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Xpert Ultra超敏結(jié)核分枝桿菌基因檢測(cè)技術(shù)的臨床應(yīng)用

2021-01-08 01:55天津市海河醫(yī)院300222韓東
首都食品與醫(yī)藥 2021年8期
關(guān)鍵詞:利福平結(jié)核結(jié)核病

天津市海河醫(yī)院(300222)韓東

1 概述

結(jié)核病(T B)是由結(jié)核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)感染所造成的傳染性疾病,在全球感染人數(shù)眾多,我國(guó)不但是全球結(jié)核病嚴(yán)重流行的國(guó)家之一,同時(shí)也是耐多藥結(jié)核病(MDR-TB)嚴(yán)重流行的國(guó)家[1]。結(jié)核病主要的診斷方法包括抗酸桿菌涂片染色鏡檢法和結(jié)核分枝桿菌培養(yǎng)法??顾崛旧R檢法應(yīng)用廣泛,快速經(jīng)濟(jì),但靈敏度較低;結(jié)核分枝桿菌培養(yǎng)法為結(jié)核病診斷的金標(biāo)準(zhǔn),但耗時(shí)較長(zhǎng),無(wú)法快速獲得結(jié)果,往往延誤疾病的診治。

在過去的幾十年里,使用聚合酶鏈反應(yīng)(polyrnerase chain reaction,P CR)從臨床標(biāo)本中直接檢測(cè)結(jié)核分枝桿菌的DNA,使結(jié)核病的微生物診斷技術(shù)水平得到了顯著地提高。Xpert MTB/RIF (Xpert)檢測(cè)技術(shù)是一種以聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)原理為基礎(chǔ)的體外診斷技術(shù),通過核酸提取、擴(kuò)增和檢測(cè),將處理后的待檢標(biāo)本放入密閉的反應(yīng)盒中,通過上述三位一體操作程序自動(dòng)檢出痰標(biāo)本是否菌陽(yáng)、荷菌量多少,以及是否對(duì)利福平耐藥。這極大地縮短了檢測(cè)時(shí)間, 可以使確診患者更早的應(yīng)用抗結(jié)核藥物[2],Xpert 比抗酸桿菌涂片染色鏡檢法更敏感、特異性更高,被世界衛(wèi)生組織(WHO)推薦為結(jié)核病的快速診斷方法[3],但是Xpert同樣也存在著許多的不足,由于Xpert的檢測(cè)限(LOD)為131菌落形成單位(cFU)/ml,相較于培養(yǎng)的LOD僅為1-10(cFU)/ml,其敏感性低于結(jié)核菌培養(yǎng),除此之外Xpert的利福平耐藥性檢測(cè)還會(huì)出現(xiàn)假陽(yáng)性的結(jié)果[4][5]。因此在2017年3月WHO推薦了一種新的檢測(cè)方法Xpert Ultra,這種檢測(cè)方法對(duì)結(jié)核分枝桿菌DNA檢測(cè)的敏感性更高,rpoB基因突變檢測(cè)的特異性更強(qiáng),顯著提高了結(jié)核病的診斷水平。本文通過分析最新研究結(jié)果,比較了Xpert和Xpert Ultra在不同結(jié)核病發(fā)病地區(qū)以及不同發(fā)病部位中的表現(xiàn),來(lái)討論Xpert Ultra在臨床工作中的的應(yīng)用。

