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轉(zhuǎn)錄組—代謝組聯(lián)合分析揭示低溫下采后雷竹筍木質(zhì)化分子調(diào)控機(jī)制

2021-01-06 12:53:37林新春
世界竹藤通訊 2021年5期
關(guān)鍵詞:竹筍木質(zhì)茉莉

侯 丹 林新春

(浙江農(nóng)林大學(xué)省部共建亞熱帶森林培育國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 杭州 311300)

竹筍作為一種天然蔬菜,富含各種營養(yǎng)物質(zhì)和活性化合物,如膳食纖維、抗氧化物、氨基酸和維生素等,深受人們喜愛。雷竹是中國特有的栽培竹種,其出筍早、產(chǎn)量高,產(chǎn)量可達(dá)1 500~2 000 kg/667 m2,價(jià)格可達(dá)20 元/kg 左右,收益可達(dá)3 萬~7 萬元/667 m2,是經(jīng)濟(jì)效益最高的竹種。然而,以雷竹為代表的筍用竹產(chǎn)地主要集中在山區(qū),且采收期多集中于高溫高濕之際,使得竹筍采后由于消耗體內(nèi)大量水分和營養(yǎng)物質(zhì)而迅速老化(木質(zhì)化) 褐變,在常溫下2~3 d 內(nèi)即失去商品價(jià)值和食用價(jià)值,降低經(jīng)濟(jì)效益。因此,如何有效保鮮是雷竹筍采后貯藏和運(yùn)輸過程面臨的重要問題。

竹筍老化過程即木質(zhì)化過程,該過程與苯丙氨酸解氨酶(PAL)、肉桂醇脫氫酶(CAD)、過氧化物酶(POD) 等酶活性密切相關(guān)。低溫是最主要的竹筍采后保鮮措施,其主要通過抑制上述關(guān)鍵酶的活性來降低采后竹筍的木質(zhì)化、纖維化以延緩其衰老。此外,植物激素,例如赤霉素(GA3)、茉莉酸甲酯(MeJA)、乙烯抑制劑(1-MCP) 等也可延緩PAL、CAD、POD 等酶活性來延遲竹筍采后保鮮時(shí)間。然而,目前竹筍低溫貯藏研究大部分停留在表型和生理指標(biāo)檢測(cè)方面,關(guān)于其分子調(diào)控機(jī)制知之甚少。特別是關(guān)于木質(zhì)化和低溫通路、植物激素通路的內(nèi)在關(guān)聯(lián)尚不清楚。因此我們針對(duì)上述問題展開研究,力圖揭示究竟哪些因素影響了雷竹筍采后老化? 為什么低溫可以有效延長雷竹筍的采后保鮮時(shí)間? 植物激素是否參與了該過程調(diào)節(jié)? 哪些基因發(fā)揮了重要作用?

綜上所述,以雷竹筍為材料,利用不同溫度處理明確低溫對(duì)竹筍保鮮的重要作用,通過“轉(zhuǎn)錄組—代謝組”聯(lián)合分析,揭示低溫下采后雷竹筍中主要的次生代謝物質(zhì)和關(guān)鍵基因,提出了“低溫—茉莉酸—木質(zhì)化”的潛在調(diào)控通路,該結(jié)論不僅在一定程度上豐富了竹筍保鮮現(xiàn)有研究,還為茉莉酸在竹筍采后貯藏、冷鏈運(yùn)輸中的應(yīng)用提供了一定的理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

雷竹筍主要采自于浙江省杭州市臨安區(qū)浙江農(nóng)林大學(xué)校園內(nèi)(30°15′ N,119°43′ E),從基部將筍切開,收集后快速將其帶回實(shí)驗(yàn)室,分別測(cè)量樣品長度和質(zhì)量,選取高度 (20.12±2.87)cm、質(zhì)量(140.48±16.99) g 的鮮筍進(jìn)行常溫和低溫處理,不同處理設(shè)置4 個(gè)生物學(xué)重復(fù),每個(gè)重復(fù)30 顆筍,分別在處理0、2、4、6、14 和20 d 后采樣,樣品保存于-80 ℃超低溫冰箱中。

1.2 表型觀察和生理指標(biāo)檢測(cè)

觀察不同溫度處理下雷竹筍表皮、切口等變化,測(cè)量質(zhì)量,計(jì)算失水率;根據(jù)說明書,利用紫外分光光度計(jì)分別在290 和470 nm 下測(cè)定PAL和POD 酶活;同時(shí)利用紫外分光光度計(jì)在280 nm下測(cè)定總木質(zhì)素含量。

