的聯(lián)系。

本研究應(yīng)用免疫沉淀法通過特異性抗-D抗體與紅細胞上的RhD抗原結(jié)合并形成沉淀物,通過Protein A的作用來純化及捕捉抗體及其目標蛋白。使用Promga公司生產(chǎn)的胰蛋白酶進行一步法酶切得到特異性RHD蛋白肽段,再通過質(zhì)譜儀Thermo Scientific Q Exactive進行在線檢測得到相關(guān)質(zhì)譜參數(shù)。所有的參數(shù)通過Maxquant軟件進行Protein ID分析得到目標蛋白的顯著性閾值,制備出實驗樣品RHD蛋白定量的標準曲線,通過標準曲線可以計算出每一例樣本的RHD蛋白濃度。Uniprot-Human數(shù)據(jù)庫中檢索到RHD蛋白的氨基酸序列,在NCBI的BLAST Genomes上與人類RHD蛋白參比序列比對發(fā)現(xiàn)檢測到的蛋白肽段與RHD蛋白的氨基酸序列完全吻合。結(jié)果表明,特異性的免疫沉淀法與質(zhì)譜聯(lián)用是一種獲得高純度RHD蛋白的可靠方法,用針對RHD蛋白的抗-D抗體在胰蛋白酶的作用下可以純化目標蛋白組分,從肽段的二級圖譜中可以看到質(zhì)譜相對于基峰的離子峰度較明確,氨基酸序列的長度與峰值成正比,可有效檢測RHD蛋白的序列。Rh血型抗原系統(tǒng)是非常復(fù)雜的血型系統(tǒng),有人認為,不同的Rh血型抗原的產(chǎn)生是Rh mRNA選擇性剪接的結(jié)果[12],選擇性的剪接造成了個體間Rh抗原表達的差異。Rh血型因種族不同而有差異,亞洲地區(qū)的Rh陰性族群中有30%是帶有完整RHD基因的DEL血型,但其D抗原表現(xiàn)微弱甚至無法用傳統(tǒng)血清學(xué)方法測出,須通過吸收與放散試驗或敏感性更強的流式細胞技術(shù)才能檢測到[13-14],也有通過基因測序的方法來鑒定RhD血型[15]。但這些方法均存在實驗操作的主觀性影響,或方法學(xué)本身的局限性會影響實驗結(jié)果的可靠性,例如吸收放散方法會受吸收時間、溫度、洗滌紅細胞次數(shù)甚至鹽水的洗滌量、放散試劑等影響?;驕y序的分析結(jié)果只能說明RHD基因的存在,不一定能說明紅細胞表面RhD抗原的表達量。因此,本研究建立的方法能直接鑒定紅細胞膜上RHD蛋白是否存在,說明了Rh抗原在紅細胞上的表達與RHD基因具有直接的相關(guān)性。

免疫沉淀法與質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)可以準確檢測人類RHD蛋白的氨基酸序列,為RhD血型的精確定型以及RHD基因與抗原表達的研究打下基礎(chǔ),進一步為RHD蛋白對應(yīng)的抗原多態(tài)性、功能以及結(jié)構(gòu)的深入研究提供幫助。

利益沖突所有作者均聲明不存在利益沖突

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