2 Xpert Ultra在肺結(jié)核診斷中的應(yīng)用

2.1 敏感性 一項(xiàng)通過對(duì)五個(gè)國(guó)家的回顧性研究,比較了277例呼吸道標(biāo)本中結(jié)核分枝桿菌的檢測(cè)結(jié)果,在培養(yǎng)陽(yáng)性的標(biāo)本中Xpert Ultra和Xpert的敏感性分別為88.7%和81%,在涂片陽(yáng)性培養(yǎng)陽(yáng)性的標(biāo)本中Xpert Ultra和Xpert的敏感性是98.9%和97.8%,在涂片陰性培養(yǎng)陽(yáng)性的標(biāo)本中Xpert Ultra和Xpert的敏感性是78.9%和66.1%。在一項(xiàng)包括2368名參與者的前瞻性多中心研究中,在培養(yǎng)陽(yáng)性的標(biāo)本中Xpert Ultra和Xpert的敏感性分別為88%和83%,涂片陰性培養(yǎng)陽(yáng)性的標(biāo)本中Xpert Ultra和xpert的敏感性是63%和46%[6]。這些數(shù)據(jù)顯示在涂片陽(yáng)性標(biāo)本中Xpert Ultra和Xpert的敏感性無(wú)明顯差異,但在涂片陰性標(biāo)本中Xpert Ultra的靈敏度更高。在結(jié)核病低流行地區(qū)進(jìn)行的一項(xiàng)研究也得到了類似的結(jié)果,培養(yǎng)陽(yáng)性的標(biāo)本中Xpert Ultra和Xpert的敏感性是95.7%和82.9%,涂片陽(yáng)性培養(yǎng)陽(yáng)性的標(biāo)本中Xpert Ultra和Xpert的敏感性都是100%,涂片陰性培養(yǎng)陽(yáng)性的標(biāo)本中Xpert Ul tra和Xpert的敏感性是91.8%和66.7%,這表明Xpert Ultra對(duì)含菌量低標(biāo)本的敏感性更高。這一優(yōu)勢(shì)有助于提高例如粟粒性結(jié)核、結(jié)核性胸膜炎、結(jié)核性腦膜炎或早期結(jié)核菌感染等情況下,含菌量較低的臨床標(biāo)本的診斷率[7]。尤其在HIV感染患者中,結(jié)核病患病率及死亡率均高于普通人群[8][9],因此對(duì)于此類患者結(jié)核菌感染的檢測(cè)十分重要。一項(xiàng)研究觀察到,在HIV陰性患者中,Xpert Ultra和Xpert的敏感性為別91%和90%,并無(wú)顯著差異,但在HIV陽(yáng)性患者中,Xpert Ultra的敏感性仍維持在90%,Xpert的敏感性卻下降到了77%[6]。在另外一項(xiàng)研究中也同樣發(fā)現(xiàn),HIV陰性患者中,Xpert Ultra相較于Xpert并無(wú)顯著優(yōu)勢(shì),但在HIV陽(yáng)性患者中,Xpert Ultra的敏感性增加了11.7%[10],更高的檢測(cè)敏感性可以幫助患者更早地接受抗結(jié)核治療,降低致死率。

兒科病人的敏感性:對(duì)于兒童人群的結(jié)核病診斷十分具有挑戰(zhàn)性。在一項(xiàng)包含453名符合條件兒童的研究中,Xpert Ultra對(duì)于呼吸道標(biāo)本的敏感性和特異性分別為75.3%和96.9%[11]。對(duì)于感染HIV的兒童和未感染者HIV的兒童,Xpert Ultra的敏感性相似;在這項(xiàng)研究中,HIV的感染率為19.4%。不同的參考標(biāo)準(zhǔn)會(huì)得到不同的結(jié)果,當(dāng)以呼吸道標(biāo)本的培養(yǎng)結(jié)果作為參考時(shí),Xpert Ultra和Xpert在呼吸道標(biāo)本上測(cè)定的靈敏度分別為65.8%和64.4%。當(dāng)以包含Xpert、Xpert Ultra、培養(yǎng)以及臨床資料的綜合信息作為參考時(shí),Xpert Ultra的敏感性為73.7%,高于Xpert的63.2%[13]。在坦桑尼亞的另一項(xiàng)包含兩個(gè)中心研究中,培養(yǎng)陽(yáng)性標(biāo)本的Xpert Ultra靈敏度達(dá)到64.3%,相比于Xpert 的53.6%,Xpert Ultra在靈敏度上更為領(lǐng)先。同時(shí)在所有可用的標(biāo)本中,相當(dāng)于平均每個(gè)病人2.46和2.11個(gè)樣本,Xpert Ultra和Xpert的靈敏度分別為75%和60.7%[12]。對(duì)于這兩種檢測(cè)方法,僅檢測(cè)首次標(biāo)本時(shí),特異性均為100%;但對(duì)于所有測(cè)試標(biāo)本,Xpert Ultra的特異性為98.1%;Xpert的特異性仍為100%。在HIV未感染患者中,Xpert Ultra和Xpert的敏感性并沒有顯著差異,分別為52.6%和47.4%。相反的,在HIV感染患者中,Xpert Ultra的敏感度為88.9%,明顯高于Xpert 66.7%的敏感度。這項(xiàng)研究表明,與Xpert相比,Xpert Ultra的敏感性更高,尤其是在HIV陽(yáng)性的兒童患者中,而這部分兒童患者可以占到所有研究患者總數(shù)的52%,比例相當(dāng)?shù)母遊12]。