1.3 轉(zhuǎn)錄組和代謝組測(cè)序

提取樣品RNA,質(zhì)檢合格后進(jìn)行cDNA 文庫構(gòu)建,對(duì)測(cè)序獲得的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾后進(jìn)行功能注釋和通路分析,篩選差異表達(dá)基因;利用LC-MS/MS 技術(shù),對(duì)采后竹筍中的次生代謝物質(zhì)進(jìn)行分離鑒定和定量分析,篩選差異代謝物。最后,使用Cytoscape 進(jìn)行代謝物—基因聯(lián)合分析和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建。

2 結(jié)果與討論

2.1 低溫可顯著延緩采后雷竹筍衰老

在常溫下,采后雷竹筍在4 d 后則嚴(yán)重腐爛變質(zhì)。但在低溫下,采后雷竹筍仍然十分新鮮(原文圖1a),分別對(duì)失水率進(jìn)行檢測(cè)發(fā)現(xiàn),常溫下樣品在采后第6 d 失水率高達(dá)12%,但低溫下采后第20 d,樣品的失水率僅為8.5% (原文圖1b)。此外,常溫下雷竹樣品的POD 和PAL 酶上升顯著,在第4 d 達(dá)到最大值,但在低溫下,雷竹樣品中POD 和PAL 酶活性上升緩慢,且與CK相比,在前4 d 無顯著性差異(原文圖1c、d)。綜上所述,低溫貯藏是抑制采后雷竹筍衰老的有效方式。

2.2 植物激素和木質(zhì)素合成通路代謝物在采后雷竹筍中顯著積累

通過代謝組測(cè)序,共鑒定了145 個(gè)差異代謝物。在本研究中,主要關(guān)注了植物激素通路和木質(zhì)化通路,結(jié)果表明,在植物激素通路中,茉莉酸在低溫貯藏的筍中顯著積累,但脫落酸(ABA)、GA 和乙烯前體物質(zhì)(ACC) 變化不顯著;在木質(zhì)化通路中,木質(zhì)素合成前體物質(zhì)香豆素、4-香豆素酸、反式阿魏酸和L-苯丙氨酸在低溫貯藏20 d 后顯著積累(原文圖2)。本研究進(jìn)一步通過HPLC 對(duì)上述物質(zhì)的含量進(jìn)行檢測(cè),發(fā)現(xiàn)其變化趨勢(shì)與代謝組測(cè)定結(jié)果一致,說明代謝組數(shù)據(jù)可信。因此認(rèn)為,與常溫相比,低溫可以顯著誘導(dǎo)茉莉酸在采后雷竹筍中的合成,同時(shí)可以明顯延遲木質(zhì)素的生物合成。

2.3 植物激素和木質(zhì)素合成通路相關(guān)基因在采后雷竹筍中差異表達(dá)顯著

通過轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,本研究在CK vs LT-1、CK vs LT-2、CK vs LT-3中分別鑒定了10 349、12 192、和13 987 條差異代謝物質(zhì),我們重點(diǎn)關(guān)注了茉莉酸合成通路和木質(zhì)素合成通路關(guān)鍵調(diào)控基因的表達(dá)模式,結(jié)果表明,大部分茉莉酸合成通路基因在低溫貯藏中的雷竹筍中差異表達(dá)顯著,例如PvJAZ-2、PvJAZ-3、PvJAZ-4、PvJAZ-8、PvJAZ-11和PvJAZ-12顯著上調(diào)。通過熒光定量PCR 對(duì)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)這些基因在低溫下表達(dá)趨勢(shì)與轉(zhuǎn)錄組一致,并且大部分基因的表達(dá)量顯著高于常溫保存樣品,因此低溫可以顯著誘導(dǎo)采后雷竹筍中茉莉酸合成基因的表達(dá)(原文圖3)。此外,本研究通過共表達(dá)分析發(fā)現(xiàn),4 個(gè)茉莉酸合成基因PvLOX5、PvOPR2、PvPEX5和PvJAZ-4與茉莉酸呈顯著正相關(guān),可能在低溫貯藏雷竹筍中茉莉酸的合成過程發(fā)揮重要作用(原文圖S8a)。

