任 欣 沈 群

(北京工商大學(xué)食品與健康學(xué)院；北京食品營養(yǎng)與人類健康高精尖創(chuàng)新中心1，北京 100048)(中國農(nóng)業(yè)大學(xué)食品科學(xué)與營養(yǎng)工程學(xué)院；植物蛋白與谷物加工北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室2，北京 100083)

腸道菌群是對(duì)寄居在人體腸道內(nèi)微生物群落的總稱，構(gòu)成復(fù)雜、細(xì)菌種類繁多，由500～1 000種不同種類的細(xì)菌構(gòu)成[1]，其細(xì)胞數(shù)量約為人體的10倍(1014)，基因數(shù)量約為人體的100倍[2]。腸道菌群是人體健康的基石[3]，近年來，腸道菌群已成為營養(yǎng)與健康等科學(xué)研究領(lǐng)域最值得關(guān)注的焦點(diǎn)之一，有關(guān)腸道微生物的研究正在逐漸改變?nèi)藗儗?duì)于膳食營養(yǎng)與疾病的傳統(tǒng)觀念。大量研究已經(jīng)證明，腸道微生物與2型糖尿病(T2D)等眾多復(fù)雜代謝性疾病密切相關(guān)[4]。過去50年，人類發(fā)現(xiàn)了糖尿病的眾多風(fēng)險(xiǎn)因素，而過去10年，科學(xué)家發(fā)現(xiàn)菌群可能是其中最重要的可變因素[5]。Larsen等[6]通過對(duì)比T2D患者與正常人腸道菌群的構(gòu)成和數(shù)量發(fā)現(xiàn)T2D患者體內(nèi)的厚壁菌門和梭菌屬所占比例顯著降低，擬桿菌門和變形菌門所占比例顯著升高。Qin等[4]通過對(duì)345份中國T2D患者及正常人群(對(duì)照)糞便樣本的分析表明，T2D患者的特征為中度腸道微生物失調(diào)，即一些常見的產(chǎn)丁酸鹽細(xì)菌豐度降低，各種條件致病菌以及其他負(fù)責(zé)還原硫酸鹽和抵抗氧化應(yīng)激的微生物增加。

在能夠影響腸道菌群的所有因素中，飲食是最具有影響力且可以改變的因素[7]?；诖笠?guī)模人群的流行病學(xué)研究以及元分析發(fā)現(xiàn)，飲食對(duì)人類健康的保護(hù)作用主要?dú)w因于水果、蔬菜和全谷物中的膳食纖維和生物活性物質(zhì)[8]。

小米是我國典型的全谷物食品。前期研究已經(jīng)證明小米及其制品的體外淀粉消化速率較慢，體內(nèi)血糖生成指數(shù)較低[9]，每日進(jìn)食50 g小米制品可有效改善IGT患者的血糖代謝[10]。但進(jìn)食小米是否會(huì)影響以及如何影響人體腸道菌群的組成和相對(duì)豐度目前尚不清楚。本研究將進(jìn)一步測(cè)定分析IGT患者的腸道菌群在12周小米膳食干預(yù)前后的變化，探尋受小米膳食顯著影響的腸道微生物，并試圖分析腸道菌群在小米膳食干預(yù)改善IGT患者血糖代謝過程中的作用。

1 材料與方法

1.1 實(shí)驗(yàn)材料

東方亮小米、活性干酵母、泡打粉。DNA抽提試劑盒，PowerSoil-htp 96 Well Soil DNA Isolation Kit；瓊脂糖，biowestagArose；擴(kuò)增試劑盒，GoTaq?Hot Start Colorless Master Mix；純化試劑盒，QIAquick?PCR Purification Kit。

1.2 儀器與設(shè)備

COBAS INTEGRA 800全自動(dòng)生化分析儀，MultiskanTMGO酶標(biāo)儀，SYSLG30-IV雙螺桿擠壓機(jī)，NanoDrop2000超微量分光光度計(jì)，DYY-6C電泳儀，ABI GeneAmp?9700型PCR儀，Illumina Miseq測(cè)序儀。