2.2 特異性 在結(jié)核病高發(fā)病率地區(qū)進(jìn)行的幾項(xiàng)研究表明,以結(jié)核菌培養(yǎng)結(jié)果為參照標(biāo)準(zhǔn),與Xpert相比,Xpert Ultra的敏感性雖然增加,但與Xpert 98.7%的特異性相比,Xpert Ultra的特異性略有降低至96%[8]?;诰酆厦告湻磻?yīng)可以檢測(cè)到標(biāo)本中在抗結(jié)核藥物治療后殺死的結(jié)核桿菌以及既往存在結(jié)核病史患者殘存的結(jié)核菌DNA,因此無(wú)法區(qū)分標(biāo)本中的結(jié)核菌是死的桿菌還是活的桿菌,從而影響測(cè)試特異性的準(zhǔn)確性[13][14][15],而這種情況更可能發(fā)生在檢測(cè)敏感性更高的Xpert Ultra中,這也解釋了為何其特異性較Xpert略低。此外,與肺結(jié)核低發(fā)病率的地區(qū)相比,高發(fā)病率地區(qū)由于患者既往肺結(jié)核病史發(fā)生率更高,從而更容易導(dǎo)致檢測(cè)特異性的降低[8][16]。Xpert Ultra的檢測(cè)結(jié)果在原來(lái)Xpert的“高、中、低、極低”4個(gè)級(jí)別的基礎(chǔ)上增加了“微量”,共5個(gè)級(jí)別。Xpert檢測(cè)中不存在“微量”這個(gè)類別,與該類別相對(duì)應(yīng)的是多拷貝基因IS6110和IS1810陽(yáng)性以及單拷貝基因rpoB陰性的PCR樣本,“微量”類別的出現(xiàn)是LOD提升的結(jié)果,會(huì)導(dǎo)致檢測(cè)特異性降低。Xpert Ultra檢測(cè)中“微量”結(jié)果表示檢測(cè)到極少量結(jié)核分枝桿菌DNA,有助于區(qū)分以前感染的死桿菌和正在進(jìn)行的活動(dòng)性肺結(jié)核,但需要注意的是當(dāng)檢測(cè)值為“微量”時(shí),利福平的耐藥性無(wú)法判斷,這與Xpert Ultra的耐藥性檢測(cè)機(jī)制相關(guān)。

3 Xpert Ultra在肺外結(jié)核診斷中的應(yīng)用

許多研究都表明Xpert對(duì)于肺外結(jié)核的診斷結(jié)果可能會(huì)因?yàn)楸粶y(cè)樣本的不同而有所不同。最近的一項(xiàng)關(guān)于Xpert的研究表明:腦脊液檢測(cè)結(jié)核菌的敏感性和特異性為71.1%和98%,胸腔積液的敏感性和特異性分別為50.9%和99.2%,而尿樣的敏感性和特異性為82.7%和98.7%[17]。到目前為止,有關(guān)Xpert Ultra對(duì)肺外結(jié)核診斷的研究還比較少。其中一項(xiàng)研究只選擇了涂片陰性的標(biāo)本進(jìn)行研究,其標(biāo)本總體敏感性和特異性分別為75.9%和100%,另外的研究[18][19]顯示在含菌量較低的標(biāo)本中,胸腔積液的敏感性僅為60.5%,其他部位的標(biāo)本中腦脊液的敏感性為100%(3/3),關(guān)節(jié)液的敏感性為87.5%(7/8),腹腔積液的敏感性為33.3%(1/3),心包積液的敏感性為66.6%(2/3),尿液標(biāo)本的敏感性為100%(12/12)。在這個(gè)研究中所有被檢測(cè)標(biāo)本的特異性均為100%。然而,由于樣本數(shù)量較少,本文所得到的結(jié)果需要通過包含更多樣本的研究去進(jìn)一步驗(yàn)證。在一項(xiàng)包括200例肺外結(jié)核患者的回顧性研究中,Xpert Ultra和Xpert的總體敏感性分別為83.7%和67.4%,特異性為92%和96%,研究中包括103例胸腔積液標(biāo)本,其中Xpert Ultra和Xpert的檢出率分別為43.7%和20.4%,研究中還包括71個(gè)組織穿刺標(biāo)本,Xpert Ultra和Xpert的檢出率分別為78.9%和63.4%,略高于胸水。在另外一項(xiàng)包含108名患者的研究中,其胸腔積液樣本的Xpert Ultra和Xpert敏感性分別為61.11%和34.26%。國(guó)內(nèi)關(guān)于Xpert Ultra對(duì)于肺外結(jié)核標(biāo)本的檢測(cè)研究還比較少見,但先前的一系列關(guān)于Xpert在肺外結(jié)核標(biāo)本中的研究[20][21]均顯示其敏感性不足。