本研究還對(duì)木質(zhì)素合成通路基因表達(dá)模式進(jìn)行了分析,結(jié)果表明,大部分木質(zhì)素合成基因,例如PvPAL-2/4/6、PvC4H-3/4、PvHCT-2、PvCCR-2/3/4、PvCAD-2/3/4、PvCoMT-2/3在低溫貯藏的雷竹筍中顯著下調(diào),說明木質(zhì)素合成可能被抑制。對(duì)這些基因表達(dá)模式進(jìn)行qRT-PCR 驗(yàn)證,結(jié)果發(fā)現(xiàn)他們的表達(dá)趨勢(shì)與轉(zhuǎn)錄組一致,且大部分低于常溫下雷竹筍中的表達(dá)量,說明低溫可以顯著抑制木質(zhì)素合成基因表達(dá)(原文圖4)。通過共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn),共24 條木質(zhì)素合成基因與木質(zhì)素合成前體物質(zhì)顯著相關(guān),其中PvHCT-9,PvC4H-2/3,PvC3H-1,Pv4CL-5和VND7與香豆素、4-香豆素酸、反式阿魏酸和L-苯丙氨酸這4個(gè)前體物質(zhì)均呈極顯著正相關(guān),說明這些基因在低溫貯藏雷竹筍中木質(zhì)素合成過程中發(fā)揮了重要作用(原文圖S8b)。

2.4 “低溫—植物激素—木質(zhì)素合成”通路基因顯著關(guān)聯(lián)

本研究對(duì)低溫通路基因的表達(dá)模式進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)PvCRPK-1/3/4/5、PvWCOR410c、PvICE1-1/2和PvDREB2B/2C在采后雷竹筍中顯著上調(diào),進(jìn)一步與關(guān)鍵的木質(zhì)素合成基因、茉莉酸合成基因建立共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)發(fā)現(xiàn),PvCRPK-4/-5、PvICE2-1/2和PvDREB2B為該網(wǎng)絡(luò)中的中心基因,它們分別和10 條以上其他基因相關(guān)聯(lián),其中負(fù)相關(guān)基因主要包括木質(zhì)素合成通路基因,例如PvNST1/2-1、PvC3H-2/3、PvC4H-2/4、PvCAD-1/2/3/4、PvCCR-2/4、PvHCT-2/5/8、PvPAL-2/4/6;正相關(guān)基因主要為茉莉酸合成基因,包括PvOPR2、PvJAZ-4和PvPEX5。此外,PvOPR2、PvJAZ-4和PvPEX5同樣與一系列木質(zhì)素合成基因,例如PheC3H-2/3、PheCAD-1/2/3/4、PheHCT-2/5/8和PhePAL-6顯著負(fù)相關(guān)(原文圖5)。上述結(jié)果說明,低溫通路、茉莉酸通路和木質(zhì)素合成通路基因可能通過形成調(diào)控網(wǎng)絡(luò)共同參與采后雷竹筍衰老調(diào)控。

3 結(jié)論

本研究通過“轉(zhuǎn)錄組—代謝組”聯(lián)合分析,初步揭示了低溫調(diào)控采后雷竹筍木質(zhì)化的2 條潛在通路:“低溫—木質(zhì)素通路”和“低溫—茉莉酸—木質(zhì)素通路”(原文圖6),并發(fā)現(xiàn)與常溫相比:1) 低溫可以顯著延緩采后雷竹筍保鮮時(shí)間至少20 d,在此過程中茉莉酸顯著積累,可能是低溫下延遲竹筍保鮮的重要植物激素;2)

PvOPR2、PvJAZ-4、PvPEX5、PvC3H-2/3、PvC4H-2/4等基因在低溫處理采后雷竹筍中差異表達(dá)顯著,可能是調(diào)控低溫下竹筍保鮮的重要因子。上述結(jié)論為采后竹筍貯藏和保鮮分子機(jī)制提供了新的理論依據(jù),可為今后茉莉酸在采后雷竹筍保鮮應(yīng)用以及利用分子生物學(xué)手段改良竹筍貯藏特性等提供一定的科學(xué)基礎(chǔ)。

原文出處

DanHou,Haiwen Lu,Zhongyu Zhao,Jialong Pei,Huqing Yang,Aimin Wu,Xuejun Yu*,Xinchun Lin*.Integrative transcriptomic and metabolomic data provide insights into gene networks associated with lignification in postharvest lei bamboo shoots under low temperature[J].Food Chemistry,2021.https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2021.130822.

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