1.3 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

本實(shí)驗(yàn)以前期進(jìn)行的小米膳食臨床營養(yǎng)干預(yù)實(shí)驗(yàn)為基礎(chǔ)，分別采集64名IGT受試者，其中男性27人, 占42.2%，女性37人, 占57.8%；平均年齡(56.0±0.88)歲，平均BMI為(25.98±0.44)，在12周干預(yù)前后的糞便樣本，進(jìn)行后續(xù)腸道菌群的測(cè)定分析。小米膳食干預(yù)實(shí)驗(yàn)的具體步驟參照文獻(xiàn)[10]：用50 g生小米制作而成的小米饅頭或小米餅代替受試者日常膳食中的部分常規(guī)主食(米飯或饅頭)，不強(qiáng)制要求食用時(shí)間，且對(duì)受試者其他日常飲食和生活習(xí)慣，包括體力活動(dòng)情況等均不作干預(yù)。干預(yù)用小米饅頭和小米餅由項(xiàng)目組統(tǒng)一制作并真空包裝后發(fā)放給受試者。本研究得到北京大學(xué)生物醫(yī)學(xué)倫理委員會(huì)的批準(zhǔn)(倫理審查批件號(hào)：IRB00001052-14023)，并在世界衛(wèi)生組織國際臨床試驗(yàn)注冊(cè)平臺(tái)一級(jí)——中國臨床試驗(yàn)注冊(cè)中心進(jìn)行注冊(cè)(注冊(cè)號(hào)：ChiCTR-OON-16008603)。所有受試者在參與實(shí)驗(yàn)前均詳細(xì)了解實(shí)驗(yàn)內(nèi)容并簽署知情同意書。

1.4 糞便樣本的收集

分別在基線和末期階段收集受試者糞便樣本進(jìn)行腸道菌群和短鏈脂肪酸的檢測(cè)。糞便樣本由受試者在規(guī)定時(shí)間內(nèi)按照工作小組提供的采集說明自行采集，采用內(nèi)含保存液的PSP管進(jìn)行樣本收集，隨后置于-80 ℃冰箱保存待檢。

1.5 腸道菌群測(cè)定

采用16SrRNA進(jìn)行腸道微生物測(cè)序。具體操作如下：基因組 DNA的提取。選用PowerSoil-htp 96 Well Soil DNA Isolation Kit試劑盒對(duì)樣本的基因組DNA進(jìn)行提取，之后采用Onedrop儀器和瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA的純度和濃度，取適量的樣品于離心管中，使用無菌水稀釋樣品至0.5 ng/μL。PCR擴(kuò)增。稀釋后的基因組DNA為模板；根據(jù)測(cè)序區(qū)域的選擇，使用帶Barcode的特異引物以及GoTaq?Hot Start Colorless Master Mix進(jìn)行PCR擴(kuò)增，以確保擴(kuò)增效率和準(zhǔn)確性。PCR產(chǎn)物的混樣和純化。PCR產(chǎn)物使用2%濃度的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳檢測(cè)；根據(jù)PCR產(chǎn)物濃度進(jìn)行等濃度混樣，充分混勻后使用2%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物，引物對(duì)應(yīng)區(qū)域?yàn)?6SrRNA的V4區(qū)，引物為515F-806R。PCR產(chǎn)物使用QIAquick?PCR Purification Kit試劑盒純化回收產(chǎn)物。上機(jī)測(cè)序與下機(jī)數(shù)據(jù)預(yù)處理。使用Pico Green熒光定量以及Agilent 2200 TapeStation電泳工作平臺(tái)檢測(cè)合格后，使用MiSeq進(jìn)行上機(jī)測(cè)序。采用Illumina MiSeq測(cè)序平臺(tái)得到的下機(jī)數(shù)據(jù)存在一定的低質(zhì)量數(shù)據(jù)，會(huì)干擾分析的結(jié)果，因此在進(jìn)一步分析前，需要對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理。對(duì)高通量測(cè)序的原始數(shù)據(jù)首先根據(jù)Barcode的信息，將單個(gè)樣品數(shù)據(jù)拆分出來，取出引物序列，進(jìn)行測(cè)序序列質(zhì)量控制；通過質(zhì)量檢查的序列，應(yīng)用Ribosomal Database Project(RDP)Classifier 2.3進(jìn)行序列比對(duì)，確定每條序列的分類等級(jí)(界、門、綱、目、科、屬)；最后應(yīng)用Mothur進(jìn)行OTUs(Operational Taxonomic Units，分類操作單元)劃分，以序列相似性97%為標(biāo)準(zhǔn)，將這些序列劃分為OTUs，并按照序列數(shù)量生成OTU豐度譜。