結(jié)核性腦膜炎是一種危及生命的肺外結(jié)核疾病,對(duì)于它的診斷仍然非常具有挑戰(zhàn)性,延誤診治會(huì)導(dǎo)致死亡率增高,在艾滋病感染患者中尤其明顯[22]。由于結(jié)核性腦膜炎是一種含菌量較低的結(jié)核感染,所以對(duì)于腦脊液的微生物診斷敏感性不高。最初Xpert Ultra和Xpert并不被推薦應(yīng)用于腦脊液的微生物檢測(cè),但一些研究也在嘗試兩者在腦脊液中的應(yīng)用,在一項(xiàng)包含43例HIV陰性結(jié)核性腦膜炎患者的研究中,Xpert的敏感性為18.60%,而Xpert Ultra的敏感性較Xpert提高了44.19%。在另一項(xiàng)包含23例HIV陽(yáng)性結(jié)核性腦膜炎患者的研究中,Xpert Ultra和Xper的敏感性分別為70%和43%。同時(shí)這項(xiàng)研究還強(qiáng)調(diào)結(jié)核性腦膜炎的腦脊液結(jié)核菌培養(yǎng)陽(yáng)性率非常低[23]。在這項(xiàng)研究中,只使用了1ml離心的腦脊液用于Xpert和Xpert Ultra檢測(cè),而微生物診斷與標(biāo)本得量是呈正相關(guān)的,但在實(shí)際工作中常常無(wú)法獲得大量的腦脊液標(biāo)本,這也是結(jié)核性腦膜炎診斷具有挑戰(zhàn)性的另一個(gè)原因。國(guó)內(nèi)的另一項(xiàng)研究表明,在同樣使用1~2ml腦脊液標(biāo)本進(jìn)行檢測(cè)時(shí),Xpert Ultra的檢測(cè)敏感性顯著高于Xpert,這也表明Xpert Ultra更適用于實(shí)際臨床工作中。

總之,這些數(shù)據(jù)表明Xpert Ul tra較Xpert對(duì)于肺外結(jié)核的診斷敏感性更高。然而值得注意的是,這些測(cè)試結(jié)果在不同標(biāo)本中存在較大差異,且由于研究的數(shù)量以及其包含的樣本數(shù)量均有限,其準(zhǔn)確性仍需要更多的樣本去進(jìn)一步驗(yàn)證。

4 利福平耐藥檢測(cè)

Xpert的主要局限性是在利福平耐藥性檢測(cè)中出現(xiàn)的假陽(yáng)性結(jié)果,研究發(fā)現(xiàn)在MDR-TB<5%以及MDR-TB>15%范圍內(nèi)利福平耐藥檢測(cè)陽(yáng)性預(yù)測(cè)值在70%~90%之間[4][24],這是因?yàn)槔F侥退幮缘臋z測(cè)依賴于rpoB基因81 bp區(qū)域特異性DNA探針的缺失突變,而這種突變更容易出現(xiàn)在含菌量較少的樣本中。在Xpert Ultra中,檢測(cè)原理由半定量半巢式循環(huán)閾值的比較變?yōu)榘攵砍彩骄酆厦告湻磻?yīng),運(yùn)用了高分辨率熔解曲線技術(shù),可更好地區(qū)分ropB突變種類,因此提高了利福平耐藥性檢測(cè)的準(zhǔn)確性,降低了假陽(yáng)性結(jié)果的幾率[6]。

由于兩種測(cè)試都針對(duì)單拷貝基因rpoB,Xpert Ultra和Xpert檢測(cè)利福平耐藥的靈敏度相似(92.7%~95%),同時(shí)Xpert Ultra對(duì)利福平耐藥檢測(cè)的特異性為98%和Xpert 99%的特異性并沒有顯著差異[8]。所以我們有必要對(duì)更多含菌量較低,相應(yīng)的也包含DNA含量更低的結(jié)核分枝桿菌標(biāo)本進(jìn)行研究,以評(píng)估新的耐藥檢測(cè)技術(shù)的可靠性。