1.6 統(tǒng)計(jì)分析

數(shù)據(jù)分析使用SPSS軟件，畫圖使用GraphPad Prism。所有數(shù)據(jù)以mean±SEM的形式表示。小米膳食干預(yù)前后各指標(biāo)的顯著性差異采用配對(duì)樣本t檢驗(yàn)(符合正態(tài)分布的指標(biāo)，LSD)或2相關(guān)樣本的wilcoxon秩和檢驗(yàn)(不符合正態(tài)分布的指標(biāo))進(jìn)行判斷。P<0.05表示有顯著性差異，P<0.01表示有極顯著差異。

2 結(jié)果與討論

2.1 小米膳食干預(yù)對(duì)IGT患者腸道菌群多樣性的影響

本次測(cè)定共檢出2 487種腸道微生物(以序列相似性97%為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行OTUs劃分)，所有樣本的稀釋性曲線均趨于平緩，Shannon多樣性曲線均達(dá)到平臺(tái)期，表明本次測(cè)序的數(shù)據(jù)量較為合理，測(cè)序深度足以覆蓋樣本中的絕大部分微生物，平均覆蓋度高達(dá)0.998，滿足微生物多樣性分析要求。物種多樣性分析結(jié)果見圖1，12周小米膳食干預(yù)結(jié)束后，IGT患者腸道可檢測(cè)到的OTUs種類與干預(yù)前相比顯著增加，腸道菌群ACE指數(shù)和Chao指數(shù)亦顯著增加，表明小米膳食干預(yù)可以顯著提高IGT患者腸道內(nèi)菌群的物種豐富度。

圖1 干預(yù)前后IGT患者腸道菌群多樣性變化

2.2 小米膳食干預(yù)及機(jī)體代謝指標(biāo)對(duì)IGT患者腸道菌群的整體影響

從PCA主成分分析圖可以看出，經(jīng)過降維處理后，IGT受試者基線菌群可以與末期菌群較好分開，并且累積貢獻(xiàn)率達(dá)46.50%(圖2a)，再次證明12周小米膳食干預(yù)可以顯著影響受試者腸道微生物的組成及相對(duì)豐度。為了進(jìn)一步明確空腹血糖及胰島素抵抗指數(shù)對(duì)受試者腸道菌群的影響，并避免小米膳食干預(yù)對(duì)結(jié)果的干擾，分別以空腹血糖6.1 mmol/L和胰島素抵抗指數(shù)3為界，對(duì)基線受試者的腸道菌群進(jìn)行PCA分析，結(jié)果如圖2b～圖2c所示。無論以空腹血糖還是胰島素抵抗指數(shù)為分類標(biāo)準(zhǔn)，IGT受試者的腸道菌群均可以被明顯地分為2個(gè)不同的亞群，其累積貢獻(xiàn)率分別可達(dá)49.13%和51.07%，表明空腹血糖和胰島素抵抗指數(shù)均可以顯著改變糖耐量減低患者的腸道微生物相對(duì)豐度。類似的，另一項(xiàng)基于糖尿病前期和糖尿病患者的人群橫斷面研究結(jié)果同樣表明，IGT、復(fù)合性糖耐量受損及T2D患者的腸道菌群總體組成發(fā)生變化，基于胰島素抵抗，可顯著區(qū)分復(fù)合性糖耐量受損/T2D患者與血糖正常者[11]。人類腸道微生物的變化和宿主之間存在復(fù)雜的、疾病階段依賴的相互作用[12]。

圖2 PCA主成分分析圖

2.3 小米膳食干預(yù)對(duì)IGT患者腸道菌群在門水平的影響

本次腸道菌群測(cè)序結(jié)果顯示，厚壁菌門(圖3白色所示)是IGT患者腸道內(nèi)的第一優(yōu)勢(shì)菌，其平均相對(duì)豐度高達(dá)50%以上，位居第二位的是是擬桿菌門(圖3灰色所示)，二者之和占人體腸道菌群的90%，此消彼長，呈極顯著負(fù)相關(guān)(r=0.94，P=0.00)。其次是變形菌門、放線菌門、梭桿菌門、柔膜菌門(圖3)。經(jīng)過為期12周的小米膳食干預(yù)，IGT受試者厚壁菌門的相對(duì)豐度顯著增加(P=0.01)，擬桿菌門的相對(duì)豐度顯著減少(P=0.03)，厚壁菌門/擬桿菌門的比值由干預(yù)前的(2.15±0.26)增加到干預(yù)后的(3.30±0.46)(P=0.01)。Lee等[13]發(fā)現(xiàn)低亞油酸飲食在改善糖尿病肥胖大鼠的代謝反應(yīng)的同時(shí)，提高了厚壁菌門/擬桿菌門的比值，與本研究結(jié)果一致。但Li等[14]發(fā)現(xiàn)小米在改善肥胖小鼠血脂代謝的同時(shí)，降低了厚壁菌門/擬桿菌門的比值。作為人類腸道菌群最重要的兩個(gè)門，厚壁菌門/擬桿菌門這一指標(biāo)經(jīng)常出現(xiàn)在各有關(guān)腸道菌群的研究報(bào)告中，但結(jié)果不一，甚至經(jīng)常出現(xiàn)相反的結(jié)果[5, 15, 16]。與正常人群相比，Larsen等[17]發(fā)現(xiàn)T2D患者腸道內(nèi)厚壁菌門/擬桿菌門顯著下降，但Zhao等[18]卻發(fā)現(xiàn)這一指標(biāo)在T2D患者中顯著上升。據(jù)一項(xiàng)匯總了13項(xiàng)病例對(duì)照研究結(jié)果的研究報(bào)道，3項(xiàng)研究結(jié)果表明厚壁菌門/擬桿菌門與T2D負(fù)相關(guān)，即T2D患者腸道內(nèi)厚壁菌門/擬桿菌門顯著下降；4項(xiàng)為正相關(guān)，其余6項(xiàng)為無關(guān)[5]。研究人員在肥胖患者中同樣發(fā)現(xiàn)了這一指標(biāo)的矛盾存在[15]。

圖3 小米膳食干預(yù)對(duì)腸道菌群門水平相對(duì)豐度的影響

2.4 小米膳食干預(yù)對(duì)IGT患者腸道菌群在綱目科水平的影響

由圖4可知，從綱水平而言，糖耐量減低患者的腸道菌群主要由梭菌綱、擬桿菌綱、Negativicutes、γ-變形菌綱、桿菌綱和放線菌綱等組成，并以梭菌綱為優(yōu)勢(shì)菌，其相對(duì)豐度達(dá)50%以上，其次是擬桿菌綱，相對(duì)豐度為33%左右。12周小米膳食干預(yù)可以顯著提高受試者腸道內(nèi)梭菌綱和桿菌綱的相對(duì)豐度，顯著降低擬桿菌綱的相對(duì)豐度。從目水平而言，糖耐量減低患者的腸道菌群主要由梭菌目、擬桿菌目、Selenomonadales、腸桿菌目、乳桿菌目、雙歧桿菌目和梭桿菌目等組成，并以梭菌目和擬桿菌目為優(yōu)勢(shì)菌，相對(duì)豐度分別為54.1%和31.8%，12周小米膳食干預(yù)后，僅梭菌目顯著增加，擬桿菌目相對(duì)豐度雖有降低但不顯著。從科水平而言，糖耐量減低患者的腸道菌群主要由瘤胃球菌科、擬桿菌科、毛螺旋菌科、普雷沃氏菌科、韋榮球菌科、腸桿菌科和乳桿菌科等組成，其中瘤胃球菌科、擬桿菌科和毛螺旋菌科占比較高，相對(duì)豐度分別為29.32%、21.92%和21.06%。經(jīng)12周小米膳食干預(yù)后，受試者腸道內(nèi)的瘤胃球菌科顯著增加，普雷沃氏菌科顯著減少。瘤胃球菌科屬于腸道內(nèi)有益菌，已有研究將其定義為健康老齡化即長壽的關(guān)鍵指示菌[19]。因此本研究瘤胃菌科相對(duì)豐度的顯著增加再次證明小米膳食使得糖耐量減低患者的腸道菌群朝著更為健康有利的方向發(fā)展。