5 結(jié)論

Xpert以及最近出現(xiàn)的Xpert Ultra正在被越來(lái)越多的應(yīng)用于臨床工作中,仔細(xì)了解這兩種檢測(cè)方法的優(yōu)勢(shì)及其局限性十分重要,本文對(duì)比較Xpert Ultra和Xpert兩種檢測(cè)技術(shù)性能的相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行了回顧。Xpert技術(shù)擁有較高的敏感度和特異性,可以精準(zhǔn)、迅速地檢測(cè)出利福平耐藥基因(ropB突變基因),在臨床上對(duì)結(jié)核病的診斷上發(fā)揮了重要的意義,同時(shí)顯著提升了利福平耐藥性和MDR-TB 的檢測(cè)水平,不足的是雖然Xpert檢測(cè)痰標(biāo)本總的敏感度很高,但對(duì)含菌量較少的標(biāo)本檢測(cè)的敏感度較低。Xpert Ultra將檢測(cè)目的基因ropB的5條探針增加到6條探針,降低了Xpert MTB/RIF Ultra的LOD,使其接近于培養(yǎng),提高了在菌量較少情況下的敏感性,因此Xpert Ultra的整體靈敏度高于Xpert,尤其對(duì)結(jié)核性胸膜炎和菌陰結(jié)核等含菌量較低標(biāo)本[8][21]。

作為一種基于PCR的檢測(cè)方法,在既往結(jié)核病病史患者的非活動(dòng)結(jié)核桿菌中,Xpert Ultra仍能夠檢測(cè)出相應(yīng)DNA,這種假陽(yáng)性結(jié)果的出現(xiàn)會(huì)導(dǎo)致檢測(cè)特異性降低,而這種特異性降低在結(jié)核病高發(fā)地區(qū)更容易出現(xiàn)[11],所以在臨床工作中遇到結(jié)核病復(fù)治的患者,需要全面地分析患者的病史、癥狀、體征、影像學(xué)檢查以及其他實(shí)驗(yàn)室檢查等,不能單獨(dú)以Xpert Ultra結(jié)果確定患者是否存在活動(dòng)性。

到目前為止,評(píng)估Xpert Ultra肺外結(jié)核診斷價(jià)值的文獻(xiàn)相對(duì)較少,涉及的樣本數(shù)量也相對(duì)有限,絕大多數(shù)的研究對(duì)象大多是呼吸道標(biāo)本,因此對(duì)于呼吸道以外標(biāo)本進(jìn)行檢測(cè),其結(jié)果的準(zhǔn)確性及參考價(jià)值仍需謹(jǐn)慎對(duì)待。

對(duì)于利福平耐藥性進(jìn)行的研究并未發(fā)現(xiàn)Xpert Ultra在檢測(cè)敏感性以及特異性方面有所提高。由于PCR檢測(cè)的目標(biāo)基因仍然是單拷貝基因rpoB,并未預(yù)期其在敏感性方面能有所提高,但相比之下,由于引入了高分辨率熔解曲線技術(shù),預(yù)計(jì)其特異性會(huì)有所提高,但和Xpert之間仍未出現(xiàn)明顯差異,造成這種結(jié)果的原因可能是由于Xpert Ultra技術(shù)的檢測(cè)優(yōu)勢(shì)在含菌量較低標(biāo)本中更加明顯,相應(yīng)的也就是在耐多藥結(jié)核病發(fā)病率低的地區(qū),而迄今為止,大多數(shù)研究都是在耐多藥結(jié)核病發(fā)病率較高的地區(qū)進(jìn)行的。

綜上所述,Xpert Ultra在HIV陽(yáng)性肺結(jié)核、結(jié)核性腦膜炎或結(jié)核性胸膜炎等標(biāo)本含菌量較低的情況下,對(duì)于結(jié)核病診斷敏感性顯著提高。Xpert Ultra技術(shù)總體提升了結(jié)核病的診斷水平,但是需要注意的是陰性的Xpert Ultra檢測(cè)結(jié)果仍不能完全排除結(jié)核病。盡管結(jié)核菌培養(yǎng)同樣存在假陰性的情況,但培養(yǎng)仍是結(jié)核病診斷的重要參考指標(biāo)之一。因此,臨床工作中需要結(jié)合患者的臨床特點(diǎn),微生物學(xué)檢測(cè)結(jié)果以及諸如Xpert Ultra這類新的PCR檢測(cè)技術(shù)的結(jié)果綜合分析,使結(jié)核病的診斷更加可靠。

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