圖4 小米膳食干預(yù)對(duì)腸道菌群綱、目、科水平相對(duì)豐度的影響

2.5 小米膳食干預(yù)對(duì)IGT患者腸道菌群在屬水平的影響

從屬水平而言，糖耐量減低患者的腸道菌群主要由擬桿菌屬、柔嫩梭菌、未分類毛螺菌科、普氏菌屬、未分類瘤胃菌科、瘤胃球菌屬和毛螺菌屬等組成，具體相對(duì)豐度如圖5所示。Arumugam等根據(jù)擬桿菌屬、普氏菌屬和瘤胃球菌屬相對(duì)豐度的不同，將人類腸道菌群分為三種菌型[20]，本研究受試者均屬于以擬桿菌屬為優(yōu)勢(shì)菌的B型。

注：*代表未分類，右上角小圖為干預(yù)前后柔嫩梭菌屬的相對(duì)豐度。

柔嫩梭菌屬為糖耐量減低受試者腸道內(nèi)的第二優(yōu)勢(shì)菌，經(jīng)過為期12周的小米膳食干預(yù)后，其相對(duì)豐度由干預(yù)前的14.42%增加為干預(yù)后的19.99%，呈極顯著差異。柔嫩梭菌屬于厚壁菌門、梭菌綱、梭菌目、瘤胃球菌科。體外培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)柔嫩梭菌能夠發(fā)酵葡萄糖產(chǎn)生少量的甲酸、D-乳酸以及大量的丁酸[21]。丁酸在維持腸道健康和發(fā)揮腸道功能方面占有重要地位，有關(guān)丁酸阻止病原菌入侵、維持免疫系統(tǒng)正常功能以及減緩癌癥進(jìn)程等多種生理功能相繼被報(bào)道[22]。體內(nèi)研究同樣發(fā)現(xiàn)柔嫩梭菌屬是人體腸道內(nèi)的關(guān)鍵性功能菌，與宿主多條代謝途徑相關(guān)[23]。多項(xiàng)研究指出，腸道易激綜合癥[24]、潰瘍性結(jié)腸炎[25]、肥胖[26]、乳糜瀉[27]等患者腸道內(nèi)柔嫩梭菌的相對(duì)豐度均顯著低于健康者。Ramirez-Farias等[28]發(fā)現(xiàn)益生元菊粉能夠顯著增加腸道內(nèi)柔嫩梭菌的豐度，Sokol等[29]通過體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)證實(shí)柔嫩梭菌屬具有抗炎功效，并且能夠降低克羅恩病患者術(shù)后復(fù)發(fā)的幾率，Munukka[30]發(fā)現(xiàn)與高脂飲食對(duì)照小鼠相比，高脂飲食+口服柔嫩梭菌群可改善小鼠的肝臟健康并減少脂肪組織炎癥。柔嫩梭菌已成為眾多研究者公認(rèn)的大有可為的二代益生菌[31]。據(jù)此推測(cè)，小米膳食可能通過增加菌群多樣性、改變IGT患者腸道菌群組成，尤其是增加柔嫩梭菌的相對(duì)豐度來實(shí)現(xiàn)降低血糖的功效。

3 結(jié)論

對(duì)比12周小米膳食干預(yù)前后IGT患者腸道微生物的組成和相對(duì)豐度，結(jié)果表明，小米膳食干預(yù)可顯著改變IGT患者的腸道菌群，顯著提高菌群多樣性、厚壁菌門/擬桿菌門比值和柔嫩梭菌屬的相對(duì)豐度。據(jù)此推測(cè)，小米膳食干預(yù)可通過改變IGT患者腸道菌群的組成和相對(duì)豐度來改善機(jī)體血糖代謝。